GREBAGREBA 210411 : Bioinformatique et XML 1. Pourquoi XML en bioinformatique ?     XML est incontournable car ce n'est pas un langage, mais au départ un meta-langage et aujourd'hui (2011) une technologie avec ses outils, ses méthodes. Son statut est passé de "révolution conceptuelle" à "évolution majeure" en tant que un format de stockage et transport d'information structurée au sens large (données et méta-données). Ses particularités : il est universel (tous types de données, tous domaines d'application), déjà présent (2006) au niveau des navigateurs, il est vérifiable via les grammaires XML/XSD, il est transformable par programme XML/XSL («feuilles de styles généralisées») ou via des librairies C, Java, Perl, Php, R... Comme une archive ZIP et une base de données, XML permet de grouper et stocker des contenus hétérogènes. Microsoft a été obligé de passer à XML car OpenOffice proposait déjà des documents et feuilles de calculs en XML ; le Web 2.0 utilise XML via AJAX ; SVG est du tracé 2D vectoriel en XML ; MySql a un format de sortie XML pour les requêtes ; les grands sites de bioinformatique proposent tous des imports et exports XML ; CML est XML pour la chimie comme MathML est XML pour les mathématiques... XML est fortement typé avec un typage semi-objet (héritage contraint de types), XML utilise la notion d'include au sens C (import au sens de Java), XML dispose d'un langage XML/XPATH pour désigner les ensembles de noeuds, les parcours et les tris de sous-arbres étiquetés... Un exemple : la protéine A2ZDX4 (Dehydrin Rab16D) qui est une LEA classe 1 sur les sites Uniprot et NCBI. On remarquera que les navigateurs ouvrent «naturellement» les fichiers XML :   interface          texte          xml          xml/rdf             formats (bouton Show as text...)          gh_XSL   2. Quelques liens généraux sur XML tuteur XML (gH) ; Information interchange : file formats, packages and XML (JMR) ; XML applications jusqu'à 2005 volontairement ; outils de programmation pour XML ; outils logiciels pour XML ; XML-RPC ; SOAP. 3. Liens dédiés à XML et la bioinformatique XML/SVG           GenVect          Minomics          Cgview Sites bioinfo.           EBI          NCBI          PDBML          PFAM Guides XML bioinfo.           biocatalogue          biocyc 4. Pour la culture générale sur XML XML wiki fr ; XML wiki us ; TinySeqXML DTD ; BioPerl SeqIo ; SVG et Javascript : déplacement interactif ;     orbites.                       retour à la page principale du GREBA

 

 

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