LERIA Dépt. Informatique Faculté des Sciences Université d'Angers | dernière mise à jour : 04 janvier 2024 |
Ancien élève de l'Université d'Angers, Maitre de conférences en 26ème section
(Mathématiques Appliquées et Applications des Mathématiques)
à la retraite depuis le premier septembre 2021.
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Janvier 2024 :parution de l'ouvrage
Bioinformatique avec Python et Biopython
aux éditions DUNOD ; les scripts sont ici.
Á la retraite depuis le 01/09/2021.
Enseignement
Recherche fondamentale et appliquée
Chercheur au laboratoire HIFIH, UPRES EA 3859, SFR 4208 (Hémodynamique, Interaction, Fibrose,
Invasivité tumorale Hépatique et Digestive) depuis 2006.Chercheur associé au L.E.R.I.A. Chercheur associé au centre I.N.R.A. d'Angers
Diagnostic, aires et scores de Fibrose (CHU) sous la direction de Paul CALÈS.
Modélisation et analyse d'images de biopsies hépatiques comme celle-ci ou comme celle-là.
Analyses statistiques en métagénomique microbiotique pour metaSEED dans le cadre des «paris scientifiques régionaux» (2014-2016)
en collaboration notamment avec M. BARRET.
Participation au projet Phénotypage des interactions entre les espèces potagères et les Xanthomonas
dans le cadre du PNDAR financé par le CASDAR (2013-2016)
en collaboration notamment avec T. BOURREAU.
Découverte de motifs souples et spécifiques d'acides aminés au sein de classes de protéines
en collaboration avec D. LESAINT et E. JASPARD dans le cadre d'un projet interne de l'université d'Angers (2013-2014).
Aide à la caractérisation spécifique minimale de pathovars de Xanthomonas par des répertoires d'effecteurs (INRA/LERIA)
en collaboration avec T. BOURREAU et F. LARDEUX, F. SAUBION... Résultats.
Aide à la classification des protéines LEA, base de données : LEAPDB
(LEAP Database, Late Embryogenesis Abundant Protein Database)
en collaboration avec E. JASPARD ; analyse de protéines sHSP, base de données : SHSPDB.
Analyse mathématique et médico-économique du dépistage pré-thérapeutique des toxicités
liées au 5-FU dans le cancer colo-rectal via une modélisation "multi-états",
en collaboration avec S. TRAORE et E. GAMELIN, M. BOISDRON-CELLE (Centre Paul Papin, INSERM U892, Angers).
Aide à la prédiction de ponts disulfure par des alphabets multiples, base de données : DBDB
(Disulfide Bridge DataBase).
Classification et Identification de bactéries phytopathogènes (INRA/LNPV).
"Remontée" mathématique à la grammaire pour une suite de mots, une suite de longueurs de mots...
(Recovering minimal L systems from words and lengths sequences).
Arbres (topologiques, botaniques...) et langages formels ("systèmes L" [Lindenmayer]")
pour plus de détails, voir mes publications et travaux de recherche , consulter researchGate
PubMed Hunault G[author] dblp Hunault:Gilles Google scholar okina
une liste de sites et moteurs pour la recherche d'articles.un travail de longue haleine Implication dans des comités et conseils
- au niveau national : ancien membre (3 mandats) du CNU, section 26 ;
- au niveau local : ancien membre (3 mandats) du CHSCT de l'université d'Angers
Réalisation d'outils logiciels et d'aides en
Mathématiques/[bio]Informatique/Statistiques
AnalexieS : analyses lexicales simples
calcstat : calculs statistiques en ligne
Cabiq : classification et identification de bactéries
PhyNp : Arbres phylogénétiques et problèmes NP-complets
Scripts cgi et programmes pour le Web dont jphistopct (histogrammes de pourcentages interactifs)
galg, un analyseur, traducteur et exécuteur d'algorithmes
gnumdata, "a program for mastering data files"
Tuteurs et petits manuels
Programmes de statistiques et Analyse des Données
Développement de programmes en Awk, Rexx, Perl, et Maple
Développement de scripts et utilitaires multi-plateformes (Windows et Unix)
dont listgh, un visualiseur rapide de fichiers (écrit en en Tcl/Tk)
Vitrine de démonstration de programmes
Quelques sites de référence
quelques (humbles) contributions... Recherche en Intelligence Artificielle au LERIA jusqu'en décembre 1997
Raisonnement qualitatif et typique
Négation et Ressemblance
Logique M-valuée et multi-ensembles
Théorie symbolique des probabilités
voir les publications et articles associés.
Derniers ajouts marquants
Juillet
2023 : Archive dataEtScriptsBioinformatique.zip de données et de scripts Python et Biopython pour la bioinformatique. Janvier
2021 : Le calculateur VariScreen est cité dans un article de Nature/Scientific Reports Mai
2020 : Consolidation de UDG générateur universel de données Avril
2020 : Mise à jour des calculateurs PLER PLEASE VARISCREEN Janvier
2020 : CMI M1 BTV Statistiques : Modélisation statistique -- la régression (simple, multiple, linéaire, logistique...) Décembre
2019 : une page Web sur les analyses statistiques et les tests pour la formation M2SIBM. Novembre
2019 : LTE un fil rouge pour le développement Web Juin
2019 : A short and revised Warm up session for R software (Bioinformatics summer school) Mai
2019 : Projet étudiant tracés géométriques Avril
2019 : Exposé données médicales (datapéro) Février
2019 : CMI M1 BTV Données : Linux, scripts et visualisation de données Janvier
2019 : Mathématiques pre CRPE (La Rochelle) Décembre
2018 : PLER and PLEASE tests calculator for esophageal varices needing treatment Septembre
2018 : PREDIPATH: first results Juin
2018 : Intégration Moodle-VPL-G-ALG : page Web fichier PDF. Mai
2018 : une interface Web pour G-ALG Mars
2018 : Tournée annuelle de Vox Campus en Espagne, plannings prévisionnels et récit des journées. Février
2018
:
A few words about CLASSIFICATION for the Predipath project.
Janvier
2018
:
Création d'un calculateur de scores MACK3 pour le CHU
Novembre
2017
:
Exposé choix mathématiques dans le cadre de la journée Lebesgue
Juin
2017
:
Stim, 6 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM :
Mai
2017
:
Avril
2017 : UDG un générateur universel de données (projet étudiant) Février
2017
:
Un projet d'innovation pédagogique refusé basé sur G-ALG
Janvier
2017 : Parution aux éditions Dunod de mon livre. Sujet : mon péché mignon (devinez le titre !). Décembre
2016 : Participation à la version 2.0 du package DAD pour R. Novembre
2016 : Un mini-cours sur les Bases de données pour Pluripass au semestre 3. Avril
2016 : Tournée annuelle de Vox Campus en Italie, plannings prévisionnels et récit des journées. Mars
2016 : Production d' affichettes de présentation pour séminaires. Février
2016 : CMI L2 SVG : trois séances de TP pour découvrir Linux, MySQL, LEAPdb et sHSPdb. Janvier
2016 : R5 : R pour les biostatistiques en 5 minutes (!), exposé pour le laboratoire HIFIH. Décembre
2015 : R15 : R pour la bioinformatique en 15 minutes, exposé pour le GBSA. Juillet
2015 : AI-FRUIT archive de l'exposé, du script et des données pour ACOM et NPLS (Aurand/Hanafi). Juin
2015 : 3 petites applications pour l'analyse de la fragmentation du sommeil. Avril
2015 : Tournée annuelle de Vox Campus en Espagne, plannings prévisionnels et récit des journées. Janvier
2015
:
Une présentation des actualités statistiques pour le séminaire de recherche clinique du laboratoire HIFIH,
Janvier
2015
:
Décembre
2014
:
Développement du site phenoplant.org.
Décembre
2014
:
Rapport sur l'axe 4 pour le PSR (pari scientifique régional) nommé metaSEED.
Décembre
2014
:
Un court exposé sur les modèles latents et le gold standard imparfait.
Novembre
2014
:
Deux séances de révision sur le langage R
puis 4 séances de perfectionnement statistique avec le logiciel R pour l'INRA.
Novembre
2014
:
Le format ECIF pour la description de classes exclusives de séquences : ecif.php.
Octobre
2014
:
Le projet ABDC : Automated Big Data Clustering dans le domaine de la biotique.
Juin
2014
:
Exposé sur la valorisation d'un script R dans le cadre du séminaire PHENOTIC 2014.
Juin
2014
:
Calculs de spécificité et sensibilité pour un gold standard imparfait
sachant les paramètres du gold standard et la prévalence de la maladie.Mai
2014
:
Consolidation de l'introduction non élémentaire au logiciel R,
(4 séances de 3 heures, environ 50 exercices corrigés) pour une formation à l'école doctorale VENAM.Avril 2014 : Journée d'étude Mise en discours des sciences et des technologies
organisée par Sémiologie actuelle avec le concours de la FLASH de l'université de La Rochelle ;
le programme de la journée est ici.Conférence (gH) : A moi, comte, deux mots ou : les ngrammes de Google avec n=2. Mars
2014 : Un poster au congrès international sur New Frontiers in Anhydrobiosis. Mars
2014 : Une pseudo-page de fausses contre-vérités auto-contradictoires (!) Mars
2014 : Tournée annuelle de Vox Campus en Autriche et en Hongrie, plannings prévisionnels et récit des journées. Janvier 2014 : 5 séances de BioStatistiques pour l'école doctorale Biologie Santé,
niveau 2 (régressions linéaires et logistiques, corrélations...)soit une quarantaine d'exercices détaillés et corrigés : EDA Biostat. Novembre
2013
:
Une introduction non élémentaire au logiciel R,
dans le cadre d'une formation pour des agents de l'INRA.Septembre
2013
: Un petit tuteur pour les expressions régulières.
Août
2013
: Intégration de SELFHTML pour référence XHTML.
Juin 2013 : Dépôt du brevet européen Automatic measurement of lesions on medical images,
par et en collaboration avec P. Calès et J. Chaigneau.Mai 2013 : Un formulaire pour réaliser des calculs de propriétés physico-chimiques (GRAVY, pI, FI...)
et des comptages d'acides aminés sur des séquences Fasta.Avril 2013 : Tournée annuelle de Vox Campus en Allemagne, plannings prévisionnels et récit des journées. Janvier 2013 : Une page pour expliquer ce qu'est le PHP conceptuel ou FTM (Function Tag Mapping). Décembre 2012 : Un tuteur pour le langage Ruby (version 1.9.1). Novembre 2012 : Un tuteur pour le langage Python (version 3.1). Octobre 2012 : Une interface pour le solveur mcps de charactérisation multiple spécifique minimal développé par F. Chhel en collaboration avec T. Bourreau, F. Lardeux et F. Saubion (voir aussi des exemples de résultats). Juillet 2012 : Dépôt du brevet français «procédé de dépistage de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli», publication 2970480, en collaboration avec T. Boureau, F. Chhel & al. Juillet 2012 : Dépôt du brevet européen Method for providing reliable non invasive diagnostic tests, par et en collaboration avec P. Calès et J. Boursier. Juin 2012 : Mise à disposition d'une base de données pour des protéines sHSP (small Heat Shock Proteins) : SHSPDB, en collaboration avec E. Jaspard. Mai 2012 : MOCAR, une interface pour détecter des motifs communs et/ou spécifiques d'acides aminés dans des groupes de séquences Fasta. à partir d'un programme C écrit par P. Gallinier (Ecole Polytechnique de Montréal). Avril 2012 : Journée d'étude Mise en discours des sciences et des technologies organisée par Sémiologie actuelle et Les Petits Débrouillards avec le concours de la FLASH de l'université de La Rochelle ; le programme des journées est à télécharger sur le site de Laurence BRUNET. Conférence (gH) : Faut-il se fier aux modèles de réchauffement climatiques ? Avril 2012 : Cours/conférence pour lycéens et lycéennes : Comment les statistiques aident les médecins à guérir les malades. Février 2012 : Tournée annuelle de Vox Campus en Angleterre, plannings prévisionnels et récit des journées. Janvier 2012 : RMFE, cours d'introduction au logiciel R en L3 Mathématiques Finance Economie. Novembre 2011 : Contribution technique et écriture de la préface à la traduction de R in a nutshell de J. Adler, qui vient de paraitre sous le titre R l'essentiel aux éditions Pearson. Juin 2011 : Stim, 4 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : XML et bioinformatique Juin 2011 : Réunion du GREBA : taille de fenêtre d'analyse et bioikseml Juin 2011 : Journée d'hommage à Anne-Marie Houdebine (à La Rochelle) : programme de la journée (PDF). Les communications sont disponibles sur le site de Laurence BRUNET. Mars 2011 : Développement Web en L2 (licence de Sciences, deuxième année) : des cours, des td corrigés et des tp également. On y parle de XHTML et de Javascript principalement et un peu de XML. Juin 2010 : Stim, 6 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : entrées, sorties, XML et statistiques Mai 2010 : Une fonction générique pour diaporamas de sites Web : démonstrations Février 2010 : Une interface pour les fonctions de statgh.r et une interface pour les fonctions de std.php. Décembre 2009 : Un tuteur AJAX (AJAX tutorial) : traitement asynchrone de XML en Javascript. Septembre 2009 : Contribution technique à l'ouvrage Manuel de prise en main de XML aux éditions Pearson, collection Le Programmeur ; vous pouvez en consulter la table des matières. Août 2009 : vdt : Vitesse De Transmission et tep : Taille en Pouces, deux formulaires bien utiles ! Juin 2009 : La théorie des fractales et la recherche angevine : organisation du deuxième séminaire par votre serviteur. Juin 2009 : ASPW, Analyse syntaxique de pages web (projet informatique) : sujet réalisation Mai 2009 : Traduction de l'ouvrage Biostatistique pour les sciences de la vie et de la santé de Marc TRIOLA et Mario TRIOLA pour les éditions Pearson France : version française version anglaise. Avril 2009 : 6 séances de BioStatistiques pour l'école doctorale Biologie Santé, soit une cinquantaine d'exercices détaillés et corrigés : EDA Biostat. Avril 2009 : Essais de définitions d'un indice de fiabilité (dispersion relative invariante par translation), le mieux est sans doute de diviser l'écart-type des données par l'écart-type maximal sous-jacent : indvarif. Mai 2008 : Calculs de CCD (Coefficients de Capacité Diagnostique) : exemples en ligne. Mars 2008 : Quantiles et Boites à Moustaches, projet de programmation "LicPro" : sujet (gH), réalisation (étudiants). Novembre 2007 : Un "pot-pourri" d'expressions pour le logiciel R et pour Sas. Octobre 2007 : Une page Web sur les tests d'hypothèses statistiques avec une liste des tests disponibles dans le logiciel R. Octobre 2007 : OSEP : implémentation d'Objets Statistiques En Php Septembre 2007 : Tracé de courbe ROC et autres courbes pour tests diagnostiques, calcul d'AUROC et de seuils ("cutoffs") de maximisation. Mai 2007 : Partie Statistiques du cours d'initiation à la Bioinformatique (L3). Avril 2007 : mcg = Surveillance de mots-clé via Google Janvier 2007 : GREADIS = Groupe de Recherche et d'Etude en Analyse du Discours en Ingénierie et en Science. Mai 2006 : Richmedia et smil, les cours des autres en vidéo sur le Web. Avril 2006 : Analyse générale et fine de la DBDB - analyse des 6 jeux d'essais de la DBDB
- "quizz" sur les acides aminés (projet étudiant).
Dernières mises à jour et compléments
Nov.
2014
: Hilapr = [petite] Histoire des langages de Programmation (avec humour).
Juillet
2014
:
Ajout d'une interface pour multalin dans LEAPdb et sHSPdb avec la participation de Josuah DEMANGEON.
Juin
2014
:
Mise à jour de la page principale du GA&P (Groupe Analyses et Procédés)
Décembre 2013 : Programmation R approfondie, formation pour l'institut Pasteur, avec exercices corrigés. Au programme : éviter les programmes naïfs, debuger, optimiser, objets, packages... Sept. 2013 : Remise à niveau pour le cours de développement Web en Licence Professionnelle. Juillet 2012 : Calculs de tailles d'échantillon pour estimer une proportion, une moyenne, un coefficient de corrélation classique ou intraclasse : taillechant. Juillet 2012 : Calculs d'intervalles de confiance pour une proportion, une moyenne, un écart-type avec rappel des formules programmées : estimation. Janv. 2011 : Reprise du tuteur PERL.
Nov. 2010 : Sac = Stockage, Archivage et Compression (cours M2 Mia puis M2 Cdsii). Mars 2010 : Partie Statistiques du cours de BioInformatique, Master BTV : bism. Juin 2009 : Nouvelles fonctionnalités pour LEAPDB, notre base de données des protéines LEA.
Mai 2009 : Consolidation de statgh.r, statistiques descriptives à la française avec le logiciel R.
Avril 2009 : Reprise du tuteur MYSQL avec des exercices corrigés progressifs sur 2, 3 et 4 tables dans une même base de données. Sept. 2008 : Reprise du tuteur JavaScript avec des exemples de gestion dynamique d'une page Web via DOM (Modèle de l'Objet Document). Févr. 2008 : Repères statistiques pour doctorants : polycopié de cours et références Web. Nov. 2007 : CalcDist, projet de programmation M2CCI (calcul de distances).
Fév. 2007 : Améliorations du tuteur XML et consor : DTD, XSD (Schémas) et autres XSLT (transformations). avec une mention spéciale pour SVG. Janv. 2007 : Consolidation de pw, sensibilisation aux pages web et panorama de la "technologie Internet" dont le texte "critiquer" les pages Web.
Jeux d'échecs, hockey sur gazon, badminton
Lecture, Cinéma (notamment "SF" et "Polars")
Cliquez ici pour un tour de cartes ou là pour savoir ce que signifie l'icone
Au Travail : Faculté des Sciences, Boulevard Lavoisier, Batiment H bureau H103
02 41 73 54 64 et Fax 02 41 73 54 54
A la maison : 3 bis chemin du moulin blanc (17630 - La Flotte) 05 46 31 43 36
Par e-mail : gilles.hunault@univ-angers.frContraintes horaires prévues pour ce mois via celcat université.
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Science needs culture and feelings |