meta  Structure Evolution Et Diversité des microbiotes des semences 1. Quelques liens SRA The NCBI's Sequence Read Archive (NGS data). ENA EMBL's European Nucleotide Archive. DBA DDBJ's Sequence Read Archive. mg-rast The MetaGenomic RAST img/m Integrated Microbial Genomes with Microbiomes samples SRAdb R/Bioconductor package, compilation of metadata from NCBI SRA and tools  demo manual Des exemples de boucles en PERL pour de la data science : boucles. Un exemple de script PERL d'analyse : metauto16S. Un script pour tracer les corrélations issues de sparcc (mothur) : sparcc. Deux scripts PERL pour rapatrier et convertir et en fastq pairés des fichiers sra : getSra. Un script PERL pour renommer massivement des fichiers : renommer.php. Incomplet : un script PERL pour extraire les données considérées "fiables et de qualité" pour des séquences Fastqs : qualiteFastq.php. Ajout du 02 novembre 2016 : un script PERL pour manipuler facilement les premières liges d'un fichier pour une analyse LEFSE : preLefse. Ajout du 04 novembre 2016 : un script PERL pour produire facilement les PNG lors d'une analyse LEFSE : lefse. Présentations de l'axe 4 pour les CS : Exposé du 10 décembre 2014 : cs_axe4_2015.php. Exposé du 10 décembre 2014 : cs_axe4_2014.php.   2. Lexiques alphabétique et fréquentiel des titres recensés par MB       16s 2 a 2 acid 1 activation 1 affecting 1 agroecosystem 1 alters 1 amplicons 1 an 2 analysis 3 and 11 arabidopsis 4 arabidospis 1 as 2 assembly 2 associated 2 bacteria 2 bacterial 10 between 1 biogeography 1 by 3 changes 1 characteristics 1 colonization 2 colonizing 1 communities 7 community 4 composition 2 conditions 1 contrasted 1 core 1 crop 1 cucumber 2 cues 1 defence 1 defining 2 deltoides 1 described 1 distinct 1 divergence 1 diversity 3 during 1 ecological 1 ectomycorrhizospher 1 endophyte 1 factors 1 field 1 field-grown 1 following 1 for 1 fresh 1 fruits 1 functional 2 fungal 1 genes 1 germination 1 heritability 1 in 8 jasmonic 1 leaf 1 leaves 1 lettuce 2 maize 2 mature 1 metagenomic 1 metatranscriptomics 1 microbial 1 microbiome 3 microbiota 4 minimal 1 multifactor 1 oak 1 of 17 on 1 pathway 1 phylloepiphytic 1 phyllosphere 4 plant 2 plants 1 populus 1 processing 1 pyrosequencing 2 pyrosequencing-based 1 quantitative 1 refrigerated 1 relatives 1 revealed 2 revealing 1 reveals 1 rhizosphere 5 rice 1 root 4 root-inhabiting 1 roots 2 rrna 2 seeds 1 selection 1 share 1 similar 1 soil 1 soybean 1 spatiotemporal 1 species 1 spermosphere 1 spinach 2 stochastic 1 storage 1 strategies 1 structure 2 succession 1 surfaces 1 surrounding 1 taxonomical 1 thaliana 3 thalina 1 the 12 tomato 1 trees 1 under 1 using 1 variation 2 vegetables 1 wheat 1 with 2       of 17 the 12 and 11 bacterial 10 in 8 communities 7 rhizosphere 5 community 4 microbiota 4 arabidopsis 4 root 4 phyllosphere 4 thaliana 3 analysis 3 diversity 3 by 3 microbiome 3 roots 2 spinach 2 structure 2 an 2 pyrosequencing 2 variation 2 a 2 lettuce 2 functional 2 colonization 2 as 2 assembly 2 composition 2 with 2 rrna 2 defining 2 associated 2 bacteria 2 maize 2 cucumber 2 plant 2 16s 2 revealed 2 leaf 1 affecting 1 genes 1 jasmonic 1 biogeography 1 leaves 1 agroecosystem 1 alters 1 pathway 1 activation 1 acid 1 defence 1 factors 1 processing 1 divergence 1 arabidospis 1 quantitative 1 stochastic 1 succession 1 thalina 1 relatives 1 soybean 1 selection 1 microbial 1 taxonomical 1 ecological 1 amplicons 1 phylloepiphytic 1 following 1 changes 1 field-grown 1 on 1 minimal 1 pyrosequencing-based 1 using 1 described 1 storage 1 refrigerated 1 spatiotemporal 1 endophyte 1 spermosphere 1 plants 1 crop 1 metatranscriptomics 1 revealing 1 cues 1 heritability 1 core 1 root-inhabiting 1 for 1 species 1 wheat 1 surfaces 1 germination 1 during 1 seeds 1 fresh 1 fruits 1 tomato 1 strategies 1 vegetables 1 under 1 field 1 populus 1 mature 1 fungal 1 multifactor 1 deltoides 1 trees 1 share 1 ectomycorrhizospher 1 distinct 1 metagenomic 1 rice 1 between 1 contrasted 1 reveals 1 conditions 1 oak 1 surrounding 1 colonizing 1 characteristics 1 soil 1 similar 1 3. Quelques termes techniques avec leur lien wiki US et FR et le comptage par Google Si vous acceptez d'attendre entre 30 et 40 secondes avant de voir les résultats actualisés, cliquez ici. Comptages de 2014 : mot wiki_FR wiki_EN Google hits/10^6 images phyllosphere non vu wiki wiki EN lien 0.10 images rhizosphere wiki FR wiki EN lien 0.63 images spermosphere non vu wiki not found lien 0.01 images anthosphere non vu wiki not found lien 0.39 images carposphere non vu wiki not found lien 0.02 images microbiota wiki FR wiki EN lien 1.17 images community wiki FR wiki EN lien 4480.00 images metagenome non vu wiki wiki EN lien 0.37 images microbiome wiki FR wiki EN lien 0.91 images metagenomic non vu wiki wiki EN lien 0.44 images

 

 

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