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Gène X94991

library(ape)                                        # chargement de la librairie
geneX <- read.GenBank("X94991.1",as.character=TRUE) # lecture du gène demandé
cnt <- table(geneX)                                 # comptages par type de nucléotide
print( cnt )                                        # affichage

## geneX
##   a   c   g   t 
## 410 789 573 394

print( cnt )                                        # affichage

## geneX
##   a   c   g   t 
## 410 789 573 394

Histogramme des fréquences

##   Nucléotides Comptages Proportions Pourcentages
## 1           a       410   0.1892890       18.9 %
## 2           c       789   0.3642659       36.4 %
## 3           g       573   0.2645429       26.5 %
## 4           t       394   0.1819021       18.2 %

# Avec les fonctions (gH)

## 
## 
##  (gH) version  5.17 
## 
## fonctions d'aides : lit() fqt() fql() ic() fapprox() chi2() fcomp() datagh() 
## taper aide() pour revoir cette liste

# réalisation du chi-deux et explications en français
     
# il s'agit ici du chi-deux d'adéquation à une distribution théorique
# (de même effectif global) soit ici la loi uniforme discrète,
# autrement dit, la loi sous hypothèse d'équirépartition
     
chi2Adeq(vth=rep(length(geneX[[1]])/4,4),vobs=tap,graph=TRUE)

## 
##  CALCUL DU CHI-DEUX D'ADEQUATION
## 
##  Valeurs théoriques   541.5 541.5 541.5 541.5
##  Valeurs observées    410 789 573 394
##  Valeur du chi-deux   187.0674 
## 
##  Chi-deux max (table) à 5 %  7.814728 pour   3  degrés de liberté ; p-value  2.62465e-40
## 
##  décision : au seuil de  5 % on peut rejeter l'hypothèse
##  que les données observées correspondent aux valeurs théoriques.