Code-source


00001     <?php     

00002     #    (gH)   -_-  stim2010_2.php  ;  TimeStamp (unix) : 28 Mai 2010 vers 18:12     

00003     include("std.php") ;     

00004     debutPage("Entrées, sorties, XML et statistiques 2/2","","stim2010.css","stim2010.js") ;     

00005     debutSection() ;     

00006     ###################################################################     

00007          

00008     h1("Entrées, sorties, XML et statistiques","strict") ;     

00009     blockquote() ;     

00010     h2(href("../../../","gilles.hunault \"at\" univ-angers.fr","gvert")) ;     

00011     finblockquote() ;     

00012          

00013     h1("Partie 2/2 : ") ;     

00014     blockquote() ;     

00015     h1("Statistiques : calculs, graphiques et automatisation ","gbleuf") ;     

00016     finblockquote() ;     

00017          

00018     $tableauDesRubriques = array() ;     

00019     $idr = 0 ;     

00020     $idr++; $tableauDesRubriques[$idr] = "Pourquoi les statistiques ?" ;     

00021     $idr++; $tableauDesRubriques[$idr] = "Les statistiques au secours de l'intuition" ;     

00022     $idr++; $tableauDesRubriques[$idr] = "Les statistiques contre l'intuition" ;     

00023     $idr++; $tableauDesRubriques[$idr] = "Vers une pratique rationnelle automatisée des statistiques" ;     

00024     $tdmCRLM = new tdm($tableauDesRubriques) ;     

00025     $tdmCRLM->titre() ;     

00026     $tdmCRLM->menu("oui","oui") ;     

00027          

00028     ###################################################################     

00029          

00030     $tdmCRLM->afficheRubrique("oui") ; # Pourquoi les statistiques ?     

00031          

00032     ###################################################################     

00033          

00034     blockquote() ;     

00035          

00036     p("texte") ;     

00037     echo "De nombreux chercheurs commettent l'erreur de croire que d'exécuter des programmes suffit pour décider " ;     

00038     echo " si une méthode est meilleure qu'une autre, qu'un temps d'exécution ".b("moyen")." inférieur permet " ;     

00039     echo " de conclure, qu'un meilleur ".b("pourcentage")." d'instances résolues sont un argument absolu. " ;     

00040     echo " Ce que montrent les statistiques, c'est que la prise de décision est beaucoup plus complexe : 2 est " ;     

00041     echo " toujours plus petit que 3, mais 2 n'est pas toujours plus petit que 3 ".b("de façon significative")."." ;     

00042     finp() ;     

00043          

00044     p("texte") ;     

00045     echo "De plus, la moyenne n'est pas toujours le meilleur résumé de la tendance centrale : la médiane est parfois " ;     

00046     echo " un indicateur plus ".b("adapté")." ; de m&ecirc;me la dispersion absolue ou relative ne s'exprime pas " ;     

00047     echo " systématiquement via l'écart-type et le coefficient de variation car on utilise également " ;     

00048     echo " la distance inter-quartiles et l'écart inter-quartiles relatif." ;     

00049     finp() ;     

00050          

00051     p("texte") ;     

00052     echo "Enfin, la comparaison (rigoureuse) de données suppose un modèle théorique de la distribution des différences. " ;     

00053     echo " Suivant les données, le modèle est paramétrique ou non paramétrique. Utiliser un test statistique incorrect " ;     

00054     echo " aboutit forcément à un résultat inacceptable scientifiquement." ;     

00055     finp() ;     

00056          

00057     p("texte") ;     

00058     echo "On trouvera dans la page " ;     

00059     echo href("../../pourquoi.htm","pourquoi.htm") ;     

00060     echo " d'autres arguments en faveur d'une utilisation systématique des statistiques dans un cadre de recherche." ;     

00061     finp() ;     

00062          

00063     finblockquote() ;     

00064          

00065     ###################################################################     

00066          

00067     $tdmCRLM->afficheRubrique("oui") ; # Les statistiques au secours de l'intuition     

00068          

00069     ###################################################################     

00070          

00071     blockquote() ;     

00072          

00073     p("texte") ;     

00074     echo "Une première utilisation des statistiques est la ".b("description")." des données. " ;     

00075     echo " On pourra comparer le fichier de données brutes ".href("../../../Idas/Ccd/ralsto_phv2.dac","ralphv2.dac") ;     

00076     echo " à sa description numérique, visuelle et graphique disponible à l'url " ;     

00077     echo href("../../../Idas/Ccd/ralsto_phv2_ccd.htm","ralsto_phv2_ccd.htm","ralphv2.htm") ;     

00078     echo " et réfléchir à l'intér&ecirc;t du ".href("../../../Idas/Ccd/classifgrp.php?fic=ralsto_phv2","dendrogramme associé")."." ;     

00079     finp() ;     

00080          

00081     p("texte") ;     

00082     echo "Les statistiques descriptives, avec leur lot d'indicateurs numériques et de représentations graphiques, " ;     

00083     echo " forment un ensemble riche et cohérent d'outils pour synthétiser, résumer, schématiser les colonnes de données. " ;     

00084     echo " Après avoir compris la notion de ".href("../../variables.htm","variable statistique") ;     

00085     echo " et ses trois types principaux (les variables qualitatives, " ;     

00086     echo " les variables quantitatives et les variables textuelles), il faut s'entrainer à produire rapidement les " ;     

00087     echo " tableaux de caractéristiques et les &laquo;matrices&raquo; de graphiques afin de passer du temps à l'interprétation des " ;     

00088     echo " résultats :" ;     

00089     finp() ;     

00090          

00091     # mettre un tableau genre allQt et les iris de Fisher en R avec couleur     

00092     # prévoir lien sur les beanplot et boxplot ?     

00093     table(0,30) ;     

00094     tr() ;     

00095     td() ;     

00096     $url = "../../../Bism/bismtd.php?n=3&amp;m=s#res" ;     

00097     $tab = "../../../Bism/tab.png" ;     

00098     echo href($url,img($tab,"tabres","300")) ;     

00099     fintd() ;     

00100     td() ;     

00101     $img1 = "../../../Datasets/iris.gif" ;     

00102     echo href($img1,img($img1,"iris","225")) ;     

00103     fintd() ;     

00104     td() ;     

00105     $img2 = "../../../Bism/lea_acp1.png" ;     

00106     echo href($img2,img($img2,"leadb","300")) ;     

00107     fintd() ;     

00108     fintr() ;     

00109     fintable() ;     

00110          

00111     p("texte") ;     

00112     echo "Nos " ;     

00113     echo href("../edacrs.php?n=1&amp;m=e","exercices") ;     

00114     echo " du cours numéro 1 pour l'ecole doctorale Biologie Santé et leurs " ;     

00115     echo href("../edacrs.php?n=1&amp;m=s","solutions").", " ;     

00116     echo " bien qu'appliqués à des données biostatistiques, devraient &ecirc;tre un rappel suffisant " ;     

00117     echo " de ces statistiques descriptives et permettre de réaliser des " ;     

00118     echo href("../../reperes.htm","analyses statistiques élémentaires")."." ;     

00119     finp() ;     

00120          

00121     # graphique : anscombe     

00122          

00123     finblockquote() ;     

00124          

00125     ###################################################################     

00126          

00127     $tdmCRLM->afficheRubrique("oui") ; # Les statistiques contre l'intuition     

00128          

00129     ###################################################################     

00130          

00131     blockquote() ;     

00132     p("texte") ;     

00133     echo "Afin de comparer scientifiquement de moyennes, des médianes, des fréquences, voire des " ;     

00134     echo " distributions, il faut maitriser la théorie et surtout la pratique des tests statistiques, " ;     

00135     echo " ce qui permet d'éviter l'erreur suivante : " ;     

00136     echo em("2 est proche de 3 et 3 est proche de 4, donc 2 est proche de 4. ") ;     

00137     echo " Si c'était vrai, alors par transitivité, 2 serait proche de l'infini ! " ;     

00138     echo " Seul un chercheur na&iuml;f peut penser que 15 % est proche de 20 % sans faire référence à " ;     

00139     echo " la taille de l'échantillon ou à celle de la population sous-jacente. Ce que permet la " ;     

00140     echo " la théorie des tests statistiques, c'est de quantifier de telles différentes et d'utiliser non " ;     

00141     echo " seulement les moyennes (respectivement les pourcentages) mais aussi les variances (respectivement " ;     

00142     echo " les tailles d'échnatillon. Ce qui explique les conclusions des formules : 5 % de différence pour " ;     

00143     echo " une taille de 40, ce n'est pas la m&ecirc;me chose que pour une taille de 2000. De m&ecirc;me, deux " ;     

00144     echo " moyennes proches de 50 et séparées de 2 avec des variances de l'ordre de 3 ne sont pas &laquo;proches&raquo; " ;     

00145     echo " de la m&ecirc;me façon que si leur variances valent 30.  " ;     

00146     finp() ;     

00147          

00148     p("texte") ;     

00149     echo "On trouvera " ;     

00150     echo href("../../comppct.php","ici") ;     

00151     echo " et " ;     

00152     echo  href("../../compmoy.php","là")  ;     

00153     echo " des formulaires pour tester ces affirmations, le détail des formules étant fourni par le document " ;     

00154     echo " nommé " ;     

00155     echo href("../../formules.pdf","formules.pdf") ;     

00156     echo " ; un ensemble de calculs statistiques classiques par page Web est " ;     

00157     echo href("../../calcstat.htm","ici")." et, plus généralement, notre page " ;     

00158     echo href("../../statgen.htm","statgen")." contient de nombreux liens et documents pour les statistiques."   ;     

00159     finp() ;     

00160          

00161     finblockquote() ;     

00162          

00163     ###################################################################     

00164          

00165     $tdmCRLM->afficheRubrique("oui") ; # Vers une pratique rationnelle des statistiques     

00166          

00167     ###################################################################     

00168          

00169     blockquote() ;     

00170     p("texte") ;     

00171     echo "Une fois passé le cap de l'apprentissage de base pour les statistiques descriptives et inférentielles, " ;     

00172     echo " l'automatisation des calculs, de la gestion des entrées et des sorties ne pose aucun problème pour un " ;     

00173     echo " programmeur : le logiciel R par exemple se compose principalement d'un langage de programmation " ;     

00174     echo " facile à apprendre et très complet : les objets, définis par des " ;     

00175     echo href("http://cran.r-project.org/doc/contrib/Genolini-PetitManuelDeS4.pdf","classes &laquo;S4&raquo;") ;     

00176     echo " et les nombreux " ;     

00177     echo href("http://cran.r-project.org/web/packages/",em("packages")) ;     

00178     echo " fournissent tout ce dont un chercheur en informatique a besoin (gratuitement)." ;     

00179     echo " R s'interface facilement avec un serveur Web. On peut par exemple essayer de copier/coller " ;     

00180     echo " le texte suivant dans ".href("http://pbil.univ-lyon1.fr/Rweb/Rweb.general.html","Rweb")." pour s'en rendre compte : " ;     

00181     finp() ;     

00182          

00183     pre_fichier("iris.rent","cadrebleu") ;     

00184          

00185     p("texte") ;     

00186     echo "R peut aussi &ecirc;tre appelé par un programme Php, comme dans le cas de notre page " ;     

00187     echo href("../../aqt_det.php","aqt_det.php")."." ;     

00188     echo " Enfin, la liaison ".b(aname("dynamique","Sweave"))." avec LaTeX est assurée par Sweave. Pourquoi " ;     

00189     echo " s'en priver ? Utilisez le formulaire ci-dessous pour une démonstration :" ;     

00190     finp() ;     

00191          

00192     blockquote() ;     

00193     form("stim_sweave.php") ;     

00194     fieldset("fieldsetGH") ;     

00195     legende("Saisie des données pour la démonstration de Sweave","legendeGH") ;     

00196     table(0,10) ;     

00197          

00198     tr() ;     

00199     td() ;     

00200     echo "Données : " ;     

00201     fintd() ; td() ;     

00202     listeSelectFromTxt("data","elf iris") ;     

00203     fintd() ;     

00204     fintr() ;     

00205          

00206     tr() ;     

00207     td() ;     

00208     echo "Nombre de lignes (ou * pour toutes) : " ;     

00209     fintd() ; td() ;     

00210     input_text("nbl","*") ;     

00211     fintd() ;     

00212     fintr() ;     

00213          

00214     tr() ;     

00215     td() ;     

00216     echo "Vos initiales : " ;     

00217     fintd() ; td() ;     

00218     input_text("initia","?") ;     

00219     fintd() ;     

00220     fintr() ;     

00221          

00222     tr() ;     

00223     td("C") ;     

00224     input_submit("envoyer","envoyer","orange_pastel") ;     

00225     fintd() ;     

00226     fintr() ;     

00227          

00228     fintable() ;     

00229     finfieldset() ;     

00230     finform() ;     

00231     finblockquote() ;     

00232          

00233     p("texte") ;     

00234     echo "Dans le cadre de programmes de recherche orientés déduction ou ne nécessitant pas de calculs " ;     

00235     echo " statistiques sophistiqués, la production automatique de documents (à défaut d'&ecirc;tre ";     

00236     echo " dynamique comme avec Sweave) est souvent réalisée à l'aide de scripts, le plus souvent en " ;     

00237     echo href("../../../tuteurs/tutperl.htm","perl") ;     

00238     echo " ou en " ;     

00239     echo  href("../../../tuteurs/tutphp.htm","php")."." ;     

00240     echo " Voici quatre exemples de script : " ;     

00241     finp() ;     

00242          

00243     blockquote() ;     

00244     debutdl() ;     

00245     dt(s_span(href("montresource.php?nomfic=titre.pl","titre.pl"),"grouge")) ;     

00246     dd("création d'une page de titre (PS) ; exemple de résultat : ".href("../../../tuteurs/titre.pdf","titre.pdf")) ;     

00247     dt(s_span(href("montresource.php?nomfic=alldsc.pl","alldsc.pl"),"grouge")) ;     

00248     dd("génération de listes triées de fichiers en RTF pour Word  ; exemple de résultat : ".href("../../../Farcompr/alldsc.rtf","alldsc.rtf")) ;     

00249     dt(s_span(href("montresource.php?nomfic=alldsc.php","lesdsc.php"),"grouge")) ;     

00250     dd("génération de listes triées de fichiers en CSV pour Excel ; exemple de résultat : ".href("../../../internet/alldsc.csv","alldsc.csv")) ;     

00251     dt(s_span(href("montresource.php?nomfic=emarge.pl","emarge.pl"),"grouge")) ;     

00252     dd("liste d'émargement ; exemple de résultat : ".href("lstemarge.pdf")." ; fichier d'entrée : ".href("eda.txt")) ;     

00253     findl() ;     

00254     finblockquote() ;     

00255          

00256     finblockquote() ;     

00257          

00258     ###################################################################     

00259          

00260     p() ;     

00261     echo s_span("Codes-sources ","gvert")." : " ;     

00262     echo " de cette ".href("montresource.php?nomfic=stim2010_2.php","page","bleu nou") ;     

00263     echo " ; " ;     

00264     echo " de " .href("montresource.php?nomfic=aqt_det.php","aqt_det.php","bleu nou") ;     

00265     echo " ; " ;     

00266     echo " de " .href("montresource.php?nomfic=progstat.php","progstat.php","bleu nou") ;     

00267     echo " ; " ;     

00268     echo " de " .href("montresource.php?nomfic=statuno.php","statuno.php","bleu nou") ;     

00269     echo " ; " ;     

00270     echo " du ".href("demosweave.nw.txt","code Sweave","bleu nou") ;     

00271     echo "." ;     

00272     finp() ;     

00273          

00274          

00275     ###################################################################     

00276          

00277     $rets  = b("Liens")." &nbsp; : &nbsp; " ;     

00278     $rets .= href("stim2010.php","retour à l'exposé") ;     

00279     $rets .= copies("&nbsp;",3)." ; " ;     

00280     $rets .= copies("&nbsp;",3) ;     

00281     $rets .= href("stim2010_1.php","partie 1/2")." &nbsp; " ;     

00282     $rets .= "(entrées, sorties, XML et statistiques)." ;     

00283          

00284     ###################################################################     

00285          

00286     echo $rets ;     

00287          

00288     finSection() ;     

00289     finPage() ;     

00290     ?>
Listing du fichier stim2010_2.php
