LERIA   Dépt. Informatique   Faculté des Sciences   Université d'Angers      dernière mise à jour : 04 janvier 2024

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gilles hunault université d'angers faculté des sciences

        

         gilles en chinois

 

Ancien élève de l'Université d'Angers, Maitre de conférences en 26ème section
(Mathématiques Appliquées et Applications des Mathématiques)
à la retraite depuis le premier septembre 2021.

 

un chien qui court

Je déplore le manque de culture, d'intelligence et de chaleur personnelle dans les rapports humains en particulier pour tous les gens qui ont beaucoup de diplomes et pas beaucoup de coeur.

 

 

ACTIVITES ET TRAVAUX

Janvier 2024 :parution de l'ouvrage

Bioinformatique avec Python et Biopython

aux éditions DUNOD ; les scripts sont ici.

 

balle rouge Á la retraite depuis le 01/09/2021.

balle rouge Enseignement

    image qcq

balle verte   Statistiques, Logiciels Statistiques et Initiation à Sas (sas tutorial)
balle clignotante   Langages de scripts et développement Web (Master)
balle clignotante rouge   DCRA : Décomposition, Conception et Réalisation d'Applications (L3 licence informatique)
balle clignotante   Tuteur et exercices corrigés pour XML (L2)
balle clignotante   Développement Web Avancé : Php et MySQL (Licence, année L2)
balle verte   Développement Web (Licence Pro) avec exercices corrigés
balle rouge   Technologie XML (Master 1) version courte
balle verte   Informatique pour le Web en licence DSCS (Diffusion du Savoir)
balle verte   Fichiers de données réelles pour études statistiques
balle verte   PAGSD : Production Automatisée de Graphiques, Statistiques et Documents
balle clignotante   Pluripass : Bases de données (S3)     XML (S4)
 

Logiciel R, cours en formation initiale et continue à tous niveaux :

Autres cours et documents pédagogiques :

balle verte   Algorithmique, Langages et Styles de Programmation dont  G-ALG 
balle verte   Statistiques, Probabilités & Statistiques et Analyse des Données
balle verte   Remise à niveau en Mathématiques pour la Licence Informatique
balle verte   Tuteurs (dont perl tutorial, xml tutorial, ajax tutorial)
balle verte   Quelques examens des années précédentes
balle verte   Projets de programmation

des cours agréables à regarder, 
j'espère.

 
 
          quelques conseils pour réussir ses études jusqu'à la thèse

balle rouge Recherche fondamentale et appliquée

Chercheur au laboratoire HIFIH, UPRES EA 3859, SFR 4208 (Hémodynamique, Interaction, Fibrose,
Invasivité tumorale Hépatique et Digestive) depuis 2006
.

Chercheur associé au L.E.R.I.A.     Chercheur associé au centre I.N.R.A. d'Angers

     image de chevalier balle clignotante   Diagnostic, aires et scores de Fibrose (CHU) sous la direction de Paul CALÈS.
 
      Modélisation et analyse d'images de biopsies hépatiques comme celle-ci ou comme celle-là.
 
balle rouge  Analyses statistiques en métagénomique microbiotique pour metaSEED dans le cadre des «paris scientifiques régionaux» (2014-2016)
     en collaboration notamment avec M. BARRET.
 
balle rouge  Participation au projet Phénotypage des interactions entre les espèces potagères et les Xanthomonas
     dans le cadre du PNDAR financé par le CASDAR (2013-2016)
     en collaboration notamment avec T. BOURREAU.
 
balle rouge  Découverte de motifs souples et spécifiques d'acides aminés au sein de classes de protéines
     en collaboration avec D. LESAINT et E. JASPARD dans le cadre d'un projet interne de l'université d'Angers (2013-2014).
 
balle verte  Aide à la caractérisation spécifique minimale de pathovars de Xanthomonas par des répertoires d'effecteurs (INRA/LERIA)
     en collaboration avec T. BOURREAU et F. LARDEUX, F. SAUBION... Résultats.
 
balle verte  Aide à la classification des protéines LEA, base de données : LEAPDB
     (LEAP Database, Late Embryogenesis Abundant Protein Database)
     en collaboration avec E. JASPARD ; analyse de protéines sHSP, base de données : SHSPDB.
 
balle verte   Analyse mathématique et médico-économique du dépistage pré-thérapeutique des toxicités
     liées au 5-FU dans le cancer colo-rectal via une modélisation "multi-états",
     en collaboration avec S. TRAORE et E. GAMELIN, M. BOISDRON-CELLE (Centre Paul Papin, INSERM U892, Angers).
 
balle verte  Aide à la prédiction de ponts disulfure par des alphabets multiples, base de données : DBDB
     (Disulfide Bridge DataBase).
 
balle verte   Classification et Identification de bactéries phytopathogènes (INRA/LNPV).
 
balle verte   "Remontée" mathématique à la grammaire pour une suite de mots, une suite de longueurs de mots...
     (Recovering minimal L systems from words and lengths sequences).
 
balle verte  Arbres (topologiques, botaniques...) et langages formels ("systèmes L" [Lindenmayer]")
 
balle verte   pour plus de détails, voir mes  publications et travaux de recherche , consulter  researchGate   

      PubMed  Hunault G[author]      dblp  Hunault:Gilles      Google scholar       okina 
 
balle verte   une liste de sites et moteurs pour la recherche d'articles.
un travail de longue haleine

balle clignotante Implication dans des comités et conseils

    rouages     

- au niveau national : ancien membre (3 mandats) du CNU, section 26 ;

- au niveau local : ancien membre (3 mandats) du CHSCT de l'université d'Angers

balle clignotante Réalisation d'outils logiciels et d'aides en
   Mathématiques/[bio]Informatique/Statistiques

    blues brothers

balle verte  AnalexieS : analyses lexicales simples
balle verte  Cabiq : classification et identification de bactéries
balle verte  PhyNp : Arbres phylogénétiques et problèmes NP-complets

balle clignotante   calcstat : calculs statistiques en ligne
balle clignotante   Scripts cgi et programmes pour le Web dont jphistopct (histogrammes de pourcentages interactifs)

balle clignotante   galg, un analyseur, traducteur et exécuteur d'algorithmes
balle verte   gnumdata, "a program for mastering data files"
balle verte   Tuteurs et petits manuels
balle verte   Programmes de statistiques et Analyse des Données
balle verte   Développement de programmes en Awk, Rexx, Perl, et Maple
balle verte   Développement de scripts et utilitaires multi-plateformes (Windows et Unix)
balle verte   dont listgh, un visualiseur rapide de fichiers (écrit en en Tcl/Tk)
balle verte   Vitrine de démonstration de programmes
balle verte  Quelques sites de référence
quelques (humbles) contributions...

balle rouge Recherche en Intelligence Artificielle au LERIA jusqu'en décembre 1997

balle verte Raisonnement qualitatif et typique
balle verte Négation et Ressemblance
balle verte Logique M-valuée et multi-ensembles
balle verte Théorie symbolique des probabilités
 
   voir les  publications et articles  associés.

 

balle rouge Derniers ajouts marquants

     

balle rouge  Juillet

2023  :   Archive dataEtScriptsBioinformatique.zip de données et de scripts Python et Biopython pour la bioinformatique.
     

balle rouge  Janvier

2021  :   Le calculateur VariScreen est cité dans un article de Nature/Scientific Reports
     

balle rouge  Mai

2020  :   Consolidation de  UDG   générateur universel de données
     

balle rouge  Avril

2020  :   Mise à jour des calculateurs PLER  PLEASE  VARISCREEN
     

balle rouge  Janvier

2020  :   CMI M1 BTV Statistiques  : Modélisation statistique -- la régression (simple, multiple, linéaire, logistique...)
     

balle multicolore  Décembre

2019  :   une   page Web   sur les analyses statistiques et les tests pour la formation M2SIBM.
     

balle multicolore  Novembre

2019  :     LTE   un fil rouge pour le développement Web
     

balle rouge  Juin

2019  :   A short and revised  Warm up session for R software  (Bioinformatics summer school)
     

balle rouge  Mai

2019  :   Projet étudiant     tracés géométriques  
     

balle rouge  Avril

2019  :   Exposé   données médicales     (datapéro)
     

balle rouge  Février

2019  :   CMI M1 BTV Données  : Linux, scripts et visualisation de données
     

balle rouge  Janvier

2019  :   Mathématiques pre CRPE (La Rochelle)
     

balle rouge  Décembre

2018  :   PLER and PLEASE tests calculator for esophageal varices needing treatment
     

balle rouge  Septembre

2018  :   PREDIPATH: first results
     

balle rouge  Juin

2018  :   Intégration Moodle-VPL-G-ALG  :   page Web    fichier PDF.
     

balle rouge Mai

2018  :   une interface Web pour G-ALG
     

balle rouge Mars

2018  :   Tournée annuelle de Vox Campus en Espagne, plannings prévisionnels et récit des journées.
     

balle multicolore Février

2018

 :  

A few words about CLASSIFICATION for the Predipath project.

     

balle multicolore Janvier

2018

 :  

Création d'un  calculateur de scores MACK3  pour le CHU

     

balle multicolore Novembre

2017

 :  

Exposé  choix mathématiques  dans le cadre de la journée Lebesgue

Mathématiques et Sciences du Vivant

     

balle multicolore Juin

2017

 :  

Stim, 6 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM :

E/S, XML, R, statistiques, « recherche reproductible »

     

balle multicolore Mai

2017

 :  

Comparateur de grammaires DTD pour HTML

Analyseur de grammaires DTD

Analyseur des éléments et des attributs d'une page Web

     

balle multicolore Avril

2017  :    UDG  un générateur universel de données (projet étudiant)
     

balle multicolore Février

2017

 :  

Un projet d'innovation pédagogique refusé basé sur G-ALG

lettre d'intention    projet    audition    notification de refus

     

balle multicolore Janvier

2017  :   Parution aux éditions Dunod de mon livre. Sujet : mon péché mignon (devinez le titre !).
     

balle rouge Décembre

2016  :   Participation à la version 2.0 du package DAD pour R.
     

balle rouge Novembre

2016  :   Un mini-cours sur les Bases de données pour Pluripass au semestre 3.
     

balle rouge Avril

2016  :   Tournée annuelle de Vox Campus en Italie, plannings prévisionnels et récit des journées.
     

balle rouge Mars

2016  :   Production d'  affichettes   de présentation pour séminaires.
     

balle rouge Février

2016  :    CMI L2 SVG : trois séances de TP pour découvrir Linux, MySQL, LEAPdb et sHSPdb.
     

balle rouge Janvier

2016  :    R5  : R pour les biostatistiques en 5 minutes (!), exposé pour le laboratoire HIFIH.
     

balle rouge Décembre

2015  :    R15  : R pour la bioinformatique en 15 minutes, exposé pour le GBSA.
     

balle rouge Juillet

2015  :   AI-FRUIT archive de l'exposé, du script et des données pour ACOM et NPLS (Aurand/Hanafi).
     

balle rouge Juin

2015  :   3 petites applications pour l'analyse de la fragmentation du sommeil.
     

balle rouge Avril

2015  :   Tournée annuelle de Vox Campus en Espagne, plannings prévisionnels et récit des journées.
     

balle multicolore Janvier

2015

 :  

Une présentation des actualités statistiques pour le séminaire de recherche clinique du laboratoire HIFIH,

     

balle multicolore Janvier

2015

 :  

Une interface pour le programme MDP de V. Vigneron.

     

balle multicolore Décembre

2014

 :  

Développement du site phenoplant.org.

     

balle multicolore Décembre

2014

 :  

Rapport sur l'axe 4 pour le PSR (pari scientifique régional) nommé metaSEED.

     

balle multicolore Décembre

2014

 :  

Un court exposé sur les modèles latents et le gold standard imparfait.

     

balle multicolore Novembre

2014

 :  

Deux séances de révision sur le langage R

puis 4 séances de perfectionnement statistique avec le logiciel R pour l'INRA.

     

balle multicolore Novembre

2014

 :  

Le format ECIF pour la description de classes exclusives de séquences : ecif.php.

     

balle multicolore Octobre

2014

 :  

Le projet ABDC : Automated Big Data Clustering dans le domaine de la biotique.

     

balle multicolore Juin

2014

 :  

Exposé sur la valorisation d'un script R dans le cadre du séminaire PHENOTIC 2014.

     

balle multicolore Juin

2014

 :  

Calculs de spécificité et sensibilité pour un gold standard imparfait
sachant les paramètres du gold standard et la prévalence de la maladie.

     

balle multicolore Mai

2014

 :  

Consolidation de l'introduction non élémentaire au logiciel R,
(4 séances de 3 heures, environ 50 exercices corrigés) pour une formation à l'école doctorale VENAM.

      balle rouge Avril 2014  :   Journée d'étude Mise en discours des sciences et des technologies
organisée par Sémiologie actuelle avec le concours de la FLASH de l'université de La Rochelle ;
le programme de la journée est ici.
     Conférence (gH) : A moi, comte, deux mots ou : les ngrammes de Google avec n=2.
     

balle rouge Mars

2014  :   Un poster au congrès international sur New Frontiers in Anhydrobiosis.
     

balle rouge Mars

2014  :   Une pseudo-page de fausses contre-vérités auto-contradictoires (!)
     

balle rouge Mars

2014  :   Tournée annuelle de Vox Campus en Autriche et en Hongrie, plannings prévisionnels et récit des journées.
      balle multicolore Janvier  2014  :   5 séances de BioStatistiques pour l'école doctorale Biologie Santé,
niveau 2 (régressions linéaires et logistiques, corrélations...)
     soit une quarantaine d'exercices détaillés et corrigés : EDA Biostat.
     

balle multicolore Novembre

2013

 :  

Une introduction non élémentaire au logiciel R,
dans le cadre d'une formation pour des agents de l'INRA.

     

balle multicolore Septembre

2013

 :  

Un petit tuteur pour les expressions régulières.

     

balle multicolore Août

2013

 :  

Intégration de SELFHTML pour référence XHTML.

      balle multicolore Juin 2013  :   Dépôt du brevet européen Automatic measurement of lesions on medical images,
par et en collaboration avec P. Calès et J. Chaigneau.
      balle multicolore Mai 2013  :   Un formulaire pour réaliser des calculs de propriétés physico-chimiques (GRAVY, pI, FI...)
et des comptages d'acides aminés sur des séquences Fasta.
      balle rouge Avril 2013  :   Tournée annuelle de Vox Campus en Allemagne, plannings prévisionnels et récit des journées.
      balle multicolore Janvier 2013  :   Une page pour expliquer ce qu'est le PHP conceptuel ou FTM (Function Tag Mapping).
      balle multicolore Décembre 2012  :   Un tuteur pour le langage Ruby (version 1.9.1).
      balle multicolore Novembre 2012  :   Un tuteur pour le langage Python (version 3.1).
      balle multicolore Octobre 2012  :   Une interface pour le solveur mcps de charactérisation multiple spécifique minimal développé par F. Chhel
     en collaboration avec T. Bourreau, F. Lardeux et F. Saubion (voir aussi des exemples de résultats).
      balle multicolore Juillet 2012  :   Dépôt du brevet français «procédé de dépistage de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli»,
     publication 2970480, en collaboration avec T. Boureau, F. Chhel & al.
      balle multicolore Juillet 2012  :   Dépôt du brevet européen Method for providing reliable non invasive diagnostic tests,
     par et en collaboration avec P. Calès et J. Boursier.
      balle multicolore Juin 2012  :   Mise à disposition d'une base de données pour des protéines sHSP (small Heat Shock Proteins) : SHSPDB,
     en collaboration avec E. Jaspard.
      balle multicolore Mai 2012  :   MOCAR, une interface pour détecter des motifs communs et/ou spécifiques d'acides aminés dans des groupes de séquences Fasta.
     à partir d'un programme C écrit par P. Gallinier (Ecole Polytechnique de Montréal).
      balle multicolore Avril 2012  :   Journée d'étude Mise en discours des sciences et des technologies
     organisée par Sémiologie actuelle et Les Petits Débrouillards avec le concours de la FLASH de l'université de La Rochelle ;
     le programme des journées est à télécharger sur le site de Laurence BRUNET.
     Conférence (gH) : Faut-il se fier aux modèles de réchauffement climatiques ?
      balle multicolore Avril 2012  :   Cours/conférence pour lycéens et lycéennes :
     Comment les statistiques aident les médecins à guérir les malades.
      balle rouge Février 2012  :   Tournée annuelle de Vox Campus en Angleterre, plannings prévisionnels et récit des journées.
      balle multicolore Janvier 2012  :   RMFE, cours d'introduction au logiciel R en L3 Mathématiques Finance Economie.
      balle multicolore Novembre 2011  :   Contribution technique et écriture de la préface à la traduction de R in a nutshell de J. Adler,
     qui vient de paraitre sous le titre R l'essentiel aux éditions Pearson.
      balle multicolore Juin 2011  :   Stim, 4 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : XML et bioinformatique
      balle multicolore Juin 2011  :   Réunion du GREBA : taille de fenêtre d'analyse et bioikseml
      balle multicolore Juin 2011  :   Journée d'hommage à Anne-Marie Houdebine (à La Rochelle) : programme de la journée (PDF).
                  Les communications sont disponibles sur le site de Laurence BRUNET.
      balle multicolore Mars 2011  :   Développement Web en L2 (licence de Sciences, deuxième année) :
     des cours, des td corrigés et des tp également. On y parle de XHTML et de Javascript principalement et un peu de XML.
      balle multicolore Juin 2010  :   Stim, 6 h d'exposé pour l'Ecole doctorale STIM : entrées, sorties, XML et statistiques
      balle multicolore Mai 2010  :   Une fonction générique pour diaporamas de sites Web : démonstrations
      balle multicolore Février 2010  :   Une interface pour les fonctions de statgh.r et une interface pour les fonctions de std.php.
      redball Décembre 2009  :   Un tuteur AJAX (AJAX tutorial) : traitement asynchrone de XML en Javascript.
      redball Septembre 2009  :   Contribution technique à l'ouvrage Manuel de prise en main de XML aux éditions Pearson, collection Le Programmeur ;
     vous pouvez en consulter la table des matières.
      redball Août 2009  :   vdt : Vitesse De Transmission et tep : Taille en Pouces, deux formulaires bien utiles !
      redball Juin 2009  :   La théorie des fractales et la recherche angevine : organisation du deuxième séminaire par votre serviteur.
      redball Juin 2009  :   ASPW, Analyse syntaxique de pages web (projet informatique) :    sujet    réalisation
      balle multicolore Mai  2009  :   Traduction de l'ouvrage Biostatistique pour les sciences de la vie et de la santé de Marc TRIOLA et Mario TRIOLA
     pour les éditions Pearson France :    version française    version anglaise.
      balle multicolore Avril  2009  :   6 séances de BioStatistiques pour l'école doctorale Biologie Santé,
     soit une cinquantaine d'exercices détaillés et corrigés : EDA Biostat.
      balle multicolore Avril  2009  :   Essais de définitions d'un indice de fiabilité (dispersion relative invariante par translation),
     le mieux est sans doute de diviser l'écart-type des données par l'écart-type maximal sous-jacent : indvarif.
      balle verte Mai  2008  :   Calculs de CCD (Coefficients de Capacité Diagnostique) : exemples en ligne.
      balle verte Mars  2008  :   Quantiles et Boites à Moustaches, projet de programmation "LicPro" : sujet (gH), réalisation (étudiants).
      balle verte Novembre  2007  :   Un "pot-pourri" d'expressions pour le logiciel R et pour Sas.
      balle multicolore Octobre 2007  :   Une page Web sur les tests d'hypothèses statistiques
     avec une liste des tests disponibles dans le logiciel R.
      balle multicolore Octobre 2007  :   OSEP : implémentation d'Objets Statistiques En Php
      balle verte Septembre  2007  :   Tracé de courbe ROC et autres courbes pour tests diagnostiques,
     calcul d'AUROC et de seuils ("cutoffs") de maximisation.
      balle verte Mai 2007  :   Partie Statistiques du cours d'initiation à la Bioinformatique (L3).
      redball Avril 2007  :   mcg = Surveillance de mots-clé via Google
      redball Janvier 2007  :   GREADIS = Groupe de Recherche et d'Etude en Analyse du Discours en Ingénierie et en Science.
      balle multicolore Mai 2006  :   Richmedia et smil, les cours des autres en vidéo sur le Web.
      balle multicolore Avril 2006  :   Analyse générale et fine de la DBDB
         - analyse des 6 jeux d'essais de la DBDB
    - "quizz" sur les acides aminés (projet étudiant).

balle rouge Dernières mises à jour et compléments

     

balle verte Nov.

2014

 :  

Hilapr = [petite] Histoire des langages de Programmation (avec humour).

     

balle bleue Juillet

2014

 :  

Ajout d'une interface pour multalin dans LEAPdb et sHSPdb avec la participation de Josuah DEMANGEON.

     

balle verte Juin

2014

 :  

Mise à jour de la page principale du GA&P (Groupe Analyses et Procédés)

      balle bleue Décembre 2013  :   Programmation R approfondie, formation pour l'institut Pasteur, avec exercices corrigés.
     Au programme : éviter les programmes naïfs, debuger, optimiser, objets, packages...
      balle verte Sept. 2013  :   Remise à niveau pour le cours de développement Web en Licence Professionnelle.
      balle verte Juillet  2012  :   Calculs de tailles d'échantillon pour estimer une proportion, une moyenne, un coefficient de corrélation classique ou intraclasse : taillechant.
      balle verte Juillet  2012  :   Calculs d'intervalles de confiance pour une proportion, une moyenne, un écart-type avec rappel des formules programmées : estimation.
      balle verte Janv. 2011  :   Reprise du tuteur PERL.
      redball Nov. 2010  :   Sac = Stockage, Archivage et Compression (cours M2 Mia puis M2 Cdsii).
      balle verte Mars  2010  :   Partie Statistiques du cours de BioInformatique, Master BTV : bism.
      balle verte Juin 2009  :   Nouvelles fonctionnalités pour LEAPDB, notre base de données des protéines LEA.
      balle verte Mai 2009  :   Consolidation de statgh.r, statistiques descriptives à la française avec le logiciel R.
      redball Avril 2009  :   Reprise du tuteur MYSQL avec des exercices corrigés progressifs sur 2, 3 et 4 tables
                dans une même base de données.
      redball Sept. 2008  :   Reprise du tuteur JavaScript avec des exemples de gestion dynamique d'une page Web via DOM
                (Modèle de l'Objet Document).
      redball Févr. 2008  :   Repères statistiques pour doctorants : polycopié de cours et références Web.
      balle verte Nov. 2007  :   CalcDist, projet de programmation M2CCI (calcul de distances).
      balle verte Fév. 2007  :   Améliorations du tuteur XML et consor : DTD, XSD (Schémas) et autres XSLT (transformations).
        avec une mention spéciale pour SVG.
      balle verte Janv. 2007  :   Consolidation de pw, sensibilisation aux pages web et panorama de la "technologie Internet"
        dont le texte "critiquer" les pages Web.

 

image d'arc en ciel

 

balle bleue   Loisirs

balle verte Jeux d'échecs, hockey sur gazon, badminton
balle verte Lecture, Cinéma (notamment "SF" et "Polars")

Cliquez ici pour un tour de cartes ou pour savoir ce que signifie l'icone       non valide

balle bleue  Pour me contacter

Au Travail : Faculté des Sciences, Boulevard Lavoisier, Batiment H bureau H103
image de téléphone 02 41 73 54 64 et Fax 02 41 73 54 54

A la maison : 3 bis chemin du moulin blanc (17630 - La Flotte) image de téléphone 05 46 31 43 36
Par e-mail : gilles.hunault@univ-angers.fr

Contraintes horaires prévues pour ce mois via celcat université.

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Science needs culture and feelings