Caractérisation spécifique de groupes version 1.07 Table des matières cliquable 1. Caractérisations pour le dossier rch4 2. Liste des colonnes de caractérisation pour rch4 3. Classification restreinte aux colonnes de caractérisation pour rch4 1. Caractérisations pour le dossier rch4 Caractérisation du groupe 1 soit alfalfae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 10 ET ~14 ET 18. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 1 et XAC = 0 et XccA2 = 1 Caractérisation du groupe 2 soit allii Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~7 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopQ = 0 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 3 soit aurantifoli Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET ~20 ET 21 ET ~33. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et XccE1 = 0 et XccB = 1 et AvrBsT = 0 Caractérisation du groupe 4 soit axonopodis Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~2 ET 8. Ce qui correspond aux données :      XopN = 0 et XopE2 = 1 Caractérisation du groupe 5 soit begoniae Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 8 ET ~11 ET 23 ET ~28. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 1 et XopP = 0 et XopB = 1 et AvrXv3 = 0 Caractérisation du groupe 6 soit citri Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~10 ET 20. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 0 et XccE1 = 1 Caractérisation du groupe 7 soit citrumelo Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 7 ET 10 ET ~18 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopQ = 1 et XopF2 = 1 et XccA2 = 0 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 8 soit dieffenbach Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 23 ET 28. Ce qui correspond aux données :      XopB = 1 et AvrXv3 = 1 Caractérisation du groupe 9 soit glycines Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~11 ET 12 ET ~21. Ce qui correspond aux données :      XopP = 0 et XopE1 = 1 et XccB = 0 Caractérisation du groupe 10 soit malvacearum Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 14 ET ~15 ET ~21. Ce qui correspond aux données :      XAC = 1 et HpaF=XAC0393 = 0 et XccB = 0 Caractérisation du groupe 11 soit manihotis Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~8 ET 18. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 0 et XccA2 = 1 Caractérisation du groupe 12 soit Fuscans Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~30 ET 32 ET 33. Ce qui correspond aux données :      AvrRxo1 = 0 et XopC = 1 et AvrBsT = 1 Caractérisation du groupe 13 soit NF1 Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~12 ET 14 ET 30. Ce qui correspond aux données :      XopE1 = 0 et XAC = 1 et AvrRxo1 = 1 Caractérisation du groupe 14 soit NF2 Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~12 ET 16 ET ~18. Ce qui correspond aux données :      XopE1 = 0 et AvrXacE1 = 1 et XccA2 = 0 Caractérisation du groupe 15 soit NF3 Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 10 ET ~16 ET ~30. Ce qui correspond aux données :      XopF2 = 1 et AvrXacE1 = 0 et AvrRxo1 = 0 Caractérisation du groupe 16 soit ricini Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~28 ET 37. Ce qui correspond aux données :      AvrXv3 = 0 et XccC = 1 Caractérisation du groupe 17 soit vasculorum Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : ~8 ET ~18. Ce qui correspond aux données :      XopE2 = 0 et XccA2 = 0 Caractérisation du groupe 18 soit vesicatoria Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 24. Ce qui correspond aux données :      XopD = 1 Caractérisation du groupe 19 soit vignicola Une caractérisation du groupe est donnée par la formule : 36. Ce qui correspond aux données :      AvrXv4 = 1 2. Liste des colonnes de caractérisation pour rch4 Liste par numéro de groupe pour rch4 Numéro Groupe Colonnes 1      alfalfae 10+   14-   18+   2      allii 7-   28+   3      aurantifoli 14+   20-   21+   33-   4      axonopodis 2-   8+   5      begoniae 8+   11-   23+   28-   6      citri 10-   20+   7      citrumelo 7+   10+   18-   28+   8      dieffenbach 23+   28+   9      glycines 11-   12+   21-   10      malvacearum 14+   15-   21-   11      manihotis 8-   18+   12      Fuscans 30-   32+   33+   13      NF1 12-   14+   30+   14      NF2 12-   16+   18-   15      NF3 10+   16-   30-   16      ricini 28-   37+   17      vasculorum 8-   18-   18      vesicatoria 24+   19      vignicola 36+   Liste par numéro de colonne pour rch4 Indice Numéro Nom Groupe(s) 1    2    XopN   4-   2    7    XopQ   2-   7+   3    8    XopE2   4+   5+   11-   17-   4    10    XopF2   1+   6-   7+   15+   5    11    XopP   5-   9-   6    12    XopE1   9+   13-   14-   7    14    XAC   1-   3+   10+   13+   8    15    HpaF=XAC0393   10-   9    16    AvrXacE1   14+   15-   10    18    XccA2   1+   7-   11+   14-   17-   11    20    XccE1   3-   6+   12    21    XccB   3+   9-   10-   13    23    XopB   5+   8+   14    24    XopD   18+   15    28    AvrXv3   2+   5-   7+   8+   16-   16    30    AvrRxo1   12-   13+   15-   17    32    XopC   12+   18    33    AvrBsT   3-   12+   19    36    AvrXv4   19+   20    37    XccC   16+   Matrice de présence/absence des souches, restreinte aux seules 20 colonnes impliquées Format : Souche Groupe Caractères S3835G1 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 S3836G1 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 S3837G1 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 S7120G1 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 S7121G1 G01 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 S6107G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6369G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6358G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6359G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6362G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6364G2 G02 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6367G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6376G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6383G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S6385G2 G02 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 S3528G3 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S3529G3 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S3530G3 G03 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S2901G3 G03 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S2866G3 G03 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S4924G4 G04 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S5141G4 G04 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S2524G5 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 S5677G5 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S1421G5 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S5676G5 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S5678G5 G05 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 S2525G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 S3369G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 S1209G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 S1814G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 S5280G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 S5284G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 S2900G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 S0306G6 G06 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 S3371G7 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 S3541G7 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 S3841G7 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 S3842G7 G07 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 S3843G7 G07 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 S3114G7 G07 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 S3133G8 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 S3132G8 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 S5688G8 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 S5693G8 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 S5691G8 G08 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 S1519G9 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2526G9 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S7119G9 G09 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S7118G9 G09 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S1559G9 G09 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2035G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S2530G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S5700G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S5701G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S5726G10 G10 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 S1860G11 G11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 S2603G11 G11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 S1851G11 G11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 S2624G11 G11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 S6544G11 G11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 S1865G11 G11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 S1815G12 G12 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 S4834G12 G12 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 S6165G12 G12 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 S6167G12 G12 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 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Classification restreinte aux 20 colonnes de caractérisation pour rch4 Liens cliquables Matrice des distances de Jaccard-Sneath Composition des classes (distance min avec UPGMA) Dendrogramme Données du dossier : "rch4_min"    dimensions : 118 individus, 20 colonnes et 19 groupes. Matrice des distances de Jaccard-Sneath S3835G1 S3836G1 S3837G1 S7120G1 S7121G1 S6107G2 S6369G2 S6358G2 S6359G2 S6362G2 S6364G2 S6367G2 S6376G2 S6383G2 S6385G2 S3528G3 S3529G3 S3530G3 S2901G3 S2866G3 S4924G4 S5141G4 S2524G5 S5677G5 S1421G5 S5676G5 S5678G5 S2525G6 S3369G6 S1209G6 S1814G6 S5280G6 S5284G6 S2900G6 S0306G6 S3371G7 S3541G7 S3841G7 S3842G7 S3843G7 S3114G7 S3133G8 S3132G8 S5688G8 S5693G8 S5691G8 S1519G9 S2526G9 S7119G9 S7118G9 S1559G9 S2035G10 S2530G10 S5700G10 S5701G10 S5726G10 S1860G11 S2603G11 S1851G11 S2624G11 S6544G11 S1865G11 S1815G12 S4834G12 S6165G12 S6167G12 S6969G12 S6166G12 S6965G12 S6975G12 S6976G12 S6979G12 S1845G12 S6960G12 S6970G12 S6971G12 S2534G13 S6164G13 S6987G13 S6984G13 S6982G13 S0412G13 S6983G13 S6985G13 S6989G14 S6990G14 S6991G14 S6988G14 S6992G15 S6994G15 S6996G15 S6993G15 S5863G16 S5864G16 S5865G16 S6541G16 S6542G16 S5830G17 S1215G17 S5694G17 S5695G17 S5696G17 S5698G17 S5823G17 S5831G17 S1289G17 S1604G18 S5594G18 S5618G18 S0000G18 S2484G18 S6864G18 S6817G18 S7110G19 S7111G19 S7112G19 S7113G19 S7115G19 S3835G1 0.0000 S3836G1 0.1818 0.0000 S3837G1 0.0909 0.1000 0.0000 S7120G1 0.0909 0.1000 0.1818 0.0000 S7121G1 0.1818 0.0000 0.1000 0.1000 0.0000 S6107G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 S6369G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 S6358G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 S6359G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 S6362G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 S6364G2 0.5000 0.4000 0.4545 0.4545 0.4000 0.2222 0.2222 0.2222 0.2222 0.2222 0.0000 S6367G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.2222 0.0000 S6376G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.2222 0.0000 0.0000 S6383G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.2222 0.0000 0.0000 0.0000 S6385G2 0.5714 0.5000 0.5385 0.5385 0.5000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.2222 0.0000 0.0000 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S6984G13 S6982G13 S0412G13 S6983G13 S6985G13 S6989G14 S6990G14 S6991G14 S6988G14 S6992G15 S6994G15 S6996G15 S6993G15 S5863G16 S5864G16 S5865G16 S6541G16 S6542G16 S5830G17 S1215G17 S5694G17 S5695G17 S5696G17 S5698G17 S5823G17 S5831G17 S1289G17 S1604G18 S5594G18 S5618G18 S0000G18 S2484G18 S6864G18 S6817G18 S7110G19 S7111G19 S7112G19 S7113G19 S7115G19 Composition des classes (distance min avec UPGMA) Num Nom 1 S3835G1 2 S3836G1 3 S3837G1 4 S7120G1 5 S7121G1 6 S6107G2 7 S6369G2 8 S6358G2 9 S6359G2 10 S6362G2 11 S6364G2 12 S6367G2 13 S6376G2 14 S6383G2 15 S6385G2 16 S3528G3 17 S3529G3 18 S3530G3 19 S2901G3 20 S2866G3 21 S4924G4 22 S5141G4 23 S2524G5 24 S5677G5 25 S1421G5 26 S5676G5 27 S5678G5 28 S2525G6 29 S3369G6 30 S1209G6 31 S1814G6 32 S5280G6 33 S5284G6 34 S2900G6 35 S0306G6 36 S3371G7 37 S3541G7 38 S3841G7 39 S3842G7 40 S3843G7 41 S3114G7 42 S3133G8 43 S3132G8 44 S5688G8 45 S5693G8 46 S5691G8 47 S1519G9 48 S2526G9 49 S7119G9 50 S7118G9 51 S1559G9 52 S2035G10 53 S2530G10 54 S5700G10 55 S5701G10 56 S5726G10 57 S1860G11 58 S2603G11 59 S1851G11 60 S2624G11 61 S6544G11 62 S1865G11 63 S1815G12 64 S4834G12 65 S6165G12 66 S6167G12 67 S6969G12 68 S6166G12 69 S6965G12 70 S6975G12 71 S6976G12 72 S6979G12 73 S1845G12 74 S6960G12 75 S6970G12 76 S6971G12 77 S2534G13 78 S6164G13 79 S6987G13 80 S6984G13 81 S6982G13 82 S0412G13 83 S6983G13 84 S6985G13 85 S6989G14 86 S6990G14 87 S6991G14 88 S6988G14 89 S6992G15 90 S6994G15 91 S6996G15 92 S6993G15 93 S5863G16 94 S5864G16 95 S5865G16 96 S6541G16 97 S6542G16 98 S5830G17 99 S1215G17 100 S5694G17 101 S5695G17 102 S5696G17 103 S5698G17 104 S5823G17 105 S5831G17 106 S1289G17 107 S1604G18 108 S5594G18 109 S5618G18 110 S0000G18 111 S2484G18 112 S6864G18 113 S6817G18 114 S7110G19 115 S7111G19 116 S7112G19 117 S7113G19 118 S7115G19 Num Niveau Aine Benjamin Effectif 119 0.000 118 117 2 120 0.000 119 115 3 121 0.000 116 114 2 122 0.000 112 111 2 123 0.000 122 109 3 124 0.000 108 107 2 125 0.000 106 103 2 126 0.000 125 102 3 127 0.000 126 101 4 128 0.000 127 100 5 129 0.000 128 99 6 130 0.000 129 98 7 131 0.000 105 104 2 132 0.000 97 96 2 133 0.000 132 95 3 134 0.000 133 94 4 135 0.000 134 93 5 136 0.000 92 89 2 137 0.000 91 90 2 138 0.000 87 86 2 139 0.000 138 85 3 140 0.000 84 83 2 141 0.000 140 79 3 142 0.000 141 78 4 143 0.000 142 77 5 144 0.000 81 80 2 145 0.000 76 74 2 146 0.000 72 71 2 147 0.000 146 70 3 148 0.000 147 68 4 149 0.000 69 67 2 150 0.000 66 65 2 151 0.000 150 64 3 152 0.000 62 61 2 153 0.000 152 60 3 154 0.000 153 59 4 155 0.000 154 58 5 156 0.000 155 57 6 157 0.000 56 55 2 158 0.000 157 54 3 159 0.000 158 53 4 160 0.000 159 52 5 161 0.000 51 48 2 162 0.000 161 47 3 163 0.000 50 49 2 164 0.000 46 45 2 165 0.000 164 44 3 166 0.000 165 42 4 167 0.000 40 36 2 168 0.000 38 37 2 169 0.000 35 34 2 170 0.000 33 32 2 171 0.000 170 31 3 172 0.000 171 30 4 173 0.000 27 26 2 174 0.000 25 24 2 175 0.000 22 21 2 176 0.000 19 17 2 177 0.000 15 14 2 178 0.000 177 13 3 179 0.000 178 12 4 180 0.000 179 10 5 181 0.000 180 9 6 182 0.000 181 8 7 183 0.000 182 7 8 184 0.000 183 6 9 185 0.000 5 2 2 186 0.077 151 145 5 187 0.077 124 110 3 188 0.083 149 148 6 189 0.083 75 73 2 190 0.083 29 28 2 191 0.091 144 143 7 192 0.091 4 1 2 193 0.100 185 3 3 194 0.100 172 169 6 195 0.100 168 167 4 196 0.100 137 136 4 197 0.107 187 113 4 198 0.111 163 162 5 199 0.111 139 88 4 200 0.111 18 16 2 201 0.129 189 63 3 202 0.139 193 192 5 203 0.156 195 39 5 204 0.158 194 190 8 205 0.167 174 43 3 206 0.167 121 120 5 207 0.172 201 186 8 208 0.175 197 123 7 209 0.180 207 188 14 210 0.200 173 166 6 211 0.206 205 23 4 212 0.222 184 135 14 213 0.227 200 20 3 214 0.240 198 160 10 215 0.243 203 202 10 216 0.247 191 82 8 217 0.260 199 196 8 218 0.266 215 41 11 219 0.293 217 209 22 220 0.299 211 210 10 221 0.302 212 11 15 222 0.303 213 204 11 223 0.313 219 216 30 224 0.327 222 214 21 225 0.333 131 130 9 226 0.435 225 220 19 227 0.470 223 218 41 228 0.471 206 176 7 229 0.502 224 175 23 230 0.525 229 208 30 231 0.539 230 227 71 232 0.624 231 221 86 233 0.644 226 156 25 234 0.668 232 228 93 235 0.764 234 233 118 Dendrogramme (distances de Jaccard-Sneath, critère du min, agrégation UPGMA)   Liste des groupes et couleur associée Numéro Nom Couleur 1    alfalfae 2    allii 3    aurantifoli 4    axonopodis 5    begoniae 6    citri 7    citrumelo 8    dieffenbach 9    glycines 10    malvacearum 11    manihotis 12    Fuscans 13    NF1 14    NF2 15    NF3 16    ricini 17    vasculorum 18    vesicatoria 19    vignicola             liste des analyses effectuées          vérification des solutions             Code-source de la page

 

 

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