MDP: Motif Discovery Problem en français : le problème de la Découverte de Motifs Le programme MDP permet de rechercher des  c-blocs  communs (sous-chaines, sous-suites, pures ou dégénérées...) d'acides aminés au sein de classes de séquences FASTA et plus généralement des c-blocs dans des fichiers au format  ECIF . Voux pouvez utiliser le formulaire ci-dessous pour le tester. L'aide sur les options est  là . Copiez/coller vos séquences fasta ou utilisez les boutons exemples Options minslack     0 1 2 3 4 5 6            maxslack 3 5 10 15      exemple 1  exemple 2  exemple 3  exemple 4                       effacer  Le programme MDP a été écrit par V. Vigneron dans le cadre de sa thèse en informatique au LERIA. L'exemple 3 correspond aux 1371 séquences Fasta extraites en novembre 2014 de la LEAPDB soit les classes numéros 1 à 13. Résultats de l'analyse :  ici  (avec les paramètres par défaut). L'exemple 4 correspond aux 3765 séquences Fasta extraites en janvier 2015 de la sHSPDB soit les classes numéros 1 à 25. Résultats de l'analyse :  ici  (avec les paramètres par défaut). Autres résultats disponibles   3pools   pool 1 hydrophylin-like LEA ; pool 2 control LEAP ; pool 3 hydrophylins.    4sets    set 1 hydrophylines ; set 2 LEAP classe 2 ; set 3 LEAP classe 8 ; set 4 protéines avec WHy domaine.    idpfs    idp : intrinsically disordered proteins ; fs : fully structured.  calmodulins  plus une classe "factice" afin de pouvoir lancer le programme.

 

 

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