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title: "demoR15"
output: all
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# Gène X94991

```{r}
library(ape)                                        # chargement de la librairie
geneX <- read.GenBank("X94991.1",as.character=TRUE) # lecture du gène demandé
cnt <- table(geneX)                                 # comptages par type de nucléotide
print( cnt )                                        # affichage
print( cnt )                                        # affichage
```

# Histogramme des fréquences

```{r, echo=FALSE}
# répartition détaillée des nucléotides

tap <- table(geneX)     
props        <- as.numeric(prop.table(tap))
pcts         <- paste(round(100*props,1),"%")
dfRes        <- data.frame(tap,props,pcts)
names(dfRes) <- c("Nucléotides","Comptages","Proportions","Pourcentages")
print(dfRes)
     
# visualisation graphique
     
lng   <- sum(tap)
coul  <- rainbow(dim(tap)) # mieux que c("red","green","blue","yellow")
titre <- paste("Nucléotides du gène X94991\n (longueur=",lng,")",sep="")
     
barplot(tap,main=titre,col=coul,legend.text=pcts,xlim=c(0,6))
```
# Avec les fonctions (gH)
```{r,echo=FALSE,print=FALSE}
source("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/wstat/statgh.r",encoding="latin1")
```
```{r}
# réalisation du chi-deux et explications en français
     
# il s'agit ici du chi-deux d'adéquation à une distribution théorique
# (de même effectif global) soit ici la loi uniforme discrète,
# autrement dit, la loi sous hypothèse d'équirépartition
     
chi2Adeq(vth=rep(length(geneX[[1]])/4,4),vobs=tap,graph=TRUE)
```