TFI : traitement fluorescence images      interface expérimentale (non fonctionnelle) Autres liens utiles exposé du 6 juin 2014 classification de pixels en Python   Table des matières cliquable 1. Présentation des analyses 2. Exemple de saisie des paramètres et simulation d'exécution 3. Demande d'exécution d'analyse de fluorescence 1. Présentation des analyses Deux types d'analyses (ou «traitements») sont possibles. Il est possible d'exécuter seulement le traitement PBT ou, séquentiellement de réaliser le traitement PBT puis le traitement CBT.   Sigle Analyse PBT Probability-based thresholding CBT Clustering for probability-based thresholding   Même si aucun paramètre de traitement n'est fourni, le fichier des images peut être analysé afin de dénombrer les images, tester la présence d'images-controle... L'analyse PBT consiste à calculer une valeur seuil du paramètre de fluorescence pour ensuite discriminer les tissus sains des tissus impactés par le traitement, sachant que, sur les images, une valeur du paramètre de fluorescence est associée à chaque pixel. La valeur seuil est la valeur du paramètre en dessous de laquelle la probabilité d'observer un pixel provenant d'une image témoin est très faible. Ce seuil est construit sur la base d'un témoin interne à l'expérience, avec l'hypothèse sous-jacente que des pixels correspondant à des tissus impactés par le traitement présentent des valeurs de paramètre de fluorescence inférieures à celles observées sur les tissus sains. L'analyse CBT a pour but de déterminer différents états d'avancement du symptôme au sein des tissus considérés comme «impactés», préalablement détectés par la méthode PBT. Cette analyse consiste à modéliser la distribution du nombre de pixels en fonction du paramètre de fluorescence de chlorophylle comme un mélange de lois normales. Chaque loi normale représente alors un état d'avancement du symptôme. Il faut indiquer le nombre d'états d'avancement du symptôme que l'on voudrait observer. Vous trouverez plus de détails sur les méthodes de ces traitements dans l'article High throughput quantitative phenotyping of plant resistance using chlorophyll fluorescence image analysis, 2013, dont les auteurs sont Céline ROUSSEAU, Etienne BELIN, Edouard BOVE, David ROUSSEAU, Frédéric FABRE, Romain BERRUYER, Jacky GUILLAUMES, Charles MANCEAU, Marie-Agnès JACQUES, Tristan BOUREAU et qui est paru dans Plant Methods 2013, 9:17. Lien PUBMED. 2. Exemple de saisie des paramètres et simulation d'exécution Au point de vue informatique, les paramètres de base à fournir en plus des images sont simplement les seuils et éventuellement le nombre de classes («clusters»). Un formulaire minimal pourrait donc être le suivant :  Méthode PBT  Dénominateurs de seuils à utiliser (sélectionnez au moins un seuil)             1/100    Peu stringent             1/500    Moyennement stringent             1/1000    Très stringent             Autre :     1 /    Méthode CBT  (facultative) Nombre de clusters à utiliser, par exemple : 3           Données (images)  Indiquez l'URL de l'archive :                                                     réinitialiser               tout vider Remarque : les seuils utilisés pour la méthode CBT sont les mêmes que pour la méthode PBT. Pour utiliser la méthode CBT, vous devez donc d'abord remplir les seuils de la méthode PBT.   Toutefois, dans la pratique, il faut fournir quelques renseignements externes sur les données, et respecter un certain nombre de règles concernant la construction de l'archive. C'est pourquoi il est préférable de passer par notre page de construction de l'archive. 3. Demande d'exécution d'analyse de fluorescence   Renseignements sur le demandeur Nom Prénom Société/Entreprise/Organisme Mail Téléphone   Confidentialité des données Vos données sont-elles confidentielles ?         oui         non Si oui, vous serez contacté(e) afin de choisir un mot de passe pour accéder à vos données.   Renseignements sur l'analyse Référence contrat Nature des souches Taxonomie Variété Pathologie Date inoculation Date semis Date de début des mesures Date de fin des mesures Autres renseignements utiles à conserver dans la base de données                 script on PHENOPLANT's server

 

 

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