Ancien élève de l'Université d'Angers, Maitre de conférences en 26ème section (Mathématiques Appliquées et Applications des Mathématiques) à la retraite depuis le premier septembre 2021.

Je déplore le manque de culture, d'intelligence et de chaleur personnelle dans les rapports humains en particulier pour tous les gens qui ont beaucoup de diplomes et pas beaucoup de coeur.

 

ACTIVITES ET TRAVAUX

Janvier 2024 :parution de l'ouvrage

Bioinformatique avec Python et Biopython

aux éditions DUNOD ; les scripts sont ici.

 

Á la retraite depuis le 01/09/2021.

Enseignement

Statistiques, Logiciels Statistiques et Initiation à Sas (sas tutorial)    Langages de scripts et développement Web (Master)    DCRA : Décomposition, Conception et Réalisation d'Applications (L3 licence informatique)    Tuteur et exercices corrigés pour XML (L2)    Développement Web Avancé : Php et MySQL (Licence, année L2)    Développement Web (Licence Pro) avec exercices corrigés    Technologie XML (Master 1) version courte    Informatique pour le Web en licence DSCS (Diffusion du Savoir)    Fichiers de données réelles pour études statistiques    PAGSD : Production Automatisée de Graphiques, Statistiques et Documents    Pluripass : Bases de données (S3)     XML (S4)   Logiciel R, cours en formation initiale et continue à tous niveaux : Initiation courte à R et/ou Révision R Introduction non élémentaire à R Perfectionnement statistique avec R Introduction à la programmation avec R Programmation R avancée pour programmeurs R Formation continue pour l'université d'Angers : statistiques élémentaires avec R EDA : Biostatistiques (1) avec R EDA : Biostatistiques (2) avec R Autres cours et documents pédagogiques :    Algorithmique, Langages et Styles de Programmation dont  G-ALG     Statistiques, Probabilités & Statistiques et Analyse des Données    Remise à niveau en Mathématiques pour la Licence Informatique    Tuteurs (dont perl tutorial, xml tutorial, ajax tutorial)    Quelques examens des années précédentes    Projets de programmation

des cours agréables à regarder,  j'espère.

quelques conseils pour réussir ses études jusqu'à la thèse

Recherche fondamentale et appliquée

Chercheur au laboratoire HIFIH, UPRES EA 3859, SFR 4208 (Hémodynamique, Interaction, Fibrose,
Invasivité tumorale Hépatique et Digestive) depuis 2006.

Chercheur associé au L.E.R.I.A.     Chercheur associé au centre I.N.R.A. d'Angers

Diagnostic, aires et scores de Fibrose (CHU) sous la direction de Paul CALÈS.         Modélisation et analyse d'images de biopsies hépatiques comme celle-ci ou comme celle-là.     Analyses statistiques en métagénomique microbiotique pour metaSEED dans le cadre des «paris scientifiques régionaux» (2014-2016)      en collaboration notamment avec M. BARRET.     Participation au projet Phénotypage des interactions entre les espèces potagères et les Xanthomonas      dans le cadre du PNDAR financé par le CASDAR (2013-2016)      en collaboration notamment avec T. BOURREAU.     Découverte de motifs souples et spécifiques d'acides aminés au sein de classes de protéines      en collaboration avec D. LESAINT et E. JASPARD dans le cadre d'un projet interne de l'université d'Angers (2013-2014).     Aide à la caractérisation spécifique minimale de pathovars de Xanthomonas par des répertoires d'effecteurs (INRA/LERIA)      en collaboration avec T. BOURREAU et F. LARDEUX, F. SAUBION... Résultats.     Aide à la classification des protéines LEA, base de données : LEAPDB      (LEAP Database, Late Embryogenesis Abundant Protein Database)      en collaboration avec E. JASPARD ; analyse de protéines sHSP, base de données : SHSPDB.      Analyse mathématique et médico-économique du dépistage pré-thérapeutique des toxicités      liées au 5-FU dans le cancer colo-rectal via une modélisation "multi-états",      en collaboration avec S. TRAORE et E. GAMELIN, M. BOISDRON-CELLE (Centre Paul Papin, INSERM U892, Angers).     Aide à la prédiction de ponts disulfure par des alphabets multiples, base de données : DBDB      (Disulfide Bridge DataBase).      Classification et Identification de bactéries phytopathogènes (INRA/LNPV).      "Remontée" mathématique à la grammaire pour une suite de mots, une suite de longueurs de mots...      (Recovering minimal L systems from words and lengths sequences).     Arbres (topologiques, botaniques...) et langages formels ("systèmes L" [Lindenmayer]")      pour plus de détails, voir mes  publications et travaux de recherche , consulter  researchGate          PubMed  Hunault G[author]      dblp  Hunault:Gilles      Google scholar       okina       une liste de sites et moteurs pour la recherche d'articles.

un travail de longue haleine

Implication dans des comités et conseils

- au niveau national : ancien membre (3 mandats) du CNU, section 26 ; - au niveau local : ancien membre (3 mandats) du CHSCT de l'université d'Angers

Réalisation d'outils logiciels et d'aides en
   Mathématiques/[bio]Informatique/Statistiques

AnalexieS : analyses lexicales simples   Cabiq : classification et identification de bactéries   PhyNp : Arbres phylogénétiques et problèmes NP-complets    calcstat : calculs statistiques en ligne    Scripts cgi et programmes pour le Web dont jphistopct (histogrammes de pourcentages interactifs)    galg, un analyseur, traducteur et exécuteur d'algorithmes    gnumdata, "a program for mastering data files"    Tuteurs et petits manuels    Programmes de statistiques et Analyse des Données    Développement de programmes en Awk, Rexx, Perl, et Maple    Développement de scripts et utilitaires multi-plateformes (Windows et Unix)    dont listgh, un visualiseur rapide de fichiers (écrit en en Tcl/Tk)    Vitrine de démonstration de programmes   Quelques sites de référence

quelques (humbles) contributions...

Recherche en Intelligence Artificielle au LERIA jusqu'en décembre 1997

Raisonnement qualitatif et typique
Négation et Ressemblance
Logique M-valuée et multi-ensembles
Théorie symbolique des probabilités
 
   voir les  publications et articles  associés.

 

Derniers ajouts marquants

	Juillet	2023	:	Archive dataEtScriptsBioinformatique.zip de données et de scripts Python et Biopython pour la bioinformatique.
	Janvier	2021	:	Le calculateur VariScreen est cité dans un article de Nature/Scientific Reports
	Mai	2020	:	Consolidation de  UDG   générateur universel de données
	Avril	2020	:	Mise à jour des calculateurs PLER  PLEASE  VARISCREEN
	Janvier	2020	:	CMI M1 BTV Statistiques  : Modélisation statistique -- la régression (simple, multiple, linéaire, logistique...)
	Décembre	2019	:	une   page Web   sur les analyses statistiques et les tests pour la formation M2SIBM.
	Novembre	2019	:	LTE   un fil rouge pour le développement Web
	Juin	2019	:	A short and revised  Warm up session for R software  (Bioinformatics summer school)
	Mai	2019	:	Projet étudiant     tracés géométriques
	Avril	2019	:	Exposé   données médicales     (datapéro)
	Février	2019	:	CMI M1 BTV Données  : Linux, scripts et visualisation de données
	Janvier	2019	:	Mathématiques pre CRPE (La Rochelle)
	Décembre	2018	:	PLER and PLEASE tests calculator for esophageal varices needing treatment
	Septembre	2018	:	PREDIPATH: first results
	Juin	2018	:	Intégration Moodle-VPL-G-ALG  :   page Web    fichier PDF.
	Mai	2018	:	une interface Web pour G-ALG
	Mars	2018	:	Tournée annuelle de Vox Campus en Espagne, plannings prévisionnels et récit des journées.
	Février	2018	:	A few words about CLASSIFICATION for the Predipath project.
	Janvier	2018	:	Création d'un  calculateur de scores MACK3  pour le CHU
	Novembre	2017	:	Exposé  choix mathématiques  dans le cadre de la journée Lebesgue Mathématiques et Sciences du Vivant
	Juin	2017	:	Stim, 6 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : E/S, XML, R, statistiques, « recherche reproductible »
	Mai	2017	:	Comparateur de grammaires DTD pour HTML Analyseur de grammaires DTD Analyseur des éléments et des attributs d'une page Web
	Avril	2017	:	UDG  un générateur universel de données (projet étudiant)
	Février	2017	:	Un projet d'innovation pédagogique refusé basé sur G-ALG lettre d'intention    projet    audition    notification de refus
	Janvier	2017	:	Parution aux éditions Dunod de mon livre. Sujet : mon péché mignon (devinez le titre !).
	Décembre	2016	:	Participation à la version 2.0 du package DAD pour R.
	Novembre	2016	:	Un mini-cours sur les Bases de données pour Pluripass au semestre 3.
	Avril	2016	:	Tournée annuelle de Vox Campus en Italie, plannings prévisionnels et récit des journées.
	Mars	2016	:	Production d'  affichettes   de présentation pour séminaires.
	Février	2016	:	CMI L2 SVG : trois séances de TP pour découvrir Linux, MySQL, LEAPdb et sHSPdb.
	Janvier	2016	:	R5  : R pour les biostatistiques en 5 minutes (!), exposé pour le laboratoire HIFIH.
	Décembre	2015	:	R15  : R pour la bioinformatique en 15 minutes, exposé pour le GBSA.
	Juillet	2015	:	AI-FRUIT archive de l'exposé, du script et des données pour ACOM et NPLS (Aurand/Hanafi).
	Juin	2015	:	3 petites applications pour l'analyse de la fragmentation du sommeil.
	Avril	2015	:	Tournée annuelle de Vox Campus en Espagne, plannings prévisionnels et récit des journées.
	Janvier	2015	:	Une présentation des actualités statistiques pour le séminaire de recherche clinique du laboratoire HIFIH,
	Janvier	2015	:	Une interface pour le programme MDP de V. Vigneron.
	Décembre	2014	:	Développement du site phenoplant.org.
	Décembre	2014	:	Rapport sur l'axe 4 pour le PSR (pari scientifique régional) nommé metaSEED.
	Décembre	2014	:	Un court exposé sur les modèles latents et le gold standard imparfait.
	Novembre	2014	:	Deux séances de révision sur le langage R puis 4 séances de perfectionnement statistique avec le logiciel R pour l'INRA.
	Novembre	2014	:	Le format ECIF pour la description de classes exclusives de séquences : ecif.php.
	Octobre	2014	:	Le projet ABDC : Automated Big Data Clustering dans le domaine de la biotique.
	Juin	2014	:	Exposé sur la valorisation d'un script R dans le cadre du séminaire PHENOTIC 2014.
	Juin	2014	:	Calculs de spécificité et sensibilité pour un gold standard imparfait sachant les paramètres du gold standard et la prévalence de la maladie.
	Mai	2014	:	Consolidation de l'introduction non élémentaire au logiciel R, (4 séances de 3 heures, environ 50 exercices corrigés) pour une formation à l'école doctorale VENAM.
	Avril	2014	:	Journée d'étude Mise en discours des sciences et des technologies organisée par Sémiologie actuelle avec le concours de la FLASH de l'université de La Rochelle ; le programme de la journée est ici.
				Conférence (gH) : A moi, comte, deux mots ou : les ngrammes de Google avec n=2.
	Mars	2014	:	Un poster au congrès international sur New Frontiers in Anhydrobiosis.
	Mars	2014	:	Une pseudo-page de fausses contre-vérités auto-contradictoires (!)
	Mars	2014	:	Tournée annuelle de Vox Campus en Autriche et en Hongrie, plannings prévisionnels et récit des journées.
	Janvier	2014	:	5 séances de BioStatistiques pour l'école doctorale Biologie Santé, niveau 2 (régressions linéaires et logistiques, corrélations...)
				soit une quarantaine d'exercices détaillés et corrigés : EDA Biostat.
	Novembre	2013	:	Une introduction non élémentaire au logiciel R, dans le cadre d'une formation pour des agents de l'INRA.
	Septembre	2013	:	Un petit tuteur pour les expressions régulières.
	Août	2013	:	Intégration de SELFHTML pour référence XHTML.
	Juin	2013	:	Dépôt du brevet européen Automatic measurement of lesions on medical images, par et en collaboration avec P. Calès et J. Chaigneau.
	Mai	2013	:	Un formulaire pour réaliser des calculs de propriétés physico-chimiques (GRAVY, pI, FI...) et des comptages d'acides aminés sur des séquences Fasta.
	Avril	2013	:	Tournée annuelle de Vox Campus en Allemagne, plannings prévisionnels et récit des journées.
	Janvier	2013	:	Une page pour expliquer ce qu'est le PHP conceptuel ou FTM (Function Tag Mapping).
	Décembre	2012	:	Un tuteur pour le langage Ruby (version 1.9.1).
	Novembre	2012	:	Un tuteur pour le langage Python (version 3.1).
	Octobre	2012	:	Une interface pour le solveur mcps de charactérisation multiple spécifique minimal développé par F. Chhel
				en collaboration avec T. Bourreau, F. Lardeux et F. Saubion (voir aussi des exemples de résultats).
	Juillet	2012	:	Dépôt du brevet français «procédé de dépistage de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli»,
				publication 2970480, en collaboration avec T. Boureau, F. Chhel & al.
	Juillet	2012	:	Dépôt du brevet européen Method for providing reliable non invasive diagnostic tests,
				par et en collaboration avec P. Calès et J. Boursier.
	Juin	2012	:	Mise à disposition d'une base de données pour des protéines sHSP (small Heat Shock Proteins) : SHSPDB,
				en collaboration avec E. Jaspard.
	Mai	2012	:	MOCAR, une interface pour détecter des motifs communs et/ou spécifiques d'acides aminés dans des groupes de séquences Fasta.
				à partir d'un programme C écrit par P. Gallinier (Ecole Polytechnique de Montréal).
	Avril	2012	:	Journée d'étude Mise en discours des sciences et des technologies
				organisée par Sémiologie actuelle et Les Petits Débrouillards avec le concours de la FLASH de l'université de La Rochelle ;
				le programme des journées est à télécharger sur le site de Laurence BRUNET.
				Conférence (gH) : Faut-il se fier aux modèles de réchauffement climatiques ?
	Avril	2012	:	Cours/conférence pour lycéens et lycéennes :
				Comment les statistiques aident les médecins à guérir les malades.
	Février	2012	:	Tournée annuelle de Vox Campus en Angleterre, plannings prévisionnels et récit des journées.
	Janvier	2012	:	RMFE, cours d'introduction au logiciel R en L3 Mathématiques Finance Economie.
	Novembre	2011	:	Contribution technique et écriture de la préface à la traduction de R in a nutshell de J. Adler,
				qui vient de paraitre sous le titre R l'essentiel aux éditions Pearson.
	Juin	2011	:	Stim, 4 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : XML et bioinformatique
	Juin	2011	:	Réunion du GREBA : taille de fenêtre d'analyse et bioikseml
	Juin	2011	:	Journée d'hommage à Anne-Marie Houdebine (à La Rochelle) : programme de la journée (PDF).
				Les communications sont disponibles sur le site de Laurence BRUNET.
	Mars	2011	:	Développement Web en L2 (licence de Sciences, deuxième année) :
				des cours, des td corrigés et des tp également. On y parle de XHTML et de Javascript principalement et un peu de XML.
	Juin	2010	:	Stim, 6 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : entrées, sorties, XML et statistiques
	Mai	2010	:	Une fonction générique pour diaporamas de sites Web : démonstrations
	Février	2010	:	Une interface pour les fonctions de statgh.r et une interface pour les fonctions de std.php.
	Décembre	2009	:	Un tuteur AJAX (AJAX tutorial) : traitement asynchrone de XML en Javascript.
	Septembre	2009	:	Contribution technique à l'ouvrage Manuel de prise en main de XML aux éditions Pearson, collection Le Programmeur ;
				vous pouvez en consulter la table des matières.
	Août	2009	:	vdt : Vitesse De Transmission et tep : Taille en Pouces, deux formulaires bien utiles !
	Juin	2009	:	La théorie des fractales et la recherche angevine : organisation du deuxième séminaire par votre serviteur.
	Juin	2009	:	ASPW, Analyse syntaxique de pages web (projet informatique) :    sujet    réalisation
	Mai	2009	:	Traduction de l'ouvrage Biostatistique pour les sciences de la vie et de la santé de Marc TRIOLA et Mario TRIOLA
				pour les éditions Pearson France :    version française    version anglaise.
	Avril	2009	:	6 séances de BioStatistiques pour l'école doctorale Biologie Santé,
				soit une cinquantaine d'exercices détaillés et corrigés : EDA Biostat.
	Avril	2009	:	Essais de définitions d'un indice de fiabilité (dispersion relative invariante par translation),
				le mieux est sans doute de diviser l'écart-type des données par l'écart-type maximal sous-jacent : indvarif.
	Mai	2008	:	Calculs de CCD (Coefficients de Capacité Diagnostique) : exemples en ligne.
	Mars	2008	:	Quantiles et Boites à Moustaches, projet de programmation "LicPro" : sujet (gH), réalisation (étudiants).
	Novembre	2007	:	Un "pot-pourri" d'expressions pour le logiciel R et pour Sas.
	Octobre	2007	:	Une page Web sur les tests d'hypothèses statistiques
				avec une liste des tests disponibles dans le logiciel R.
	Octobre	2007	:	OSEP : implémentation d'Objets Statistiques En Php
	Septembre	2007	:	Tracé de courbe ROC et autres courbes pour tests diagnostiques,
				calcul d'AUROC et de seuils ("cutoffs") de maximisation.
	Mai	2007	:	Partie Statistiques du cours d'initiation à la Bioinformatique (L3).
	Avril	2007	:	mcg = Surveillance de mots-clé via Google
	Janvier	2007	:	GREADIS = Groupe de Recherche et d'Etude en Analyse du Discours en Ingénierie et en Science.
	Mai	2006	:	Richmedia et smil, les cours des autres en vidéo sur le Web.
	Avril	2006	:	Analyse générale et fine de la DBDB
				- analyse des 6 jeux d'essais de la DBDB     - "quizz" sur les acides aminés (projet étudiant).

Dernières mises à jour et compléments

	Nov.	2014	:	Hilapr = [petite] Histoire des langages de Programmation (avec humour).
	Juillet	2014	:	Ajout d'une interface pour multalin dans LEAPdb et sHSPdb avec la participation de Josuah DEMANGEON.
	Juin	2014	:	Mise à jour de la page principale du GA&P (Groupe Analyses et Procédés)
	Décembre	2013	:	Programmation R approfondie, formation pour l'institut Pasteur, avec exercices corrigés.
				Au programme : éviter les programmes naïfs, debuger, optimiser, objets, packages...
	Sept.	2013	:	Remise à niveau pour le cours de développement Web en Licence Professionnelle.
	Juillet	2012	:	Calculs de tailles d'échantillon pour estimer une proportion, une moyenne, un coefficient de corrélation classique ou intraclasse : taillechant.
	Juillet	2012	:	Calculs d'intervalles de confiance pour une proportion, une moyenne, un écart-type avec rappel des formules programmées : estimation.
	Janv.	2011	:	Reprise du tuteur PERL.
	Nov.	2010	:	Sac = Stockage, Archivage et Compression (cours M2 Mia puis M2 Cdsii).
	Mars	2010	:	Partie Statistiques du cours de BioInformatique, Master BTV : bism.
	Juin	2009	:	Nouvelles fonctionnalités pour LEAPDB, notre base de données des protéines LEA.
	Mai	2009	:	Consolidation de statgh.r, statistiques descriptives à la française avec le logiciel R.
	Avril	2009	:	Reprise du tuteur MYSQL avec des exercices corrigés progressifs sur 2, 3 et 4 tables
				dans une même base de données.
	Sept.	2008	:	Reprise du tuteur JavaScript avec des exemples de gestion dynamique d'une page Web via DOM
				(Modèle de l'Objet Document).
	Févr.	2008	:	Repères statistiques pour doctorants : polycopié de cours et références Web.
	Nov.	2007	:	CalcDist, projet de programmation M2CCI (calcul de distances).
	Fév.	2007	:	Améliorations du tuteur XML et consor : DTD, XSD (Schémas) et autres XSLT (transformations).
				avec une mention spéciale pour SVG.
	Janv.	2007	:	Consolidation de pw, sensibilisation aux pages web et panorama de la "technologie Internet"
				dont le texte "critiquer" les pages Web.

 

  Loisirs

Jeux d'échecs, hockey sur gazon, badminton
Lecture, Cinéma (notamment "SF" et "Polars")

Cliquez ici pour un tour de cartes ou là pour savoir ce que signifie l'icone

  Pour me contacter

Au Travail : Faculté des Sciences, Boulevard Lavoisier, Batiment H bureau H103
02 41 73 54 64 et Fax 02 41 73 54 54

A la maison : 3 bis chemin du moulin blanc (17630 - La Flotte) 05 46 31 43 36
Par e-mail : gilles.hunault@univ-angers.fr

Contraintes horaires prévues pour ce mois via celcat université.

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