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MDP: Motif Discovery Problem

en français : le problème de la Découverte de Motifs

Le programme MDP permet de rechercher des  c-blocs  communs (sous-chaines, sous-suites, pures ou dégénérées...) d'acides aminés au sein de classes de séquences FASTA et plus généralement des c-blocs dans des fichiers au format  ECIF . Voux pouvez utiliser le formulaire ci-dessous pour le tester. L'aide sur les options est  là .

Copiez/coller vos séquences fasta ou utilisez les boutons exemples

Options minslack                maxslack    


 exemple 1

 exemple 2

 exemple 3

 exemple 4

                      effacer 

Le programme MDP a été écrit par V. Vigneron dans le cadre de sa thèse en informatique au LERIA.

L'exemple 3 correspond aux 1371 séquences Fasta extraites en novembre 2014 de la LEAPDB soit les classes numéros 1 à 13.

Résultats de l'analyse :  ici  (avec les paramètres par défaut).

L'exemple 4 correspond aux 3765 séquences Fasta extraites en janvier 2015 de la sHSPDB soit les classes numéros 1 à 25.

Résultats de l'analyse :  ici  (avec les paramètres par défaut).

Autres résultats disponibles


  3pools   pool 1 hydrophylin-like LEA ; pool 2 control LEAP ; pool 3 hydrophylins.

   4sets    set 1 hydrophylines ; set 2 LEAP classe 2 ; set 3 LEAP classe 8 ; set 4 protéines avec WHy domaine.

   idpfs    idp : intrinsically disordered proteins ; fs : fully structured.

 calmodulins  plus une classe "factice" afin de pouvoir lancer le programme.

 

 

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