Projet de programmation en Master 1 Informatique (année 2016/2017)   Développement d'un pipeline de mesure de distances phylogénétiques à partir de génomes complets   Présentation du projet Il s'agit d'un projet proposé par l'INRA d'Angers, équipe EmerSys. Le texte de la proposition de stage est dans le fichier sujet_ANI_KMERpar.doc. Le pipeline, à écrire de préférence en PERL, doit permettre de : - calculer des ANI (Average Nucleotide Identity) entre génomes bactériens. Voir l'article PMC4256179 pour plus de détails. - calculer des pourcentage de Kmers partagés. Voir le wiki anglais sur la notion de k-mer. - fournir des représentations graphiques en arbres et nuages de points via le logiciel R. En fin de stage, ce pipeline sera intégré à une plate-forme Galaxy. Code-source de la page.

 

 

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