Développement Web et représentation de données :
Technologie XML, DTD, XSD et XSL ;
applications à la bureautique et à la bioinformatique
(avec exercices corrigés)
gilles.hunault "at" univ-angers.fr
Présentation des cours et des exercices
Le but principal de ce cours est de rentrer dans les détails des possibilités offertes par XML. Après avoir passé en revue de détail la notion d'élément et d'attribut, les formats classiques XML en bureautique et en bioinformatique seront utilisés, sans oublier le format VCARD/XML. Nous viendrons ensuite approfondir les notions de grammaire (DTD, XSD) et les espaces de noms avant de traiter les expressions XPATH et les transformations XSL. La dernière partie du cours viendra utiliser SVG, RTF et CSV avec des outils en ligne de commande pour gérer les affichages et les rendus parfois graphiques de données issues de fichiers XML. On utilisera systématiquement des fichiers issus de la bioinformatique comme exemples réels.
Les exercices proposés sont progressifs aussi bien en termes de difficultés qu'en termes de tailles de fichier. Il va sans dire que l'ordre des séries et des exercices doit donc être strictement respecté. Les corrigés sont rédigés de façon à rassurer et à guider. Ils sont parfois trop détaillés pour un niveau Master 1, et les fichiers sont parfois indentés abusivement, voire très aérés, de façon à bien faire ressortir les structures, mais l'expérience prouve que ce niveau de rédaction est souvent utile. De fait, ces exercices peuvent servir d'auto-apprentissage de XML (niveau 2).
En plus des outils en lignes de commande, nous fournissons aussi des solutions programmées, souvent pour le Web. La plupart des programmes fournis utilisent PHP ou PERL, mais certains problèmes se programment mieux en JAVA. Nous avons donc fourni des solutions dans ces trois langages, mais nous avons recours, de temps en temps, au langage de programmation du logiciel R pour tout ce qui est plus statistique ou bioinformatique. Nous attendons des étudiants et des lecteurs de ce cours qu'ils connaissent au moins "un peu" ces langages, à défaut de bien les maitriser...
Nous ne traitons pas le rendu de documents XML via CSS. Ce n'est, après tout, que de la mise en forme. Les 4 liens suivants devraient suffire pour en comprendre le fonctionnement :
Références
Documents de cours :
- Tuteur XML (gH)
- Cours de XML F. Torre
- Cours de XML O. Carton
- Cours de XML G. Chagnon
- Ingénierie XML (Nantes)
- SVG Primer W3C Working Draft, 2010
- Logiciel R
- Bases de données documentaires et distribuées
Cartes de référence :
Bibliographie :
Prise en main de XML
(K. H. Goldberg)XML for Bioinformatics
(E. Cerami)Comprendre XSLT
(P. Rigaud, B. Amman)Semantic Web
(D. Allemang)
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