#  test des paramètres

   if ($ARGV[0] eq "") {
        print " syntaxe : perl codons2aa.pl nom_de_fichier \n" ;
        exit(-1) ;
   }  ; # fin de test sur les arguments

   $fichier = $ARGV[0] ; # récupération du nom du fichier

   # essai d'ouverture du fichier d'entrée

   open( FIC ,"<$fichier")
     || die "\n impossible d'ouvrir le fichier nommé $fichier \n\n" ;

   # préparation du fichier de sortie
   # on utilise le texte avant le dernier point, soit :

   $sortie = substr($fichier,0,rindex($fichier,".")).".aa" ;

   open( FS ,">$sortie")
     || die "\n impossible d'écrire dans le fichier nommé $sortie \n\n" ;

   # table de correspondance entre codon et acide aminé
   # on rajoute ___ vers _ pour gap

   %dcod=(

       "aaa"=>"K",
       "aac"=>"N",
       "aag"=>"K",
       "aat"=>"N",
       "aca"=>"T",
       "acc"=>"T",
       "acg"=>"T",
       "act"=>"T",
       "aga"=>"R",
       "agc"=>"S",
       "agg"=>"R",
       "agt"=>"S",
       "ata"=>"I",
       "atc"=>"I",
       "atg"=>"M",
       "att"=>"I",
       "caa"=>"Q",
       "cac"=>"H",
       "cag"=>"Q",
       "cat"=>"H",
       "cca"=>"P",
       "ccc"=>"P",
       "ccg"=>"P",
       "cct"=>"P",
       "cga"=>"R",
       "cgc"=>"R",
       "cgg"=>"R",
       "cgt"=>"R",
       "cta"=>"L",
       "ctc"=>"L",
       "ctg"=>"L",
       "ctt"=>"L",
       "gaa"=>"E",
       "gac"=>"D",
       "gag"=>"E",
       "gat"=>"D",
       "gca"=>"A",
       "gcc"=>"A",
       "gcg"=>"A",
       "gct"=>"A",
       "gga"=>"G",
       "ggc"=>"G",
       "ggg"=>"G",
       "ggt"=>"G",
       "gta"=>"V",
       "gtc"=>"V",
       "gtg"=>"V",
       "gtt"=>"V",
       "taa"=>"*",
       "tac"=>"Y",
       "tag"=>"*",
       "tat"=>"Y",
       "tca"=>"S",
       "tcc"=>"S",
       "tcg"=>"S",
       "tct"=>"S",
       "tga"=>"*",
       "tgc"=>"C",
       "tgg"=>"W",
       "tgt"=>"C",
       "tta"=>"L",
       "ttc"=>"F",
       "ttg"=>"L",
       "ttt"=>"F",
       "___"=>"_"

   ) ; # fin de tableau de décodage

   # parcours du fichier avec conversion par paquets de 3

   $nbl = 0 ;
   while (chomp($lig=<FIC>)) {
     $nbl++;
     if (length($lig)>0) {
        $lng  = length($lig)/3 ;
        $nlig = "" ;
        for ($idc=0;$idc<$lng;$idc++) {
            $nlig .= $dcod{substr($lig,3*$idc,3)} ;
        } ; # fin de pour idc
        if ($nbl<=3) {
           if ($nbl==1) { print "\n pour vérification, affichage des 3 premières lignes (ou moins) :\n\n" ; } ;
           print " Ligne $nbl \n" ;
           print "       codons         : $lig\n" ;
           print "       acides aminés : $nlig\n" ;
        } ; # fin de si on est dans les trois premières lignes
     } ; # fin de si ligne non vide
     print FS "$nlig\n" ;
   } ; # fin de tant que

   # fermeture des fichiers et message de fin

   close(FIC) ;
   close(FS) ;

   print "\n vous pouvez utiliser $sortie \n\n"