Listing du fichier proj_m1_2017_3.php
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Listing du fichier proj_m1_2017_3.php
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00002 <?php
00003 # # (gH) -_- proj_m1_2017_3.php ; TimeStamp (unix) : 19 Février 2017 vers 11:52
00004
00005 include("../../std.php") ;
00006
00007 $an1 = 2016 ;
00008 $an2 = $an1 + 1;
00009 debutPage("Projets en Master 1 Informatique an $an1/$an2","strict") ;
00010 debutSection() ;
00011 pvide() ;
00012
00013 h1("Projet de programmation en Master 1 Informatique") ;
00014 h1("(année $an1/$an2)") ;
00015 pvide() ;
00016 h1("Caractérisations de groupes de génomes","gvert") ;
00017 h1("via des palindromes communs et spécifiques","gvert") ;
00018 pvide() ;
00019
00020 blockquote() ;
00021
00022 ##############################################################################
00023 ##############################################################################
00024
00025 h2("Présentation du projet") ;
00026
00027 blockquote() ;
00028
00029 p("texte") ;
00030 echo "On suppose ici que vous avez déjà lu le texte du ".ancre("proj_m1_2016_1.php","projet 2015-2016","gbleuf nou")." lié aux " ;
00031 echo " palindromes communs de groupes de génomes." ;
00032 finp() ;
00033
00034 p("texte") ;
00035 echo " Les résultats obtenus pour certains génomes sont encourageants mais le programme principal, " ;
00036 echo href("rchPalindrome.zip","rchPalindrome.php")." est incomplet :" ;
00037 echo " d'une par,t il ne calcule pas correctement les palindromes lorsqu'il y a des caractères autres que A, T, G ou C " ;
00038 echo " dans les séquences génomiques ; d'autre part, il ne permet pas de trouver à quel niveau taxonomique les palindromes " ;
00039 echo " communs sont spécifiques. De plus il n'est peut-être pas assez performant pour des génomes fongiques dont la " ;
00040 echo " taille est en général mille fois plus grande que celles de génomes bactériens." ;
00041 finp() ;
00042
00043 p("texte") ;
00044 echo " On viendra donc dans un premier temps compléter le programme PHP afin qu'il calcule correctement les palindromes " ;
00045 echo " en présence de caractères autres que A, T, G ou C. " ;
00046 echo " Dans un deuxième temps, on traduira le programme PHP en PERL et on comparera les performances. " ;
00047 echo " Dans un troisième temps, on viendra récupérer la taxonomie " ;
00048 echo " et on fournira les palindromes spécifiques par rang taxonomique. " ;
00049 echo " On passage, on récupérera les fichiers d'annotation liés aux génomes afin de savoir où se situent les palindromes " ;
00050 echo " (portion codante, partie de gène, chevauchement de région, partie non codante...)." ;
00051 finp() ;
00052
00053 ##############################################################################
00054
00055 finblockquote() ;
00056
00057 h2("Détails du projet") ;
00058
00059 blockquote() ;
00060
00061 p("texte") ;
00062 echo "On commencera par simplifier le programme PHP et gérer un peu mieux les arguments dont l'aide en ligne. " ;
00063 echo " Ainsi, actuellement seul ".b("rchPalindrome mini.fasta 5 false") ;
00064 echo " génère un fichier CSV ".b('"correct"')."." ;
00065 finp() ;
00066
00067 p("texte") ;
00068 echo " On viendra ensuite commenter les fins de structure suivant le style de codage de G. HUNAULT pour la syntaxe des fonctions PHP (voir par exemple " ;
00069 echo href("http://www.info.univ-angers.fr/~gh/internet/stdphp.php","std.php").") et on essaiera de fournir des indications " ;
00070 echo " sur le profil d'exécution (temps passé dans chaque étape, chaque fonction importante). " ;
00071 finp() ;
00072
00073 finblockquote() ;
00074
00075 h2("Données à traiter") ;
00076
00077 blockquote() ;
00078
00079 p("texte") ;
00080 echo " On trouvera sur la page ".href("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Abdc/1055genomes.php","1055genomes.php") ;
00081 echo " des fichiers qui contiennent des séquences d'ADN bactériens. " ;
00082 echo " Ces fichiers serviront de jeux d'essais réels. Il est conseillé de commencer par construire des jeux d'essais beaucoup plus petits " ;
00083 echo " pour mettre au point les programmes. " ;
00084 finp() ;
00085
00086 p("texte") ;
00087 echo "On essaiera dans un premier temps de fournir le plus grand palindrome de " ;
00088 echo href("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Abdc/Data/putida_gb_1.fasta.zip",em("Pseudomonas putida")." GB-1") ;
00089 echo " avant d'essayer de trouver le plus grand palindrome ".b("commun")." des " ;
00090 echo href("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Abdc/Data/pseudomonas.fasta.zip","5 exemplaires de ".em("Pseudomonas putida"))."etc. " ;
00091 finp() ;
00092
00093 p("texte") ;
00094 echo s_span("Attention","grouge")." : " ;
00095 echo "ce projet demande de ".b("fortes compétences en algorithmique").". " ;
00096 echo " En particulier, on pourra s'intéresser à la structure de données nommée ".b("arbre des suffixes").". " ;
00097 finp() ;
00098
00099 finblockquote() ;
00100
00101 p() ;
00102 echo href("montresource.php?nomfic=proj_m1_2017_3.php","Code-source de la page","orange_stim nou")."." ;
00103 finp() ;
00104
00105 ##############################################################################
00106
00107 finblockquote() ;
00108 finSection() ;
00109 finPage() ;
00110 ?>
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