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Projet de programmation en Master 1 Informatique

(année 2016/2017)

 

Développement d'un pipeline de mesure de distances phylogénétiques à partir de génomes complets

 

Présentation du projet

Il s'agit d'un projet proposé par l'INRA d'Angers, équipe EmerSys.

Le texte de la proposition de stage est dans le fichier sujet_ANI_KMERpar.doc.

Le pipeline, à écrire de préférence en PERL, doit permettre de :

- calculer des ANI (Average Nucleotide Identity) entre génomes bactériens. Voir l'article PMC4256179 pour plus de détails.

- calculer des pourcentage de Kmers partagés. Voir le wiki anglais sur la notion de k-mer.

- fournir des représentations graphiques en arbres et nuages de points via le logiciel R.

En fin de stage, ce pipeline sera intégré à une plate-forme Galaxy.

Code-source de la page.

 

 

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