Code-source


00001     <?php     

00002          

00003        #  test des paramètres     

00004          

00005        if (!isset($argv[1])) {     

00006             print " syntaxe : php codons2aa.php nom_de_fichier \n" ;     

00007             exit(-1) ;     

00008        }  ; # fin de test sur les arguments     

00009          

00010        $fichier = $argv[1] ; # récupération du nom du fichier     

00011          

00012        # essai d'ouverture du fichier d'entrée     

00013          

00014        $FIC = fopen("$fichier","r") or die("\n impossible d'ouvrir le fichier nommé $fichier \n\n") ;     

00015          

00016        # préparation du fichier de sortie     

00017        # on utilise le texte avant le dernier point, soit :     

00018          

00019        $sortie = substr($fichier,0,strpos($fichier,".")).".aa" ;     

00020          

00021        $FS = fopen("$sortie","w") or  die("\n impossible d'écrire dans le fichier nommé $sortie \n\n") ;     

00022          

00023        # table de correspondance entre codon et acide aminé     

00024        # on rajoute ___ vers _ pour gap     

00025          

00026        $dcod= array(     

00027          

00028            "aaa"=>"K",     

00029            "aac"=>"N",     

00030            "aag"=>"K",     

00031            "aat"=>"N",     

00032            "aca"=>"T",     

00033            "acc"=>"T",     

00034            "acg"=>"T",     

00035            "act"=>"T",     

00036            "aga"=>"R",     

00037            "agc"=>"S",     

00038            "agg"=>"R",     

00039            "agt"=>"S",     

00040            "ata"=>"I",     

00041            "atc"=>"I",     

00042            "atg"=>"M",     

00043            "att"=>"I",     

00044            "caa"=>"Q",     

00045            "cac"=>"H",     

00046            "cag"=>"Q",     

00047            "cat"=>"H",     

00048            "cca"=>"P",     

00049            "ccc"=>"P",     

00050            "ccg"=>"P",     

00051            "cct"=>"P",     

00052            "cga"=>"R",     

00053            "cgc"=>"R",     

00054            "cgg"=>"R",     

00055            "cgt"=>"R",     

00056            "cta"=>"L",     

00057            "ctc"=>"L",     

00058            "ctg"=>"L",     

00059            "ctt"=>"L",     

00060            "gaa"=>"E",     

00061            "gac"=>"D",     

00062            "gag"=>"E",     

00063            "gat"=>"D",     

00064            "gca"=>"A",     

00065            "gcc"=>"A",     

00066            "gcg"=>"A",     

00067            "gct"=>"A",     

00068            "gga"=>"G",     

00069            "ggc"=>"G",     

00070            "ggg"=>"G",     

00071            "ggt"=>"G",     

00072            "gta"=>"V",     

00073            "gtc"=>"V",     

00074            "gtg"=>"V",     

00075            "gtt"=>"V",     

00076            "taa"=>"*",     

00077            "tac"=>"Y",     

00078            "tag"=>"*",     

00079            "tat"=>"Y",     

00080            "tca"=>"S",     

00081            "tcc"=>"S",     

00082            "tcg"=>"S",     

00083            "tct"=>"S",     

00084            "tga"=>"*",     

00085            "tgc"=>"C",     

00086            "tgg"=>"W",     

00087            "tgt"=>"C",     

00088            "tta"=>"L",     

00089            "ttc"=>"F",     

00090            "ttg"=>"L",     

00091            "ttt"=>"F",     

00092            "___"=>"_"     

00093          

00094        ) ; # fin de tableau de décodage     

00095          

00096        # parcours du fichier avec conversion par paquets de 3     

00097          

00098        $nbl = 0 ;     

00099        while (!feof($FIC)) {     

00100          $nbl++;     

00101          $lig = fgets($FIC,4096) ;     

00102          if (strlen($lig)>0) {     

00103             $lng  = strlen($lig)/3 ;     

00104             $nlig = "" ;     

00105             for ($idc=0;$idc<$lng;$idc++) {     

00106                 $nlig .= $dcod[substr($lig,3*$idc,3)] ;     

00107             } ; # fin de pour idc     

00108             if ($nbl<=3) {     

00109                if ($nbl==1) { print "\n pour vérification, affichage des 3 premières lignes (ou moins) :\n\n" ; } ;     

00110                print " Ligne $nbl \n" ;     

00111                print "       codons         : $lig\n" ;     

00112                print "       acides aminés : $nlig\n" ;     

00113             } ; # fin de si on est dans les trois premières lignes     

00114          } ; # fin de si ligne non vide     

00115          fputs($FS,"$nlig\n") ;     

00116        } ; # fin de tant que     

00117          

00118        # fermeture des fichiers et message de fin     

00119          

00120        fclose($FIC) ;     

00121        fclose($FS) ;     

00122          

00123        print "\n vous pouvez utiliser $sortie \n\n"     

00124          

00125     ?>
Listing du fichier codons2aa.php
