Caractérisation spécifique de groupes version 1.07 Table des matières cliquable 1. Caractérisations pour le dossier rch7 2. Liste des colonnes de caractérisation pour rch7 3. Classification restreinte aux colonnes de caractérisation pour rch7 1. Caractérisations pour le dossier rch7 Caractérisation du groupe 1 soit alfalfae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 10 ET ~14 ET 18. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 1 et XAC = 0 et XccA2 = 1 Caractérisation du groupe 2 soit allii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~7 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopQ = 0 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 3 soit aurantifolii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET ~20 ET ~32 ET ~33. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et XccE1 = 0 et XopC = 0 et AvrBsT = 0 Caractérisation du groupe 4 soit axonopodis Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~2 ET 8. Ce qui correspond aux données :      XopN = 0 et XopE2 = 1 Caractérisation du groupe 5 soit begoniae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 8 ET ~12 ET ~21 ET ~28. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 1 et XopE1 = 0 et XccB = 0 et AvrXv3 = 0 Caractérisation du groupe 6 soit citri Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET 20. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XccE1 = 1 Caractérisation du groupe 7 soit citrumelo Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 7 ET 10 ET ~18 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopQ = 1 et XopF2 = 1 et XccA2 = 0 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 8 soit dieffenbachiae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 23 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopB = 1 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 9 soit glycines Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~11 ET 12 ET ~21. Ce qui correspond aux données :      XopP = 0 et XopE1 = 1 et XccB = 0 Caractérisation du groupe 10 soit malvacearum Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET ~15 ET ~21. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et HpaF=XAC0393 = 0 et XccB = 0 Caractérisation du groupe 11 soit anacardii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET ~14 ET 15. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XAC = 0 et HpaF=XAC0393 = 1 Caractérisation du groupe 12 soit mangiferaeindicae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET 14 ET 23. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XAC = 1 et XopB = 1 Caractérisation du groupe 13 soit manihotis Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~8 ET 18. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 0 et XccA2 = 1 Caractérisation du groupe 14 soit Fuscans_NFi Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET 33. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et AvrBsT = 1 Caractérisation du groupe 15 soit ricini Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~28 ET 37. Ce qui correspond aux données :      AvrXv3 = 0 et XccC = 1 Caractérisation du groupe 16 soit vasculorum Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~8 ET ~18. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 0 et XccA2 = 0 Caractérisation du groupe 17 soit vesicatoria Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 24. Ce qui correspond aux données :      XopD = 1 Caractérisation du groupe 18 soit vignicola Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 36. Ce qui correspond aux données :      AvrXv4 = 1 2. Liste des colonnes de caractérisation pour rch7 Liste par numéro de groupe pour rch7 Numéro Groupe Colonnes 1      alfalfae 10+   14-   18+   2      allii 7-   28+   3      aurantifolii 14+   20-   32-   33-   4      axonopodis 2-   8+   5      begoniae 8+   12-   21-   28-   6      citri 10-   20+   7      citrumelo 7+   10+   18-   28+   8      dieffenbachiae 23+   28+   9      glycines 11-   12+   21-   10      malvacearum 14+   15-   21-   11      anacardii 10-   14-   15+   12      mangiferaeindicae 10-   14+   23+   13      manihotis 8-   18+   14      Fuscans_NFi 14+   33+   15      ricini 28-   37+   16      vasculorum 8-   18-   17      vesicatoria 24+   18      vignicola 36+   Liste par numéro de colonne pour rch7 Indice Numéro Nom Groupe(s) 1    2    XopN   4-   2    7    XopQ   2-   7+   3    8    XopE2   4+   5+   13-   16-   4    10    XopF2   1+   6-   7+   11-   12-   5    11    XopP   9-   6    12    XopE1   5-   9+   7    14    XAC   1-   3+   10+   11-   12+   14+   8    15    HpaF=XAC0393   10-   11+   9    18    XccA2   1+   7-   13+   16-   10    20    XccE1   3-   6+   11    21    XccB   5-   9-   10-   12    23    XopB   8+   12+   13    24    XopD   17+   14    28    AvrXv3   2+   5-   7+   8+   15-   15    32    XopC   3-   16    33    AvrBsT   3-   14+   17    36    AvrXv4   18+   18    37    XccC   15+   Matrice de présence/absence des souches, restreinte aux seules 18 colonnes impliquées Format : Souche Groupe Caractères S3835G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 S3836G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 S3837G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 S7120G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 S7121G01 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 S6107G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6369G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6358G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6359G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6362G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6364G02 G02 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6367G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6376G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6383G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S6385G02 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 S3528G03 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S3529G03 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S3530G03 G03 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S2901G03 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S2866G03 G03 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S4924G04 G04 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 S5141G04 G04 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 S2524G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 S5677G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 S1421G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 S5676G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 S5678G05 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 S2525G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 S3369G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 S1209G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S1814G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S5280G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S5284G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S2900G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S0306G06 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S3371G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 S3541G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 S3841G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 S3842G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 S3843G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 S3114G07 G07 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 S3133G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 S3132G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 S5688G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 S5693G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 S5691G08 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 S1519G09 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2526G09 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S7119G09 G09 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S7118G09 G09 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S1559G09 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2035G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2530G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S5700G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S5701G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S5726G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2914G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 S2913G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 SJY542G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 SLA099G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 SLA100G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 SLA102G11 G11 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 S1716G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 S2933G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 SJN576G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 S2915G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 S2935G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 S2939G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 S2940G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 SJP742G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 SJP757G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 SJP740G12 G12 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 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Classification restreinte aux 18 colonnes de caractérisation pour rch7 Liens cliquables Matrice des distances de Jaccard-Sneath Composition des classes (distance min avec UPGMA) Dendrogramme Données du dossier : "rch7_min"    dimensions : 132 individus, 18 colonnes et 18 groupes. Matrice des distances de Jaccard-Sneath S3835G01 S3836G01 S3837G01 S7120G01 S7121G01 S6107G02 S6369G02 S6358G02 S6359G02 S6362G02 S6364G02 S6367G02 S6376G02 S6383G02 S6385G02 S3528G03 S3529G03 S3530G03 S2901G03 S2866G03 S4924G04 S5141G04 S2524G05 S5677G05 S1421G05 S5676G05 S5678G05 S2525G06 S3369G06 S1209G06 S1814G06 S5280G06 S5284G06 S2900G06 S0306G06 S3371G07 S3541G07 S3841G07 S3842G07 S3843G07 S3114G07 S3133G08 S3132G08 S5688G08 S5693G08 S5691G08 S1519G09 S2526G09 S7119G09 S7118G09 S1559G09 S2035G10 S2530G10 S5700G10 S5701G10 S5726G10 S2914G11 S2913G11 SJY542G11 SLA099G11 SLA100G11 SLA102G11 S1716G12 S2933G12 SJN576G12 S2915G12 S2935G12 S2939G12 S2940G12 SJP742G12 SJP757G12 SJP740G12 S1860G13 S2603G13 S1851G13 S2624G13 S6544G13 S1865G13 S1815G14 S4834G14 S6165G14 S6167G14 S6969G14 S6166G14 S6965G14 S6975G14 S6976G14 S6979G14 S1845G14 S6960G14 S6970G14 S6971G14 S2534G14 S6164G14 S6987G14 S6984G14 S6982G14 S0412G14 S6983G14 S6985G14 S6989G14 S6990G14 S6991G14 S6988G14 S6992G14 S6994G14 S6996G14 S6993G14 S5863G15 S5864G15 S5865G15 S6541G15 S6542G15 S1215G16 S5694G16 S5695G16 S5696G16 S5698G16 S5823G16 S1289G16 S1604G17 S5594G17 S5618G17 S75-3G17 S2484G17 S6864G17 S6817G17 S7110G18 S7111G18 S7112G18 S7113G18 S7115G18 S3835G01 0.0000 S3836G01 0.2000 0.0000 S3837G01 0.1000 0.1111 0.0000 S7120G01 0.1000 0.1111 0.2000 0.0000 S7121G01 0.2000 0.0000 0.1111 0.1111 0.0000 S6107G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 S6369G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 0.0000 S6358G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 S6359G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 S6362G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 S6364G02 0.5455 0.4444 0.5000 0.5000 0.4444 0.1429 0.1429 0.1429 0.1429 0.1429 0.0000 S6367G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.1429 0.0000 S6376G02 0.5833 0.5000 0.5455 0.5455 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.1429 0.0000 0.0000 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S6992G14 S6994G14 S6996G14 S6993G14 S5863G15 S5864G15 S5865G15 S6541G15 S6542G15 S1215G16 S5694G16 S5695G16 S5696G16 S5698G16 S5823G16 S1289G16 S1604G17 S5594G17 S5618G17 S75-3G17 S2484G17 S6864G17 S6817G17 S7110G18 S7111G18 S7112G18 S7113G18 S7115G18 Composition des classes (distance min avec UPGMA) Num Nom 1 S3835G01 2 S3836G01 3 S3837G01 4 S7120G01 5 S7121G01 6 S6107G02 7 S6369G02 8 S6358G02 9 S6359G02 10 S6362G02 11 S6364G02 12 S6367G02 13 S6376G02 14 S6383G02 15 S6385G02 16 S3528G03 17 S3529G03 18 S3530G03 19 S2901G03 20 S2866G03 21 S4924G04 22 S5141G04 23 S2524G05 24 S5677G05 25 S1421G05 26 S5676G05 27 S5678G05 28 S2525G06 29 S3369G06 30 S1209G06 31 S1814G06 32 S5280G06 33 S5284G06 34 S2900G06 35 S0306G06 36 S3371G07 37 S3541G07 38 S3841G07 39 S3842G07 40 S3843G07 41 S3114G07 42 S3133G08 43 S3132G08 44 S5688G08 45 S5693G08 46 S5691G08 47 S1519G09 48 S2526G09 49 S7119G09 50 S7118G09 51 S1559G09 52 S2035G10 53 S2530G10 54 S5700G10 55 S5701G10 56 S5726G10 57 S2914G11 58 S2913G11 59 SJY542G11 60 SLA099G11 61 SLA100G11 62 SLA102G11 63 S1716G12 64 S2933G12 65 SJN576G12 66 S2915G12 67 S2935G12 68 S2939G12 69 S2940G12 70 SJP742G12 71 SJP757G12 72 SJP740G12 73 S1860G13 74 S2603G13 75 S1851G13 76 S2624G13 77 S6544G13 78 S1865G13 79 S1815G14 80 S4834G14 81 S6165G14 82 S6167G14 83 S6969G14 84 S6166G14 85 S6965G14 86 S6975G14 87 S6976G14 88 S6979G14 89 S1845G14 90 S6960G14 91 S6970G14 92 S6971G14 93 S2534G14 94 S6164G14 95 S6987G14 96 S6984G14 97 S6982G14 98 S0412G14 99 S6983G14 100 S6985G14 101 S6989G14 102 S6990G14 103 S6991G14 104 S6988G14 105 S6992G14 106 S6994G14 107 S6996G14 108 S6993G14 109 S5863G15 110 S5864G15 111 S5865G15 112 S6541G15 113 S6542G15 114 S1215G16 115 S5694G16 116 S5695G16 117 S5696G16 118 S5698G16 119 S5823G16 120 S1289G16 121 S1604G17 122 S5594G17 123 S5618G17 124 S75-3G17 125 S2484G17 126 S6864G17 127 S6817G17 128 S7110G18 129 S7111G18 130 S7112G18 131 S7113G18 132 S7115G18 Num Niveau Aine Benjamin Effectif 133 0.000 132 131 2 134 0.000 133 129 3 135 0.000 130 128 2 136 0.000 126 125 2 137 0.000 136 123 3 138 0.000 122 121 2 139 0.000 120 118 2 140 0.000 139 117 3 141 0.000 140 116 4 142 0.000 141 115 5 143 0.000 142 114 6 144 0.000 113 112 2 145 0.000 144 111 3 146 0.000 145 110 4 147 0.000 146 109 5 148 0.000 108 105 2 149 0.000 107 106 2 150 0.000 103 102 2 151 0.000 150 101 3 152 0.000 100 99 2 153 0.000 152 95 3 154 0.000 153 94 4 155 0.000 154 93 5 156 0.000 97 96 2 157 0.000 156 88 3 158 0.000 157 87 4 159 0.000 158 86 5 160 0.000 159 84 6 161 0.000 92 90 2 162 0.000 85 83 2 163 0.000 82 81 2 164 0.000 163 80 3 165 0.000 78 77 2 166 0.000 165 76 3 167 0.000 166 75 4 168 0.000 167 74 5 169 0.000 168 73 6 170 0.000 72 71 2 171 0.000 170 70 3 172 0.000 171 69 4 173 0.000 172 68 5 174 0.000 173 67 6 175 0.000 174 66 7 176 0.000 175 65 8 177 0.000 176 64 9 178 0.000 177 63 10 179 0.000 62 61 2 180 0.000 179 60 3 181 0.000 180 59 4 182 0.000 181 58 5 183 0.000 182 57 6 184 0.000 56 55 2 185 0.000 184 54 3 186 0.000 185 53 4 187 0.000 186 52 5 188 0.000 51 48 2 189 0.000 188 47 3 190 0.000 50 49 2 191 0.000 46 45 2 192 0.000 191 44 3 193 0.000 192 42 4 194 0.000 40 36 2 195 0.000 38 37 2 196 0.000 35 34 2 197 0.000 33 32 2 198 0.000 197 31 3 199 0.000 198 30 4 200 0.000 27 26 2 201 0.000 25 24 2 202 0.000 22 21 2 203 0.000 19 17 2 204 0.000 15 14 2 205 0.000 204 13 3 206 0.000 205 12 4 207 0.000 206 10 5 208 0.000 207 9 6 209 0.000 208 8 7 210 0.000 209 7 8 211 0.000 210 6 9 212 0.000 5 2 2 213 0.083 164 161 5 214 0.091 162 89 3 215 0.091 138 124 3 216 0.091 29 28 2 217 0.100 160 155 11 218 0.100 149 148 4 219 0.100 4 1 2 220 0.111 212 3 3 221 0.111 199 196 6 222 0.111 195 194 4 223 0.125 190 189 5 224 0.125 151 104 4 225 0.125 18 16 2 226 0.127 215 127 4 227 0.133 213 91 6 228 0.143 211 147 14 229 0.154 220 219 5 230 0.155 214 79 4 231 0.167 201 43 3 232 0.167 135 134 5 233 0.170 230 227 10 234 0.173 221 216 8 235 0.174 222 39 5 236 0.182 224 218 8 237 0.194 228 11 15 238 0.196 225 203 4 239 0.200 200 193 6 240 0.204 226 137 7 241 0.206 231 23 4 242 0.208 233 217 21 243 0.224 236 98 9 244 0.254 243 242 30 245 0.267 223 187 10 246 0.267 235 229 10 247 0.281 234 20 9 248 0.295 246 41 11 249 0.299 241 239 10 250 0.333 143 119 7 251 0.353 247 245 19 252 0.419 250 249 17 253 0.423 248 244 41 254 0.424 238 183 10 255 0.476 251 178 29 256 0.499 255 240 36 257 0.507 254 253 51 258 0.521 257 256 87 259 0.567 252 169 23 260 0.599 258 232 92 261 0.634 260 202 94 262 0.671 261 237 109 263 0.721 262 259 132 Dendrogramme (distances de Jaccard-Sneath, critère du min, agrégation UPGMA)   Liste des groupes et couleur associée Numéro Nom Couleur 1    alfalfae 2    allii 3    aurantifolii 4    axonopodis 5    begoniae 6    citri 7    citrumelo 8    dieffenbachiae 9    glycines 10    malvacearum 11    anacardii 12    mangiferaeindicae 13    manihotis 14    Fuscans_NFi 15    ricini 16    vasculorum 17    vesicatoria 18    vignicola             liste des analyses effectuées          vérification des 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