TFI : traitement flurorescence imagesinterface expérimentale (non fonctionnelle)Construction d'une l'archive pour une analyse d'images de flurorescenceL'archive des données doit se composer de répertoires (ou dossiers) dits "temporels" construits sur le même modèle : chaque dossier temporel doit comporter un sous-dossier "controle" (H2O ou autre référence) et des dossiers "data". En mode minimal, chaque dossier "controle" ou "data" comporte des images tif avec un même nom pour référencer le même traitement ou la même souche et un fichier txt pour l'histogramme des intensités au format FluorCam. Il faut au minimum deux images par dossier pour que le programme puisse fonctionner. C'est le cas du fichier mis par défaut en exemple, nommé demo.zip. Si vous l'ouvrez, vous verrez qu'il comporte un seul dossier temporel, à savoir daiJ00. Ce dossier comporte un dossier controle nommé H20 et deux dossiers de souches, nommés respectivement S1 et S2 fournissant des images nommées à chaque fois p4.tif. Vous pouvez utiliser le formulaire ci-dessous pour générer une archive au format zip qui ne contient pas de fichier mais juste la bonne arborescence. Une fois téléchargée, il ne vous restera plus qu'à y insérer vos fichiers images. Le nom des dossiers temporels doit suivre le format daiJxx ou daiJxxhyy où xx désigne le nombre de jours depuis l'inoculation, le semis... et où yy correspond aux heures. Par exemple avec 3 points de mesure en J0, J7 et J11, vous devez saisir comme noms daiJ00, daiJ07 et daiJ11. Si par contre vous avez 6 points de mesure pour ces 3 mêmes jours mais à des heures différentes, comme 9 h et 17 h, vous devez saisir daiJ00h09, daiJ00h17... Pour démarrer la saisie des paramètres pour la construction de l'archive, indiquez ci-dessous le nombre de jours de mesure ou de points de la cinétique, le nombre de souches ou conditions d'expérimenation et cliquez sur envoyer. |
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(gH)