Code-source


00001     #  (gH)   -_-  art07.r  ;  TimeStamp (unix) : 01 Juillet 2013 vers 14:28     

00002          

00003     library(beanplot)      # pour beanplot, forcément !     

00004     library(stringr)       # pour str_locate     

00005     load("article3.Rdata") # le df est art3     

00006          

00007     source("art07_inc.r",encoding="latin1") # qui contient la fonction decritQTparFacteurArt3     

00008          

00009     lesGroupes <- c("Pool1","Pool2","Pool3","WHy","Class8","IDP","FS")     

00010     nbg        <- length(lesGroupes)     

00011          

00012     pdv  <- 2:86  # col 1 : identifiant de la protéine ; col 87 : numéro de groupe     

00013     nomc <- colnames(art3)     

00014          

00015     vars              <- 2:15   # tableau des médianes,     

00016     nblm              <- 1+nbg  # seulement 14 variables     

00017          

00018     #################################################################     

00019          

00020     # Propriétés des séquences d'acides aminés issues du site PROTPC     

00021     #     

00022     #    http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/wstat/Protpc/     

00023     #     

00024          

00025     # on analyse les colonnes 02 à 15, de LENGTH à MW.LENGTH     

00026     # on analyse les colonnes 16 à 35, de CNTA à CNTY     

00027     # on analyse les colonnes 36 à 55, de pctA à pctY     

00028     # on analyse les colonnes 56 à 75, de pctA.Unip à pctY.Unip     

00029     # on analyse les colonnes 76 à 86, de D.E à C.F.Y.W     

00030          

00031     #################################################################     

00032          

00033     # liste des variables pour lesquelles beanplot n'est pas possible     

00034          

00035     nobp <- c("LENGTH","cntC","cntW","pctC","pctW","pctC.Unip","pctW.Unip")     

00036          

00037     # table de correspondance entre nom de colonne R et vrai nom de colonne     

00038          

00039     vraiNom <-c(     

00040        "MW.LENGTH",    "MW/LENGTH",     

00041        "C.W",          "C+W",     

00042        "D.E",          "D+E",     

00043        "K.R",          "K+R",     

00044        "N.Q",          "N+Q",     

00045        "S.T",          "S+T",     

00046        "F.W.Y",        "F+W+Y",     

00047        "D.E.K.R",      "D+E+K+R",     

00048        "D.E.K.R.1",    "D+E-K-R",     

00049        "A.I.L.V",      "A+I+L+V",     

00050        "R.E.S.P",      "R+E+S+P",     

00051        "C.F.Y.W",      "C+F+Y+W"     

00052     ) # fin de vraiNom     

00053          

00054     # tableau des p-values par variable     

00055          

00056     matRes            <- matrix(nrow=length(pdv),ncol=2) # matrice des résultats     

00057     row.names(matRes) <- nomc[pdv]     

00058     colnames(matRes)  <- c("p ANOVA","p KRUSKAL")     

00059          

00060     # tableau des valeurs médianes globale et par groupe     

00061          

00062     matMed            <- matrix(nrow=nblm,ncol=length(vars))     

00063     row.names(matMed) <- c(lesGroupes,"global")     

00064     colnames(matMed)  <- nomv[vars]     

00065          

00066     # tableau des interprétations des médianes en +1/ 0/-1     

00067     # on tolère une différence de eps=5  %     

00068          

00069     matMedInt <- matMed[(1:(nblm-1)),]     

00070          

00071     # boucle de traitement     

00072          

00073     for (idv in pdv) {     

00074          

00075       jdv   <- idv -1 # car on commence à 2     

00076       laCol <- nomc[idv]     

00077       laVar <- art3[,idv]     

00078       bp    <- TRUE     

00079       nbp   <- " "     

00080       if (laCol %in% nobp) {     

00081         bp <- FALSE     

00082         nbp <- " (sans beanplot) "     

00083       } # fin si     

00084          

00085       nomOk <- laCol     

00086       if (!is.na(str_locate(laCol,"Unip")[1])) { nomOk <- sub("\\.","/",laCol) }     

00087       pdc <- which(laCol==vraiNom)     

00088       if (length(pdc)>0) { nomOk <- vraiNom[ pdc + 1 ] }     

00089       cats(paste("ANALYSE DE LA VARIABLE ",nomOk,nbp,sep=""))     

00090          

00091       ba <- (-1)     

00092       if (laCol=="FI") { ba <- 0 }     

00093          

00094       nomgr <- paste("art3_",laCol,".png",sep="")     

00095       gr(nomgr)     

00096       res <- decritQTparFacteurArt3(laCol,laVar," ","group",art3$group,lesGroupes,TRUE,beanp=bp,barre=ba,vraiNom=nomOk)     

00097       dev.off()     

00098          

00099       nomps <- paste("art3_",laCol,".eps",sep="")     

00100       postscript(nomps)     

00101       res <- decritQTparFacteurArt3(laCol,laVar," ","group",art3$group,lesGroupes,TRUE,beanp=bp,barre=ba,vraiNom=nomOk,calc=FALSE)     

00102       dev.off()     

00103          

00104       matRes[jdv,] <- res # stockage des p-values     

00105       cat(" ok pour ",nomgr," et ",nomps," variable ",nomOk,"\n")     

00106          

00107       # gestion des médianes pour les premières variables seulement     

00108          

00109       if (idv<=15) {     

00110          

00111         globMed              <- median(laVar)     

00112         matMed[nblm,jdv]     <- globMed     

00113         meds                 <- tapply(X=laVar,INDEX=art3$group,FUN=median)     

00114         matMed[(1:nbg),jdv]  <- meds     

00115          

00116         for (idg in (1:nbg)) {     

00117            dif <- (matMed[idg,jdv]-globMed)/abs(globMed)     

00118            if (abs(dif)<eps) {     

00119               matMedInt[idg,jdv] <- " 0" # noter l'espace devant zéro     

00120            } else {     

00121              if ((dif>= eps) & (dif>0)) { matMedInt[idg,jdv] <- "+1" }     

00122              if ((dif<=-eps) & (dif<0)) { matMedInt[idg,jdv] <- "-1" }     

00123            } # fin si     

00124            # cat("groupe ",idg,"global med ",matMed[nblm,idv]," groupe med ",matMed[idg,idv]," rel dif ",dif,"\n")     

00125         } # fin pour idg     

00126          

00127       } # fin si     

00128          

00129     } # fin pour idv     

00130          

00131     # affichage de la matrice des résultats pour les p-values     

00132          

00133     print(matRes)     

00134          

00135     # affichage de la matrice des médianes     

00136          

00137     print(matMed)     

00138          

00139     # affichage de la matrice des interprétations des médianes     

00140          

00141     print(matMedInt,quote=FALSE)     

00142     cat("relative tolerance: ",eps*100," % \n")
Listing du fichier protpc_v2.r
