Listing du fichier vd.php
00001 <?php
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(gH)
Listing du fichier vd.php
00001 <?php
00002
00003 error_reporting(E_ALL) ;
00004
00005 # # (gH) -_- vd.php ; TimeStamp (unix) : 14 Septembre 2016 vers 11:45
00006
00007 #include_once("../stdutf.php") ; # mettre include("std.php") ; pour un serveur non UTF
00008 include_once("../statuno.php") ; # pour les calculs en R
00009
00010 #########################################################
00011
00012 $host = getenv("HTTP_HOST") ;
00013 $newUrl = "http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/wstat/vd.php" ;
00014
00015 if ($host=="www.info.univ-angers.fr") {
00016 debutPageRedir("redirection",0,$newUrl) ;
00017 finPage() ;
00018 exit(-1) ;
00019 } # fin si
00020
00021 #########################################################
00022
00023 $versionVD = 1.53 ;
00024
00025 #########################################################
00026 #
00027 # le programme principal est tout à la fin
00028 #
00029 #########################################################
00030
00031 # h1("Etude de valeurs diagnostiques (gH) version $versionVD") ;
00032
00033 #########################################################
00034
00035 function donneesXmp() { global $xmp, $txmp, $na, $nb, $nc, $nd, $mf ;
00036
00037 #########################################################
00038
00039
00040 $xmp = "" ;
00041 if (isset($_GET["xmp"])) {
00042 $xmp = $_GET["xmp"] ;
00043 } ; # fin de si
00044
00045 if (isset($_POST["txmp"])) {
00046 $txmp = $_POST["txmp"] ;
00047 } ; # fin de si
00048
00049 if ($xmp==0) { $na = "" ; $nb = "" ; $nc = "" ; $nd = "" ; } ; # fin de si
00050 if ($xmp=="") { $na = "" ; $nb = "" ; $nc = "" ; $nd = "" ; } ; # fin de si
00051
00052 if (isset($_POST["Na"])) { $xmp = 0 ; $na = $_POST["Na"] ; } ;
00053 if (isset($_POST["Nb"])) { $xmp = 0 ; $nb = $_POST["Nb"] ; } ;
00054 if (isset($_POST["Nc"])) { $xmp = 0 ; $nc = $_POST["Nc"] ; } ;
00055 if (isset($_POST["Nd"])) { $xmp = 0 ; $nd = $_POST["Nd"] ; } ;
00056
00057 if (isset($_GET["Na"])) { $xmp = 100 ; $na = $_GET["Na"] ; } ;
00058 if (isset($_GET["Nb"])) { $xmp = 100 ; $nb = $_GET["Nb"] ; } ;
00059 if (isset($_GET["Nc"])) { $xmp = 100 ; $nc = $_GET["Nc"] ; } ;
00060 if (isset($_GET["Nd"])) { $xmp = 100 ; $nd = $_GET["Nd"] ; } ;
00061
00062 if (isset($_POST["risette"])) { $xmp = 0 ; $txmp = 0 ; $mf = 1 ; } ;
00063 if (isset($_POST["xmp1"])) { $xmp = 1 ; $txmp = 1 ; $mf = 1 ; } ; # Harvard
00064 if (isset($_POST["xmp2"])) { $xmp = 2 ; $txmp = 2 ; $mf = 1 ; } ; # S7
00065 if (isset($_POST["xmp3"])) { $xmp = 3 ; $txmp = 3 ; $mf = 1 ; } ; # S8
00066 if (isset($_POST["xmp4"])) { $xmp = 4 ; $txmp = 4 ; $mf = 1 ; } ; # S817
00067 if (isset($_POST["xmp5"])) { $xmp = 5 ; $txmp = 5 ; $mf = 1 ; } ; # Sas
00068 if (isset($_POST["xmp6"])) { $xmp = 6 ; $txmp = 6 ; $mf = 1 ; } ; # Falissard
00069 if (isset($_POST["xmp7"])) { $xmp = 7 ; $txmp = 7 ; $mf = 1 ; } ; # S817 Hommes
00070 if (isset($_POST["xmp8"])) { $xmp = 8 ; $txmp = 8 ; $mf = 1 ; } ; # S817 Femmes
00071 if (isset($_POST["xmp9"])) { $xmp = 9 ; $txmp = 9 ; $mf = 1 ; } ; # bewick 1
00072 if (isset($_POST["xmp10"])) { $xmp = 10; $txmp = 10; $mf = 1 ; } ; # bewick 2
00073 if (isset($_POST["xmp11"])) { $xmp = 11; $txmp = 11; $mf = 1 ; } ; # 100 % de BC faible prévalence
00074 if (isset($_POST["xmp12"])) { $xmp = 12; $txmp = 12; $mf = 1 ; } ; # 0 % de BC
00075 if (isset($_POST["xmp13"])) { $xmp = 13; $txmp = 13; $mf = 1 ; } ; # équirépartition
00076 if (isset($_POST["xmp14"])) { $xmp = 14; $txmp = 14; $mf = 1 ; } ; # 100 % de BC prévalence moyenne
00077 if (isset($_POST["xmp15"])) { $xmp = 15; $txmp = 15; $mf = 1 ; } ; # 0 % de BC
00078 if (isset($_POST["xmp16"])) { $xmp = 16; $txmp = 16; $mf = 1 ; } ; # équirépartition
00079 if (isset($_POST["xmp17"])) { $xmp = 17; $txmp = 17; $mf = 1 ; } ; # 100 % de BC forte prévalence
00080 if (isset($_POST["xmp18"])) { $xmp = 18; $txmp = 18; $mf = 1 ; } ; # 0 % de BC
00081 if (isset($_POST["xmp19"])) { $xmp = 19; $txmp = 19; $mf = 1 ; } ; # équirépartition
00082
00083 if (isset($_POST["xmp20"])) { $xmp = 20; $txmp = 20; $mf = 1 ; } ; #
00084 if (isset($_POST["xmp21"])) { $xmp = 21; $txmp = 21; $mf = 1 ; } ; #
00085 if (isset($_POST["xmp22"])) { $xmp = 22; $txmp = 22; $mf = 1 ; } ; #
00086 if (isset($_POST["xmp23"])) { $xmp = 23; $txmp = 23; $mf = 1 ; } ; #
00087
00088 if (isset($_POST["xmp24"])) { $xmp = 24; $txmp = 24; $mf = 1 ; } ; #
00089 if (isset($_POST["xmp25"])) { $xmp = 25; $txmp = 25; $mf = 1 ; } ; #
00090 if (isset($_POST["xmp26"])) { $xmp = 26; $txmp = 26; $mf = 1 ; } ; #
00091 if (isset($_POST["xmp27"])) { $xmp = 27; $txmp = 27; $mf = 1 ; } ; #
00092
00093
00094 if ($xmp==1) { $na = 1 ; $nb = 50 ; $nc = 0 ; $nd = 949 ; } ; # fin de si
00095 if ($xmp==2) { $na = 301 ; $nb = 93 ; $nc = 99 ; $nd = 332 ; } ; # fin de si
00096 if ($xmp==3) { $na = 284 ; $nb = 81 ; $nc = 116 ; $nd = 344 ; } ; # fin de si
00097 if ($xmp==4) { $na = 277 ; $nb = 77 ; $nc = 123 ; $nd = 348 ; } ; # fin de si
00098 if ($xmp==5) { $na = 11 ; $nb = 4 ; $nc = 2 ; $nd = 6 ; } ; # fin de si
00099 if ($xmp==6) { $na = 37 ; $nb = 71 ; $nc = 31 ; $nd = 117 ; } ; # fin de si
00100 if ($xmp==7) { $na = 189 ; $nb = 50 ; $nc = 73 ; $nd = 179 ; } ; # fin de si
00101 if ($xmp==9) { $na = 81 ; $nb = 591 ; $nc = 45 ; $nd = 674 ; } ; # fin de si
00102 if ($xmp==10){ $na = 385 ; $nb = 371 ; $nc = 214 ; $nd = 421 ; } ; # fin de si
00103 if ($xmp==11){ $na = 50 ; $nb = 0 ; $nc = 0 ; $nd = 950 ; } ; # fin de si
00104 if ($xmp==12){ $na = 0 ; $nb = 950 ; $nc = 50 ; $nd = 0 ; } ; # fin de si
00105 if ($xmp==13){ $na = 25 ; $nb = 475 ; $nc = 25 ; $nd = 475 ; } ; # fin de si
00106 if ($xmp==14){ $na = 500 ; $nb = 0 ; $nc = 0 ; $nd = 500 ; } ; # fin de si
00107 if ($xmp==15){ $na = 0 ; $nb = 500 ; $nc = 500 ; $nd = 0 ; } ; # fin de si
00108 if ($xmp==16){ $na = 250 ; $nb = 250 ; $nc = 250 ; $nd = 250 ; } ; # fin de si
00109 if ($xmp==17){ $na = 950 ; $nb = 0 ; $nc = 0 ; $nd = 50 ; } ; # fin de si
00110 if ($xmp==18){ $na = 0 ; $nb = 50 ; $nc = 950 ; $nd = 0 ; } ; # fin de si
00111 if ($xmp==19){ $na = 475 ; $nb = 25 ; $nc = 475 ; $nd = 25 ; } ; # fin de si
00112
00113 if ($xmp==20){ $na = 250 ; $nb = 0 ; $nc = 50 ; $nd = 700 ; } ; # fin de si
00114 if ($xmp==21){ $na = 260 ; $nb = 10 ; $nc = 40 ; $nd = 690 ; } ; # fin de si
00115 if ($xmp==22){ $na = 280 ; $nb = 30 ; $nc = 20 ; $nd = 670 ; } ; # fin de si
00116 if ($xmp==23){ $na = 300 ; $nb = 50 ; $nc = 0 ; $nd = 650 ; } ; # fin de si
00117
00118 if ($xmp==24){ $na = 650 ; $nb = 0 ; $nc = 50 ; $nd = 300 ; } ; # fin de si
00119 if ($xmp==25){ $na = 670 ; $nb = 20 ; $nc = 30 ; $nd = 280 ; } ; # fin de si
00120 if ($xmp==26){ $na = 690 ; $nb = 40 ; $nc = 10 ; $nd = 260 ; } ; # fin de si
00121 if ($xmp==27){ $na = 700 ; $nb = 50 ; $nc = 0 ; $nd = 250 ; } ; # fin de si
00122
00123 /* echo "<pre> fin de function donneesXmp NA $na </pre>\n" ; */
00124
00125 } # fin de function donneesXmp
00126
00127 #########################################################
00128 #########################################################
00129
00130 function trtd($opt="") { tr() ; td($opt) ; } ;
00131 function fintdtr() { fintd() ; fintr() ; } ;
00132 function fintdtd($opt="") { fintd() ; td($opt) ; } ;
00133
00134 function ligneFV($m1,$m2) {
00135 trtd("C") ; nbsp(3) ; echo " $m1 " ; nbsp(3) ; fintdtd("C") ; nbsp(3) ; echo " $m2 " ; nbsp(3) ; fintdtr() ;
00136 } # fin de fonction ligne FV
00137
00138 #########################################################
00139 #########################################################
00140
00141 function tableDonnees() { global $mf, $na, $nb, $nc, $nd, $nab, $nac, $nbd, $ncd, $nad, $xmp, $txmp ;
00142
00143 #########################################################
00144
00145 /* echo "<pre> NA $na </pre>\n" ; */
00146
00147 if ($mf==1) {
00148 echo "<form action=\"vd.php\" method=\"post\" >" ;
00149 echo "<input type='hidden' name='txmp' value='".$xmp."' />\n" ;
00150 } ; # fin de si
00151
00152 table() ;
00153 trtd() ;
00154
00155 if ($mf==1) { affTable(-1) ; } else { affTable(0) ; } ;
00156
00157 fintdtd() ;
00158
00159 nbsp(10) ;
00160 fintd() ;
00161
00162 echo "<td valign=\"middle\" >" ;
00163 table() ;
00164 trtd() ; nbsp() ; fintdtr() ;
00165 trtd() ;
00166 table(1,2) ;
00167 ligneFV("Vrais +","Faux +") ;
00168 ligneFV("Faux -","Vrais -") ;
00169 fintable() ;
00170 fintdtr() ;
00171 fintable() ;
00172
00173 fintdtr() ;
00174 fintable() ;
00175 br() ;
00176
00177 p() ;
00178 nbsp() ;
00179 if ($mf==1) {
00180 nbsp(8) ;
00181 echo '<input type="submit" value="Envoyer" name="exec" class="vert_pastel" />' ;
00182 nbsp(8) ;
00183 echo '<input type="submit" value="Effacer tout" name="risette" class="orange_pastel" />' ;
00184 nbsp(3) ;
00185
00186 } ; # fin de si
00187 finp() ;
00188
00189 if ($mf==1) {
00190
00191 finform() ;
00192
00193 nbsp(10) ;
00194
00195
00196 echo '<form action="vd.php" method = "post">' ;
00197 echo "<p><b>Exemples :</b></p>" ;
00198 br() ;
00199
00200 table() ;
00201 tr() ;
00202 td() ;
00203 nbsp(8) ;
00204 echo '<input type="submit" name ="xmp1" value=" Harvard " />' ;
00205 fintd() ;
00206
00207 td() ;
00208 nbsp(8) ;
00209 echo '<input type="submit" name ="xmp2" value=" S7 "/>' ;
00210 fintd() ;
00211
00212 td() ;
00213 nbsp(8) ;
00214 echo '<input type="submit" name ="xmp3" value=" S8 "/>' ;
00215 fintd() ;
00216
00217 td() ;
00218 nbsp(8) ;
00219 echo '<input type="submit" name ="xmp4" value=" S817 "/>' ;
00220 fintd() ;
00221
00222 fintr() ;
00223
00224 tr() ;
00225 td() ;
00226 nbsp() ; br() ;
00227 fintd() ;
00228 fintr() ;
00229
00230 tr() ;
00231 td() ;
00232 nbsp(8) ;
00233 echo '<input type="submit" name ="xmp5" value=" SAS_Example " />' ;
00234 fintd() ;
00235
00236 td() ;
00237 nbsp(8) ;
00238 echo '<input type="submit" name ="xmp6" value=" Falissard "/>' ;
00239 fintd() ;
00240
00241 td() ;
00242 nbsp(8) ;
00243 echo '<input type="submit" name ="xmp7" value=" H825 "/>' ;
00244 fintd() ;
00245
00246 td() ;
00247 nbsp(8) ;
00248 echo '<input type="submit" name ="xmp8" value=" F825 "/>' ;
00249 fintd() ;
00250 fintr() ;
00251
00252 tr() ;
00253 td() ;
00254 nbsp() ; br() ;
00255 fintd() ;
00256 fintr() ;
00257
00258 tr() ;
00259 td() ;
00260 nbsp(8) ;
00261 echo '<input type="submit" name ="xmp9" value=" Bewick_1 " />' ;
00262 fintd() ;
00263
00264 td() ;
00265 nbsp(8) ;
00266 echo '<input type="submit" name ="xmp10" value=" Bewick_2 "/>' ;
00267 fintd() ;
00268
00269
00270 fintr() ;
00271 fintable() ;
00272
00273 finform() ;
00274
00275 br() ;
00276 wrefs() ;
00277
00278 } ; # fin de si
00279
00280 } # fin de fonction tableDonnees() ;
00281
00282 #########################################################
00283
00284 function wrefs() {
00285
00286 #########################################################
00287
00288 echo "<p><b>References</b></p>" ;
00289
00290 p() ;
00291 nbsp(8) ;
00292 echo ancre("http://support.sas.com/faq/041/FAQ04144.html","SAS proc Freq to produce PV") ;
00293 finp() ;
00294
00295 p() ;
00296 nbsp(8) ;
00297 echo ancre("http://www.kb.u-psud.fr/acces-etudiant/cours/biostat/html/Syntaxe%20et%20listings%20CUSSV/html/lestimation.htm","Exemples Falissard") ;
00298 finp() ;
00299
00300 p() ;
00301 nbsp(8) ;
00302 echo ancre("http://gim.unmc.edu/dxtests/Default.htm","Predictive values and ROC Curves") ;
00303 finp() ;
00304
00305 p() ;
00306 nbsp(8) ;
00307 echo ancre("http://ccforum.com/content/8/6/508","Bewick (Critical Care, statistics review 13)") ;
00308 nbsp(8) ;
00309 echo ancre("http://ccforum.com/content/pdf/cc3000.pdf","version PDF") ;
00310
00311 finp() ;
00312
00313 br() ;
00314 echo "<p><b>Précautions d'emploi</b></p>" ;
00315 br() ;
00316
00317 ?>
00318 <p>
00319 Comme le montrent les exemples Bewick_1 et Bewick_2, pour une même valeur
00320 de SENS et SPEC, si la prévalence augmente, la VPP augmente et la VPN diminue.
00321 </p>
00322
00323 <p>
00324 Plus la valeur de PLR est grande, meilleur est le test.
00325 </p>
00326
00327 <p>
00328 Plus l'indice de Youden se rapproche de 1, meilleur est le test.
00329 </p>
00330
00331 <p>
00332 Voici des <span class="gbleu">cas limites</span> avec <b>1000</b> individus pour mieux comprendre ces indices
00333 </p>
00334
00335 <blockquote>
00336 <form action="vd.php" method = "post">
00337 <table summary="formulaire">
00338 <tr>
00339 <td height="50">
00340 Faible prévalence
00341 </td>
00342 <td>
00343 <input type="submit" name ="xmp11" value=" 100 % de bien classés " />
00344
00345 <input type="submit" name ="xmp12" value=" 0 % de bien classés " />
00346
00347 <input type="submit" name ="xmp13" value=" équirépartition " class="jaune_pastel" />
00348 </td>
00349 </tr>
00350 <tr>
00351 <td height="50">
00352 Prévalence moyenne
00353 </td>
00354 <td>
00355 <input type="submit" name ="xmp14" value=" 100 % de bien classés " />
00356
00357 <input type="submit" name ="xmp15" value=" 0 % de bien classés " />
00358
00359 <input type="submit" name ="xmp16" value=" équirépartition " class="jaune_pastel" />
00360 </td>
00361 </tr>
00362 <tr>
00363 <td height="50">
00364 Forte prévalence
00365 </td>
00366 <td>
00367 <input type="submit" name ="xmp17" value=" 100 % de bien classés " />
00368
00369 <input type="submit" name ="xmp18" value=" 0 % de bien classés " />
00370
00371 <input type="submit" name ="xmp19" value=" équirépartition " class="jaune_pastel" />
00372 </td>
00373 </tr>
00374 </table>
00375 </form>
00376 </blockquote>
00377
00378 <p class="aligne">
00379 On se méfiera de la VPG qui peut correspondre à des <span class="grouge">indices de Youden</span> différents
00380 pour divers tests appliqués à une <span class="grouge">même population</span> (même prévalence)
00381 car pour un même nombre total de bien classés l'indice de Youden augmente avec la VPP en cas
00382 de forte prévalence de la maladie alors qu'il augmente avec la VPN en cas de faible prévalence.
00383 <span class="gbleu">Ici, dans tous les cas, la VPG (ou OA, Overall Accuracy) est de 95 %</span>.
00384 <br />
00385
00386 </p>
00387
00388 <blockquote>
00389 <form action="vd.php" method = "post">
00390 <table border="1" summary="t1">
00391 <tr>
00392
00393 <td>
00394 <br />
00395
00396 <span class="gvert">Faible prévalence </span> (30 %)<br/>
00397 <table summary="t2">
00398 <tr>
00399
00400 <td height="50"> VPP à 100 % VPN 93 %</td>
00401 <td> </td>
00402 <td><input type="submit" name ="xmp20" value=" Youden 0.83 "/> </td></tr>
00403
00404 <tr><td height="50"> VPP à 96 % VPN 95 %</td>
00405 <td> </td>
00406 <td><input type="submit" name ="xmp21" value=" Youden 0.85 "/> </td></tr>
00407
00408 <tr><td height="50"> VVPP à 90 % VPN 97 %</td>
00409 <td> </td>
00410 <td><input type="submit" name ="xmp22" value=" Youden 0.89 "/> </td></tr>
00411
00412 <tr><td height="50"> VPP à 86 % VPN 100 %</td>
00413 <td> </td>
00414 <td><input type="submit" name ="xmp23" value=" Youden 0.93 "/> </td></tr>
00415 </table>
00416 </td>
00417
00418 <td>
00419 <br />
00420
00421 <span class="gvert">Forte prévalence</span> (70 %)<br />
00422 <table summary="t3">
00423 <tr>
00424 <td height="50"> VPP à 100 % VPN 86 %</td>
00425 <td> </td>
00426 <td><input type="submit" name ="xmp24" value=" Youden 0.93 "/> </td></tr>
00427
00428 <tr><td height="50"> VPP à 97 % VPN 90 %</td>
00429 <td> </td>
00430 <td><input type="submit" name ="xmp25" value=" Youden 0.89 "/> </td></tr>
00431
00432 <tr><td height="50"> VPP à 95 % VPN 96 %</td>
00433 <td> </td>
00434 <td><input type="submit" name ="xmp26" value=" Youden 0.85 "/> </td></tr>
00435
00436 <tr><td height="50"> VPP à 93 % VPN 100 %</td>
00437 <td> </td>
00438 <td><input type="submit" name ="xmp27" value=" Youden 0.83 "/> </td></tr>
00439
00440 </table>
00441 </td>
00442
00443 </tr>
00444 </table>
00445
00446 </form>
00447 </blockquote>
00448
00449 <?php
00450
00451 } # fin de fonction wrefs
00452
00453 #########################################################
00454
00455 function tr5tdCarac($court,$nom,$fval,$pct,$autre="") {
00456
00457 #########################################################
00458
00459 trtd("L") ;
00460 echo $court ;
00461 nbsp(3) ;
00462 fintdtd() ;
00463 echo '<font color="#000088">'.$nom.'</font>' ;
00464 fintdtd() ;
00465 nbsp(3) ;
00466 echo " : " ;
00467 nbsp(3) ;
00468 fintdtd("R") ;
00469 if ($pct=="%") {
00470 if ($fval==" NaN ") {
00471 echo( $fval ) ;
00472 } else {
00473 echo sprintf("%8.2f",$fval) ;
00474 } ; # finsi
00475 nbsp() ;
00476 fintdtd() ;
00477 nbsp(2) ;
00478 echo "%" ;
00479 } else {
00480 if ($fval==" NaN ") {
00481 echo( $fval ) ;
00482 } else {
00483 echo sprintf("%7.3f",$fval) ;
00484 } ; # finsi
00485 fintdtd() ;
00486 nbsp(2) ;
00487 } ; # fin de si
00488 if (strlen(trim($autre))>0) {
00489 nbsp(2) ;
00490 echo $autre ;
00491 nbsp(2) ;
00492 } ; # fin de si
00493 fintdtr() ;
00494
00495 } # fin de fonction tr5tdCarac
00496
00497 #########################################################
00498
00499 function tableCaracteristiques() { global $mf, $na, $nb, $nc, $nd, $nab, $nac, $nbd, $ncd, $nad ;
00500
00501 #########################################################
00502
00503 $sensi = $na/$nac ;
00504 $speci = $nd/$nbd ;
00505 $bmc = $nb-$nc ;
00506
00507 blockquote() ;
00508 echo "\n" ;
00509 table() ;
00510
00511 tr5tdCarac(" SENS "," Sensibilité " ,100*$sensi,"%") ;
00512 tr5tdCarac(" SPEC "," Spécificité " ,100*$speci,"%") ;
00513 if ($nab>0) {
00514 tr5tdCarac(" VPP "," Valeur prédictive positive " ,100*$na/$nab,"%") ;
00515 } else {
00516 tr5tdCarac(" VPP "," Valeur prédictive positive " ," NaN ","%") ;
00517 } ; # fin de si
00518
00519 if ($ncd>0) {
00520 tr5tdCarac(" VPN "," Valeur prédictive négative ",100*$nd/$ncd,"%") ;
00521 } else {
00522 tr5tdCarac(" VPN "," Valeur prédictive négative "," NaN ","%") ;
00523 } ; # fin de si
00524
00525 tr5tdCarac(" VPG "," Valeur prédictive globale " ,100*($na+$nd)/($nab+$ncd),"%","(pourcentage global de bien classés)") ;
00526 tr5tdCarac(" PR ", "Prévalence " ,100*($na+$nc)/($nab+$ncd),"%") ;
00527
00528 echo "<tr> <td> </td> <td> </td> <td> </td> <td> </td> <td> </td> </tr>\n" ;
00529
00530 if (($ncd>0) and($nab>0) and($nc>0)) {
00531 tr5tdCarac(" RR "," Risque relatif " ,($na/$nab)/($nc/$ncd),"") ;
00532 } else {
00533 tr5tdCarac(" RR "," Risque relatif " ," NaN ","") ;
00534 } ; # fin de si
00535
00536 /*
00537 tr5tdCarac(" RRR "," Réduction de risque relatif " ,($na/$nab)/($nc/$ncd),"") ;
00538 tr5tdCarac(" NNT "," Nombre nécessaire pour traitement " ,($na/$nab)/($nc/$ncd),"") ;
00539 */
00540
00541 if (($nb>0) and($nd>0) and($nc>0)) {
00542 tr5tdCarac(" OR "," Rapport de cotes (Psi)" ,($na/$nb)/($nc/$nd),"") ;
00543 } else {
00544 tr5tdCarac(" OR "," Rapport de cotes (Psi)" ," NaN ","") ;
00545 } ; # fin de si
00546
00547 if ($speci==1) {
00548 tr5tdCarac(" PLR ", "Positive Likelihood ratio " ," NaN ","") ;
00549 } else {
00550 tr5tdCarac(" PLR ", "Positive Likelihood ratio " ,$sensi/(1-$speci),"") ;
00551 } ; # finsi
00552
00553 if ($speci==0) {
00554 tr5tdCarac(" NLR ", "Negative Likelihood ratio " ," NaN ","") ;
00555 } else {
00556 tr5tdCarac(" NLR ", "Negative Likelihood ratio " ,(1-$sensi)/$speci,"") ;
00557 } ; # finsi
00558
00559 tr5tdCarac(" IY ", "Indice J de Youden " ,$sensi+$speci-1,"") ;
00560 tr5tdCarac(" CQ ", "Coefficient Q (Yule) " ,($na*$nd-$nb*$nc)/($na*$nd+$nb*$nc),"") ;
00561 tr5tdCarac(" K ", "Kappa (Cohen) " ,2*($na*$nd-$nb*$nc)/($nab*$nbd+$nac*$ncd),"") ;
00562
00563 if (($nb+$nc)==0) {
00564 tr5tdCarac(" MN ", "Mc Nemar " ," NaN ","") ;
00565 } else {
00566 tr5tdCarac(" MN ", "Mc Nemar " ,$bmc*$bmc/($nb+$nc),"") ;
00567 } ; # finsi
00568
00569 tr5tdCarac(" F1 "," Score F1 " ,2*$na/(2*$na + $nb + $nc ),"") ;
00570 $href_mcc = "https://en.wikipedia.org/wiki/Matthews_correlation_coefficient" ;
00571 $mcc = ($na*$nd - $nb*$nc) / sqrt( ($na+$nb)*($na+$nc) *($nd+$nb)*($nd+$nc)) ;
00572 tr5tdCarac(" MCC ",href($href_mcc," Matthews correlation coefficient ") ,$mcc,"") ;
00573
00574 fintable() ;
00575 finblockquote() ;
00576
00577 nbsp() ;
00578
00579 } # fin de fonction tableCaracteristiques
00580
00581 #########################################################
00582
00583 function tr4($a,$b,$c,$d) {
00584
00585 tr() ;
00586 td() ; nbsp(3) ; echo $a ; nbsp(3) ; fintd() ;
00587 td() ; nbsp(3) ; echo $b ; nbsp(3) ; fintd() ;
00588 td() ; nbsp(3) ; echo $c ; nbsp(3) ; fintd() ;
00589 td() ; nbsp(3) ; echo $d ; nbsp(3) ; fintd() ;
00590 fintr() ;
00591
00592 } # fin fonction
00593
00594 #########################################################
00595
00596 function tableProbas() { global $na, $nb, $nc, $nd ;
00597
00598 #########################################################
00599
00600 blockquote() ;
00601
00602 h3("Probabilités associées") ;
00603
00604 table(1,10,"collapse","t4") ;
00605 entetesTableau("Package Calcul Valeur p-value") ;
00606
00607 $tcmdR = array() ;
00608 $nbcmd = -1 ;
00609
00610 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " library(lpSolve,lib.loc='../rpkgs')\n " ;
00611 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " library(irr,lib.loc='../rpkgs')\n " ;
00612 #$nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " library(concord)\n " ;
00613 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00614
00615 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "######################################### " ;
00616 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00617 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "abcd2t <- function(a,b,c,d) { " ;
00618 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " n <- a+b+c+d " ;
00619 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd <- matrix(nrow=n,ncol=2) " ;
00620 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd[(1:(a+b)),1] <- 1 " ;
00621 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd[(1:a),2] <- 1 " ;
00622 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd[((a+1):(a+b)),2] <- 0 " ;
00623 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd[((a+b+1):n),1] <- 0 " ;
00624 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd[((a+b+1):(a+b+c)),2] <- 1 " ;
00625 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " trd[((a+b+c+1):n),2] <- 0 " ;
00626 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " return(trd) " ;
00627 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "} ; # fin fonction abcd2t " ;
00628 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00629 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "######################################### " ;
00630 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00631
00632 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "kap <- function(a,b,c,d) { " ;
00633 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " rdk <- kappa2( abcd2t(a,b,c,d) ) " ;
00634 #$nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat('irr ',' ','kappa',rdk\$value,' ',rdk\$p.value,'\n') " ;
00635 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(paste('<','tr>\\n',sep='')) " ;
00636 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(paste('<','td align=\'left\'> irr <','/td>\\n',sep='')) " ;
00637 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(paste('<','td align=\'left\'> kappa <','/td>\\n',sep='')) " ;
00638 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(paste('<','td align=\'left\'> ',sprintf(\"%6.3f\",rdk\$value),' <','/td>\\n',sep='')) " ;
00639 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(paste('<','td align=\'left\'> ',sprintf(\"%6.3f\",rdk\$p.value),' <','/td>\\n',sep='')) " ;
00640 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(paste('<','/tr>\\n',sep='')) " ;
00641 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "} ; # fin de fonction kap " ;
00642
00643 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00644 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "######################################### " ;
00645 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00646
00647 /*
00648 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "mcn <- function(a,b,c,d) { " ;
00649 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " rdm <- mcnemar.mh( cbind( c(d,c), c(b,a) ) ) " ;
00650 #$nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat('concord ',' ','mac nemar',rdm\$statistic,' ',rdm\$p,'\n') " ;
00651 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat('<tr>\n') " ;
00652 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(\"<td align='left'> concord </td>\",'\n') " ;
00653 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(\"<td align='left'> mac nemar </td> \",'\n') " ;
00654 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(\"<td align='left'> \",rdm\$statistic,\" </td>\",'\n') " ;
00655 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat(\"<td align='left'> \",rdm\$p,\" </td>\",'\n') " ;
00656 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " cat('</tr>\n') " ;
00657 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "} ; # fin de fonction mcnemar.mh " ;
00658 */
00659
00660 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00661 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "######################################### " ;
00662 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "######################################### " ;
00663 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00664 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "cat(\"STAT_DEB\\n\") " ;
00665
00666 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "kap($na,$nb,$nc,$nd) " ;
00667
00668 /*
00669 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "mcn($na,$nb,$nc,$nd) " ;
00670 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = " " ;
00671 */
00672
00673 $nbcmd++ ; $tcmdR[$nbcmd] = "cat(\"STAT_FIN\\n\") " ;
00674
00675 /*
00676 pre("cadre") ;
00677 print_R($tcmdR) ;
00678 finpre() ;
00679 */
00680
00681 /*
00682 pre("cadre") ;
00683 finpre() ;
00684 */
00685
00686 execute_R($tcmdR,0) ;
00687
00688 fintable() ;
00689
00690
00691 finblockquote() ;
00692
00693 } # fin de fonction tableProbas
00694
00695 #########################################################
00696
00697 function colTable($nbs,$mot) {
00698
00699 #########################################################
00700
00701 td("C") ;
00702 nbsp(1) ;
00703 echo " $mot " ;
00704 nbsp(1) ;
00705 fintd() ;
00706
00707 } # fin fonction colTable
00708
00709 #########################################################
00710
00711 function affTable($mt=0) { global $mf, $na, $nb, $nc, $nd, $nab, $nac, $nbd, $ncd, $nad,$xmp ;
00712
00713 #########################################################
00714
00715 $ntg = $nab + $ncd ; # total général
00716
00717 table(1,5,"collapse") ;
00718
00719 trtd() ;
00720 nbsp() ;
00721 if ($mt<0) {
00722 echo "<input type=\"hidden\" name=\"mf\" value=\"0\" />" ;
00723 } else {
00724 nbsp() ;
00725 } ; # fin si
00726 fintd() ;
00727 colTable(1,"Malades") ;
00728 colTable(1,"Non-malades") ;
00729 if ($mt==1) { colTable(2,"Total ligne") ; colTable(2,"% du total général ") ;} ; # fin si
00730 if ($mt==5) { colTable(2,"Au total") ; } ; # fin si
00731 fintr() ;
00732
00733 trtd() ;
00734 if ($mt<5) {
00735 nbsp(3) ;
00736 echo "Signes présents (test positif)" ;
00737 nbsp(3) ;
00738 } else {
00739 nbsp(3) ;
00740 echo "Nombre BC " ;
00741 nbsp(3) ;
00742 } ; # fin si
00743 fintd() ;
00744 if ($mt<0) {
00745 td("C") ;
00746 nbsp(2) ;
00747 $vna = "" ;
00748 if (($na>=0) and (!$xmp==0)) { $vna= " ".sprintf("%9d",$na)." " ; } ;
00749 echo "<input type=\"text\" name=\"Na\" size=\"8\" value=\"$vna\" />" ;
00750 nbsp(2) ;
00751 fintd() ;
00752 td("C") ;
00753 nbsp(2) ;
00754 $vnb = "" ;
00755 if (($nb>=0) and (!$xmp==0)) { $vnb= " ".sprintf("%9d",$nb)." " ; } ;
00756 echo "<input type=\"text\" name=\"Nb\" size=\"8\" value=\"$vnb\" />" ;
00757 nbsp(2) ;
00758 fintd() ;
00759 } else {
00760 td("R") ;
00761 nbsp(3) ;
00762 if ($mt<=1) { $deb = sprintf("%8d",$na) ; } ;
00763 if ($mt==2) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$na/$nab) ; } ;
00764 if ($mt==3) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$na/$nac) ; } ;
00765 if ($mt==4) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$na/$ntg) ; } ;
00766 if ($mt==5) { $deb = sprintf("%8d",$na) ; } ;
00767 echo $deb ; nbsp(8) ;
00768 fintd() ;
00769 td("R") ;
00770 nbsp(3) ;
00771 if ($mt<=1) { $deb = sprintf("%8d",$nb) ; } ;
00772 if ($mt==2) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nb/$nab) ; } ;
00773 if ($mt==3) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nb/$nbd) ; } ;
00774 if ($mt==4) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nb/$ntg) ; } ;
00775 if ($mt==5) { $deb = sprintf("%8d",$nd) ; } ;
00776 echo $deb ; nbsp(8) ;
00777 fintd() ;
00778 } ; # fin si
00779 if ($mt==1) {
00780 td("R") ;
00781 echo s_span(sprintf("%8d",$nab),"gvert") ; nbsp(8) ;
00782 fintd() ;
00783 td("R") ;
00784 echo sprintf("%8.2f",100*$nab/$ntg) ; nbsp(3) ;
00785 fintd() ;
00786 } ; # fin si
00787 if ($mt==5) {
00788 td("R") ;
00789 echo s_span(sprintf("%8d",$nad),"gvert") ; nbsp(8) ;
00790 fintd() ;
00791 } ; # fin si
00792 fintr() ;
00793
00794 tr() ;
00795 td() ;
00796 if ($mt<5) {
00797 nbsp(3) ;
00798 echo "Signes absents (test négatif)" ;
00799 nbsp(3) ;
00800 } else {
00801 nbsp(3) ;
00802 echo "Population " ;
00803 nbsp(3) ;
00804 } ; # fin si
00805 fintd() ;
00806 if ($mt<0) {
00807 td("C") ;
00808 nbsp(2) ;
00809 $vnc = "" ;
00810 if (($nc>=0) and (!$xmp==0)) { $vnc= " ".sprintf("%9d",$nc)." " ; } ;
00811 echo "<input type=\"text\" name=\"Nc\" size=\"8\" value=\"$vnc\" />" ;
00812 fintd() ;
00813 td("C") ;
00814 nbsp(2) ;
00815 $vnd = "" ;
00816 if (($nd>=0) and (!$xmp==0)) { $vnd= " ".sprintf("%9d",$nd)." " ; } ;
00817 echo "<input type=\"text\" name=\"Nd\" size=\"8\" value=\"$vnd\" />" ;
00818 fintd() ;
00819 } else {
00820 td("R") ;
00821 nbsp(3) ;
00822 if ($mt<=1) { $deb = sprintf("%8d",$nc) ; } ;
00823 if ($mt==2) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nc/$ncd) ; } ;
00824 if ($mt==3) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nc/$nac) ; } ;
00825 if ($mt==4) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nc/$ntg) ; } ;
00826 if ($mt==5) { $deb = sprintf("%8d",$nac) ; } ;
00827 echo $deb ; nbsp(8) ;
00828 fintd() ;
00829 td("R") ;
00830 nbsp(3) ;
00831 if ($mt<=1) { $deb = sprintf("%8d",$nd) ; } ;
00832 if ($mt==2) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nd/$ncd) ; } ;
00833 if ($mt==3) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nd/$nbd) ; } ;
00834 if ($mt==4) { $deb = sprintf("%8.2f",100*$nd/$ntg) ; } ;
00835 if ($mt==5) { $deb = sprintf("%8d",$nbd) ; } ;
00836 echo $deb ; nbsp(8) ;
00837 fintd() ;
00838 } ; # fin si
00839 if ($mt==1) {
00840 td("R") ;
00841 echo s_span(sprintf("%8d",$ncd),"gvert") ; nbsp(8) ;
00842 fintd() ;
00843 td("R") ;
00844 echo sprintf("%8.2f",100*$ncd/$ntg) ; nbsp(3) ;
00845 fintd() ;
00846 } ; # fin si
00847 if ($mt==5) {
00848 td("R") ;
00849 echo s_span(sprintf("%8d",$nac+$nbd),"grouge") ; nbsp(8) ;
00850 fintd() ;
00851 } ; # fin si
00852 fintr() ;
00853 if ($mt==1) {
00854 tr() ;
00855 td() ;
00856 nbsp(3) ;
00857 echo "Total colonne " ;
00858 nbsp(3) ;
00859 fintd() ;
00860 td("R") ;
00861 echo s_span(sprintf("%8d",$nac),"gvert") ; nbsp(8) ; ;
00862 fintd() ;
00863 td("R") ;
00864 echo s_span(sprintf("%8d",$nbd),"gvert") ; nbsp(8) ; ;
00865 fintd() ;
00866 td("R") ;
00867 echo s_span(sprintf("%8d",$nac+$nbd),"grouge") ; nbsp(8) ; ;
00868 fintd() ;
00869 td("R") ;
00870 echo sprintf("%8.2f",100*($nac+$nbd)/$ntg) ; nbsp(3) ; ;
00871 fintd() ;
00872 fintr() ;
00873 tr() ;
00874 td() ;
00875 nbsp(3) ;
00876 echo "% du total général " ;
00877 nbsp(3) ;
00878 fintd() ;
00879 td("R") ;
00880 nbsp(3) ;
00881 echo sprintf("%8.2f",100*$nac/$ntg) ; nbsp(8) ; ;
00882 fintd() ;
00883 td("R") ;
00884 nbsp(3) ;
00885 echo sprintf("%8.2f",100*$nbd/$ntg) ; nbsp(8) ; ;
00886 fintd() ;
00887 td("R") ;
00888 nbsp(3) ;
00889 echo sprintf("%8.2f",100*$ntg/$ntg) ; nbsp(8) ; ;
00890 fintd() ;
00891 td("R") ;
00892 fintd() ;
00893 fintr() ;
00894 } ; # fin si
00895
00896 if ($mt==5) {
00897 tr() ;
00898 td() ;
00899 nbsp(3) ;
00900 echo "Pourcentage BC " ;
00901 nbsp(3) ;
00902 fintd() ;
00903 td("R") ;
00904 nbsp(3) ;
00905 echo sprintf("%8.2f",100*$na/$nac) ; nbsp(8) ; ;
00906 fintd() ;
00907 td("R") ;
00908 nbsp(3) ;
00909 echo sprintf("%8.2f",100*$nd/$nbd) ; nbsp(8) ; ;
00910 fintd() ;
00911 td("R") ;
00912 nbsp(3) ;
00913 echo sprintf("%8.2f",100*($na+$nd)/($nac+$nbd)) ; nbsp(8) ; ;
00914 fintd() ;
00915 fintr() ;
00916 } ; # fin si
00917
00918 fintable() ;
00919
00920 } # fin de fonction affTable
00921
00922 #########################################################
00923
00924 function srcVerif() { global $na, $nb, $nc, $nd ;
00925
00926 #########################################################
00927
00928 echo '<p class="texte">' ;
00929 echo " Si vous disposez de SAS, vous pouvez vérifier ces calculs " ;
00930 echo " et obtenir des compléments (Khi-2 de Mantel-Haenszel, Coefficient Phi, " ;
00931 echo " Coefficient de contingence, V de Cramer, Gamma, Tau-b de Kendall, " ;
00932 echo " Tau-c de Stuart, D de Somers...) en tapant " ;
00933 finp() ;
00934
00935 echo '<textarea class="tajaunec" rows ="25" cols="90" >' ;
00936 echo " \n" ;
00937 echo " options nodate linesize=132 pagesize=256 nocenter formdlim=' ' formchar='-----' ; \n" ;
00938 echo " \n" ;
00939 echo " proc format ; \n" ;
00940 echo " value Fmaladie 1='Malades' 0='Non-malades' ; \n" ;
00941 echo " value Fsigne 1='Présents' 0='Non-présents' ; \n" ;
00942 echo " \n" ;
00943 echo " data vd ; \n" ;
00944 echo " input signe maladie eff ; \n" ;
00945 echo " format signe Fsigne. maladie Fmaladie. ; \n" ;
00946 echo " datalines ; \n" ;
00947 echo " 1 1 ".sprintf("%8d",$na)." \n" ;
00948 echo " 1 0 ".sprintf("%8d",$nb)." \n" ;
00949 echo " 0 1 ".sprintf("%8d",$nc)." \n" ;
00950 echo " 0 0 ".sprintf("%8d",$nd)." \n" ;
00951 echo " ; \n" ;
00952 echo " \n" ;
00953 echo " proc freq data=vd order=data ; \n" ;
00954 echo " weight eff ; \n" ;
00955 echo " tables signe*maladie / chisq measures ; \n" ;
00956 echo " \n" ;
00957 echo " run ; \n" ;
00958 echo " \n" ;
00959 echo '</textarea>' ;
00960
00961 p() ;
00962 echo " Si vous disposez de R (et si vous avez installé le \"package\" rmeta), vous pouvez vérifier " ;
00963 echo " ces calculs en tapant " ;
00964 finp() ;
00965
00966 $lprm = sprintf("%6d",$na+$nc)." , ".sprintf("%6d",$nb+$nd)." , ".sprintf("%6d",$na)." , ".sprintf("%6d",$nb) ;
00967
00968 echo '<textarea class="tajaunec" rows ="7" cols="90" >' ;
00969
00970 echo " \n" ;
00971 echo " library(rmeta) \n" ;
00972 echo " meta.MH( $lprm , statistic=\"OR\") \n" ;
00973 echo " meta.MH( $lprm , statistic=\"RR\") \n" ;
00974 echo '</textarea>' ;
00975
00976 } # fin de fonction affTable
00977
00978 #########################################################
00979
00980 function formules() {
00981
00982 #########################################################
00983
00984 ?>
00985 <h3> Formules utilisées </h3>
00986
00987 <pre class="tagris">
00988
00989 Données
00990
00991 Malades Non-malades
00992 Signes présents Na (VP) Nb (FP)
00993 Signes absents Nc (FN) Nd (VN)
00994
00995
00996 Caractéristiques
00997
00998 SENS Sensibilité Na / (Na + Nc)
00999 SPEC Spécificité Nd / (Nb + Nd)
01000 VPP Valeur prédictive positive Na / (Na + Nb)
01001 VPN Valeur prédictive négative Nd / (Nc + Nd)
01002 VPG Valeur prédictive globale (Na + Nd) / (Na + Nb + Nc + Nd)
01003 RR Risque relatif (Na/(Na + Nb)) / (Nc/(Nc + Nd))
01004 OR Rapport de cotes (Psi) (Na/Nb) / (Nc/Nd)
01005 PLR Positive likelihood ratio (Na/(Na + Nc)) / (Nb/(Nb + Nd)) ou Sens / (1-Spec)
01006 NLR Negative likelihood ratio (Nc/(Na + Nc)) / (Nd/(Nb + Nd)) ou (1-Sens) / Spec
01007 PR Prévalence (Na +Nc) / (Na + Nb + Nc + Nd)
01008 IY Indice de Youden Sens + Spec - 1
01009 CQ Coefficient Q (Yule) (Na*Nd - Nb*Nc)/(Na*Nd + Nb*Nc)
01010 Ka Kappa (Cohen) 2*(Na*Nd-Nb*Nc)/(Na+Nb*Nb*Nd+Na*Nc*Nc*Nd)
01011 MN Mc Nemar (Nb-Nc)^2/(Nb+Nc)
01012 F1 Score F1 2*Na/(2*Na + Nb + Nc )
01013 MCC Coeff. corr. Matthews (Na*Nd - Nb*Nc) / racine( (Na+Nb)*(Na+Nc)*(Nd+Nb)*(Nd+Nc) )
01014
01015
01016 Totaux
01017
01018 Malades Non-malades Total ligne
01019 Signes présents Na Nb Na + Nb
01020 Signes absents Nc Nd Nc + Nd
01021 Total colonne Na + Nc Nb + Nd Nt = Na + Nb + Nc + Nd
01022
01023
01024 Pourcentages en ligne
01025
01026 Malades Non-malades
01027 Signes présents Na / (Na + Nb) Nb / (Na + Nb)
01028 Signes absents Nc / (Nc + Nd) Nc / (Nc + Nd)
01029
01030 Pourcentages en colonne
01031
01032 Malades Non-malades
01033 Signes présents Na / (Na + Nc) Nb / (Na + Nd)
01034 Signes absents Nc / (Na + nc) Nd / (Nb + Nd)
01035
01036 Pourcentages par rapport au total général
01037
01038 Malades Non-malades
01039 Signes présents Na / Nt Nb / Nt
01040 Signes absents Nc / Nt Nd / Nt
01041
01042 Analyse des BC (biens classés)
01043
01044 Malades Non-malades Au total
01045 Nombre BC Na Nd Na + Nd
01046 Population Na + Nc Nb + Nd Nt
01047 Pourcentage BC Na / (Na + Nc) Nd / (Nb + Nd) (Na + Nd) / Nt
01048
01049
01050 </pre>
01051
01052 <h3> Un peu de probabilités </h3>
01053
01054 <pre class="tagris">
01055
01056 Données
01057
01058 M+ M-
01059 S+ Na Nb
01060 S- Nc Nd
01061
01062
01063 Sensibilité = p( S+ | M+ )
01064 Spécificité = p( S- | M- )
01065 Vpp = p( M+ | S+ )
01066 Vpn = p( M- | S- )
01067 Prévalence = p( M+ )
01068 Taux de faux négatifs = p( S- | M+ )
01069 Taux de faux positifs = p( S+ | M- )
01070
01071
01072
01073 </pre>
01074 <?php
01075
01076 } # fin de fonction formules
01077
01078
01079 #########################################################
01080 #########################################################
01081
01082 debutPage(" Valeur diagnostique (gH) version $versionVD") ;
01083 debutSection() ;
01084
01085 /* récupération éventuelle des données */
01086
01087
01088 $txmp = 0 ;
01089 $mf = 1 ; /* mode formulaire */
01090 if (isset($_POST["mf"])) { $mf = $_POST["mf"] ; } ;
01091 if (isset($_POST["txmp"])) { $txmp = $_POST["txmp"] ; } ;
01092 if (isset($_POST["risette"])) { $xmp = 0 ; $txmp = 0 ; } ;
01093
01094 $na = -1 ;
01095 $nb = -1 ;
01096 $nc = -1 ;
01097 $nd = -1 ;
01098
01099 if (isset($_POST["Na"])) { $na = $_POST["Na"] ; } ;
01100 if (isset($_POST["Nb"])) { $nb = $_POST["Nb"] ; } ;
01101 if (isset($_POST["Nc"])) { $nc = $_POST["Nc"] ; } ;
01102 if (isset($_POST["Nd"])) { $nd = $_POST["Nd"] ; } ;
01103 $xmp = 0 ;
01104
01105 donneesXmp() ;
01106 if (isset($_POST["txmp"])) { $txmp = $_POST["txmp"] ; } ;
01107 if (isset($_POST["risette"])) { $xmp = 0 ; $txmp = 0 ; } ;
01108 if ($txmp>0) { $xmp = $txmp ; } ;
01109
01110 h1("Etude de valeurs diagnostiques (gH) version $versionVD") ;
01111 $gh = s_nbsp(20)." gilles.hunault \"at\" univ-angers.fr" ;
01112 h2($gh,"gvert") ;
01113 blockquote() ;
01114
01115 #########################################################
01116
01117 blockquote() ;
01118
01119 p("texte") ;
01120 echo em("Avant d'effectuer les calculs via ce formulaire, il est utile de lire ou de relire l'article ") ;
01121 $hrc = "http://www.nature.com/nmeth/journal/v13/n8/full/nmeth.3945.html" ;
01122 echo em(href($hrc,"classification evaluation")." paru dans ".b("Nature Methods")." en aout 2016.") ;
01123 finp() ;
01124 p("texte") ;
01125 echo em("Une copie locale de ce court article (au format PDF) est ".href("nmeth.3945.pdf","ici").".") ;
01126 finp() ;
01127
01128 finblockquote() ;
01129
01130 #########################################################
01131
01132 global $xmp ;
01133 $titreData = "Données " ;
01134 # if ( (is_numeric($xmp)) and ($xmp>0) ) { $titreData = " ; exemple $xmp " ; } ;
01135 if ($xmp>0) { if ($xmp<20) { $titreData .= " ; exemple $xmp " ; } ; } ;
01136
01137 h2($titreData) ;
01138 blockquote() ;
01139 tableDonnees() ;
01140
01141 if ($mf==0) {
01142
01143 if (($na=="") or ($na<0)) { $na = 0 ; echo " Vrais + mis à zéro.<br />" ; } ;
01144 if (($nb=="") or ($nb<0)) { $nb = 0 ; echo " Faux + mis à zéro.<br />" ; } ;
01145 if (($nc=="") or ($nc<0)) { $nc = 0 ; echo " Faux - mis à zéro.<br />" ; } ;
01146 if (($nd=="") or ($nd<0)) { $nd = 0 ; echo " Vrais - mis à zéro.<br />" ; } ;
01147 $na = intval($na) ;
01148 $nb = intval($nb) ;
01149 $nc = intval($nc) ;
01150 $nd = intval($nd) ;
01151 $sn = $na + $nb + $nc + $nd ;
01152
01153 if ($sn<=0) { echo "<br /><b> Données insuffisantes pour continuer (total = $sn).</b> " ; } else {
01154
01155 finblockquote() ;
01156 h2("Résultats") ;
01157 blockquote() ;
01158
01159 $nab = $na + $nb ;
01160 $nac = $na + $nc ;
01161 $nbd = $nb + $nd ;
01162 $ncd = $nc + $nd ;
01163 $nad = $na + $nd ;
01164
01165 h3("Caractéristiques") ;
01166
01167 tableCaracteristiques() ;
01168
01169 # il vaut mieux que R écrive, si tout va bien...
01170 # h3("Probabilités associées") ;
01171
01172 tableProbas() ;
01173
01174 h3("Totaux") ;
01175
01176 affTable(1) ;
01177
01178 h3("Pourcentages en ligne") ;
01179
01180 affTable(2) ;
01181
01182 h3("Pourcentages en colonne") ;
01183
01184 affTable(3) ;
01185
01186 h3("Pourcentages par rapport au total général") ;
01187
01188 affTable(4) ;
01189
01190 h3("Analyse des BC (biens classés)") ;
01191
01192 affTable(5) ;
01193
01194 h3("Vérification logicielle et compléments") ;
01195
01196 srcVerif() ;
01197 formules() ;
01198
01199 } ; # fin de si sur sn
01200 } ; # fin de si sur mf
01201
01202
01203 finblockquote() ;
01204
01205 #########################################################
01206
01207 pvide() ;
01208
01209 p() ;
01210 echo href("../montresource.php?nomfic=vd.php","Code-source de cette page","orange_stim nou") ;
01211 finp() ;
01212
01213 finblockquote() ;
01214
01215 finSection() ;
01216 finPage() ;
01217 ?>
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