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Listing du fichier conf3avril2012.php

 

00001     <?php
00002     
00003     #    (gH)   -_-  conf3avril2012.php  ;  TimeStamp (unix) : 02 Avril 2012 vers 21:05
00004     
00005     ###################################################################################
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00007     include(
"std.php") ; # sous-programmes standards de (gH)
00008     
00009     ###################################################################################
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00011     
00012     debutPage
("Conférence","strict","conf.css","../../jquery.js jqpca.js") ;
00013     
00014     ###################################################################################
00015     
00016     debutSection
() ;
00017     h1
("Comment les statistiques aident les médecins à guérir les malades") ;
00018     $gh 
s_nbsp(20)." gilles.hunault \"at\" univ-angers.fr" ;
00019     h2
($gh,"gvert") ;
00020     h2
(em("(cours/conférence pour lycéens, avril 2012)")) ;
00021     
00022     pvide
() ;
00023     
00024     blockquote
() ;
00025     h2
("Table des matières") ;
00026     blockquote
() ;
00027     h3
("1. ".href("#problem","Du problème au modèle")) ;
00028     h3
("2. ".href("#realise","Du modèle à la réalisation")) ;
00029     #h3("3. ".href("#compete","Quelles compétences et quelles études pour ce genre de recherche ?")) ;
00030     h3
("3. ".href("#autresd","Et si on changeait de domaine ?")) ;
00031     h3
("4. ".href("#conclue","Conclusions")) ;
00032     
00033     finblockquote
() ;
00034     
00035     pvide
() ;
00036     div
("cadre2") ;
00037     p
() ;
00038     echo "Ne vous inquiétez pas si vous ne comprenez pas tous les mots de cet exposé, moi non plus ! " 
;
00039     finp
() ;
00040     p
() ;
00041     echo " J'ai essayé de mettre des liens avec des définitions, des cours, afin que vous puissiez approfondir tout cela... " 
;
00042     finp
() ;
00043     p
() ;
00044     echo "Pour retrouver cette page, cherchez " 
;
00045     echo b
(href("http://www.google.fr/search?q=Gilles+Hunault","&nbsp;Gilles HUNAULT&nbsp;","jaunesurvert nou")) ;
00046     echo " avec "
.s_span("Google","grouge")."." ;
00047     finp
() ;
00048     findiv
() ;
00049     
00050     
00051     finblockquote
() ;
00052     
00053     finSection
() ;
00054     
00055     ##############################################################################################################
00056     ##############################################################################################################
00057     
00058     debutSection
() ;
00059     h1
(s_span("1. Du ".aname("problème","problem")." au modèle","bleu")) ;
00060     blockquote
() ;
00061     
00062     ##############################################################################################################
00063     ##############################################################################################################
00064     
00065     $urlf 
"http://fr.wikipedia.org/wiki/Fibrose" ;
00066     h2
("1.1. Comment traiter la ".href($urlf,"fibrose")." ".href($urlf,"hépatique")." (maladie du foie) ?") ;
00067     
00068     ##############################################################################################################
00069     
00070     p
("texte") ;
00071     echo "Lorsqu'on va chez le médecin pour une maladie classique comme un rhume, une grippe " 
;
00072     echo " ou une otite, " 
;
00073     echo " il est assez facile pour le médecin de faire un "
.b("diagnostic")." car il y a en général de " ;
00074     echo " nombreux "
.b("symptomes visibles")." ou en tous cas relativement faciles à obtenir. " ;
00075     echo " Ainsi, suivant qu'il y a de la fièvre ou pas, que le conduit auditif externe est rouge irrité ou pas, " 
;
00076     echo " si le nez coule, si le patient tousse... on peut déterminer la maladie et en déduire ce qu'il faut " 
;
00077     echo " utiliser comme médicaments. " 
;
00078     finp
() ;
00079     
00080     uneImage
("antibio1.jpg","no") ;
00081     
00082     p
("texte") ;
00083     echo "L'expertise du médecin et sa connaissance des traitements associés aux pathologies permet d'adapter les doses, " 
;
00084     echo " et d'&ecirc;tre efficace en vue d'une guérison rapide. " 
;
00085     echo " Le choix des médicaments et de leur "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Posologie","posologie")." (quantité, mode d'administration...) " ;
00086     echo " est à peu près standardisé et les médecins, quand ils ne font pas simplement appel à leur mémoire, utilisent le " 
;
00087     echo " [dictionnaire] "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Dictionnaire_Vidal","Vidal")." pour fournir le meilleur traitement " ;
00088     echo " pour le patient. " 
;
00089     echo " Et comme vous vous en rappelez, les antibiotiques ne sont efficaces que contre les bactéries, pas les virus&nbsp;:" 
;
00090     finp
() ;
00091     
00092     div
("centre pluspetit divlarge") ;
00093     debutTcentre
() ;
00094     uneImage
("antibio2.gif",wikifr("Antibiotique"),"","","abox") ;
00095     finTcentre
() ;
00096     findiv
() ;
00097     
00098     p
("texte") ;
00099     echo "Les choses se compliquent lorsque les symptomes ne sont pas visibles, lorsque la maladie touche un organe interne " 
;
00100     echo " et lorsque la maladie est dite "
.em("malicieusement silencieuse")."&nbsp;: lorsqu'on ressent quelque chose, c'est " ;
00101     echo" déjà grave et peut-&ecirc;tre déjà trop tard. Comment faire, alors, s'il n'y a aucun moyen direct de "
.b("diagnostiquer") ;
00102     echo " et donc sans doute encore moins d'établir un "
.b("pronostic")." ? " ;
00103     finp
() ;
00104     
00105     p
("texte") ;
00106     echo "C'est là qu'interviennent les marqueurs, principalement sériques et sanguins. Un marqueur sanguin est un composant du sang qui varie nettement " 
;
00107     echo " en fonction des pathologies et permet donc de "
.b("marquer")." la présence d'une maladie. Le grand intér&ecirc;t des marqueurs sanguins " ;
00108     echo" est qu'avec une simple prise de sang et la feuille d'analyses " 
;
00109     echo " qui en résulte on peut évaluer, décider, orienter le traitement.  Et une prise de sang ne coute pas très cher, n'oblige pas à recourir à " 
;
00110     echo " l'anesthésie générale ni à l'hospitalisation." 
;
00111     finp
() ;
00112     
00113     div
("centre pluspetit divlarge") ;
00114     div
("divlarge") ;
00115     debutTcentre
() ;
00116     table
(0,10,"gauche") ;
00117     tr
() ;
00118      td
() ; pvide() ; fintd() ;
00119      td
() ; pvide() ; fintd() ;
00120      td
("c","cadresaisie") ; uneImage("saisieFibrometre.png","ordonnanceFibrometre.pdf","FibroMètre","400") ; fintd() ;
00121      td
() ; pvide() ; fintd() ;
00122      td
() ; pvide() ; fintd() ;
00123      td
() ; uneImage("fleche3.gif","","fleche","60") ; fintd() ;
00124      td
() ; pvide() ; fintd() ;
00125      td
() ; pvide() ; fintd() ;
00126      td
() ; uneImage("fibrometre.jpg","resultatsFibrometre.pdf","FibroMètre","200") ; fintd() ;
00127     fintr
() ;
00128     fintable
() ;
00129     finTcentre
() ;
00130     findiv
() ;
00131     findiv
() ;
00132     
00133     blockquote
() ;
00134     div
("moitie") ;
00135     p
("texte texteInterligne1p8") ;
00136     debutEm
() ;
00137     spanOnMouseOver
("montrepca()") ;
00138     echo b
("Nota Bene : ")." il s'agit ici de calculs de " ;
00139     echo "FibroMètres"
.", réalisés par la société angevine " ;
00140     echo href
("http://www.biols.fr","BioLiveScale") ;
00141     echo " à partir des idées et travaux du Professeur " 
;
00142     echo s_span
("&nbsp;Paul CALES&nbsp;","cadregris jaune_pastel") ;
00143     echo ", directeur du laboratoire HIFI " 
;
00144     echo " ((Hémodynamique, Interaction, Fibrose, " 
;
00145     echo " Invasivité tumorale Hépatique et Digestive, UPRES EA&nbsp;3859, IFR&nbsp;132) " 
;
00146     echo " du CHU d'Angers." 
;
00147     finspan
() ;
00148     finEm
() ;
00149     finp
() ;
00150     p
("centre texteInterligne1p5") ;
00151       echo img
('cales.jpg','Paul Calès','500','pca') ;
00152     finp
() ;
00153     findiv
() ;
00154     finblockquote
() ;
00155     
00156     pvide
() ;
00157     
00158     p
("texte") ;
00159     echo " Mais comment en arrive-t-on jusque là ?" 
;
00160     finp
() ;
00161     
00162     pvide
() ;
00163     
00164     ##############################################################################################################
00165     
00166     h2
("1.2. Modélisation") ;
00167     
00168     ##############################################################################################################
00169     
00170     p
("texte") ;
00171     echo "En fait, tout commence avec des études de recherche clinique, qui est, avec la recherche fondamentale, " 
;
00172     echo " l'une des deux composantes de la "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Recherche_m%E9dicale","recherche médicale").". " ;
00173     echo " Les professeurs et chercheurs de médecine effectuent des "
.b("études cliniques").", à l'aide de protocoles rigoureux " ;
00174     echo " dans des conditions fiables et reproductibles. Pour notre exemple, celui des maladies du foie, il faut donc trouver comment coupler " 
;
00175     echo " les marqueurs sanguins et l'état du foie. " 
;
00176     finp
() ;
00177     
00178     p
("texte") ;
00179     echo " Heureusement, depuis de nombreuses années, lorsqu'un foie est malade, on pratique une opération nommée " 
;
00180     echo " ponction biopsie hépatique (en sigle, PBH). Puisque cette conférence a lieu juste après le déjeuner, nous passerons sur " 
;
00181     echo " les détails de cette action "
.s_span("invasive","grouge")." qui consiste à prélever, au moyen d'une aiguille, un tout petit morceau de foie " ;
00182     echo " le plus souvent sous anesthésie locale. On dépose alors sur une lame de microscope une coupe de ce morceau de foie et un " 
;
00183     echo " médecin spécialisé en anatomo-pathologie analyse l'état des cellules et exprime son diagnostic sous forme d'un score de fibrose " 
;
00184     echo " nommé score "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Score_Metavir","Metavir")." F, qui va de ".s_span("&nbsp;F0&nbsp;","bleu_pastel")." (non malade) ";
00185     echo " à "
.s_span("&nbsp;F4&nbsp;","rouge_pastel")." (très malade). " ;
00186     #echo " sont comparés et testés pour leur tendance à prédire l'état du foie. On dispose en général aussi d'images de coupes de " ;
00187     #echo " foie, issues de ce qu'on nomme ".b("PBH")." pour
00188     finp
() ;
00189     
00190     div
("pluspetit divlarge") ;
00191     debutTcentre
() ;
00192     table
(0,20,"gauche") ;
00193     tr
() ;
00194      td
() ; uneImage("cirrhose.jpg","http://demoimageserver.secondslide.com/H_E_40x.svs/view.apml?","FibroMètre","300","abox") ; fintd() ;
00195      td
() ; uneImage("fleche.png","","","60") ; fintd() ;
00196      td
() ;
00197         table
(1,"15","collapse") ;
00198           tr
() ;
00199             td
("C") ; echo "F0" fintd() ;
00200             td
("L","bleu_pastel") ; echo "sans fibrose " fintd() ;
00201           fintr
() ;
00202           tr
() ;
00203             td
("C") ; echo "F1" fintd() ;
00204             td
("L","vert_pastel") ; echo "fibrose portale sans septa " fintd() ;
00205           fintr
() ;
00206           tr
() ;
00207             td
("C") ; echo "F2" fintd() ;
00208             td
("L","jaune_pastel") ; echo "fibrose portale et quelques septa " fintd() ;
00209           fintr
() ;
00210           tr
() ;
00211             td
("C") ; echo "F3" fintd() ;
00212             td
("L","orange_pastel") ; echo "fibrose septale pré-cirrhose " fintd() ;
00213           fintr
() ;
00214           tr
() ;
00215             td
("C") ; echo "F4" fintd() ;
00216             td
("L","rouge_pastel") ; echo "cirrhose" fintd() ;
00217           fintr
() ;
00218         fintable
() ;
00219      fintd
() ;
00220     fintr
() ;
00221     fintable
() ;
00222     finTcentre
() ;
00223     findiv
() ;
00224     
00225     p
("texte") ;
00226     echo "A la suite de recherches sur des souris ou des rats (dont la physiologie est proche de celles des humains), les chercheurs " 
;
00227     echo " ont fini par trouver quels marqueurs sanguins pouvaient indiquer une dégradation du foie. En voici une liste non exhaustive " 
;
00228     echo " (cela veut dire non complète) dont le but est juste de montrer qu'il n'y en a en qu'une bonne dizaine " 
;
00229     echo " dont les plus importants sont listés ci-dessous&nbsp;:" 
;
00230     finp
() ;
00231     
00232     div
("pluspetit divlarge") ;
00233     debutTcentre
() ;
00234     table
(1,15,"collapse") ;
00235       tr
() ;
00236         th
() ; echo "Sigle"  finth() ;
00237         th
() ; echo "Nom" finth() ;
00238         th
() ; echo "Sigle"  finth() ;
00239         th
() ; echo "Nom" finth() ;
00240       fintr
() ;
00241       tr
() ;
00242         td
("C","jaune_pastel") ; echo s_span("A2M","grouge")  ; fintd() ;
00243         td
() ; echo "Alpha2Macroglobuline (mg/dl)" fintd() ;
00244         td
("C","jaune_pastel") ; echo s_span("TP","grouge")  ; fintd() ;
00245         td
() ; echo "Taux de Prothrombine (%)" fintd() ;
00246       fintr
() ;
00247       tr
() ;
00248         td
("C","jaune_pastel") ; echo s_span("PLQ","grouge")  ; fintd() ;
00249         td
() ; echo "Plaquettes (G/l)" fintd() ;
00250         td
("C","jaune_pastel") ; echo s_span("AH","grouge")   ; fintd() ;
00251         td
() ; echo "Acide hyaluronique (&mu;g/l)" fintd() ;
00252       fintr
() ;
00253       tr
() ;
00254         td
("C","jaune_pastel") ; echo s_span("UREE","grouge")  ; fintd() ;
00255         td
() ; echo "Urée ( mmol/l)" fintd() ;
00256         td
("C","jaune_pastel") ; echo s_span("GLY","grouge")  ; fintd() ;
00257         td
() ; echo "Glycémie (mmol/l)" fintd() ;
00258       fintr
() ;
00259       tr
() ;
00260         td
("C","vert_pastel") ; echo s_span("ASAT","grouge")  ; fintd() ;
00261         td
() ; echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Aspartate_amino_transf%E9rase","Aspartate amino transférase")." (UI/l)" fintd() ;
00262         td
("C","vert_pastel") ; echo s_span("ALAT","grouge")  ; fintd() ;
00263         td
() ; echo href("http://fr.wikipedia.org/wiki/Alanine_amino_transf%E9rase","Alanine amino transférase")." (UI/l)" fintd() ;
00264       fintr
() ;
00265       tr
() ;
00266         td
("C","bleu_pastel") ; echo s_span("BIL","grouge")  ; fintd() ;
00267         td
() ; echo "Bilirubine (&mu;mol/l)" fintd() ;
00268         td
("C","bleu_pastel") ; echo s_span("FERI","grouge")  ; fintd() ;
00269         td
() ; echo "Ferritine (&mu;g/l)" fintd() ;
00270       fintr
() ;
00271     fintable
() ;
00272     finTcentre
() ;
00273     findiv
() ;
00274     
00275     p
("texte") ;
00276     echo " Nous avons donc d'un coté des images de foie, avec un score sur l'état de la maladie et de l'autre coté, des valeurs de marqueurs sanguins. " 
;
00277     echo " Pour ceux et celles qui veulent des chiffres, voici un exemple de stockage de ces informations : " 
;
00278     finp
() ;
00279     
00280     div
("divlarge2") ;
00281     pre_fichier
("datafibrose.txt","cadrefic") ;
00282     findiv
() ;
00283     
00284     p
("texte") ;
00285     echo " Pour aider les médecins à diagnostiquer l'état du foie, il suffit de modéliser la relation entre les marqueurs et les scores. " 
;
00286     echo " Et hop ! " 
;
00287     
00288     echo "Voici donc un grand secret enfin révélé : " 
;
00289     finp
() ;
00290     
00291     pvide
() ;
00292     p
("centre") ;
00293     echo s_span
("oui, les mathématiques peuvent servir à quelque chose !","gvert") ;
00294     finp
() ;
00295     pvide
() ;
00296     
00297     p
("texte") ;
00298     echo "Si on arrive à construire une formule mathématique qui fournit le score en fonction des marqueurs, c'est gagné. Hélas, les choses " 
;
00299     echo " ne sont pas si simples... Dans les cours de troisième, les équations ont toujours des solutions. En terminale, on apprend m&ecirc;me " 
;
00300     echo " à utiliser des nombres dont le carré est négatif... Mais les modéles mathématiques pour notre problème, qu'on nomme du terme " 
;
00301     echo "&laquo;barbare&raquo; de régression logistique ordinale ne sont pas simples à calculer, ni faciles à réutiliser. " 
;
00302     echo "Pour preuve, regardez deux expressions équivalentes (hum !) des équations sous-jacentes, comme on dit : " 
;
00303     finp
() ;
00304     
00305     debutTcentre
() ;
00306     uneImage
("rlb1.png","no") ;
00307     finTcentre
() ;
00308     
00309     debutTcentre
() ;
00310     uneImage
("rlb2.png","no") ;
00311     finTcentre
() ;
00312     
00313     p
("texte") ;
00314     echo "C'est là où les statistiques et l'informatique entrent en jeu. Avec les mathématiques, on dispose de formules. Avec l'informatique, " 
;
00315     echo " on dispose d'ordinateurs et de programmes de calculs. Les statistiques permettent de construire et d'appliquer les modèles, c'est-à-dire " 
;
00316     echo " de trouvers les coefficients des équations et de tester si ce qu'on calcule est " 
;
00317     echo b
("valide").", ".b("robuste").", ".b("fiable")." avec des sens statistiques très précis pour ces adjectifs. " ;
00318     echo " Comme il n'est pas possible de résoudre les équations, on utilise des programmes qui donnent des " 
;
00319     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Approximation","approximations");
00320     echo " des valeurs cherchées puisqu'on ne peut pas connaitre les valeurs exactes, " 
;
00321     echo " un peu comme la "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Newton","méthode de Newton-Raphson") ;
00322     echo " que vous devez sans doute connaitre, " 
;
00323     echo " la "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_des_moindres_carr%C3%A9s","méthode des moindres carrés") ;
00324     echo " ou le principe du " 
;
00325     echo href
("http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood","maximum de vraisemblance")."." ;
00326     finp
() ;
00327     
00328     p
("texte") ;
00329     echo " Voici un exemple de résultat de l'application des calculs pour un modèle lié aux données précédentes&nbsp;:" 
;
00330     finp
() ;
00331     
00332     div
("divlarge2") ;
00333     pre_fichier
("resultatsfibrose.txt","cadrefic") ;
00334     findiv
() ;
00335     
00336     p
("texte") ;
00337     echo "Encore faut-il &ecirc;tre capable de lire ces chifres et de savoir interpréter les résultats, en supposant qu'ils sont justes ! " 
;
00338     finp
() ;
00339     
00340     ##############################################################################################################
00341     
00342     finblockquote
() ;
00343     finSection
() ;
00344     
00345     ##############################################################################################################
00346     ##############################################################################################################
00347     
00348     debutSection
() ;
00349     h1
(s_span("2. Du modèle à la ".aname("réalisation","realise"),"bleu")) ;
00350     blockquote
() ;
00351     
00352     ##############################################################################################################
00353     ##############################################################################################################
00354     
00355     h2
("2.1. Validation") ;
00356     
00357     ##############################################################################################################
00358     
00359     p
("texte") ;
00360     echo "Une fois le ou les modèles mathématiques établis par les statisticiens sur des données réelles, les médecins les valident " 
;
00361     echo " en les confrontant aux vrais résultats, c'est-à-dire qu'on compare le score connu du malade avec le score prédit. Par exemple " 
;
00362     echo " on peut construire un tableau à quatre cases qui indique les bons résultats et les mauvais résultats pour les " 
;
00363     echo " malades et les non-malades&nbsp;: " 
;
00364     finp
() ;
00365     
00366     uneImage
("4cases.png","../vd.php") ;
00367     
00368     p
("texte") ;
00369     echo "On dispose aussi de critères pour comparer plusieurs modèles, pour savoir quelle confiance on doit accorder à chaque marqueur... " 
;
00370     echo " En fonction de la qualité des résultats, on peut avoir recours à plusieurs modèles, à une méthode plus compliquée qu'un simple calcul. " 
;
00371     echo " Par exemple on peut utiliser une procédure hiérarchique, avoir des systèmes de règles pour orienter la décision... " 
;
00372     finp
() ;
00373     
00374     div
("divlarge") ;
00375     uneImage
("se2.jpg","http://fr.wikipedia.org/wiki/Syst%C3%A8me_expert","se","","abox") ;
00376     findiv
() ;
00377     
00378     p
("texte") ;
00379     echo "Cette étape de validation est souvent longue : il faut beaucoup de données pour construire le modèle. Il faut bien penser à tester ici " 
;
00380     echo " des personnes des deux sexes, de tout age. Il faut éventuellement faire des modèles différents suivant " 
;
00381     echo " l'"
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89tiologie","étiologie")." car un foie malade à cause d'un virus (hépatite) " ;
00382     echo " ne réagit pas de la m&ecirc;me façon qu'un foie malade à cause de l'alcool (cirrhose) ou à cause d'une alimentation " 
;
00383     echo " trop riche (stéatopathie). " 
;
00384     echo " Mais au bout du compte avec du temps, de la méthode et de la rigueur, on finit par avoir un bon modèle, " 
;
00385     echo " fiable, robuste, vérifié... " 
;
00386     finp
() ;
00387     
00388     p
("texte") ;
00389     echo "Il faut aussi essayer de comprendre pourquoi les modèles ne sont pas parfaits (le taux de &laquo;bien classés&raquo; est rarement " 
;
00390     echo" de 100&nbsp;%), ce qui permet d'améliorer le modèle, ce qui oblige parfois à ajouter de nouvelles variables, à refaire toute une " 
;
00391     echo " série de tests... " 
;
00392     finp
() ;
00393     
00394     
00395     ##############################################################################################################
00396     
00397     h2
("2.2. Mise en oeuvre dans le monde &laquo;réel&raquo;") ;
00398     
00399     p
("texte") ;
00400     echo "Disposer d'un modèle, c'est bien, mais comment s'en servir ? Un médecin ne va pas faire des calculs compliqués pendant une consultation. " 
;
00401     echo " De plus, une valeur de score doit &ecirc;tre accompagnée d'un commentaire, d'explications car il ne s'agit que d'une aide à la décision. " 
;
00402     echo " Il faut donc ajouter au calcul tout un environnement pour en faire un vrai document utilisable. C'est pourquoi à l'aide d'informaticiens " 
;
00403     echo " (qui sont parfois aussi statisticiens, à moins que ce ne soit l'inverse), il y a une phase de mise en production qui consiste à " 
;
00404     echo " transformer un modèle en outil d'aide au diagnostic avec production automatique d'un compte rendu directement exploitable. " 
;
00405     echo " " 
;
00406     finp
() ;
00407     
00408     p
("texte") ;
00409     echo "Voici un exemple de coopération entre mathématiques, informatique et médecine pour arriver à un résultat compréhensible. " 
;
00410     echo " Il faut souvent, pour exploiter les résultats de "
.href("http://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9gression_logistique","régression logistique binaire") ;
00411     echo ", déterminer un seuil ou "
.em("cut off").". En effet, la modélisation fournir une fonction qui va de ".s_span("0=non malade","gvert") ;
00412     echo " à "
.s_span("1=malade","grouge").". Mais entre les deux ? " ;
00413     finp
() ;
00414     
00415     debutTcentre
() ;
00416         uneImage
("rlb3.png","http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R_2004/18.html","rlb3",300) ;
00417     finTcentre
() ;
00418     
00419     p
("texte") ;
00420     echo "Mettre en oeuvre, cela veut aussi dire s'occuper de commercialisation, s'intéresser aux co&ucirc;ts. " 
;
00421     echo " Les statistiques médico-économiques, gr&acirc;ce à des calculs qu'on appelle  " 
;
00422     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Estimateur_%28statistique%29","estimations") ;
00423     echo " sont capables de tester si un nouveau traitement est intéressant à la fois du point de vue médical et du point de vue " 
;
00424     echo " financier. Un exemple angevin d'un tel résultat est " 
;
00425     echo href
("http://www.info.univ-angers.fr/pub/gh/publications/postergi3.pdf","ici")." (en anglais, mais ce n'est pas le plus important) " ;
00426     echo " qui traite de l'évaluation d'un dépistage pré-thérapeutique des toxicités du "
.href(wikifr("Fluorouracile"),"5-fluorouracile") ;
00427     echo " dans le cadre d'une étude sur le cancer colorectal au Centre Paul Papin, et qui a débouché sur une thèse puis sur une embauche en CDI " 
;
00428     echo " pour Sory TRAORE." 
;
00429     finp
() ;
00430     
00431     ##############################################################################################################
00432     
00433     finblockquote
() ;
00434     finSection
() ;
00435     
00436     ##############################################################################################################
00437     ##############################################################################################################
00438     /*
00439     debutSection() ;
00440     h1(s_span("3. Quelles ".aname("compétences","compete")." et quelles études pour ce genre de recherche ?","bleu")) ;
00441     blockquote() ;
00442     
00443     ##############################################################################################################
00444     ##############################################################################################################
00445     
00446     h2("3.1. ") ;
00447     
00448     ##############################################################################################################
00449     
00450     p("texte") ;
00451     echo " médicales et mathématiques " ;
00452     finp() ;
00453     
00454     ##############################################################################################################
00455     
00456     h2("3.2. ") ;
00457     
00458     p("texte") ;
00459     echo "informatiques " ;
00460     finp() ;
00461     
00462     ##############################################################################################################
00463     
00464     finblockquote() ;
00465     finSection() ;
00466     */
00467     ##############################################################################################################
00468     ##############################################################################################################
00469     
00470     debutSection
() ;
00471     h1
(s_span("3. Et si on changeait de ".aname("domaine","autresd")." ?","bleu")) ;
00472     blockquote
() ;
00473     
00474     ##############################################################################################################
00475     ##############################################################################################################
00476     
00477     h2
("3.1. De la médecine des humains aux maladies des plantes ") ;
00478     
00479     ##############################################################################################################
00480     
00481     p
("texte") ;
00482     echo " Il n'y a pas que les humains qui peuvent &ecirc;tre malades. Les plantes, les cultures aussi. En particulier, " 
;
00483     echo " les "
.href("http://ephytia.inra.fr/tabac/tabac_utilisateur/index_appli.php?portail=Grandes%20cultures&amp;produit=tabac&amp;main=3&amp;ssrub1=27","bactéries phytopathogènes de quarantaine") ;
00484     echo " sont très &laquo;dangereuses&raquo; car elles peuvent contaminer " 
;
00485     echo " tout un champ, essaimer. Elles sont présentes dans les végétaux car elles pénétrent dans les " 
;
00486     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Cellule_v%C3%A9g%C3%A9tale","cellules végétales").". Il faut les détecter rapidement, notamment quand " ;
00487     echo " un bateau arrive avec une cargaison de graines d'un pays éloigné... " 
;
00488     echo " Là encore, on peut modéliser la réponse "
.s_span("pathogène","grouge")." ou ".s_span("non pathogène","gvert")." mais en fonction d'informations " ;
00489     echo " dites binaires en 0 ou 1 qui se situent au niveau cellulaire : on met 1 si un certain " 
;
00490     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/G%C3%A8ne","gène")." est présent dans l'" ;
00491     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/ADN-T","ADN")." de la plante, " ;
00492     echo " 0 sinon. Sans entrer dans les détails, on peut montrer qu'on peut calculer des formules qui permettent de détecter " 
;
00493     echo " pratiquement à 100&nbsp;% la présence des &laquo;méchantes&raquo; bactéries dans les graines si les données sont spécialisées... " 
;
00494     finp
() ;
00495     
00496     div
("divlarge") ;
00497     debutTcentre
() ;
00498     deuxImages
("bphyto.jpg","miniphyto.png","http://fr.wikipedia.org/wiki/Pathologie_v%E9g%E9tale","","200","dataphytobact.txt","phytob","350") ;
00499     finTcentre
() ;
00500     findiv
() ;
00501     
00502     p
("texte") ;
00503     echo "La mise au point des modèles, leur validation et leur mise en oeuvre sont ici plus difficiles car les graines sont parfois acheminées d'un pays à l'autre, " 
;
00504     echo " les bactéries mutent rapidement, on doit traiter de gros volumes de données (et non pas des personnes), il faut utiliser " 
;
00505     echo " des machines sophistiquées qu'on nomme puces à ADN... mais au bout du compte, il s'agit de la m&ecirc;me démarche :" 
;
00506     echo " si on arrive à "
.b("modéliser")." mathématiquement les relations entre ce qu'on a et ce qu'on cherche, il sera ensuite " ;
00507     echo " possible de programmer, c'est-à-dire d'écrire des programmes informatiques pour calculer numériquement les coefficients du modèle. " 
;
00508     echo " Et ensuite, ça décolle ! " 
;
00509     finp
() ;
00510     
00511     uneImage
("fusee.jpg","no","fusée","150") ;
00512     
00513     p
("texte") ;
00514     echo "Là encore la mise au point, l'exploitation de tout cela ne peut se faire qu'à l'aide d'une étroite collaboration entre " 
;
00515     echo " biologistes, statisticiens, informaticiens. Et en bout de chaine, on dispose d'une interface pour calculer et afficher les " 
;
00516     echo " résultats, comme ici pour des données relatives principalement à des "
.href(wikifr("Xanthomonas"),"Xanthomonas").", dans une étude menée pour l'INRA d'Angers" ;
00517     echo " avec Tristan BOUREAU&nbsp;:" 
;
00518     finp
() ;
00519     
00520     div
("divlarge") ;
00521     debutTcentre
() ;
00522     troisImages
("saisiecs.png","histo.png","dindon.png",
00523     "../../Idas/Ccd/ce_f.php"
,"cs1","300",
00524     "../../Idas/Ccd/ce_f.php"
,"cs2","150",
00525     "../../Idas/Ccd/ce_f.php"
,"cs3","150") ;
00526     finTcentre
() ;
00527     findiv
() ;
00528     
00529     ##############################################################################################################
00530     
00531     h2
("3.2. Des maladies des plantes aux propriétés des plantes") ;
00532     
00533     ##############################################################################################################
00534     
00535     p
("texte") ;
00536     echo " Vous le savez sans doute, mais les graines, lorsqu'elles sont privées d'eau, se mettent en " 
;
00537     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Dormance","dormance")  ;
00538     echo " et, une fois réhydratées, se remettent à vivre... On a ainsi vu &laquo;ressusciter&raquo; des graines d'Egypte " 
;
00539     echo " vieilles de plus de trois mille ans. Si on cherche à comprendre ce phénomène, on découvre que certaines " 
;
00540     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Prot%C3%A9ine","protéines") ;
00541     echo " nommées " 
;
00542     echo href
("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","LEA") ;
00543     echo " semblent jouer un r&ocirc;le important lors de la dessication. Il y a encore beaucoup de travail à faire dessus. Si cela vous " 
;
00544     echo " intéresse, vous pourriez nous aider nous modéliser leurs fonctions. Avec un collègue biochimiste, "
.href("http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/","Emmanuel JASPARD") ;
00545     echo ", nous avons stocké des informations relatives " 
;
00546     echo " à plusieurs centaines de protéines "
.href("http://en.wikipedia.org/wiki/Late_Embryogenesis_Abundant_proteins","LEA") ;
00547     echo " typiques dans une base de données. Pour l'instant nous n'avons pas encore de modèle, mais cela " 
;
00548     echo " viendra... " 
;
00549     finp
() ;
00550     
00551     debutTcentre
() ;
00552     table
(0,20) ;
00553     tr
() ;
00554       td
() ;
00555         uneImage
("leadb1.png","http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","","200","") ;
00556       fintd
() ;
00557       td
() ;
00558          uneImage
("alfa.gif","http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","","200","") ;
00559         #pvide() ;
00560       fintd
() ;
00561       td
() ;
00562         uneImage
("leafigs.png","http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Leadb/","","350","abox") ;
00563       fintd
() ;
00564     fintr
() ;
00565     fintable
() ;
00566     finTcentre
() ;
00567     
00568     ##############################################################################################################
00569     
00570     h2
("3.3. Analyser les &laquo;productions sociales&raquo;") ;
00571     
00572     p
("texte","ouioui") ;
00573     echo "Pourquoi s'arr&ecirc;ter en si bon chemin ? Il est sans doute possible, sans "
.em("a priori").", d'analyser des relations plus " ;
00574     echo " générales que des relations "
.b("pathologiques").". Par exemple, est-on capable de passer en revue les discours politiques, ou les " ;
00575     echo " textes littéraires ? Ou m&ecirc;me, pourquoi pas, les images de publicité ? En fait, la réponse est oui, et m&ecirc;me " 
;
00576     echo " plut&ocirc;t deux fois qu'une, selon l'équation fondamentale&nbsp;: " 
;
00577     finp
() ;
00578     
00579     debutTcentre
() ;
00580     table
(0) ;
00581     tr
() ;
00582       td
() ;
00583         uneImage
("oui.png","no","oui","200") ;
00584       fintd
() ;
00585       td
() ;
00586         uneImage
("ouioui.jpg","no","ouioui",200) ;
00587       fintd
() ;
00588     fintr
() ;
00589     fintable
() ;
00590     finTcentre
() ;
00591     
00592     p
("texte") ;
00593     echo "Avec de la méthode, de la rigueur, les probabilités et les statistiques que l'on apprend en terminale puis à l'université comme ici en faculté des sciences, " 
;
00594     echo " permettent de mettre en oeuvre les outils et méthodes existants ou d'en inventer d'autres, suivant le domaine d'étude, parfois en collaboration " 
;
00595     echo " avec des chercheurs et spécialistes d'autres domaines. Par exemple, le lien ci-dessous permet une analyse assez élémentaire dite "
.b("analyse statistique lexicale textuelle") ;
00596     echo " c'est-à-dire sur le lexique, donc portant sur les mots et leur environnement. Nous sommes donc passés de la " 
;
00597     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Bio-informatique","bioinformatique")." aux sciences humaines." ;
00598     finp
() ;
00599     
00600     div
("divlarge") ;
00601     debutTcentre
() ;
00602     uneImage
("analexies.jpg","../../Wanalexies/analexies.htm","analexies",300) ;
00603     finTcentre
() ;
00604     findiv
() ;
00605     
00606     p
("texte") ;
00607     echo "En cliquant sur "
.b("Analexies - analyses en ligne")." puis sur ".b("création de dictionnaires en ligne").", il vous sera " ;
00608     echo " possible d'analyser par exemple le deuxième discours inaugural de G. W. Bush et découvrir que les trois &laquo;vrais&raquo; mots qui " 
;
00609     echo " reviennent le plus souvent sont (et dans cet ordre) "
.b("freedom, america, liberty").", tout un programme ! " ;
00610     echo " De m&ecirc;me, si vous demandez à la machine d'analyser les deux premiers chapitres de " 
;
00611     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/La_B%C3%AAte_Humaine","la b&ecirc;te humaine").", ce fameux roman d'" ;
00612     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89mile_Zola","Emile ZOLA").", vous verrez qu'un simple comptage statistique indique qu'il s'agit d'un... train ! " ;
00613     finp
() ;
00614     
00615     p
("texte") ;
00616     echo "Pour la &laquo;petite histoire&raquo;, nous avons écrit ce logiciel pour des étudiants de la Sorbonne il y a quelques années. L'enseignante qui " 
;
00617     echo " l'utilise est une linguiste et sémiologue qui a passé une "
.href("http://www.diffusiontheses.fr/60718-these-de-brunet-hunault-laurence.html","thèse") ;
00618     echo " intitulée " 
;
00619     echo href
("http://www.sudoc.fr/14409620X",em("Sémiologie des indices et imaginaire linguistique [...]"))." à partir d'images de magazines de cuisine. " ;
00620     finp
() ;
00621     
00622     div
("divlarge") ;
00623     uneImage
("cuisine.png","http://images.google.fr/images?q=magazines+de+cuisine&amp;safe=on","magazines de cuisine","600") ;
00624     #"http://www.google.fr/search?hl=fr&client=opera&hs=Zez&rls=fr&channel=suggest&biw=1806&bih=955&tbm=isch&sa=1&q=magazines+de+cuisine&oq=magazines+de+cuisine&aq=f&aqi=g1&aql=&gs_l=img.3..0.758064l760895l0l761087","magazines de cuisine","600") ;
00625     findiv
() ;
00626     
00627     p
("texte") ;
00628     echo "Vous l'avez sans doute reconnue, c'est Laurence BRUNET-HUNAULT, mon épouse ! " 
;
00629     finp
() ;
00630     
00631     uneImage
("astro.gif","http://l.brunethunault.free.fr/","cosmonaute","200") ;
00632     
00633     p
("texte") ;
00634     echo "Compter, analyser les mots, les expressions, les mouvements peut permettre de découvrir des standards, des normes ou juste des usages, " 
;
00635     echo " d'appréhender "
.b("&laquo;LA&raquo;")." vérité, un peu comme les spécialistes de la série ".em("Lie to me")."... " ;
00636     finp
() ;
00637     
00638     
00639     p
("texte") ;
00640     echo "Qui sait, avec beaucoup d'informatique et de mathématique, on pourrait peut-&ecirc;tre enfin avoir des machines qui parlent comme nous, " 
;
00641     echo " ce vieux r&ecirc;ve de l'" 
;
00642     echo href
("http://fr.wikipedia.org/wiki/Intelligence_artificielle","Intelligence Artificielle") ;
00643     echo ", considéré comme évident en science-fiction mais qui n'est toujours pas une réalité aujourd'hui, en 2012. " 
;
00644     finp
() ;
00645     
00646     uneImage
("robots.png","no","robots","500") ;
00647     
00648     p
("texte") ;
00649     echo "On pourrait m&ecirc;me inventer des machines pour des t&acirc;ches de la vie de tous les jours... " 
;
00650     finp
() ;
00651     
00652     uneImage
("norobots.png","no","robots","500") ;
00653     
00654     ##############################################################################################################
00655     
00656     finblockquote
() ;
00657     finSection
() ;
00658     
00659     ##############################################################################################################
00660     ##############################################################################################################
00661     
00662     debutSection
() ;
00663     h1
(s_span("4. ".aname("Conclusions","conclue"),"bleu")) ;
00664     blockquote
() ;
00665     
00666     p
("texte") ;
00667     echo "Au terme de cette petite heure de cours/conférence, nous avons vu comment on peut passer d'une maladie, la fibrose, " 
;
00668     echo " à un outil de diagnostic de cette maladie utilisé en pratique courante (en &laquo;routine&raquo;). Il a fallu une collaboration forte entre médecins et mathématiciens " 
;
00669     echo " pour établir et valider une modélisation réaliste et efficace, puis entre statisticiens et informaticiens pour " 
;
00670     echo " passer des formules mathématiques et des suites de coefficients numériques à une simple consultation de page Web avec un formulaire pour obtenir des résultats " 
;
00671     echo " utilisables directement par les médecins. " 
;
00672     finp
() ;
00673     
00674     p
("texte") ;
00675     echo "Nous avons aussi vu qu'avec un certain nombre de connaissances et de compétences, on peut appliquer les m&ecirc;mes idées et méthodes " 
;
00676     echo " à d'autres domaines proches comme les maladies des plantes ou plus éloignés comme les discours politiques, les images " 
;
00677     echo " publicitaires... " 
;
00678     echo "Des études de science (mathématique, biologie, informatique) mènent à ces métiers et c'est à l'université que l'on " 
;
00679     echo " peut effectuer de telles études, comme par exemple ici, à la faculté des sciences." 
;
00680     finp
() ;
00681     
00682     p
("texte") ;
00683     echo "Qui sait, vous serez peut-&ecirc;tre mes étudiants dans quelques années, voire... mes collègues à plus long terme. Je vous souhaite " 
;
00684     echo " un brillant avenir et beaucoup de plaisir dans votre vie future de travail. " 
;
00685     finp
() ;
00686     
00687     p
("texte") ;
00688     echo "Et vive les statistiques ! " 
;
00689     finp
() ;
00690     
00691     p
("centre") ;
00692     spanOnMouseOverEtOut
("edastatGrand()","edastatPetit()") ;
00693     echo img
("edastat7.png","eda7",500,"edastat") ;
00694     #uneImage("lechat_ant.jpg","no") ;
00695     finspan
()  ;
00696     finp
() ;
00697     
00698     finblockquote
() ;
00699     finSection
() ;
00700     
00701     ##############################################################################################################
00702     
00703     pvide
() ;
00704     debutSection
() ;
00705     p
() ;
00706     echo "Codes-sources de la page : " 
;
00707     echo href
("montresource.php?nomfic=conf3avril2012.php","php","orange_stim nou") ;
00708     echo " ; " 
;
00709     echo href
("montresource.php?nomfic=jqpca.js","js","vert nou") ;
00710     echo "&nbsp;." 
;
00711     finp
() ;
00712     finSection
() ;
00713     
00714     ##############################################################################################################
00715     ##############################################################################################################
00716     
00717     finPage
() ;
00718     
00719     
00720     ##############################################################################################################
00721     ##############################################################################################################
00722     #                                                                                                            #
00723     #  Sous-Programmes :                                                                                         #
00724     #                                                                                                            #
00725     ##############################################################################################################
00726     ##############################################################################################################
00727     
00728     ## function wikifr($mot) { return("http://fr.wikipedia.org/wiki/".urlencode($mot)) ; }
00729     
00730     ##############################################################################################################
00731     
00732     function 
uneImage($img,$lien="",$alt="",$taille="300",$cla="",$id="") {
00733     
00734     # --------------------------------------------
00735     
00736     debutTcentre
() ;
00737     p
("centre") ;
00738     if ($lien
=="") { $lien $img ; } ;
00739     if ($alt
=="")  { $alt  $img ; } ;
00740     if ($lien
=="no") {
00741       echo img
($img,$alt,$taille,$id) ;
00742     } else {
00743       echo href
($lien,img($img,$alt,$taille,$id),"cadrelien $cla") ;
00744     } # fin si
00745     finp
() ;
00746     finTcentre
() ;
00747     
00748     } # fin de fonction uneImage
00749     
00750     # --------------------------------------------
00751     
00752     function 
deuxImages($img1,$img2,$lien1="",$alt1="",$taille1="300",$lien2="",$alt2="",$taille2="300") {
00753     
00754     # --------------------------------------------
00755     
00756     p
("centre") ;
00757     if ($lien1
=="") { $lien1 $img1 ; } ;
00758     if ($alt1
=="")  { $alt1  $img1 ; } ;
00759     if ($lien2
=="") { $lien2 $img2 ; } ;
00760     if ($alt2
=="")  { $alt2  $img2 ; } ;
00761     echo href
($lien1,img($img1,$alt1,$taille1),"abox") ;
00762     nbsp
(10) ;
00763     echo href
($lien2,img($img2,$alt2,$taille2),"abox") ;
00764     finp
() ;
00765     
00766     } # fin de fonction deuxImages
00767     
00768     # --------------------------------------------
00769     
00770     function 
troisImages($img1,$img2,$img3,$lien1="",$alt1="",$taille1="300",$lien2="",$alt2="",$taille2="300",$lien3="",$alt3="",$taille3="300") {
00771     
00772     # --------------------------------------------
00773     
00774     p
("centre") ;
00775     if ($lien1
=="") { $lien1 $img1 ; } ;
00776     if ($alt1
=="")  { $alt1  $img1 ; } ;
00777     if ($lien2
=="") { $lien2 $img2 ; } ;
00778     if ($alt2
=="")  { $alt2  $img2 ; } ;
00779     if ($lien3
=="") { $lien3 $img3 ; } ;
00780     if ($alt3
=="")  { $alt3  $img3 ; } ;
00781     echo href
($lien1,img($img1,$alt1,$taille1)) ;
00782     nbsp
(10) ;
00783     echo href
($lien2,img($img2,$alt2,$taille2)) ;
00784     nbsp
(10) ;
00785     echo href
($lien3,img($img3,$alt3,$taille3)) ;
00786     finp
() ;
00787     
00788     } # fin de fonction troisImages
00789     
00790     # --------------------------------------------
00791     
00792     function 
debutTcentre() {
00793       echo "<table width='100%'><tr><td align='center'>\n"
;
00794     } # fin de fonction debutTcentre
00795     
00796     function 
finTcentre() {
00797       echo "</td></tr></table>\n"
;
00798     } # fin de fonction finTcentre
00799     
00800     # --------------------------------------------
00801     
00802     function 
spanOnMouseOver($txtjs) {
00803     
00804     echo "<span onmouseover='
$txtjs'>" ;
00805     
00806     } # fin de fonction spanOnMouseOver
00807     
00808     # --------------------------------------------
00809     
00810     function 
spanOnMouseOverEtOut($txtjs1,$txtjs2) {
00811     
00812     echo "<span onmouseover='
$txtjs1' onmouseout='$txtjs2'>" ;
00813     
00814     } # fin de fonction spanOnMouseOverEtOut
00815     
00816     # --------------------------------------------
00817     
00818     function 
debutEm() { echo "<em>" ; } ; function finEm() { echo "</em>" ; } ;
00819     
00820     ##############################################################################################################
00821     ?>

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