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Cours CMI / M1 Données - séance 1

 

Résumé de la séance 1

On y révise ce qu'est le système d'exploitation Linux avec ses principales commandes, dont ls, cat, head, tail, find, wc, grep, mkdir, gzip, gunzip, rm. Les scripts Bash, Perl et Python sont présentés de façon succinte.

 

1. Le système Linux

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Linux est un système d'exploitation comme Windows ou Mac OS. Son but est de gérer l'ensemble des ressources matérielles (écran, clavier, mémoire, disque dur...) et logicielles (traitements de textes, tableurs, navigateurs, explorateurs de fichiers, jeux...).

Ce qui caractérise Linux est sa gratuité, la disponibilité de ses sources et son très grand nombre de développeurs et d'utilisateurs. De plus c'est un système complet prévu pour plusieurs utilisateurs et capable d'être serveur de nombreuses applications à distance (serveur Web, connexion utilisateurs, messagerie, serveur de fichiers distants...).

Si historiquement Linux s'utilisait en ligne de commandes via une console, Linux dispose aujourd'hui d'interfaces logicielles et de menus tout à fait comparables à ceux disponibles sur les ordinateurs Windows et Mac Intosh. Les menus et interfaces sont incomparables lorsqu'il s'agit de découvrir les possibilités d'un logiciel mais ils ont deux gros défauts : ils s'utilisent via le clavier et la souris (ce qui les rend difficilement automatisables) et ils sont visuels (ce qui fait qu'en général ils ne produisent aucun fichier de résultat pour conserver une trace de ce qui a été fait). De plus ils ne permettent pas toujours simplement de résoudre des problèmes simples, comme par exemple trouver les cinq derniers fichiers .txt écrits dans un répertoire donné. C'est pourquoi il est d'usage d'apprendre à utiliser la ligne de commandes sous Linux, réalisant ainsi une espèce de tchat avec le système d'exploitation.

Pour mémoire, si vous y êtes autorisé(e), la connexion au serveur forge se fait en local à la faculté des sciences d'Angers par 


     ssh -YC VOTRE_LOGIN_ICI@forge.info-ua

Par contre, à l'extérieur du département informatique, la connexion au serveur forge doit se faire avec la commande 


     ssh -YC VOTRE_LOGIN_ICI@forge.info.univ-angers.fr

Si vous utilisez Windows, vous pouvez vous connecter au serveur forge à l'aide du logiciel putty qui est gratuit et téléchargeable à l'adresse officielle latest putty ou sur le site français putty 01.net.

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Héritier des systèmes Unix les commandes de Linux peuvent être simples, comme cp pour copier des fichiers, ou excessivement techniques lorsqu'on les enchaine, comme par exemple la commande 


      ls -al | sort -n -r -k 5 -k 9 | head -n 20

Il est donc conseillé de commencer en douceur avec les principales commandes Unix dont les 20 commandes usuelles listées ici avant d'essayer de maitriser les commandes de base pour ensuite connaitre les 101 commandes indispensables sous Linux.

Il restera enfin à pratiquer, pratiquer et pratiquer encore afin de devenir à l'aise avec toutes les subtilités des commandes Unix, de leur automatisation en shell, sachant que maitriser les commandes et comprendre le système de fichiers et les manipulations fichiers demande du temps.

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Enfin, pour les plus courageuses et les plus courageux, on pourra tenter de choisir et installer un Linux sur son ordinateur, après avoir vérifié qu'on en maitrise bien les commandes fondamentales.

En particulier ce qu'on nomme la redirection des sorties permet de sauvegarder dans un fichier le texte produit par une commande et la redirection des entrées permet de lire dans un fichier ce qu'on devrait en principe taper au clavier, ce qui permet d'automatiser et de reproduire des traitements. Pour découvrir ce sujet, on pourra lire dans cet ordre les pages redir 1 et redir 2. Pour le maitriser, on viendra lire la page flux puis la page redirections.

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2. Pratique des commandes Linux

Nous allons nous focaliser dans un premier temps sur les commandes : ls, cat, head, tail, find, wc, grep, mkdir, zip, unzip, rm.

Pour obtenir de l'aide sur l'une de ces commandes, il y a deux méthodes, à écrire dans le terminal. La première est man COMMANDE comme par exemple man ls ou man ls. La seconde est COMMANDE  --help comme par exemple ls --help ou ls --help. Comme le montre le fichier ci-dessous, qui correspond au résultat de la commande ls --help, l'aide est parfois longue, avec des subtilités incompréhensibles pour un(e) débutant(e) : 


     Utilisation : ls [OPTION]... [FICHIER]...
     Afficher des renseignements sur les FICHIERs (du répertoire actuel par défaut).
     Trier les entrées alphabétiquement si aucune des options -cftuvSUX ou --sort
     ne sont utilisées.
     
     Les arguments obligatoires pour les options longues le sont aussi pour les
     options courtes.
       -a, --all                  ne pas ignorer les entrées débutant par .
       -A, --almost-all           ne pas inclure . ou .. dans la liste
           --author               avec -l, afficher l'auteur de chaque fichier
       -b, --escape               afficher les caractères non graphiques avec des
                                    protections selon le style C
           --block-size=TAILLE    convertir les tailles en TAILLE avant de les
                                    afficher. Par exemple, « --block-size=M » affiche
                                    les tailles en unités de 1 048 576 octets ;
                                    consultez le format de TAILLE ci-dessous
       -B, --ignore-backups       ne pas inclure les entrées se terminant par ~ dans
                                    la liste
       -c                         avec -lt : afficher et trier selon ctime (date de
                                    dernière modification provenant des informations
                                    d'état du fichier) ;
                                    avec -l : afficher ctime et trier selon le nom ;
                                    autrement : trier selon ctime
       -C                         afficher les noms en colonnes
           --color[=QUAND]        colorer la sortie ; QUAND peut être « always »
                                    (toujours, valeur par défaut si omis), « auto »
                                    (automatique) ou « never » (jamais) ; voir
                                    ci-dessous pour plus d'informations
       -d, --directory            afficher les noms de répertoires, pas leur contenu
       -D, --dired                générer une sortie pour le mode « dired » d'Emacs
       -f                         ne pas trier, activer -aU, désactiver -ls --color
       -F, --classify             ajouter un indicateur (parmi */=>@|) aux entrées
           --file-type            identique mais sans ajout de « * »
           --format=MOT           « across » -x (croisé), « commas » -m (avec
                                    virgules), « horizontal » -x (horizontal),
                                    « long » -l (long), « single-column » -1 (une
                                    seule colonne), « verbose » -l (bavard),
                                    « vertical » -C (vertical)
           --full-time            identique à -l --time-style=full-iso
       -g                         identique à -l mais sans afficher le propriétaire
           --group-directories-first
                                  regrouper les répertoires avant les fichiers ; peut
                                    être augmenté avec une option --sort, mais
                                    l'utilisation de --sort=none (-U) inhibe le
                                    regroupement
       -G, --no-group             dans une longue liste, ne pas afficher les noms de
                                    groupes
       -h, --human-readable       avec -l ou -s, afficher des tailles lisibles
                                    (par exemple 1K, 234M ou 2G)
           --si                   similaire, mais utiliser une puissance de 1 000 au
                                    lieu de 1 024
       -H, --dereference-command-line
                                  suivre les liens symboliques en ligne de commande
           --dereference-command-line-symlink-to-dir
                                  suivre tous les liens symboliques en ligne de
                                    commande qui pointent vers un répertoire
           --hide=MOTIF           ne pas afficher les entrées implicites
                                    correspondant au MOTIF de l'interpréteur
                                    (désactivé par -a ou -A)
           --hyperlink[=WHEN]     hyperlink file names; WHEN can be 'always'
                                    (default if omitted), 'auto', or 'never'
           --indicator-style=MOT  ajouter un indicateur de type à chaque entrée, en
                                    respectant le style indiqué par MOT : « none »
                                    (aucun suffixe, par défaut), « slash » (barre
                                    oblique, comme l'option -p), « file-type » (type
                                    de fichier, comme --file-type) ou « classify »
                                    (secret, comme l'option -F)
       -i, --inode                afficher le numéro d'index de chaque fichier
       -I, --ignore=MOTIF         ne pas afficher les entrées implicites
                                    correspondant au MOTIF de l'interpréteur
       -k, --kibibytes            blocs de 1024 octets par défaut pour l'occupation
                                    d'espace disque
       -l                         utiliser le format long d'affichage
       -L, --dereference          afficher les renseignements sur les fichiers
                                    référencés par les liens symboliques plutôt
                                    que sur les liens symboliques eux-mêmes
       -m                         remplir la largeur avec une liste d'entrées
                                    séparées par des virgules
       -n, --numeric-uid-gid      identique à -l, mais afficher les valeurs
                                    numériques des UID et GID
       -N, --literal              afficher les noms sans guillemets
       -o                         identique à -l mais sans afficher les informations
                                    de groupe
       -p, --indicator-style=slash
                                  ajouter l'indicateur « / » aux répertoires
       -q, --hide-control-chars   afficher « ? » au lieu de caractères non graphiques
           --show-control-chars   afficher les caractères non graphiques tels quels
                                    (par défaut sauf si le programme est « ls » et
                                    que la sortie s'effectue sur un terminal)
       -Q, --quote-name           encapsuler chaque nom d'entrée entre guillemets
           --quoting-style=MOT    utiliser le style d'encapsultation défini par MOT :
                                    literal, shell, shell-always, shell-always,
                                    shell-escape, shell-escape-always, c, escape
       -r, --reverse              inverser l'ordre de tri
       -R, --recursive            afficher récursivement les sous-répertoires
       -s, --size                 afficher la taille d'allocation de chaque fichier,
                                    en bloc
       -S                         trier selon la taille des fichiers, les plus
                                    grands au début
           --sort=MOT             trier selon MOT au lieu du nom : « none » (aucun,
                                    -U), « size » (taille, -S), « time » (heure, -t),
                                    « version » (version, -v) ou « extension »
                                    (extension, -X)
           --time=MOT             avec -l, afficher la date selon MOT au lieu de la
                                    date de modification par défaut : « atime »,
                                    « access » ou « use » (-u), « ctime » ou
                                    « status » (-c) ; utiliser aussi la date indiquée
                                    comme clef de tri si --sort=time (le plus
                                    récent d'abord)
           --time-style=STYLE     avec -l, afficher les dates selon STYLE :
                                    « full-iso », « long-iso », « iso »,
                                    « locale » ou « +FORMAT » ;
                                    FORMAT est interprété comme dans « date » ; si
                                    FORMAT est FORMAT1<saut de ligne>FORMAT2,
                                    alors FORMAT1 s'applique aux fichiers non récents
                                    et FORMAT2 aux fichiers récents ; si STYLE est
                                    préfixé par « posix- », STYLE ne prend effet
                                    qu'en dehors des paramètres régionaux POSIX
       -t                         trier selon la date de modification, récent d'abord
       -T, --tabsize=COLS         utiliser des tabulations à chaque COLS au lieu de 8
       -u                         avec -lt, afficher et trier selon la date d'accès ;
                                    avec -l, afficher la date d'accès et trier par
                                    nom ; sinon trier selon la date d'accès, le
                                    plus récent d'abord
       -U                         ne pas trier, afficher les entrées dans l'ordre du
                                    répertoire
       -v                         tri naturel des numéros (de versions) dans le texte
       -w, --width=COLS           définir la largeur de sortie à COLS. 0 signifie
                                    pas de limite
       -x                         afficher les entrées en ligne au lieu de colonne
       -X                         trier alphabétiquement selon les extensions des
                                    entrées
       -Z, --context              afficher le contexte de sécurité de chaque fichier
       -1                         afficher un fichier par ligne. Évite « \n » avec                               -q ou -b
           --help     afficher l'aide et quitter
           --version  afficher des informations de version et quitter
     
     L'argument TAILLE est un entier suivi d'une unité facultative (10k pour 10*1024
     par exemple). Les unités sont K, M, G, T, P, E, Z et Y (puissances de 1024) ou
     KB, MB, etc. (puissances de 1000).
     
     L'utilisation de la couleur pour distinguer les types de fichiers est
     désactivée par défaut ainsi qu'avec --color=never (jamais). Avec
     --color=auto, ls émet des codes couleur seulement quand la sortie standard
     est connectée à un terminal. La variable d'environnement LS_COLORS peut
     modifier les paramètres. Utilisez la commande dircolors pour la définir.
     
     État de sortie :
      0  en cas de succès,
      1  en cas de problème mineur (comme impossible d'accéder à un sous-répertoire),
      2  en cas de problème majeur (comme impossible d'accéder à un argument de ligne
                                    de commande).
     
     Aide en ligne de GNU coreutils : <http://www.gnu.org/software/coreutils/>
     Signalez les problèmes de traduction de « ls » à : <traduc@traduc.org>
     Documentation complète à : <http://www.gnu.org/software/coreutils/ls>
     ou disponible localement via: info '(coreutils) ls invocation'

Avec man ls l'affichage se fait en mode page : on peut aller à la page suivante, à la page précédente et on en sort avec la touche q. Avec la touche h on voit que la navigation dans ces pages d'aide est sophistiquée...

Avec ls --help l'affichage se fait en continu. Il faut faire dérouler le contenu du terminal (mais comment ?) pour revoir l'aide.

Toutefois avec ls --help | more l'affichage se fait en mode page (simplifié). On en sort avec q.

Voici à quoi servent les commandes proposées :

commande indication explication_rapide
 ls list files affiche la liste des fichiers
 cat (concaténer) affiche le contenu de fichier(s)
 head (tête) affiche le début du contenu de fichier(s)
 tail (queue) affiche la fin du contenu de fichier(s)
 find (cherche) donne la liste des fichiers recherchés
 wc Word Count compte les mots, les lignes des fichiers
 grep wiki recherche des contenus de fichier(s)
 mkdir Make Directory crée un répertoire
 cd Change Directory va dans un répertoire
 zip (aller vite) compresse et archive
 rm remove supprime des fichiers

Ce n'est bien sûr qu'avec de la pratique que l'on peut mémoriser ces commandes et leurs options.

On fera aussi bien attention aux caractères spéciaux pour les commandes :

caractère nom explication_rapide
 > supérieur redirection de la sortie
 < inférieur redirection de l'entrée
 | pipe ou tube enchainement des commandes avec E/S
 & é commercial exécution en tâche de fond

A titre d'exercice, on exécutera les commandes suivantes, les unes après les autres. On commentera leur action. Volontairement, certaines commandes n'ont jamais été citées auparavant. 


     # allons-y !
     mkdir Cmi
     cd Cmi
     pwd
     mkdir coursL2
     cd coursL2
     wget http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Cmi/linuxL2/linuxL2.zip
     unzip linuxL2.zip    # oui, oui !
     ls
     ls -al
     ls -alth

Compléments :

3. Questions/réponses pour tester vos connaissances

Pour vous entrainer à la pratique du terminal, voici quelques commandes à lire (ou à déchiffrer ?) et quelques commandes à écrire pour des scénarios courants :

Question 3.1

Expliquer ce que font les commandes suivantes : 


     ls      *.sql
     ls -al  *sql
     ls -alt *sql
     ls -al  | sort -n -r -k 5,5 | head -n 20

Question 3.2

A quoi sert la commande locate ? Expliquer ce que fait la commande suivante : 


      locate office

Question 3.3

A quoi sert la commande find ? Quels sont ses paramètres ? Expliquer ce que fait l'enchainement de commandes suivant : 


      find . | grep -i "xls$"

Question 3.4

Je voudrais faire une copie de sauvegarde du fichier listeProteines.txt et nommer la copie listeProteines_sov.txt. Quelle commande dois-je écrire ?

Question 3.5

Quelle commande Linux ne faut-il jamais écrire sous peine de perdre tous les fichiers de tous les répertoires ?

Question 3.6

Je voudrais créer une archive au format ZIP nommée sauvegardeExcel.zip de tous les fichiers Excel (formats xls et xlsx) du répertoire courant. Quelle commande dois-je écrire ? Et si j'avais voulu aussi sauvegarder tous les fichiers Excels de tous les sous-répertoires du répertoire courant (avec le chemin d'accès relatif), que faut-il modifier dans cette commande ?

Question 3.7

Je dois souvent aller dans mon répertoire ~/Tmp pour consulter les 5 derniers fichiers créés. Puis-je écrire un script nommé disons vatmp qui va dans ce répertoire et m'affiche les 5 derniers fichiers créés ?

Question 3.8

Qu'est-ce qu'un alias ? A quoi sert le fichier .bashrc ?

Question 3.9

J'aimerais connaitre le nom de toutes les tables de la base statdata et le nombre d'enregistrements des tables LEA.proteins et HSP.proteins. Quelles commandes MySQL faut-il écrire ? Je voudrais générer un fichier rapportTables.txt qui contient la date et l'heure puis les informations précédentes. Comment dois-je faire ?

Et si je voulais que le fichier soit automatiquement nommé d'après la date du jour, par exemple rapportTables.15_02_2014.txt, que faudrait-il écrire ?

Solutions :    afficher les solutions  

4. Ecriture de scripts Bash, Perl et Python

Le but des exemples qui suivent est de montrer comment faire exécuter une plusieurs commandes par le système à l'aide d'un script. On fournit des script Bash dans un premier temps. Ensuite, pour montrer comment on peut exécuter des commandes systèmes en Perl et en Python , on fournit la traduction des scripts Bash en Perl et en Python. Comme ces exemples sont minimalistes, on pourra lire notre tuteur Perl et notre tuteur Python pour avoir une meilleure compréhension de ces langages.

Pour exécuter ces scripts depuis n'importe quel répertoire, on pourra écrire des alias ou modifier la variable d'environnement nommée PATH.

4.1 Scripts Bash élémentaires

Un script est «simplement» un ensemble de commandes paramétrées. On commence souvent par écrire des petits scripts sans paramètres comme raccourcis de commandes avant de demander aux scripts de réaliser des «choses intéressantes».

Script numéro 1 :

On veut être capable d'afficher le fichier ~/letters.txt où qu'on soit dans l'arborescence, juste en tapant letters.

Voici le code-source du script correspondant : 


     # fichier letters
     
     cat ~/letters.txt

Pour utiliser le script, il faut soit le rendre exécutable avec chmod +x letters, soit exécuter bash letters. La première solution est préférable. Mieux : si le fichier letters est dans le $PATH la commande letters est utilisable partout. On peut aussi utiliser un shebang.

Script numéro 2 :

On veut être capable d'afficher le fichier ~/letters.txt où qu'on soit dans l'arborescence, juste en tapant letters2. Avant d'afficher le fichier, Linux doit effacer l'écran.

Voici le code-source du script correspondant : 


     # fichier letters2
     
     clear
     cat ~/letters.txt

Ce deuxième fichier est très peu différent du premier : on a juste ajouté la commande clear avant la commande cat.

Script numéro 3 :

Pour être sûr que le fichier linuxL2.zip est toujours à jour, on veut écrire un script majLinuxL2 qui zippe les nouveaux fichiers depuis le dernier archivage.

Après lecture de l'aide sur la commande zip, voici ce qu'on peut écrire : 


     # fichier majLinux2
     
     cd linuxL2/
     date > derniereSauvegarde
     zip -u linuxL2.zip *

Si on ne crée pas de fichier, alors la commande zip peut ne rien afficher, ce qui peut être perturbant. Par contre, si l'archive est grosse, ce n'est pas une bonne idée de forcer un nouvel archivage si rien n'a changé. Il vaut mieux donc dans ce cas commenter la ligne qui exécute la commande date.

Script numéro 4 :

On veut afficher les 5 premiers et les 5 derniers messages du système (messages obtenus par la commande dmesg) via la commande dernMsg.

Il serait tentant de se contenter des commandes dmesg | head -n 5 et dmesg | tail -n 5 mais nous avons préféré indiquer la date et l'heure et aussi le numéro des messages (via grep -n). 


     # fichier dernMsg
     
     echo Premiers et derniers messages système en date du :
     echo -n "    "
     date
     echo ""
     dmesg | grep -n "" | head -n 5
     echo ""
     dmesg | grep -n "" | tail -n 5

Script numéro 5 :

On veut fournir la valeur en centimètre du paramétre passé au script convpouces. S'il n'y a pas de paramètres, on affiche une aide explicite.

Malheureusement expr ne réalise pas de calculs autres que entiers. Il faut se tourner vers bc ou calc pour utiliser le script suivant : 


     ## convpouces : conversion du paramètre en cm
     
     # si le paramètre n'existe pas, rappel de la syntaxe et sortie
     
     if [ -z $1 ] ; then # attention à ne pas écrire [-z $1] sans les espaces
        echo
        echo syntaxe : convpouces NB_DE_POUCES
        echo exemple : convpouces 10 # doit afficher 25.4 cm
        echo
        exit 1
     fi
     
     # si le paramètre existe, on calcule et on affiche
     
     nbPouces=$1
     nbCm=`calc 2.54 "*" $nbPouces`
     # autre solution : nbCm=`bc <<< "2.54 * $nbPouces" `
     echo $nbPouces pouces font $nbCm cm

Compléments : les TP corrigés cours Unix en L2 du département informatique d'Angers.

4.2 Scripts Perl élémentaires

Script numéro 1 :

Un script Perl pour afficher un fichier peut se contenter d'interfacer la commande cat ce qui se fait via l'utilisation de l'instruction system. 


     # # (gH)   -_-  letters.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 13:35
     
     system("cat ~/letters.txt") ;

Une façon plus "évoluée" de ce script Perl consiste à mettre la commande à exécuter dans une variable, disons $cmd et de l'afficher avant de l'exécuter, soit le code : 


     # # (gH)   -_-  letters.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 13:35
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     my $cmd = "cat ~/letters.txt" ;
     print($cmd."\n") ;
     system($cmd) ;

On notera ici qu'on force Perl à tester le code via les use et que la variable est "déclaréee" via my.

Script numéro 2 :

On pourrait croire qu'il suffit de mettre clear ; devant la commande cat mais ce serait une erreur, parce que l'affichage serait effacé. Donc le code suivant est incorrect : 


     # # (gH)   -_-  letters.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 13:35
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     my $cmd = "clear ; cat ~/letters.txt" ;
     print($cmd."\n") ;
     system($cmd) ;

Voici une façon de faire qui montre l'expansion du symbole ~ (tilde) : 


     # # (gH)   -_-  letters.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 13:35
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     my $cmd = "cat ~/letters.txt" ;
     system("clear ; echo $cmd ; $cmd") ;

Script numéro 3 :

Là encore, la solution la plus courte consiste à mettre les commandes du script 3 précédent dans une variable et à l'exécuter : 


     # # (gH)   -_-  majLinux2.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 13:54
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     my $cmd = "cd linuxL2/ ; date > derniereSauvegarde ; zip -u linuxL2.zip *" ;
     print($cmd."\n") ;
     system($cmd) ;

Script numéro 4 :

Pour ce script, nous allons utiliser les backticks pour exécuter une commande et récupérer sa sortie, que nous affichons dans la foulée : 


     # # (gH)   -_-  dernMsg.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 13:58
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     print "Premiers et derniers messages système en date du : ".`date`."\n" ;
     system("dmesg | grep -n '' | head -n 5") ;
     print("[...]\n" ) ;
     system("dmesg | grep -n '' | tail -n 5") ;

Script numéro 5 :

Dans ce dernier script, on vérifie au passage que le paramètre passé est un nombre entier via une expression régulière : 


     # # (gH)   -_-  convpouces.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 14:03
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     ## convpouces : conversion du paramètre en cm
     
     # si le paramètre n'existe pas, rappel de la syntaxe et sortie
     
     if ($#ARGV == -1) {
        print "syntaxe : perl convpouces.pl NB_DE_POUCES\n" ;
        print "exemple : perl convpouces.pl 10 # doit afficher 25.4 cm \n" ;
        exit(1) ;
     } ; # fin si
     
     # si le paramètre existe, on teste que c'est bien un entier
     # si c'est le cas, on calcule et on affiche
     
     my $nbPouces = $ARGV[0]    ;
     if ($nbPouces !~ /^[0-9]+$/) {
       print "Pas de conversion possible, vous n'avez pas entré un nombre entier.\n" ;
     } else {
       my $nbCm = 2.54 * $nbPouces ;
       print "$nbPouces pouces font $nbCm cm\n" ;
     } ; # finsi

Pour éviter d'écrire !~ il est possible de recourir à unless afin d'utiliser la syntaxe classique =~ : 


     # # (gH)   -_-  convpouces.pl  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 14:03
     
     use strict ;
     use warnings FATAL => 'all';
     
     ## convpouces : conversion du paramètre en cm
     
     # si le paramètre n'existe pas, rappel de la syntaxe et sortie
     
     if ($#ARGV == -1) {
        print "syntaxe : perl convpouces2.pl NB_DE_POUCES\n" ;
        print "exemple : perl convpouces2.pl 10 # doit afficher 25.4 cm \n" ;
        exit(1) ;
     } ; # fin si
     
     # si le paramètre existe, on teste que c'est bien un entier
     # si c'est le cas, on calcule et on affiche
     
     my $nbPouces = $ARGV[0]    ;
     unless ($nbPouces =~ /^[0-9]+$/) {
       print "Pas de conversion possible, vous n'avez pas entré un nombre entier.\n" ;
     } else {
       my $nbCm = 2.54 * $nbPouces ;
       print "$nbPouces pouces font $nbCm cm\n" ;
     } ; # finsi

4.3 Scripts Python élémentaires

Script numéro 1 :

Un script Python pour afficher un fichier peut se contenter d'interfacer la commande cat ce qui se fait via l'utilisation de la méthode os.system, ce qui oblige à "importer" le module os : 


     # # (gH)   -_-  letters.py  ;  TimeStamp (unix) : 23/01/2019 vers 17:36
     
     import os
     os.system("cat ~/letters.txt") ;

Une façon plus "évoluée" de ce script Python consiste à mettre la commande à exécuter dans une variable, disons cmd et de l'afficher avant de l'exécuter, soit le code : 


     # # (gH)   -_-  letters2.py  ;  TimeStamp (unix) : 20/01/2019 vers 13:35
     
     from os import system
     
     cmd = "cat ~/letters.txt"
     print(cmd)
     system(cmd)

On notera ici qu'on a juste importé la méthode dont on a besoin et qu'on l'a utilisée comme une fonction.

Script numéro 2 :

La solution Python est très semblable à la solution Perl : 


     # # (gH)   -_-  letters.py  ;  TimeStamp (unix) : 11/02/2019 vers 13:35
     
     import os
     
     cmd = "cat ~/letters.txt" ;
     os.system("clear ; echo " + cmd + " ; " + cmd) ;

Script numéro 3 :

Là encore, la solution Python ressemble beaucoup à la solution Perl (à moins que ce ne soit l'inverse) : 


     # # (gH)   -_-  majLinux2.pl  ;  TimeStamp (unix) : 18 Janvier 2019 vers 13:54
     
     import os
     
     cmd = "cd linuxL2/ ; date > derniereSauvegarde ; zip -u linuxL2.zip *"
     print(cmd)
     os.system(cmd)

Script numéro 4 :

Afin de capturer la sortie d'une commande système, nous utilisons le module subprocess : 


     # -*- coding:latin1 -*-
     # # (gH)   -_-  dernMsg.py  ;  TimeStamp (unix) : 05 Mars 2019 vers 15:21
     
     from os import system
     import subprocess
     
     dateEtHeure = subprocess.run("date", stdout=subprocess.PIPE)
     print("Premiers et derniers messages système en date du : "+dateEtHeure.stdout.decode())
     system("dmesg | grep -n '' | head -n 5") ;
     print("[...]\n" ) ;
     system("dmesg | grep -n '' | tail -n 5") ;

Script numéro 5 :

Dans ce dernier script, on vérifie aussi que le paramètre passé est un nombre entier via une expression régulière : 


     # -*- coding:latin1 -*-
     # # (gH)   -_-  convpouces.py  ;  TimeStamp (unix) : 23 Février 2019 vers 18:16
     
     import sys
     import re
     
     # aide éventuelle
     
     if (len(sys.argv)==1) :
             aide = '''
             syntaxe : python3 convpouces.py NOMBRE_ENTIER
             exemple : python3 convpouces.py 7
             '''
             print(aide)
             sys.exit()
     # fin de si
     
     # on veut un entier, soit l'expression régulière "^[0-9]+$"
     
     nbPouces = sys.argv[1]
     if not re.search("^[0-9]+$",nbPouces) :
             print("Pas de conversion possible, vous n'avez pas entré un nombre entier.")
     else :
            nbCm = 2.54 * int(nbPouces)
            print(str(nbPouces) + " pouces font "+ str(nbCm) +" cm") ;
     # fin si

5. Un script moins élémentaire en Bash

Enfin un exercice utile (!) : on voudrait dénombrer le nombre de règnes présents dans le fichier lea.tsv listé ci-dessous :

Voici ce qu'on doit obtenir : 


     there are 7 reigns:
     1:Alveolata
     2:Bacteria
     3:Euryarchaeota
     4:Fungi
     5:Metazoa
     6:Parabasalidea
     7:Viridiplantae

On utilisera les commandes cut, tail, sort, wc et grep.

Serait-ce plus difficile avec les fichiers lea.csv ou lea.dar ?

On pourra utiliser les fichiers minilea.tsv, minilea.csv et minilea.dar pour tester les commandes.

Serait-il envisageable de compter combien de fois chaque règne est vu dans le fichier ?

 

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