Projets de programmation en Master 1 Informatique      Année 2018-2019  K-mers et génomes bactériens (stage INRA rémunéré) - analyse du programme SIMKA. - analyse du mode et temps de calculs de matrices d'écarts et du stockage des résultats. - développement de scripts de calcul, mise à jour et extraction.     Il faut cliquer sur une année pour voir le sujet correspondant.    Année 2016-2017 projet 1  Développement d'une interface de recherche et visualisation pour des données en chimie moléculaire et quantique - création d'une base de données pour recenser des analyses de molécules en chimie quantique. - mise en place d'une interface intuitive de recherche multi-critères dans cette base données. - choix de visualisations optimisées (pov ?, jpg ?, viewmol ?, jsmol ?) pour consulter les analyses.    Année 2016-2017 projet 2  Développement d'un pipeline de mesure de distances phylogénétiques à partir de génomes complets -- Stage de bioinformatique à l'INRA d'Angers -- Le pipeline, à écrire en PERL, doit permettre de : - calculer des ANI (Average Nucleotide Identity) entre génomes bactériens. Voir l'article PMC4256179 pour plus de détails. - calculer des pourcentage de Kmers partagés. Voir le wiki anglais sur la notion de k-mer. - fournir des représentations graphiques en arbres et nuages de points via le logiciel R. En fin de stage, ce pipeline sera intégré à une plate-forme Galaxy.    Année 2016-2017 projet 3  Caractérisations de groupes de génomes bactériens ou fongiques via des palindromes communs Ecriture d'un ensemble de fonctions php ET perl pour : - calculer le PGPCS (plus grand palindrome non constant commun spécifique) d'un groupe de génomes. - déterminer les PGPCS pour les rangs taxonomiques de génomes bactériens, fongiques et humains.    Année 2016-2017 projet 4  Analyseur syntaxique et nouvelles cibles de traduction pour GALG Ecriture d'un analyseur syntaxique multi-passes pour détecter les erreurs de syntaxe et expliciter l'erreur. Ajout des langages Python, Ruby, Php, Javascript dans le traducteur d'algorithmes.    Année 2015-2016 projet 1 Palindromes communs à des groupes de génomes bactériens Ecriture d'un ensemble de fonctions php (ou perl) pour calculer : - le plus grand palindrome non constant d'une chaine de caractères, - le plus grand palindrome non constant commun à un ensemble de chaines de caractères.  Année 2015-2016 projet 2 Production de seqlogos généralisés Ecriture d'une page Web pour tracer des seqlogos généraux : - pour une chaine de caractères quelconque, - pour plusieurs chaines avec un affichage permettant la comparaison.  Année 2014-2015  Plus-grandes sous-séquences de caractères qui... Ecriture d'un ensemble de fonctions php (puis perl) pour calculer - la plus grande sous-chaine constante, - la plus grande sous-séquence constante avec un caractère donné, - la plus grande sous-séquence commune répétée...  Année 2013-2014  Amélioration des bases de données LEAPdb et sHSPdb : - ajout du module MULTALIN (alignement multiple de séquences) ; - import des coordonnées 3D via la RSCS PDB (protéines data bank) ; - ajout de fonctions pour calculer des distances entre acides aminés dans une protéine... Cliquer sur le bouton de l'année pour le détail du projet.

 

 

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