Code-source php


        <?php
        
           #  test des paramètres
        
           if (!isset($argv[1])) {
                print " syntaxe : php codons2aa.php nom_de_fichier \n" ;
                exit(-1) ;
           }  ; # fin de test sur les arguments
        
           $fichier = $argv[1] ; # récupération du nom du fichier
        
           # essai d'ouverture du fichier d'entrée
        
           $FIC = fopen("$fichier","r") or die("\n impossible d'ouvrir le fichier nommé $fichier \n\n") ;
        
           # préparation du fichier de sortie
           # on utilise le texte avant le dernier point, soit :
        
           $sortie = substr($fichier,0,strpos($fichier,".")).".aa" ;
        
           $FS = fopen("$sortie","w") or  die("\n impossible d'écrire dans le fichier nommé $sortie \n\n") ;
        
           # table de correspondance entre codon et acide aminé
           # on rajoute ___ vers _ pour gap
        
           $dcod= array(
        
               "aaa"=>"K",
               "aac"=>"N",
               "aag"=>"K",
               "aat"=>"N",
               "aca"=>"T",
               "acc"=>"T",
               "acg"=>"T",
               "act"=>"T",
               "aga"=>"R",
               "agc"=>"S",
               "agg"=>"R",
               "agt"=>"S",
               "ata"=>"I",
               "atc"=>"I",
               "atg"=>"M",
               "att"=>"I",
               "caa"=>"Q",
               "cac"=>"H",
               "cag"=>"Q",
               "cat"=>"H",
               "cca"=>"P",
               "ccc"=>"P",
               "ccg"=>"P",
               "cct"=>"P",
               "cga"=>"R",
               "cgc"=>"R",
               "cgg"=>"R",
               "cgt"=>"R",
               "cta"=>"L",
               "ctc"=>"L",
               "ctg"=>"L",
               "ctt"=>"L",
               "gaa"=>"E",
               "gac"=>"D",
               "gag"=>"E",
               "gat"=>"D",
               "gca"=>"A",
               "gcc"=>"A",
               "gcg"=>"A",
               "gct"=>"A",
               "gga"=>"G",
               "ggc"=>"G",
               "ggg"=>"G",
               "ggt"=>"G",
               "gta"=>"V",
               "gtc"=>"V",
               "gtg"=>"V",
               "gtt"=>"V",
               "taa"=>"*",
               "tac"=>"Y",
               "tag"=>"*",
               "tat"=>"Y",
               "tca"=>"S",
               "tcc"=>"S",
               "tcg"=>"S",
               "tct"=>"S",
               "tga"=>"*",
               "tgc"=>"C",
               "tgg"=>"W",
               "tgt"=>"C",
               "tta"=>"L",
               "ttc"=>"F",
               "ttg"=>"L",
               "ttt"=>"F",
               "___"=>"_"
        
           ) ; # fin de tableau de décodage
        
           # parcours du fichier avec conversion par paquets de 3
        
           $nbl = 0 ;
           while (!feof($FIC)) {
             $nbl++;
             $lig = fgets($FIC,4096) ;
             if (strlen($lig)>0) {
                $lng  = strlen($lig)/3 ;
                $nlig = "" ;
                for ($idc=0;$idc<$lng;$idc++) {
                    $nlig .= $dcod[substr($lig,3*$idc,3)] ;
                } ; # fin de pour idc
                if ($nbl<=3) {
                   if ($nbl==1) { print "\n pour vérification, affichage des 3 premières lignes (ou moins) :\n\n" ; } ;
                   print " Ligne $nbl \n" ;
                   print "       codons         : $lig\n" ;
                   print "       acides aminés : $nlig\n" ;
                } ; # fin de si on est dans les trois premières lignes
             } ; # fin de si ligne non vide
             fputs($FS,"$nlig\n") ;
           } ; # fin de tant que
        
           # fermeture des fichiers et message de fin
        
           fclose($FIC) ;
           fclose($FS) ;
        
           print "\n vous pouvez utiliser $sortie \n\n"
        
        ?>
Si vous préférez, vous pouvez utiliser celle de geshi ou même celle construite autour de la fonction highlight_file.
Listing du fichier codons2aa.php avec syntaxhighlighter
