Code-source


00001     <?php     

00002          

00003     #    (gH)   -_-  aide.php  ;  TimeStamp (unix) : 09 Avril 2012 vers 10:38     

00004          

00005     error_reporting(E_ALL | E_STRICT | E_NOTICE ) ;     

00006          

00007     include('std.php') ;     

00008     require_once('misenpage.php') ;     

00009          

00010     debutPage("MOCAR", "strict","mocar.css", "mocar.js") ;     

00011     sdl(5) ;     

00012          

00013     debutSection() ;     

00014          

00015      h1("Explications sur le programme ".href("index.php","MOCAR"),"gauche") ;     

00016          

00017      icones() ; # dans misenpage.php     

00018          

00019     finSection() ;     

00020          

00021     debutSection() ;     

00022          

00023      explications() ; # dans misenpage.php     

00024          

00025      blockquote() ;     

00026          

00027     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00028          

00029      h4("Contraintes du programme") ;     

00030          

00031     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00032          

00033       p("texte") ;     

00034        echo s_span("Un numéro de classe","gbleu")." ne doit pas être nul ou négatif. Par contre, les numéros de classe n'ont pas besoin de se suivre  et n'ont pas besoin de commencer " ;     

00035        echo " à 1. Ainsi  dans l'exemple 2 il n'y a pas de classe 1, les séquences commencent par une classe 5, viennent ensuite des séquences de classe 2..." ;     

00036       finp() ;     

00037          

00038       p("texte") ;     

00039        echo em(" Rappel :")." en cas d'utilisation du mode découverte il n'y a pas besoin d'avoir de numéro de classe,\n" ;     

00040        echo " donc ".s_span("tout fichier Fasta peut &ecirc;tre utilisé par ".b("MOCAR"),"gvert")."." ;     

00041       finp() ;     

00042          

00043       p("texte") ;     

00044       echo "Une séquence se compose d'un identifiant et d'une chaine d'acides aminés. " ;     

00045       echo " L'identifiant commence par ".s_span("&gt;","grouge")." (symbole supérieur), suivi d'un nombre quelconque de caractères.\n" ;     

00046       echo " Les acides aminés doivent commencer sur la ligne suivante et peuvent s'étendre sur plusieurs lignes, comme dans l'exemple 2." ;     

00047       echo " On peut écrire en minuscule ou majuscule les acides aminés, avec les lettres ".s_span("ACDEFGHIJKLMNPQRSTVWY","grouge") ;     

00048       echo " seulement. On ne peut donc pas utiliser ".b("MOCAR")." pour des alignements, ni avec la lettre ".b("X").". " ;     

00049       finp() ;     

00050          

00051     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00052          

00053     h4("Description des exemples") ;     

00054          

00055     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00056          

00057        p("texte") ;     

00058           echo s_span("Exemple 1","bleu") ;     

00059        finp() ;     

00060          

00061        blockquote() ;     

00062        p("texte") ;     

00063           echo "On dipose de deux classes, chacune avec 3 séquences. La classe 1 a une m&ecirc;me partie centrale " ;     

00064           echo s_span("PAPATANGACHARLYE","gbleu")." qui est donc une sous-chaine commune non dégénérée. " ;     

00065           echo "De m&ecirc;me, la classe 2 a comme sous-chaine commune  non dégénérée ".s_span("EASYCAMPANY","gvert").". " ;     

00066        finp() ;     

00067        p("texte") ;     

00068           echo "En mode découverte, on voit que ".s_span("PA","grouge")." est une sous-chaine commune globale non dégénérée." ;     

00069           echo " On remarquera que ".s_span("PA","grouge")." est répété pour la classe 1." ;     

00070        finp() ;     

00071        finblockquote() ;     

00072          

00073     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00074          

00075        p("texte") ;     

00076           echo s_span("Exemple 2","bleu") ;     

00077        finp() ;     

00078          

00079        blockquote() ;     

00080        p("texte") ;     

00081           echo "On a deux classes, la classe 2 (3 séquences) et la classe 5 (4 séquences). " ;     

00082           echo " La classe 2 est caractérisée par deux sous-chaines communes non dégénérées " ;     

00083           echo s_span("EASYT","grouge")." et " ;     

00084           echo s_span("CAMPANY","gvert").". " ;     

00085           echo " La classe 5 est caractérisée par trois sous-chaines communes " ;     

00086           echo s_span("PAPA","grouge").", " ;     

00087           echo s_span("TANGA@CHARLIE","gvert")." et " ;     

00088           echo s_span("SE","gbleu").", " ;     

00089           echo " dont la deuxième est dégénérée (ce qui est indiqué par le symbole ".s_span(b("@"),"gvert").") . " ;     

00090        finp() ;     

00091        p("texte") ;     

00092           echo "En mode découverte, on voit qu'il y a une sous-chaine commune globale dégénérée " ;     

00093           echo s_span("A@A","grouge")." et " ;     

00094           echo " une sous-chaine commune globale non dégénérée " ;     

00095           echo s_span("AN","gvert").". " ;     

00096        finp() ;     

00097        p("texte") ;     

00098           echo "Une lecture attentive des séquences permet de comprendre que ". s_span("AN","gvert") ;     

00099           echo " est l'intersection de ". s_span("CAMPANY","gvert")." et ".s_span("TANGA@CHARLIE","gvert") ;     

00100           echo " alors que ".s_span("A@A","grouge")." ne correspond à rien de déjà vu pour la classe 5. " ;     

00101           echo " (Pour la classe 2, ".s_span("A@A","grouge")." fait partie de ".s_span("PAPA","grouge").")." ;     

00102        finp() ;     

00103        finblockquote() ;     

00104          

00105     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00106          

00107        /*     

00108        p("texte") ;     

00109           echo s_span("Exemple 3","bleu") ;     

00110        finp() ;     

00111          

00112        blockquote() ;     

00113        p("texte") ;     

00114           echo "On a deux classes, la classe 2 (3 séquences) et la classe 5 (4 séquences). " ;     

00115           echo " La classe 2 est caractérisée par deux sous-chaines communes non dégénérées " ;     

00116           echo s_span("EASYT","grouge")." et " ;     

00117           echo s_span("CAMPANY","gvert").". " ;     

00118           echo " La classe 5 est caractérisée par trois sous-chaines communes " ;     

00119           echo s_span("PAPA","grouge").", " ;     

00120           echo s_span("TANGA@CHARLIE","gvert")." et " ;     

00121           echo s_span("SE","gbleu").", " ;     

00122           echo " dont la deuxième est dégénérée (ce qui est indiqué par le symbole ".s_span(b("@"),"gvert").") . " ;     

00123        finp() ;     

00124        p("texte") ;     

00125           echo "En mode découverte, on voit qu'il y a une sous-chaine commune globale dégénérée " ;     

00126           echo s_span("A@A","grouge")." et " ;     

00127           echo " une sous-chaine commune globale non dégénérée " ;     

00128           echo s_span("AN","gvert").". " ;     

00129        finp() ;     

00130        p("texte") ;     

00131           echo "Une lecture attentive des séquences permet de comprendre que ". s_span("AN","gvert") ;     

00132           echo " est l'intersection de ". s_span("CAMPANY","gvert")." et ".s_span("TANGA@CHARLIE","gvert") ;     

00133           echo " alors que ".s_span("A@A","grouge")." ne correspond à rien de déjà vu pour la classe 5. " ;     

00134           echo " (Pour la classe 2, ".s_span("A@A","grouge")." fait partie de ".s_span("PAPA","grouge").")." ;     

00135        finp() ;     

00136        finblockquote() ;     

00137        */     

00138          

00139     # --------------------------------------------------------------------------------------------------     

00140          

00141          

00142     finblockquote() ;     

00143     finSection() ;     

00144          

00145     debutSection() ;     

00146        basDePage("aide.php") ; # dans misenpage.php     

00147     finSection() ;     

00148          

00149     finPage() ;     

00150     ?>
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