Caractérisation spécifique de groupes version 1.07 Table des matières cliquable 1. Caractérisations pour le dossier rch8 2. Liste des colonnes de caractérisation pour rch8 3. Classification restreinte aux colonnes de caractérisation pour rch8 1. Caractérisations pour le dossier rch8 Caractérisation du groupe 1 soit alfalfae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 10 ET ~14 ET 18. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 1 et XAC = 0 et XccA2 = 1 Caractérisation du groupe 2 soit allii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~7 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopQ = 0 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 3 soit aurantifolii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET ~20 ET ~32 ET ~33. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et XccE1 = 0 et XopC = 0 et AvrBsT = 0 Caractérisation du groupe 4 soit axonopodis Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~2 ET 8. Ce qui correspond aux données :      XopN = 0 et XopE2 = 1 Caractérisation du groupe 5 soit begoniae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 8 ET ~12 ET ~21 ET ~28. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 1 et XopE1 = 0 et XccB = 0 et AvrXv3 = 0 Caractérisation du groupe 6 soit citri Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET 20. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XccE1 = 1 Caractérisation du groupe 7 soit citrumelo Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 7 ET 10 ET ~18 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopQ = 1 et XopF2 = 1 et XccA2 = 0 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 8 soit dieffenbachiae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 23 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopB = 1 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 9 soit glycines Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~11 ET 12 ET ~21. Ce qui correspond aux données :      XopP = 0 et XopE1 = 1 et XccB = 0 Caractérisation du groupe 10 soit malvacearum Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET ~15 ET ~21. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et HpaF = 0 et XccB = 0 Caractérisation du groupe 11 soit anacardii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET ~14 ET 15. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XAC = 0 et HpaF = 1 Caractérisation du groupe 12 soit mangiferaeindicae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET 14 ET 23. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XAC = 1 et XopB = 1 Caractérisation du groupe 13 soit manihotis Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~8 ET 18. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 0 et XccA2 = 1 Caractérisation du groupe 14 soit Fuscans Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~30 ET 32 ET 33. Ce qui correspond aux données :      AvrRxo1 = 0 et XopC = 1 et AvrBsT = 1 Caractérisation du groupe 15 soit NF1 Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~12 ET 14 ET 30. Ce qui correspond aux données :      XopE1 = 0 et XAC = 1 et AvrRxo1 = 1 Caractérisation du groupe 16 soit NF2 Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~12 ET 16 ET ~18. Ce qui correspond aux données :      XopE1 = 0 et AvrXacE1 = 1 et XccA2 = 0 Caractérisation du groupe 17 soit NF3 Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 10 ET ~16 ET ~30. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 1 et AvrXacE1 = 0 et AvrRxo1 = 0 Caractérisation du groupe 18 soit ricini Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~28 ET 37. Ce qui correspond aux données :      AvrXv3 = 0 et XccC = 1 Caractérisation du groupe 19 soit vasculorum Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~8 ET ~18. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 0 et XccA2 = 0 Caractérisation du groupe 20 soit vesicatoria Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 24. Ce qui correspond aux données :      XopD = 1 Caractérisation du groupe 21 soit vignicola Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 36. Ce qui correspond aux données :      AvrXv4 = 1 2. Liste des colonnes de caractérisation pour rch8 Liste par numéro de groupe pour rch8 Numéro Groupe Colonnes 1      alfalfae 10+   14-   18+   2      allii 7-   28+   3      aurantifolii 14+   20-   32-   33-   4      axonopodis 2-   8+   5      begoniae 8+   12-   21-   28-   6      citri 10-   20+   7      citrumelo 7+   10+   18-   28+   8      dieffenbachiae 23+   28+   9      glycines 11-   12+   21-   10      malvacearum 14+   15-   21-   11      anacardii 10-   14-   15+   12      mangiferaeindicae 10-   14+   23+   13      manihotis 8-   18+   14      Fuscans 30-   32+   33+   15      NF1 12-   14+   30+   16      NF2 12-   16+   18-   17      NF3 10+   16-   30-   18      ricini 28-   37+   19      vasculorum 8-   18-   20      vesicatoria 24+   21      vignicola 36+   Liste par numéro de colonne pour rch8 Indice Numéro Nom Groupe(s) 1    2    XopN   4-   2    7    XopQ   2-   7+   3    8    XopE2   4+   5+   13-   19-   4    10    XopF2   1+   6-   7+   11-   12-   17+   5    11    XopP   9-   6    12    XopE1   5-   9+   15-   16-   7    14    XAC   1-   3+   10+   11-   12+   15+   8    15    HpaF   10-   11+   9    16    AvrXacE1   16+   17-   10    18    XccA2   1+   7-   13+   16-   19-   11    20    XccE1   3-   6+   12    21    XccB   5-   9-   10-   13    23    XopB   8+   12+   14    24    XopD   20+   15    28    AvrXv3   2+   5-   7+   8+   18-   16    30    AvrRxo1   14-   15+   17-   17    32    XopC   3-   14+   18    33    AvrBsT   3-   14+   19    36    AvrXv4   21+   20    37    XccC   18+   Matrice de présence/absence des souches, restreinte aux seules 20 colonnes impliquées Format : Souche Groupe Caractères L3835G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 L3836G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 L3837G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 L7120G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 L7121G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 L6107G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6369G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6358G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6359G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6362G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6364G02 G02 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6367G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6376G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6383G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L6385G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 L3528G03 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 L3529G03 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 L3530G03 G03 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 L2901G03 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 L2866G03 G03 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 L4924G04 G04 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 L5141G04 G04 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 L2524G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 L5677G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 L1421G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 L5676G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 L5678G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 L2525G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 L3369G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 L1209G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 L1814G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 L5280G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 L5284G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 L2900G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 L306G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 L3371G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 L3541G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 L3841G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 L3842G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 L3843G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 L3114G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 L3133G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 L3132G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 L5688G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 L5693G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 L5691G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 L1519G09 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L2526G09 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L7119G09 G09 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L7118G09 G09 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L1559G09 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L2035G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L2530G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L5700G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L5701G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L5726G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 L2914G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 L2913G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 LJY542G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 LLA099G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 LLA100G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 LLA102G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 L1716G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 0 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Classification restreinte aux 20 colonnes de caractérisation pour rch8 Liens cliquables Matrice des distances de Jaccard-Sneath Composition des classes (distance min avec UPGMA) Dendrogramme Données du dossier : "rch8_min"    dimensions : 132 individus, 20 colonnes et 21 groupes. Matrice des distances de Jaccard-Sneath L3835G01 L3836G01 L3837G01 L7120G01 L7121G01 L6107G02 L6369G02 L6358G02 L6359G02 L6362G02 L6364G02 L6367G02 L6376G02 L6383G02 L6385G02 L3528G03 L3529G03 L3530G03 L2901G03 L2866G03 L4924G04 L5141G04 L2524G05 L5677G05 L1421G05 L5676G05 L5678G05 L2525G06 L3369G06 L1209G06 L1814G06 L5280G06 L5284G06 L2900G06 L306G06 L3371G07 L3541G07 L3841G07 L3842G07 L3843G07 L3114G07 L3133G08 L3132G08 L5688G08 L5693G08 L5691G08 L1519G09 L2526G09 L7119G09 L7118G09 L1559G09 L2035G10 L2530G10 L5700G10 L5701G10 L5726G10 L2914G11 L2913G11 LJY542G11 LLA099G11 LLA100G11 LLA102G11 L1716G12 L2933G12 LJN576G12 L2915G12 L2935G12 L2939G12 L2940G12 LJP742G12 LJP757G12 LJP740G12 L1860G13 L2603G13 L1851G13 L2624G13 L6544G13 L1865G13 L1815G14 L4834G14 L6165G14 L6167G14 L6969G14 L6166G14 L6965G14 L6975G14 L6976G14 L6979G14 L1845G14 L6960G14 L6970G14 L6971G14 L2534G15 L6164G15 L6987G15 L6984G15 L6982G15 L412G15 L6983G15 L6985G15 L6989G16 L6990G16 L6991G16 L6988G16 L6992G17 L6994G17 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L6996G17 L6993G17 L5863G18 L5864G18 L5865G18 L6541G18 L6542G18 L1215G19 L5694G19 L5695G19 L5696G19 L5698G19 L5823G19 L1289G19 L1604G20 L5594G20 L5618G20 L75-3G20 L2484G20 L6864G20 L6817G20 L7110G21 L7111G21 L7112G21 L7113G21 L7115G21 Composition des classes (distance min avec UPGMA) Num Nom 1 L3835G01 2 L3836G01 3 L3837G01 4 L7120G01 5 L7121G01 6 L6107G02 7 L6369G02 8 L6358G02 9 L6359G02 10 L6362G02 11 L6364G02 12 L6367G02 13 L6376G02 14 L6383G02 15 L6385G02 16 L3528G03 17 L3529G03 18 L3530G03 19 L2901G03 20 L2866G03 21 L4924G04 22 L5141G04 23 L2524G05 24 L5677G05 25 L1421G05 26 L5676G05 27 L5678G05 28 L2525G06 29 L3369G06 30 L1209G06 31 L1814G06 32 L5280G06 33 L5284G06 34 L2900G06 35 L306G06 36 L3371G07 37 L3541G07 38 L3841G07 39 L3842G07 40 L3843G07 41 L3114G07 42 L3133G08 43 L3132G08 44 L5688G08 45 L5693G08 46 L5691G08 47 L1519G09 48 L2526G09 49 L7119G09 50 L7118G09 51 L1559G09 52 L2035G10 53 L2530G10 54 L5700G10 55 L5701G10 56 L5726G10 57 L2914G11 58 L2913G11 59 LJY542G11 60 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128 2 136 0.000 126 125 2 137 0.000 136 123 3 138 0.000 122 121 2 139 0.000 120 118 2 140 0.000 139 117 3 141 0.000 140 116 4 142 0.000 141 115 5 143 0.000 142 114 6 144 0.000 113 112 2 145 0.000 144 111 3 146 0.000 145 110 4 147 0.000 146 109 5 148 0.000 108 105 2 149 0.000 107 106 2 150 0.000 103 102 2 151 0.000 150 101 3 152 0.000 100 99 2 153 0.000 152 95 3 154 0.000 153 94 4 155 0.000 154 93 5 156 0.000 97 96 2 157 0.000 92 90 2 158 0.000 88 87 2 159 0.000 158 86 3 160 0.000 159 84 4 161 0.000 85 83 2 162 0.000 82 81 2 163 0.000 162 80 3 164 0.000 78 77 2 165 0.000 164 76 3 166 0.000 165 75 4 167 0.000 166 74 5 168 0.000 167 73 6 169 0.000 72 71 2 170 0.000 169 70 3 171 0.000 170 69 4 172 0.000 171 68 5 173 0.000 172 67 6 174 0.000 173 66 7 175 0.000 174 65 8 176 0.000 175 64 9 177 0.000 176 63 10 178 0.000 62 61 2 179 0.000 178 60 3 180 0.000 179 59 4 181 0.000 180 58 5 182 0.000 181 57 6 183 0.000 56 55 2 184 0.000 183 54 3 185 0.000 184 53 4 186 0.000 185 52 5 187 0.000 51 48 2 188 0.000 187 47 3 189 0.000 50 49 2 190 0.000 46 45 2 191 0.000 190 44 3 192 0.000 191 42 4 193 0.000 40 36 2 194 0.000 38 37 2 195 0.000 35 34 2 196 0.000 33 32 2 197 0.000 196 31 3 198 0.000 197 30 4 199 0.000 27 26 2 200 0.000 25 24 2 201 0.000 22 21 2 202 0.000 19 17 2 203 0.000 15 14 2 204 0.000 203 13 3 205 0.000 204 12 4 206 0.000 205 10 5 207 0.000 206 9 6 208 0.000 207 8 7 209 0.000 208 7 8 210 0.000 209 6 9 211 0.000 5 2 2 212 0.077 163 157 5 213 0.077 138 124 3 214 0.083 161 160 6 215 0.083 91 89 2 216 0.083 29 28 2 217 0.091 156 155 7 218 0.091 4 1 2 219 0.100 211 3 3 220 0.100 198 195 6 221 0.100 194 193 4 222 0.100 149 148 4 223 0.107 213 127 4 224 0.111 189 188 5 225 0.111 151 104 4 226 0.111 18 16 2 227 0.129 215 79 3 228 0.139 219 218 5 229 0.156 221 39 5 230 0.158 220 216 8 231 0.167 200 43 3 232 0.167 135 134 5 233 0.172 227 212 8 234 0.175 223 137 7 235 0.180 233 214 14 236 0.200 199 192 6 237 0.206 231 23 4 238 0.222 210 147 14 239 0.227 226 20 3 240 0.240 224 186 10 241 0.243 229 228 10 242 0.247 217 98 8 243 0.260 225 222 8 244 0.266 241 41 11 245 0.293 243 235 22 246 0.299 237 236 10 247 0.302 238 11 15 248 0.303 239 230 11 249 0.313 245 242 30 250 0.327 248 240 21 251 0.333 143 119 7 252 0.375 202 182 8 253 0.419 251 246 17 254 0.433 250 177 31 255 0.470 249 244 41 256 0.510 254 234 38 257 0.518 252 232 13 258 0.525 256 201 40 259 0.539 258 255 81 260 0.597 257 253 30 261 0.635 259 247 96 262 0.698 260 168 36 263 0.708 262 261 132 Dendrogramme (distances de Jaccard-Sneath, critère du min, agrégation UPGMA)   Liste des groupes et couleur associée Numéro Nom Couleur 1    alfalfae 2    allii 3    aurantifolii 4    axonopodis 5    begoniae 6    citri 7    citrumelo 8    dieffenbachiae 9    glycines 10    malvacearum 11    anacardii 12    mangiferaeindicae 13    manihotis 14    Fuscans 15    NF1 16    NF2 17    NF3 18    ricini 19    vasculorum 20    vesicatoria 21    vignicola             liste des analyses effectuées          vérification des 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