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Projet de programmation en Licence professionnelle(année 2015/2016)
Ajout de la taxonomie dans LEAdb et SHSPdbet tracés hiérarchiques
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Il manque aux deux bases de données LEAPdb et sHSPdb créées et maintenues par E. Jaspard et G. Hunault des informations liées à la taxonomie. Actuellement, seuls des liens qui renvoient au NCBI Taxonomy Browser sont implémentés. Un exemple de rapatriement en Perl est ici. La première partie du projet consiste à fournir des scripts PHP en ligne de commande pour créer dans chaque base une table taxonomy pour contenir les 7 rangs taxinomiques fondamentaux, la remplir en plusieurs fois -- par paquets paramétrables -- et l'exporter en CSV2. On mettra un paramètre qui indique combien d'informations on doit aller chercher à la fois, de façon à ne pas surcharger le serveur du NCBI (avec en interne un appel par numéro d'accession de protéine) et on prévoiera un export par classe ou toutes classes confondues. La deuxième partie du projet consiste à produire des représentations hiérarchiques interactives agréables à lire dans une page Web pour des données structurées hiérarchiquement contenues dans un fichier CSV2. Ces données pourront par exemple être les informations de taxonomie, mais ce pourrait aussi être des données par an, semestre, trimestre, mois, semaine, jour, etc. On commencera par produire dans une page Web des semi-graphiques en XHTML (strict) "pur et dur" avec des tableaux ou des divisions, puis on pourra tester une solution plus "moderne" via canvas ou SVG en HTML5. Enfin, on finira par produire une page qui fournit un diagramme circulaire au sens de Krona à l'aide d'un des scripts du site de krona. L'interaction sera gérée en javascript soit par des boutons "+" et "-" soit par des indicateurs de niveau (niveau 1, niveau 2, niveau supérieur, niveau inférieur...). Voir la page taxoview comme exemple de ce qui est déjà implémenté et qui n'est pas suffisant. Fichiers fournis
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(gH)