Listing du fichier reponseUniprot.php avec syntaxhighlighter
<?php
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include("../std.php") ;
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function chaineUrl_1($url,$avant,$apres) {
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# on parcourt $url et on récupère le texte entre
# les chaines $avant et $apres
$lem = "" ;
$fh = @fopen($url,"r") ;
$continue = 1 ;
// cela permet d'arreter la lecture du fichier dès le premier IPR vu
if (!$fh) {
echo "impossible d'ouvrir l'URL $url\n" ;
return($lem) ;
} ; # finsi
while ((!feof($fh)) and ($continue==1)) {
$lig = fgets($fh, 4096) ;
$idp = strpos($lig,$avant) ;
if ($idp>-1) {
$lig = substr($lig,$idp+strlen($avant)) ;
$jdp = strpos($lig,$apres) ;
$lem = substr($lig,0,$jdp) ;
$continue = 0 ;
} ; # finsi
} ; # fin de tant que
fclose($fh) ;
return($lem) ;
} ; # fin de fonction chaineUrl_1
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function exprUrl1($url,$er) {
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# on parcourt $url et on récupère le texte entre
# fourni par l'expression régulière $er
$lem = "" ;
$fh = @fopen($url,"r") ;
$continue = 1 ;
if (!$fh) {
return($lem) ;
} ; # finsi
while ((!feof($fh)) and ($continue==1)) {
$lig = fgets($fh, 4096) ;
$idp = preg_match($er,$lig,$tdr) ;
if (count($tdr)>0) {
$lem = $tdr[1] ;
$continue = 0 ;
} ; # finsi
} ; # fin de tant que
fclose($fh) ;
return($lem) ;
} ; # fin de fonction exprUrl1
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function xslUrl1($urlxml,$fxsl) {
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# on exécute la transformation du fichier $fxsl
# sur le fichier xml issu de l'URL $urlxml
$ipr = "" ;
$fh = @fopen($urlxml,"r") ;
$continue = 1 ;
if (!$fh) {
return($ipr) ;
} ; # finsi
// Chargement du fichier XML
$xml = new domDocument();
$xml -> load($urlxml);
// Chargement du fichier XSL
$xsl = new domDocument();
$xsl -> load($fxsl);
// Nouvelle instance du processeur XSLT
$xslt = new XSLTProcessor();
// Import de la feuille XSL
$xslt -> importStylesheet($xsl);
// Transformation et affichage du résultat
$ipr = $xslt -> transformToXml($xml);
return($ipr) ;
} ; # fin de fonction xslUrl
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function chaineUrl_2($url,$avant1,$apres1,$avant2="?",$apres2="!") {
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$lem = "" ;
$fh = @fopen($url,"r") ;
if (!$fh) {
return($lem) ;
} ; # finsi
while (!feof($fh)) {
$lem1 = "?" ;
$lem2 = "??" ;
$lig = fgets($fh, 4096) ;
$idp = strpos($lig,$avant1) ;
while ($idp>-1) {
$lig = substr($lig,$idp+strlen($avant1)) ;
$jdp = strpos($lig,$apres1) ;
$lem1 = " ".substr($lig,0,$jdp) ;
$kdp = strpos($lig,$avant2) ;
if ($kdp>-1) {
$lig = substr($lig,$kdp+strlen($avant2)) ;
$ldp = strpos($lig,$apres2) ;
$lem2 = substr($lig,0,$ldp) ;
} ; # fin de si
$lem .= "$lem1 $lem2 ; " ;
$idp = strpos($lig,$avant1) ;
} ; # finsi
} ; # fin de tant que
fclose($fh) ;
return($lem) ;
} ; # fin de fonction chaineUrl_2
###################################################
function exprUrl2($url,$er) {
###################################################
$lem = "" ;
$fh = @fopen($url,"r") ;
if (!$fh) {
return($lem) ;
} ; # finsi
$jdp = 0 ;
while (!feof($fh)) {
$lig = fgets($fh, 4096) ;
$idp = preg_match_all($er,$lig,$tdr) ;
if ($idp>0) {
for ($idv=0;$idv<$idp;$idv++) {
$lem1 = $tdr[1][$idv] ;
$lem2 = $tdr[2][$idv] ;
$lem .= "$lem1 $lem2 ; " ;
} ; # fin pour
} ; # finsi
} ; # fin de tant que
fclose($fh) ;
return($lem) ;
} ; # fin de fonction exprUrl2
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function xslUrl2($urlxml,$fxsl) {
###################################################
$ipr = "" ;
$fh = @fopen($urlxml,"r") ;
$continue = 1 ;
if (!$fh) {
return($ipr) ;
} ; # finsi
$xml = new domDocument();
$xml -> load($urlxml);
$xsl = new domDocument();
$xsl -> load($fxsl);
$xslt = new XSLTProcessor();
$xslt -> importStylesheet($xsl);
$ipr = $xslt -> transformToXml($xml);
return($ipr) ;
} ; # fin de fonction xslUrl2
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function choixIpr($ldsol) {
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$ldsol = trim($ldsol) ;
$lng1 = strlen($ldsol) -1 ;
if (substr($ldsol,$lng1,1)==";") { $ldsol = substr($ldsol,0,$lng1) ; } ;
# on décompose via le point-virgule
# s'il n'ya qu'une seule solution, c'est le bon ipr
# sinon, si on trouve LEA, c'est ce qu'il faut garder
# sinon, enfin, on garde le premier IPR
$tdsol = preg_split("/;/",$ldsol) ;
$lasol = $tdsol[0] ;
$nbe = count($tdsol) ;
if ($nbe>1) {
for ($ids=0;$ids<$nbe;$ids++) {
$solc = $tdsol[$ids] ;
if (strpos($solc,"LEA")>-1) { $lasol = $solc ; } ;
} ; # fin pour
} ; # fin si
$motsol = preg_split("/\s+/",trim($lasol)) ;
$ipr = $motsol[0] ;
return( $ipr) ;
} ; # fin de fonction choixIpr
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debutPage("Correspondance uniprot/interpro") ;
debutSection("95%") ;
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$titre = "Aucun identifiant de protéine fourni." ;
if (isset($_GET["uni_id"])) {
$uni_id = trim($_GET["uni_id"]) ;
if (strlen($uni_id)>0) {
$titre = "Recherche du numéro Uniprot pour la protéine $uni_id" ;
} ; # fin de si
} ; # fin de si
$url_html = "http://www.uniprot.org/uniprot/$uni_id" ;
$url_xml = "http://www.uniprot.org/uniprot/".$uni_id.".xml" ;
$fhtml = href($url_html,$uni_id) ;
$fxml = href($url_xml,$uni_id.".xml") ;
h2($titre) ;
blockquote() ;
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#############################################
h2("Méthodes pour obtenir le premier numéro IPR","gbleuf") ;
blockquote() ;
## ------------------------------------------------
h3("Méthode 1 : fonctions strpos, substr et strlen sur le fichier HTML $fhtml") ;
$intpro = chaineUrl_1($url_html,"ac=IPR","\"") ;
p() ;
echo "La réponse est : $intpro " ;
finp() ;
## ------------------------------------------------
h3("Méthode 2 : expression régulière sur fichier HTML $fhtml") ;
$intpro = exprUrl1($url_html,"/ac=IPR(.*?)\"/") ;
p() ;
echo "La réponse est : $intpro " ;
finp() ;
## ------------------------------------------------
h3("Méthode 3 : transformation XSL sur fichier XML $fxml") ;
## ------------------------------------------------
$intpro = xslUrl1($url_xml,"uniprot1.xsl") ;
p() ;
echo "La réponse est : $intpro " ;
finp() ;
finblockquote() ;
#############################################
#############################################
h2("Méthodes pour obtenir le \"bon IPR\" :","gbleuf") ;
h2(" IPRunique, celui pour LEA, le premier vu","gbleuf") ;
blockquote() ;
## ------------------------------------------------
h3("Méthode 1 : fonctions strpos, substr et strlen sur le fichier HTML $fhtml") ;
$intpro = chaineUrl_2($url_html,"ac=IPR","\"","a>.","<br") ;
p() ;
echo "Réponse(s) : $intpro " ;
finp() ;
## ------------------------------------------------
h3("Méthode 2 : expression régulière sur fichier HTML $fhtml") ;
$intpro = exprUrl2($url_html,"/ac=IPR(.*?)\".*?a>.(.*?)<br/") ;
p() ;
echo "Réponse(s) : $intpro " ;
finp() ;
## ------------------------------------------------
h3("Méthode 3 : transformation XSL sur fichier XML $fxml") ;
## ------------------------------------------------
$intpro = xslUrl2($url_xml,"uniprot2.xsl") ;
p() ;
echo "Réponse(s) : $intpro " ;
finp() ;
## ------------------------------------------------
$bonipr = choixIpr($intpro) ;
h3("On en déduit le bon numéro IPR : $bonipr") ;
finblockquote() ;
#############################################
#############################################
p() ;
echo " Code-sources : ";
echo href("montresource.php?nomfic=reponseUniprot.php","de la page ","orange_stim nou") ;
echo " ; " ;
echo href("montresource.php?nomfic=uniprot1.xsl","de la transformation XSL 1","orange_stim nou") ;
echo " ; " ;
echo href("montresource.php?nomfic=uniprot2.xsl","de la transformation XSL 2","orange_stim nou") ;
echo "." ;
finp() ;
finblockquote() ;
######################################
finSection() ;
finPage() ;
######################################
?>
La coloration syntaxique est réalisée par : SyntaxHighlighter. Si vous préférez, vous pouvez utiliser celle de geshi ou même celle construite autour de la fonction highlight_file. |
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