Listing du fichier conf3avril2012.php
00001 <?php
Pour ne pas voir les numéros de ligne, ajoutez &nl=non à la suite du nom du fichier. |
Retour à la page principale de
(gH)
Listing du fichier conf3avril2012.php
00001 <?php
00002
00003 # (gH) -_- conf3avril2012.php ; TimeStamp (unix) : 02 Avril 2012 vers 21:05
00004
00005 ###################################################################################
00006
00007 include("std.php") ; # sous-programmes standards de (gH)
00008
00009 ###################################################################################
00010 ###################################################################################
00011
00012 debutPage("Conférence","strict","conf.css","../../jquery.js jqpca.js") ;
00013
00014 ###################################################################################
00015
00016 debutSection() ;
00017 h1("Comment les statistiques aident les médecins à guérir les malades") ;
00018 $gh = s_nbsp(20)." gilles.hunault \"at\" univ-angers.fr" ;
00019 h2($gh,"gvert") ;
00020 h2(em("(cours/conférence pour lycéens, avril 2012)")) ;
00021
00022 pvide() ;
00023
00024 blockquote() ;
00025 h2("Table des matières") ;
00026 blockquote() ;
00027 h3("1. ".href("#problem","Du problème au modèle")) ;
00028 h3("2. ".href("#realise","Du modèle à la réalisation")) ;
00029 #h3("3. ".href("#compete","Quelles compétences et quelles études pour ce genre de recherche ?")) ;
00030 h3("3. ".href("#autresd","Et si on changeait de domaine ?")) ;
00031 h3("4. ".href("#conclue","Conclusions")) ;
00032
00033 finblockquote() ;
00034
00035 pvide() ;
00036 div("cadre2") ;
00037 p() ;
00038 echo "Ne vous inquiétez pas si vous ne comprenez pas tous les mots de cet exposé, moi non plus ! " ;
00039 finp() ;
00040 p() ;
00041 echo " J'ai essayé de mettre des liens avec des définitions, des cours, afin que vous puissiez approfondir tout cela... " ;
00042 finp() ;
00043 p() ;
00044 echo "Pour retrouver cette page, cherchez " ;
00045 echo b(href("http://www.google.fr/search?q=Gilles+Hunault"," Gilles HUNAULT ","jaunesurvert nou")) ;
00046 echo " avec ".s_span("Google","grouge")."." ;
00047 finp() ;
00048 findiv() ;
00049
00050
00051 finblockquote() ;
00052
00053 finSection() ;
00054
00055 ##############################################################################################################
00056 ##############################################################################################################
00057
00058 debutSection() ;
00059 h1(s_span("1. Du ".aname("problème","problem")." au modèle","bleu")) ;
00060 blockquote() ;
00061
00062 ##############################################################################################################
00063 ##############################################################################################################
00064
00065 $urlf = "http://fr.wikipedia.org/wiki/Fibrose" ;
00066 h2("1.1. Comment traiter la ".href($urlf,"fibrose")." ".href($urlf,"hépatique")." (maladie du foie) ?") ;
00067
00068 ##############################################################################################################
00069
00070 p("texte") ;
00071 echo "Lorsqu'on va chez le médecin pour une maladie classique comme un rhume, une grippe " ;
00072 echo " ou une otite, " ;
00073 echo " il est assez facile pour le médecin de faire un ".b("diagnostic")." car il y a en général de " ;
00074 echo " nombreux ".b("symptomes visibles")." ou en tous cas relativement faciles à obtenir. " ;
00075 echo " Ainsi, suivant qu'il y a de la fièvre ou pas, que le conduit auditif externe est rouge irrité ou pas, " ;
00076 echo " si le nez coule, si le patient tousse... on peut déterminer la maladie et en déduire ce qu'il faut " ;
00077 echo " utiliser comme médicaments. " ;
00078 finp() ;
00079
00080 uneImage("antibio1.jpg","no") ;
00081
00082 p("texte") ;
00083 echo "L'expertise du médecin et sa connaissance des traitements associés aux pathologies permet d'adapter les doses, " ;
00084 echo " et d'être efficace en vue d'une guérison rapide. " ;
00085 echo " Le choix des médicaments et de leur ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Posologie","posologie")." (quantité, mode d'administration...) " ;
00086 echo " est à peu près standardisé et les médecins, quand ils ne font pas simplement appel à leur mémoire, utilisent le " ;
00087 echo " [dictionnaire] ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Dictionnaire_Vidal","Vidal")." pour fournir le meilleur traitement " ;
00088 echo " pour le patient. " ;
00089 echo " Et comme vous vous en rappelez, les antibiotiques ne sont efficaces que contre les bactéries, pas les virus :" ;
00090 finp() ;
00091
00092 div("centre pluspetit divlarge") ;
00093 debutTcentre() ;
00094 uneImage("antibio2.gif",wikifr("Antibiotique"),"","","abox") ;
00095 finTcentre() ;
00096 findiv() ;
00097
00098 p("texte") ;
00099 echo "Les choses se compliquent lorsque les symptomes ne sont pas visibles, lorsque la maladie touche un organe interne " ;
00100 echo " et lorsque la maladie est dite ".em("malicieusement silencieuse")." : lorsqu'on ressent quelque chose, c'est " ;
00101 echo" déjà grave et peut-être déjà trop tard. Comment faire, alors, s'il n'y a aucun moyen direct de ".b("diagnostiquer") ;
00102 echo " et donc sans doute encore moins d'établir un ".b("pronostic")." ? " ;
00103 finp() ;
00104
00105 p("texte") ;
00106 echo "C'est là qu'interviennent les marqueurs, principalement sériques et sanguins. Un marqueur sanguin est un composant du sang qui varie nettement " ;
00107 echo " en fonction des pathologies et permet donc de ".b("marquer")." la présence d'une maladie. Le grand intérêt des marqueurs sanguins " ;
00108 echo" est qu'avec une simple prise de sang et la feuille d'analyses " ;
00109 echo " qui en résulte on peut évaluer, décider, orienter le traitement. Et une prise de sang ne coute pas très cher, n'oblige pas à recourir à " ;
00110 echo " l'anesthésie générale ni à l'hospitalisation." ;
00111 finp() ;
00112
00113 div("centre pluspetit divlarge") ;
00114 div("divlarge") ;
00115 debutTcentre() ;
00116 table(0,10,"gauche") ;
00117 tr() ;
00118 td() ; pvide() ; fintd() ;
00119 td() ; pvide() ; fintd() ;
00120 td("c","cadresaisie") ; uneImage("saisieFibrometre.png","ordonnanceFibrometre.pdf","FibroMètre","400") ; fintd() ;
00121 td() ; pvide() ; fintd() ;
00122 td() ; pvide() ; fintd() ;
00123 td() ; uneImage("fleche3.gif","","fleche","60") ; fintd() ;
00124 td() ; pvide() ; fintd() ;
00125 td() ; pvide() ; fintd() ;
00126 td() ; uneImage("fibrometre.jpg","resultatsFibrometre.pdf","FibroMètre","200") ; fintd() ;
00127 fintr() ;
00128 fintable() ;
00129 finTcentre() ;
00130 findiv() ;
00131 findiv() ;
00132
00133 blockquote() ;
00134 div("moitie") ;
00135 p("texte texteInterligne1p8") ;
00136 debutEm() ;
00137 spanOnMouseOver("montrepca()") ;
00138 echo b("Nota Bene : ")." il s'agit ici de calculs de " ;
00139 echo "FibroMètres".", réalisés par la société angevine " ;
00140 echo href("http://www.biols.fr","BioLiveScale") ;
00141 echo " à partir des idées et travaux du Professeur " ;
00142 echo s_span(" Paul CALES ","cadregris jaune_pastel") ;
00143 echo ", directeur du laboratoire HIFI " ;
00144 echo " ((Hémodynamique, Interaction, Fibrose, " ;
00145 echo " Invasivité tumorale Hépatique et Digestive, UPRES EA 3859, IFR 132) " ;
00146 echo " du CHU d'Angers." ;
00147 finspan() ;
00148 finEm() ;
00149 finp() ;
00150 p("centre texteInterligne1p5") ;
00151 echo img('cales.jpg','Paul Calès','500','pca') ;
00152 finp() ;
00153 findiv() ;
00154 finblockquote() ;
00155
00156 pvide() ;
00157
00158 p("texte") ;
00159 echo " Mais comment en arrive-t-on jusque là ?" ;
00160 finp() ;
00161
00162 pvide() ;
00163
00164 ##############################################################################################################
00165
00166 h2("1.2. Modélisation") ;
00167
00168 ##############################################################################################################
00169
00170 p("texte") ;
00171 echo "En fait, tout commence avec des études de recherche clinique, qui est, avec la recherche fondamentale, " ;
00172 echo " l'une des deux composantes de la ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Recherche_m%E9dicale","recherche médicale").". " ;
00173 echo " Les professeurs et chercheurs de médecine effectuent des ".b("études cliniques").", à l'aide de protocoles rigoureux " ;
00174 echo " dans des conditions fiables et reproductibles. Pour notre exemple, celui des maladies du foie, il faut donc trouver comment coupler " ;
00175 echo " les marqueurs sanguins et l'état du foie. " ;
00176 finp() ;
00177
00178 p("texte") ;
00179 echo " Heureusement, depuis de nombreuses années, lorsqu'un foie est malade, on pratique une opération nommée " ;
00180 echo " ponction biopsie hépatique (en sigle, PBH). Puisque cette conférence a lieu juste après le déjeuner, nous passerons sur " ;
00181 echo " les détails de cette action ".s_span("invasive","grouge")." qui consiste à prélever, au moyen d'une aiguille, un tout petit morceau de foie " ;
00182 echo " le plus souvent sous anesthésie locale. On dépose alors sur une lame de microscope une coupe de ce morceau de foie et un " ;
00183 echo " médecin spécialisé en anatomo-pathologie analyse l'état des cellules et exprime son diagnostic sous forme d'un score de fibrose " ;
00184 echo " nommé score ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Score_Metavir","Metavir")." F, qui va de ".s_span(" F0 ","bleu_pastel")." (non malade) ";
00185 echo " à ".s_span(" F4 ","rouge_pastel")." (très malade). " ;
00186 #echo " sont comparés et testés pour leur tendance à prédire l'état du foie. On dispose en général aussi d'images de coupes de " ;
00187 #echo " foie, issues de ce qu'on nomme ".b("PBH")." pour
00188 finp() ;
00189
00190 div("pluspetit divlarge") ;
00191 debutTcentre() ;
00192 table(0,20,"gauche") ;
00193 tr() ;
00194 td() ; uneImage("cirrhose.jpg","http://demoimageserver.secondslide.com/H_E_40x.svs/view.apml?","FibroMètre","300","abox") ; fintd() ;
00195 td() ; uneImage("fleche.png","","","60") ; fintd() ;
00196 td() ;
00197 table(1,"15","collapse") ;
00198 tr() ;
00199 td("C") ; echo "F0" ; fintd() ;
00200 td("L","bleu_pastel") ; echo "sans fibrose " ; fintd() ;
00201 fintr() ;
00202 tr() ;
00203 td("C") ; echo "F1" ; fintd() ;
00204 td("L","vert_pastel") ; echo "fibrose portale sans septa " ; fintd() ;
00205 fintr() ;
00206 tr() ;
00207 td("C") ; echo "F2" ; fintd() ;
00208 td("L","jaune_pastel") ; echo "fibrose portale et quelques septa " ; fintd() ;
00209 fintr() ;
00210 tr() ;
00211 td("C") ; echo "F3" ; fintd() ;
00212 td("L","orange_pastel") ; echo "fibrose septale pré-cirrhose " ; fintd() ;
00213 fintr() ;
00214 tr() ;
00215 td("C") ; echo "F4" ; fintd() ;
00216 td("L","rouge_pastel") ; echo "cirrhose" ; fintd() ;
00217 fintr() ;
00218 fintable() ;
00219 fintd() ;
00220 fintr() ;
00221 fintable() ;
00222 finTcentre() ;
00223 findiv() ;
00224
00225 p("texte") ;
00226 echo "A la suite de recherches sur des souris ou des rats (dont la physiologie est proche de celles des humains), les chercheurs " ;
00227 echo " ont fini par trouver quels marqueurs sanguins pouvaient indiquer une dégradation du foie. En voici une liste non exhaustive " ;
00228 echo " (cela veut dire non complète) dont le but est juste de montrer qu'il n'y en a en qu'une bonne dizaine " ;
00229 echo " dont les plus importants sont listés ci-dessous :" ;
00230 finp() ;
00231
00232 div("pluspetit divlarge") ;
00233 debutTcentre() ;
00234 table(1,15,"collapse") ;
00235 tr() ;
00236 th() ; echo "Sigle" ; finth() ;
00237 th() ; echo "Nom" ; finth() ;
00238 th() ; echo "Sigle" ; finth() ;
00239 th() ; echo "Nom" ; finth() ;
00240 fintr() ;
00241 tr() ;
00242 td("C","jaune_pastel") ; echo s_span("A2M","grouge") ; fintd() ;
00243 td() ; echo "Alpha2Macroglobuline (mg/dl)" ; fintd() ;
00244 td("C","jaune_pastel") ; echo s_span("TP","grouge") ; fintd() ;
00245 td() ; echo "Taux de Prothrombine (%)" ; fintd() ;
00246 fintr() ;
00247 tr() ;
00248 td("C","jaune_pastel") ; echo s_span("PLQ","grouge") ; fintd() ;
00249 td() ; echo "Plaquettes (G/l)" ; fintd() ;
00250 td("C","jaune_pastel") ; echo s_span("AH","grouge") ; fintd() ;
00251 td() ; echo "Acide hyaluronique (μg/l)" ; fintd() ;
00252 fintr() ;
00253 tr() ;
00254 td("C","jaune_pastel") ; echo s_span("UREE","grouge") ; fintd() ;
00255 td() ; echo "Urée ( mmol/l)" ; fintd() ;
00256 td("C","jaune_pastel") ; echo s_span("GLY","grouge") ; fintd() ;
00257 td() ; echo "Glycémie (mmol/l)" ; fintd() ;
00258 fintr() ;
00259 tr() ;
00260 td("C","vert_pastel") ; echo s_span("ASAT","grouge") ; fintd() ;
00261 td() ; echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Aspartate_amino_transf%E9rase","Aspartate amino transférase")." (UI/l)" ; fintd() ;
00262 td("C","vert_pastel") ; echo s_span("ALAT","grouge") ; fintd() ;
00263 td() ; echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Alanine_amino_transf%E9rase","Alanine amino transférase")." (UI/l)" ; fintd() ;
00264 fintr() ;
00265 tr() ;
00266 td("C","bleu_pastel") ; echo s_span("BIL","grouge") ; fintd() ;
00267 td() ; echo "Bilirubine (μmol/l)" ; fintd() ;
00268 td("C","bleu_pastel") ; echo s_span("FERI","grouge") ; fintd() ;
00269 td() ; echo "Ferritine (μg/l)" ; fintd() ;
00270 fintr() ;
00271 fintable() ;
00272 finTcentre() ;
00273 findiv() ;
00274
00275 p("texte") ;
00276 echo " Nous avons donc d'un coté des images de foie, avec un score sur l'état de la maladie et de l'autre coté, des valeurs de marqueurs sanguins. " ;
00277 echo " Pour ceux et celles qui veulent des chiffres, voici un exemple de stockage de ces informations : " ;
00278 finp() ;
00279
00280 div("divlarge2") ;
00281 pre_fichier("datafibrose.txt","cadrefic") ;
00282 findiv() ;
00283
00284 p("texte") ;
00285 echo " Pour aider les médecins à diagnostiquer l'état du foie, il suffit de modéliser la relation entre les marqueurs et les scores. " ;
00286 echo " Et hop ! " ;
00287
00288 echo "Voici donc un grand secret enfin révélé : " ;
00289 finp() ;
00290
00291 pvide() ;
00292 p("centre") ;
00293 echo s_span("oui, les mathématiques peuvent servir à quelque chose !","gvert") ;
00294 finp() ;
00295 pvide() ;
00296
00297 p("texte") ;
00298 echo "Si on arrive à construire une formule mathématique qui fournit le score en fonction des marqueurs, c'est gagné. Hélas, les choses " ;
00299 echo " ne sont pas si simples... Dans les cours de troisième, les équations ont toujours des solutions. En terminale, on apprend même " ;
00300 echo " à utiliser des nombres dont le carré est négatif... Mais les modéles mathématiques pour notre problème, qu'on nomme du terme " ;
00301 echo "«barbare» de régression logistique ordinale ne sont pas simples à calculer, ni faciles à réutiliser. " ;
00302 echo "Pour preuve, regardez deux expressions équivalentes (hum !) des équations sous-jacentes, comme on dit : " ;
00303 finp() ;
00304
00305 debutTcentre() ;
00306 uneImage("rlb1.png","no") ;
00307 finTcentre() ;
00308
00309 debutTcentre() ;
00310 uneImage("rlb2.png","no") ;
00311 finTcentre() ;
00312
00313 p("texte") ;
00314 echo "C'est là où les statistiques et l'informatique entrent en jeu. Avec les mathématiques, on dispose de formules. Avec l'informatique, " ;
00315 echo " on dispose d'ordinateurs et de programmes de calculs. Les statistiques permettent de construire et d'appliquer les modèles, c'est-à-dire " ;
00316 echo " de trouvers les coefficients des équations et de tester si ce qu'on calcule est " ;
00317 echo b("valide").", ".b("robuste").", ".b("fiable")." avec des sens statistiques très précis pour ces adjectifs. " ;
00318 echo " Comme il n'est pas possible de résoudre les équations, on utilise des programmes qui donnent des " ;
00319 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Approximation","approximations");
00320 echo " des valeurs cherchées puisqu'on ne peut pas connaitre les valeurs exactes, " ;
00321 echo " un peu comme la ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Newton","méthode de Newton-Raphson") ;
00322 echo " que vous devez sans doute connaitre, " ;
00323 echo " la ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_des_moindres_carr%C3%A9s","méthode des moindres carrés") ;
00324 echo " ou le principe du " ;
00325 echo href("http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood","maximum de vraisemblance")."." ;
00326 finp() ;
00327
00328 p("texte") ;
00329 echo " Voici un exemple de résultat de l'application des calculs pour un modèle lié aux données précédentes :" ;
00330 finp() ;
00331
00332 div("divlarge2") ;
00333 pre_fichier("resultatsfibrose.txt","cadrefic") ;
00334 findiv() ;
00335
00336 p("texte") ;
00337 echo "Encore faut-il être capable de lire ces chifres et de savoir interpréter les résultats, en supposant qu'ils sont justes ! " ;
00338 finp() ;
00339
00340 ##############################################################################################################
00341
00342 finblockquote() ;
00343 finSection() ;
00344
00345 ##############################################################################################################
00346 ##############################################################################################################
00347
00348 debutSection() ;
00349 h1(s_span("2. Du modèle à la ".aname("réalisation","realise"),"bleu")) ;
00350 blockquote() ;
00351
00352 ##############################################################################################################
00353 ##############################################################################################################
00354
00355 h2("2.1. Validation") ;
00356
00357 ##############################################################################################################
00358
00359 p("texte") ;
00360 echo "Une fois le ou les modèles mathématiques établis par les statisticiens sur des données réelles, les médecins les valident " ;
00361 echo " en les confrontant aux vrais résultats, c'est-à-dire qu'on compare le score connu du malade avec le score prédit. Par exemple " ;
00362 echo " on peut construire un tableau à quatre cases qui indique les bons résultats et les mauvais résultats pour les " ;
00363 echo " malades et les non-malades : " ;
00364 finp() ;
00365
00366 uneImage("4cases.png","../vd.php") ;
00367
00368 p("texte") ;
00369 echo "On dispose aussi de critères pour comparer plusieurs modèles, pour savoir quelle confiance on doit accorder à chaque marqueur... " ;
00370 echo " En fonction de la qualité des résultats, on peut avoir recours à plusieurs modèles, à une méthode plus compliquée qu'un simple calcul. " ;
00371 echo " Par exemple on peut utiliser une procédure hiérarchique, avoir des systèmes de règles pour orienter la décision... " ;
00372 finp() ;
00373
00374 div("divlarge") ;
00375 uneImage("se2.jpg","http://fr.wikipedia.org/wiki/Syst%C3%A8me_expert","se","","abox") ;
00376 findiv() ;
00377
00378 p("texte") ;
00379 echo "Cette étape de validation est souvent longue : il faut beaucoup de données pour construire le modèle. Il faut bien penser à tester ici " ;
00380 echo " des personnes des deux sexes, de tout age. Il faut éventuellement faire des modèles différents suivant " ;
00381 echo " l'".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89tiologie","étiologie")." car un foie malade à cause d'un virus (hépatite) " ;
00382 echo " ne réagit pas de la même façon qu'un foie malade à cause de l'alcool (cirrhose) ou à cause d'une alimentation " ;
00383 echo " trop riche (stéatopathie). " ;
00384 echo " Mais au bout du compte avec du temps, de la méthode et de la rigueur, on finit par avoir un bon modèle, " ;
00385 echo " fiable, robuste, vérifié... " ;
00386 finp() ;
00387
00388 p("texte") ;
00389 echo "Il faut aussi essayer de comprendre pourquoi les modèles ne sont pas parfaits (le taux de «bien classés» est rarement " ;
00390 echo" de 100 %), ce qui permet d'améliorer le modèle, ce qui oblige parfois à ajouter de nouvelles variables, à refaire toute une " ;
00391 echo " série de tests... " ;
00392 finp() ;
00393
00394
00395 ##############################################################################################################
00396
00397 h2("2.2. Mise en oeuvre dans le monde «réel»") ;
00398
00399 p("texte") ;
00400 echo "Disposer d'un modèle, c'est bien, mais comment s'en servir ? Un médecin ne va pas faire des calculs compliqués pendant une consultation. " ;
00401 echo " De plus, une valeur de score doit être accompagnée d'un commentaire, d'explications car il ne s'agit que d'une aide à la décision. " ;
00402 echo " Il faut donc ajouter au calcul tout un environnement pour en faire un vrai document utilisable. C'est pourquoi à l'aide d'informaticiens " ;
00403 echo " (qui sont parfois aussi statisticiens, à moins que ce ne soit l'inverse), il y a une phase de mise en production qui consiste à " ;
00404 echo " transformer un modèle en outil d'aide au diagnostic avec production automatique d'un compte rendu directement exploitable. " ;
00405 echo " " ;
00406 finp() ;
00407
00408 p("texte") ;
00409 echo "Voici un exemple de coopération entre mathématiques, informatique et médecine pour arriver à un résultat compréhensible. " ;
00410 echo " Il faut souvent, pour exploiter les résultats de ".href("http://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9gression_logistique","régression logistique binaire") ;
00411 echo ", déterminer un seuil ou ".em("cut off").". En effet, la modélisation fournir une fonction qui va de ".s_span("0=non malade","gvert") ;
00412 echo " à ".s_span("1=malade","grouge").". Mais entre les deux ? " ;
00413 finp() ;
00414
00415 debutTcentre() ;
00416 uneImage("rlb3.png","http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R_2004/18.html","rlb3",300) ;
00417 finTcentre() ;
00418
00419 p("texte") ;
00420 echo "Mettre en oeuvre, cela veut aussi dire s'occuper de commercialisation, s'intéresser aux coûts. " ;
00421 echo " Les statistiques médico-économiques, grâce à des calculs qu'on appelle " ;
00422 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Estimateur_%28statistique%29","estimations") ;
00423 echo " sont capables de tester si un nouveau traitement est intéressant à la fois du point de vue médical et du point de vue " ;
00424 echo " financier. Un exemple angevin d'un tel résultat est " ;
00425 echo href("http://www.info.univ-angers.fr/pub/gh/publications/postergi3.pdf","ici")." (en anglais, mais ce n'est pas le plus important) " ;
00426 echo " qui traite de l'évaluation d'un dépistage pré-thérapeutique des toxicités du ".href(wikifr("Fluorouracile"),"5-fluorouracile") ;
00427 echo " dans le cadre d'une étude sur le cancer colorectal au Centre Paul Papin, et qui a débouché sur une thèse puis sur une embauche en CDI " ;
00428 echo " pour Sory TRAORE." ;
00429 finp() ;
00430
00431 ##############################################################################################################
00432
00433 finblockquote() ;
00434 finSection() ;
00435
00436 ##############################################################################################################
00437 ##############################################################################################################
00438 /*
00439 debutSection() ;
00440 h1(s_span("3. Quelles ".aname("compétences","compete")." et quelles études pour ce genre de recherche ?","bleu")) ;
00441 blockquote() ;
00442
00443 ##############################################################################################################
00444 ##############################################################################################################
00445
00446 h2("3.1. ") ;
00447
00448 ##############################################################################################################
00449
00450 p("texte") ;
00451 echo " médicales et mathématiques " ;
00452 finp() ;
00453
00454 ##############################################################################################################
00455
00456 h2("3.2. ") ;
00457
00458 p("texte") ;
00459 echo "informatiques " ;
00460 finp() ;
00461
00462 ##############################################################################################################
00463
00464 finblockquote() ;
00465 finSection() ;
00466 */
00467 ##############################################################################################################
00468 ##############################################################################################################
00469
00470 debutSection() ;
00471 h1(s_span("3. Et si on changeait de ".aname("domaine","autresd")." ?","bleu")) ;
00472 blockquote() ;
00473
00474 ##############################################################################################################
00475 ##############################################################################################################
00476
00477 h2("3.1. De la médecine des humains aux maladies des plantes ") ;
00478
00479 ##############################################################################################################
00480
00481 p("texte") ;
00482 echo " Il n'y a pas que les humains qui peuvent être malades. Les plantes, les cultures aussi. En particulier, " ;
00483 echo " les ".href("http://ephytia.inra.fr/tabac/tabac_utilisateur/index_appli.php?portail=Grandes%20cultures&produit=tabac&main=3&ssrub1=27","bactéries phytopathogènes de quarantaine") ;
00484 echo " sont très «dangereuses» car elles peuvent contaminer " ;
00485 echo " tout un champ, essaimer. Elles sont présentes dans les végétaux car elles pénétrent dans les " ;
00486 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Cellule_v%C3%A9g%C3%A9tale","cellules végétales").". Il faut les détecter rapidement, notamment quand " ;
00487 echo " un bateau arrive avec une cargaison de graines d'un pays éloigné... " ;
00488 echo " Là encore, on peut modéliser la réponse ".s_span("pathogène","grouge")." ou ".s_span("non pathogène","gvert")." mais en fonction d'informations " ;
00489 echo " dites binaires en 0 ou 1 qui se situent au niveau cellulaire : on met 1 si un certain " ;
00490 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/G%C3%A8ne","gène")." est présent dans l'" ;
00491 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/ADN-T","ADN")." de la plante, " ;
00492 echo " 0 sinon. Sans entrer dans les détails, on peut montrer qu'on peut calculer des formules qui permettent de détecter " ;
00493 echo " pratiquement à 100 % la présence des «méchantes» bactéries dans les graines si les données sont spécialisées... " ;
00494 finp() ;
00495
00496 div("divlarge") ;
00497 debutTcentre() ;
00498 deuxImages("bphyto.jpg","miniphyto.png","http://fr.wikipedia.org/wiki/Pathologie_v%E9g%E9tale","","200","dataphytobact.txt","phytob","350") ;
00499 finTcentre() ;
00500 findiv() ;
00501
00502 p("texte") ;
00503 echo "La mise au point des modèles, leur validation et leur mise en oeuvre sont ici plus difficiles car les graines sont parfois acheminées d'un pays à l'autre, " ;
00504 echo " les bactéries mutent rapidement, on doit traiter de gros volumes de données (et non pas des personnes), il faut utiliser " ;
00505 echo " des machines sophistiquées qu'on nomme puces à ADN... mais au bout du compte, il s'agit de la même démarche :" ;
00506 echo " si on arrive à ".b("modéliser")." mathématiquement les relations entre ce qu'on a et ce qu'on cherche, il sera ensuite " ;
00507 echo " possible de programmer, c'est-à-dire d'écrire des programmes informatiques pour calculer numériquement les coefficients du modèle. " ;
00508 echo " Et ensuite, ça décolle ! " ;
00509 finp() ;
00510
00511 uneImage("fusee.jpg","no","fusée","150") ;
00512
00513 p("texte") ;
00514 echo "Là encore la mise au point, l'exploitation de tout cela ne peut se faire qu'à l'aide d'une étroite collaboration entre " ;
00515 echo " biologistes, statisticiens, informaticiens. Et en bout de chaine, on dispose d'une interface pour calculer et afficher les " ;
00516 echo " résultats, comme ici pour des données relatives principalement à des ".href(wikifr("Xanthomonas"),"Xanthomonas").", dans une étude menée pour l'INRA d'Angers" ;
00517 echo " avec Tristan BOUREAU :" ;
00518 finp() ;
00519
00520 div("divlarge") ;
00521 debutTcentre() ;
00522 troisImages("saisiecs.png","histo.png","dindon.png",
00523 "../../Idas/Ccd/ce_f.php","cs1","300",
00524 "../../Idas/Ccd/ce_f.php","cs2","150",
00525 "../../Idas/Ccd/ce_f.php","cs3","150") ;
00526 finTcentre() ;
00527 findiv() ;
00528
00529 ##############################################################################################################
00530
00531 h2("3.2. Des maladies des plantes aux propriétés des plantes") ;
00532
00533 ##############################################################################################################
00534
00535 p("texte") ;
00536 echo " Vous le savez sans doute, mais les graines, lorsqu'elles sont privées d'eau, se mettent en " ;
00537 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Dormance","dormance") ;
00538 echo " et, une fois réhydratées, se remettent à vivre... On a ainsi vu «ressusciter» des graines d'Egypte " ;
00539 echo " vieilles de plus de trois mille ans. Si on cherche à comprendre ce phénomène, on découvre que certaines " ;
00540 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Prot%C3%A9ine","protéines") ;
00541 echo " nommées " ;
00542 echo href("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","LEA") ;
00543 echo " semblent jouer un rôle important lors de la dessication. Il y a encore beaucoup de travail à faire dessus. Si cela vous " ;
00544 echo " intéresse, vous pourriez nous aider nous modéliser leurs fonctions. Avec un collègue biochimiste, ".href("http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/","Emmanuel JASPARD") ;
00545 echo ", nous avons stocké des informations relatives " ;
00546 echo " à plusieurs centaines de protéines ".href("http://en.wikipedia.org/wiki/Late_Embryogenesis_Abundant_proteins","LEA") ;
00547 echo " typiques dans une base de données. Pour l'instant nous n'avons pas encore de modèle, mais cela " ;
00548 echo " viendra... " ;
00549 finp() ;
00550
00551 debutTcentre() ;
00552 table(0,20) ;
00553 tr() ;
00554 td() ;
00555 uneImage("leadb1.png","http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","","200","") ;
00556 fintd() ;
00557 td() ;
00558 uneImage("alfa.gif","http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","","200","") ;
00559 #pvide() ;
00560 fintd() ;
00561 td() ;
00562 uneImage("leafigs.png","http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","","350","abox") ;
00563 fintd() ;
00564 fintr() ;
00565 fintable() ;
00566 finTcentre() ;
00567
00568 ##############################################################################################################
00569
00570 h2("3.3. Analyser les «productions sociales»") ;
00571
00572 p("texte","ouioui") ;
00573 echo "Pourquoi s'arrêter en si bon chemin ? Il est sans doute possible, sans ".em("a priori").", d'analyser des relations plus " ;
00574 echo " générales que des relations ".b("pathologiques").". Par exemple, est-on capable de passer en revue les discours politiques, ou les " ;
00575 echo " textes littéraires ? Ou même, pourquoi pas, les images de publicité ? En fait, la réponse est oui, et même " ;
00576 echo " plutôt deux fois qu'une, selon l'équation fondamentale : " ;
00577 finp() ;
00578
00579 debutTcentre() ;
00580 table(0) ;
00581 tr() ;
00582 td() ;
00583 uneImage("oui.png","no","oui","200") ;
00584 fintd() ;
00585 td() ;
00586 uneImage("ouioui.jpg","no","ouioui",200) ;
00587 fintd() ;
00588 fintr() ;
00589 fintable() ;
00590 finTcentre() ;
00591
00592 p("texte") ;
00593 echo "Avec de la méthode, de la rigueur, les probabilités et les statistiques que l'on apprend en terminale puis à l'université comme ici en faculté des sciences, " ;
00594 echo " permettent de mettre en oeuvre les outils et méthodes existants ou d'en inventer d'autres, suivant le domaine d'étude, parfois en collaboration " ;
00595 echo " avec des chercheurs et spécialistes d'autres domaines. Par exemple, le lien ci-dessous permet une analyse assez élémentaire dite ".b("analyse statistique lexicale textuelle") ;
00596 echo " c'est-à-dire sur le lexique, donc portant sur les mots et leur environnement. Nous sommes donc passés de la " ;
00597 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Bio-informatique","bioinformatique")." aux sciences humaines." ;
00598 finp() ;
00599
00600 div("divlarge") ;
00601 debutTcentre() ;
00602 uneImage("analexies.jpg","../../Wanalexies/analexies.htm","analexies",300) ;
00603 finTcentre() ;
00604 findiv() ;
00605
00606 p("texte") ;
00607 echo "En cliquant sur ".b("Analexies - analyses en ligne")." puis sur ".b("création de dictionnaires en ligne").", il vous sera " ;
00608 echo " possible d'analyser par exemple le deuxième discours inaugural de G. W. Bush et découvrir que les trois «vrais» mots qui " ;
00609 echo " reviennent le plus souvent sont (et dans cet ordre) ".b("freedom, america, liberty").", tout un programme ! " ;
00610 echo " De même, si vous demandez à la machine d'analyser les deux premiers chapitres de " ;
00611 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/La_B%C3%AAte_Humaine","la bête humaine").", ce fameux roman d'" ;
00612 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89mile_Zola","Emile ZOLA").", vous verrez qu'un simple comptage statistique indique qu'il s'agit d'un... train ! " ;
00613 finp() ;
00614
00615 p("texte") ;
00616 echo "Pour la «petite histoire», nous avons écrit ce logiciel pour des étudiants de la Sorbonne il y a quelques années. L'enseignante qui " ;
00617 echo " l'utilise est une linguiste et sémiologue qui a passé une ".href("http://www.diffusiontheses.fr/60718-these-de-brunet-hunault-laurence.html","thèse") ;
00618 echo " intitulée " ;
00619 echo href("http://www.sudoc.fr/14409620X",em("Sémiologie des indices et imaginaire linguistique [...]"))." à partir d'images de magazines de cuisine. " ;
00620 finp() ;
00621
00622 div("divlarge") ;
00623 uneImage("cuisine.png","http://images.google.fr/images?q=magazines+de+cuisine&safe=on","magazines de cuisine","600") ;
00624 #"http://www.google.fr/search?hl=fr&client=opera&hs=Zez&rls=fr&channel=suggest&biw=1806&bih=955&tbm=isch&sa=1&q=magazines+de+cuisine&oq=magazines+de+cuisine&aq=f&aqi=g1&aql=&gs_l=img.3..0.758064l760895l0l761087","magazines de cuisine","600") ;
00625 findiv() ;
00626
00627 p("texte") ;
00628 echo "Vous l'avez sans doute reconnue, c'est Laurence BRUNET-HUNAULT, mon épouse ! " ;
00629 finp() ;
00630
00631 uneImage("astro.gif","http://l.brunethunault.free.fr/","cosmonaute","200") ;
00632
00633 p("texte") ;
00634 echo "Compter, analyser les mots, les expressions, les mouvements peut permettre de découvrir des standards, des normes ou juste des usages, " ;
00635 echo " d'appréhender ".b("«LA»")." vérité, un peu comme les spécialistes de la série ".em("Lie to me")."... " ;
00636 finp() ;
00637
00638
00639 p("texte") ;
00640 echo "Qui sait, avec beaucoup d'informatique et de mathématique, on pourrait peut-être enfin avoir des machines qui parlent comme nous, " ;
00641 echo " ce vieux rêve de l'" ;
00642 echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Intelligence_artificielle","Intelligence Artificielle") ;
00643 echo ", considéré comme évident en science-fiction mais qui n'est toujours pas une réalité aujourd'hui, en 2012. " ;
00644 finp() ;
00645
00646 uneImage("robots.png","no","robots","500") ;
00647
00648 p("texte") ;
00649 echo "On pourrait même inventer des machines pour des tâches de la vie de tous les jours... " ;
00650 finp() ;
00651
00652 uneImage("norobots.png","no","robots","500") ;
00653
00654 ##############################################################################################################
00655
00656 finblockquote() ;
00657 finSection() ;
00658
00659 ##############################################################################################################
00660 ##############################################################################################################
00661
00662 debutSection() ;
00663 h1(s_span("4. ".aname("Conclusions","conclue"),"bleu")) ;
00664 blockquote() ;
00665
00666 p("texte") ;
00667 echo "Au terme de cette petite heure de cours/conférence, nous avons vu comment on peut passer d'une maladie, la fibrose, " ;
00668 echo " à un outil de diagnostic de cette maladie utilisé en pratique courante (en «routine»). Il a fallu une collaboration forte entre médecins et mathématiciens " ;
00669 echo " pour établir et valider une modélisation réaliste et efficace, puis entre statisticiens et informaticiens pour " ;
00670 echo " passer des formules mathématiques et des suites de coefficients numériques à une simple consultation de page Web avec un formulaire pour obtenir des résultats " ;
00671 echo " utilisables directement par les médecins. " ;
00672 finp() ;
00673
00674 p("texte") ;
00675 echo "Nous avons aussi vu qu'avec un certain nombre de connaissances et de compétences, on peut appliquer les mêmes idées et méthodes " ;
00676 echo " à d'autres domaines proches comme les maladies des plantes ou plus éloignés comme les discours politiques, les images " ;
00677 echo " publicitaires... " ;
00678 echo "Des études de science (mathématique, biologie, informatique) mènent à ces métiers et c'est à l'université que l'on " ;
00679 echo " peut effectuer de telles études, comme par exemple ici, à la faculté des sciences." ;
00680 finp() ;
00681
00682 p("texte") ;
00683 echo "Qui sait, vous serez peut-être mes étudiants dans quelques années, voire... mes collègues à plus long terme. Je vous souhaite " ;
00684 echo " un brillant avenir et beaucoup de plaisir dans votre vie future de travail. " ;
00685 finp() ;
00686
00687 p("texte") ;
00688 echo "Et vive les statistiques ! " ;
00689 finp() ;
00690
00691 p("centre") ;
00692 spanOnMouseOverEtOut("edastatGrand()","edastatPetit()") ;
00693 echo img("edastat7.png","eda7",500,"edastat") ;
00694 #uneImage("lechat_ant.jpg","no") ;
00695 finspan() ;
00696 finp() ;
00697
00698 finblockquote() ;
00699 finSection() ;
00700
00701 ##############################################################################################################
00702
00703 pvide() ;
00704 debutSection() ;
00705 p() ;
00706 echo "Codes-sources de la page : " ;
00707 echo href("montresource.php?nomfic=conf3avril2012.php","php","orange_stim nou") ;
00708 echo " ; " ;
00709 echo href("montresource.php?nomfic=jqpca.js","js","vert nou") ;
00710 echo " ." ;
00711 finp() ;
00712 finSection() ;
00713
00714 ##############################################################################################################
00715 ##############################################################################################################
00716
00717 finPage() ;
00718
00719
00720 ##############################################################################################################
00721 ##############################################################################################################
00722 # #
00723 # Sous-Programmes : #
00724 # #
00725 ##############################################################################################################
00726 ##############################################################################################################
00727
00728 ## function wikifr($mot) { return("http://fr.wikipedia.org/wiki/".urlencode($mot)) ; }
00729
00730 ##############################################################################################################
00731
00732 function uneImage($img,$lien="",$alt="",$taille="300",$cla="",$id="") {
00733
00734 # --------------------------------------------
00735
00736 debutTcentre() ;
00737 p("centre") ;
00738 if ($lien=="") { $lien = $img ; } ;
00739 if ($alt=="") { $alt = $img ; } ;
00740 if ($lien=="no") {
00741 echo img($img,$alt,$taille,$id) ;
00742 } else {
00743 echo href($lien,img($img,$alt,$taille,$id),"cadrelien $cla") ;
00744 } # fin si
00745 finp() ;
00746 finTcentre() ;
00747
00748 } # fin de fonction uneImage
00749
00750 # --------------------------------------------
00751
00752 function deuxImages($img1,$img2,$lien1="",$alt1="",$taille1="300",$lien2="",$alt2="",$taille2="300") {
00753
00754 # --------------------------------------------
00755
00756 p("centre") ;
00757 if ($lien1=="") { $lien1 = $img1 ; } ;
00758 if ($alt1=="") { $alt1 = $img1 ; } ;
00759 if ($lien2=="") { $lien2 = $img2 ; } ;
00760 if ($alt2=="") { $alt2 = $img2 ; } ;
00761 echo href($lien1,img($img1,$alt1,$taille1),"abox") ;
00762 nbsp(10) ;
00763 echo href($lien2,img($img2,$alt2,$taille2),"abox") ;
00764 finp() ;
00765
00766 } # fin de fonction deuxImages
00767
00768 # --------------------------------------------
00769
00770 function troisImages($img1,$img2,$img3,$lien1="",$alt1="",$taille1="300",$lien2="",$alt2="",$taille2="300",$lien3="",$alt3="",$taille3="300") {
00771
00772 # --------------------------------------------
00773
00774 p("centre") ;
00775 if ($lien1=="") { $lien1 = $img1 ; } ;
00776 if ($alt1=="") { $alt1 = $img1 ; } ;
00777 if ($lien2=="") { $lien2 = $img2 ; } ;
00778 if ($alt2=="") { $alt2 = $img2 ; } ;
00779 if ($lien3=="") { $lien3 = $img3 ; } ;
00780 if ($alt3=="") { $alt3 = $img3 ; } ;
00781 echo href($lien1,img($img1,$alt1,$taille1)) ;
00782 nbsp(10) ;
00783 echo href($lien2,img($img2,$alt2,$taille2)) ;
00784 nbsp(10) ;
00785 echo href($lien3,img($img3,$alt3,$taille3)) ;
00786 finp() ;
00787
00788 } # fin de fonction troisImages
00789
00790 # --------------------------------------------
00791
00792 function debutTcentre() {
00793 echo "<table width='100%'><tr><td align='center'>\n";
00794 } # fin de fonction debutTcentre
00795
00796 function finTcentre() {
00797 echo "</td></tr></table>\n";
00798 } # fin de fonction finTcentre
00799
00800 # --------------------------------------------
00801
00802 function spanOnMouseOver($txtjs) {
00803
00804 echo "<span onmouseover='$txtjs'>" ;
00805
00806 } # fin de fonction spanOnMouseOver
00807
00808 # --------------------------------------------
00809
00810 function spanOnMouseOverEtOut($txtjs1,$txtjs2) {
00811
00812 echo "<span onmouseover='$txtjs1' onmouseout='$txtjs2'>" ;
00813
00814 } # fin de fonction spanOnMouseOverEtOut
00815
00816 # --------------------------------------------
00817
00818 function debutEm() { echo "<em>" ; } ; function finEm() { echo "</em>" ; } ;
00819
00820 ##############################################################################################################
00821 ?>
Pour ne pas voir les numéros de ligne, ajoutez &nl=non à la suite du nom du fichier.