Code-source


00001          

00002     <?php     

00003     #   # (gH)   -_-  proj_m1_2018.php  ;  TimeStamp (unix) : 07 Février 2019 vers 11:11     

00004          

00005     include("../../std.php") ;     

00006          

00007     $an1 = 2018 ;     

00008     $an2 = $an1 + 1;     

00009     debutPage("Projets en Master 1 Informatique an $an1/$an2","strict")  ;     

00010     debutSection() ;     

00011     pvide() ;     

00012          

00013     h1("Projet de programmation en Master 1 Informatique") ;     

00014     h1("(année  $an1/$an2)") ;     

00015     pvide() ;     

00016     h1("K-mers et génomes bactériens","gvert") ;     

00017     pvide() ;     

00018          

00019     blockquote() ; # section     

00020          

00021     ########################################################################################################################     

00022          

00023     h2("Présentation informelle") ;     

00024          

00025     ########################################################################################################################     

00026          

00027     blockquote() ;     

00028          

00029     p("texte") ;     

00030     echo " Le centre INRA d'Angers aimerait calculer des indices d'écart et des distances entre de nombreux génomes, " ;     

00031     echo " comme par exemple le pourcentages de K-mers partagés 2 à 2. Il existe déjà un programme qui réalise ce genre de calculs&nbsp;: " ;     

00032     echo " Simka v1.4 (GATB tools). A titre indicatif, le temps de calcul pour une matrice 1 000 x 1 000 est de 2 heures " ;     

00033     echo " sur un serveur Power Edge R510 avec 2 processeurs Intel Xeon Quad-Core E5620 2,26 GHz. " ;     

00034     finp() ;     

00035          

00036     p("texte") ;     

00037     echo " La difficulté du projet est qu'il faudrait calculer tous ces écarts et distances " ;     

00038     echo " pour les 150 000 génomes bactériens disponibles actuelllement (soit 600 Go) et " ;     

00039     echo " qu'il faudrait envisager une mise à jour annuelle ou pluri-annuelle car il semble qu'en 2019 de 20 000 à 80 000 génomes sont rajoutés par an." ;     

00040     finp() ;     

00041          

00042     finblockquote() ;     

00043          

00044     ########################################################################################################################     

00045          

00046     h2("Objectif du stage") ;     

00047          

00048     ########################################################################################################################     

00049          

00050     blockquote() ;     

00051          

00052     p("texte") ;     

00053     echo " Le ou la stagiaire devra commencer par bien réfléchir au mode et au temps de calcul (par bloc de 2 x 100 x 100 ou ??), au stockage des données " ;     

00054     echo " et des résultats, sachant qu'un matrice 150 000 x 150 000 ne tient pas en mémoire et qu'on n'aura pas besoin de toute la matrice à chaque fois " ;     

00055     echo " ni de stocker des calculs symétriques. Il faudra donc réaliser une analyse fine détaillée et bien rédigée à faire valider après une série de tests " ;     

00056     echo " avant procéder aux « vrais calculs ». " ;     

00057     finp() ;     

00058          

00059     p("texte") ;     

00060     echo " Il y a de fortes chances qu'une fois les distances calculées, on n'ait besoin que des génomes les plus proches, soit en pourcentage de K-mers partagés, soit via un nombre " ;     

00061     echo " donné de génomes, d'un génome donné. Il faudra donc écrire en plus des scripts de calcul et du script de mise à jour un script d'extraction. " ;     

00062     finp() ;     

00063          

00064     p("texte") ;     

00065     echo " Ce stage est rémunéré." ;     

00066     finp() ;     

00067          

00068     finblockquote() ;     

00069          

00070     ########################################################################################################################     

00071          

00072     h2("Contacts") ;     

00073          

00074     ########################################################################################################################     

00075          

00076     blockquote() ;     

00077          

00078     p("texte") ;     

00079     echo " Martial BRIAND, ".em("martial.briand@inra.fr") ;     

00080     finp() ;     

00081          

00082     p("texte") ;     

00083     echo " Gilles HUNAULT, ".em("gilles.hunault@univ-angers.fr").". " ;     

00084     finp() ;     

00085          

00086     finblockquote() ;     

00087          

00088     ########################################################################################################################     

00089          

00090     pvide() ;     

00091          

00092     p() ;     

00093     echo href("montresource.php?nomfic=proj_m1_2018.php","Code-source de la page","orange_stim nou")."." ;     

00094     finp() ;     

00095          

00096     ##############################################################################     

00097          

00098     finblockquote() ; # section     

00099     finSection() ;     

00100     finPage() ;     

00101     ?>
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