SNISF1 : Etude des variables pour le score 3
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VARIABLE Area_of_fibrosis
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Area_of_fibrosis Taille 194 individus Moyenne 6.2982 % Ecart-type 5.4121 % Coef. de variation 86 % 1er Quartile 2.862 % Mediane 4.41 % 3eme Quartile 7.72 % iqr 4.857 % Minimum 0.75 % Maximum 35.71 % Tracé tige et feuilles 0 | 891456667777899 2 | 0011122233344444445555555666667789990001122223444555666667778999 4 | 00000012222223344445555777789990122234677788 6 | 0111125567882233333557789 8 | 033455556666 10 | 014499934689 12 | 00348925 14 | 598 16 | 140 18 | 23 20 | 22 | 16 24 | 7 26 | 2 28 | 30 | 32 | 2 34 | 7 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Area_of_fibrosis Variable Test p-value ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.9010110409 ln(ln(y+1)) Shapiro 0.3060542313 ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.1157164343 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.0102940580 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.0057020971 ln(y+1) Shapiro 0.0003251377 y Kolmogorov-Smirnov 0.0000150602 sqrt(y) Shapiro 0.0000000006 y^2 Shapiro 0.0000000000 y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0000000000 1/y Shapiro 0.0000000000 y Shapiro 0.0000000000 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Area_of_fibrosis Moyenne : 6.298247 unite ; écart-type : 5.426087 ; cdv : 86.2 % Les 5 premières valeurs arrondies : 1 1 1 1 2 Les 5 dernières valeurs arrondies : 24 25 27 32 36 Les 10 premières valeurs arrondies : 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 Les 10 dernières valeurs arrondies : 16 17 19 19 23 24 25 27 32 36 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir : Il y a 8 valeurs, soit 4.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 35.71 23.63 24.74 19.22 32.22 19.31 23.05 27.18 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir : Il y a 6 valeurs, soit 3.1 % supérieures à m + 3 s à savoir : 35.71 23.63 24.74 32.22 23.05 27.18 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir : Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % supérieures à m + 5 s à savoir : 35.71 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m + 7 s ]. Moyenne tronquée à 10 % : 5.295513 Moyenne tronquée à 20 % : 4.900508 Moyenne sans le minimum : 6.326995 ; écart-type sans le minimum : 5.425367 ; cdv : 85.7 %
VARIABLE Hyaluh
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Hyaluh Taille 194 individus Moyenne 63.8846 Ecart-type 103.3062 Coef. de variation 162 % 1er Quartile 17.38 Mediane 34.64 3eme Quartile 59.59 iqr 42.22 Minimum 2.18 Maximum 801 Tracé tige et feuilles 0 | 00000111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222+45 0 | 5555555555555556666666666677777888888999 1 | 000123344444 1 | 568899 2 | 023 2 | 9 3 | 3 | 555 4 | 14 4 | 5 | 5 | 6 | 6 | 7 | 7 | 8 | 00 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Hyaluh Variable Test p-value ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.3487792017 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.2681487416 ln(y+1) Shapiro 0.0305968791 ln(ln(y+1)) Shapiro 0.0018505071 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.0000259177 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.0000000358 y^2 Shapiro 0.0000000000 y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0000000000 1/y Shapiro 0.0000000000 sqrt(y) Shapiro 0.0000000000 y Shapiro 0.0000000000 y Kolmogorov-Smirnov 0.0000000000 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Hyaluh Moyenne : 63.88459 unite ; écart-type : 103.5734 ; cdv : 162.1 % Les 5 premières valeurs arrondies : 2 3 3 4 5 Les 5 dernières valeurs arrondies : 349 408 441 801 801 Les 10 premières valeurs arrondies : 2 3 3 4 5 6 6 6 7 7 Les 10 dernières valeurs arrondies : 220 233 293 347 348 349 408 441 801 801 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir : Il y a 8 valeurs, soit 4.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 349.34 348.16 346.98 408 801 801 441 293 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir : Il y a 4 valeurs, soit 2.1 % supérieures à m + 3 s à savoir : 408 801 801 441 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir : Il y a 2 valeurs, soit 1.0 % supérieures à m + 5 s à savoir : 801 801 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 7 s à savoir : Il y a 2 valeurs, soit 1.0 % supérieures à m + 7 s à savoir : 801 801 Moyenne tronquée à 10 % : 41.57442 Moyenne tronquée à 20 % : 36.47449
VARIABLE Gly
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Gly Taille 194 individus Moyenne 5.9711 Ecart-type 2.0030 Coef. de variation 34 % 1er Quartile 4.9 Mediane 5.4 3eme Quartile 6.2 iqr 1.3 Minimum 3.7 Maximum 20.4 Tracé tige et feuilles 3 | 7 4 | 11344455556666666777777788888888999999999999999999 5 | 00000000000001111111111111111112222223333333344444444555555555556666+5 6 | 00000111222223334566667788899 7 | 0122245689 8 | 0248999 9 | 6778 10 | 55 11 | 6 12 | 16 13 | 7 14 | 15 | 8 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 4 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Gly Variable Test p-value 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.0023965638 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.0000441389 ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.0000029568 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.0000002216 1/y Shapiro 0.0000000158 y Kolmogorov-Smirnov 0.0000000062 ln(ln(y+1)) Shapiro 0.0000000000 ln(y+1) Shapiro 0.0000000000 y^2 Shapiro 0.0000000000 y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0000000000 sqrt(y) Shapiro 0.0000000000 y Shapiro 0.0000000000 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Gly Moyenne : 5.971134 unite ; écart-type : 2.008219 ; cdv : 33.6 % Les 5 premières valeurs arrondies : 4 4 4 4 4 Les 5 dernières valeurs arrondies : 12 13 14 16 20 Les 10 premières valeurs arrondies : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 Les 10 dernières valeurs arrondies : 10 10 10 10 12 12 13 14 16 20 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir : Il y a 8 valeurs, soit 4.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 13.7 20.4 12.1 15.8 12.6 10.5 10.5 11.6 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir : Il y a 5 valeurs, soit 2.6 % supérieures à m + 3 s à savoir : 13.7 20.4 12.1 15.8 12.6 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir : Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % supérieures à m + 5 s à savoir : 20.4 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 7 s à savoir : Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % supérieures à m + 7 s à savoir : 20.4 Moyenne tronquée à 10 % : 5.564103 Moyenne tronquée à 20 % : 5.442373VARIABLE Asat
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Asat Taille 194 individus Moyenne 43.7990 Ecart-type 27.8850 Coef. de variation 64 % 1er Quartile 26 Mediane 36 3eme Quartile 52 iqr 26 Minimum 12 Maximum 208 Tracé tige et feuilles 1 | 22467788888999 2 | 0111111112223333333444455555555555666666777777888889999999999 3 | 111122333344444445555667777889999999 4 | 0000000012222234555666778889 5 | 000012234444455688 6 | 0223556888899 7 | 012226677 8 | 36799 9 | 8 10 | 35 11 | 8 12 | 04 13 | 14 | 6 15 | 38 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 8 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Asat Variable Test p-value ln(ln(y+1)) Shapiro 0.3352214867 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.2658187225 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.1692867174 ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.1189641254 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.0053570411 ln(y+1) Shapiro 0.0011210150 y Kolmogorov-Smirnov 0.0000270501 1/y Shapiro 0.0000138967 sqrt(y) Shapiro 0.0000000004 y^2 Shapiro 0.0000000000 y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0000000000 y Shapiro 0.0000000000 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Asat Moyenne : 43.79897 unite ; écart-type : 27.95714 ; cdv : 63.8 % Les 5 premières valeurs arrondies : 12 12 14 16 17 Les 5 dernières valeurs arrondies : 124 146 153 158 208 Les 10 premières valeurs arrondies : 12 12 14 16 17 17 18 18 18 18 Les 10 dernières valeurs arrondies : 98 103 105 118 120 124 146 153 158 208 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir : Il y a 9 valeurs, soit 4.6 % supérieures à m + 2 s à savoir : 208 118 158 146 153 105 124 120 103 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir : Il y a 4 valeurs, soit 2.1 % supérieures à m + 3 s à savoir : 208 158 146 153 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir : Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % supérieures à m + 5 s à savoir : 208 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m + 7 s ]. Moyenne tronquée à 10 % : 39.00641 Moyenne tronquée à 20 % : 37.16102 Moyenne sans le minimum : 44.13021 ; écart-type sans le minimum : 27.91214 ; cdv : 63.2 %VARIABLE Alat
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Alat Taille 194 individus Moyenne 77.4381 Ecart-type 44.3438 Coef. de variation 57 % 1er Quartile 47 Mediane 66 3eme Quartile 92.25 iqr 45.25 Minimum 18 Maximum 255 Tracé tige et feuilles 1 | 89 2 | 123446778999 3 | 000123334566777899 4 | 00011444455666667788899 5 | 0001122222233445567788888888999 6 | 00133345556667778899 7 | 0133345667888889 8 | 0011222334444555677889 9 | 03346679 10 | 245779 11 | 3568 12 | 011679 13 | 0167 14 | 12458 15 | 2 16 | 112234 17 | 11 18 | 11 19 | 25 20 | 22 21 | 22 | 23 | 8 24 | 25 | 5 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Alat Variable Test p-value ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.9249245641 ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.8416704987 ln(y+1) Shapiro 0.4780186722 ln(ln(y+1)) Shapiro 0.2481045429 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.0979148071 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.0115926253 y Kolmogorov-Smirnov 0.0006547348 sqrt(y) Shapiro 0.0000234782 1/y Shapiro 0.0000000003 y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0000000001 y^2 Shapiro 0.0000000000 y Shapiro 0.0000000000 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Alat Moyenne : 77.43814 unite ; écart-type : 44.4585 ; cdv : 57.4 % Les 5 premières valeurs arrondies : 18 19 21 22 23 Les 5 dernières valeurs arrondies : 195 202 202 238 255 Les 10 premières valeurs arrondies : 18 19 21 22 23 24 24 26 27 27 Les 10 dernières valeurs arrondies : 171 171 181 181 192 195 202 202 238 255 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir : Il y a 10 valeurs, soit 5.2 % supérieures à m + 2 s à savoir : 238 181 202 255 192 195 171 181 202 171 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir : Il y a 2 valeurs, soit 1.0 % supérieures à m + 3 s à savoir : 238 255 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 5 s , m + 5 s ]. Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m + 7 s ]. Moyenne tronquée à 10 % : 71.26923 Moyenne tronquée à 20 % : 67.98305 Moyenne sans le minimum : 77.74611 ; écart-type sans le minimum : 44.36617 ; cdv : 57.1 % Moyenne sans le maximum : 76.51813 ; écart-type sans le maximum : 42.68246 ; cdv : 55.8 %VARIABLE Pla
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Pla Taille 194 individus Moyenne 223.0098 Ecart-type 67.3538 Coef. de variation 30 % 1er Quartile 180.8 Mediane 220.5 3eme Quartile 263 iqr 82.25 Minimum 33.9 Maximum 457 Tracé tige et feuilles 2 | 4 4 | 6 | 8 | 9335699 10 | 001149 12 | 12578 14 | 1456133334599 16 | 3344722333444558 18 | 03344457890111223347 20 | 001222366678001112234457799 22 | 00111444567899911223457899 24 | 0012455890023344678 26 | 0112334557736889 28 | 24479001237778 30 | 3489046 32 | 590237889 34 | 0335 36 | 29 38 | 2 40 | 42 | 44 | 7 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Pla Variable Test p-value y Kolmogorov-Smirnov 0.9653943911 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.6680293691 y Shapiro 0.5361737831 ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.1280887404 y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0685342925 sqrt(y) Shapiro 0.0447685583 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.0370807323 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.0000011115 ln(y+1) Shapiro 0.0000001128 y^2 Shapiro 0.0000000602 ln(ln(y+1)) Shapiro 0.0000000002 1/y Shapiro 0.0000000000 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Pla Moyenne : 223.0098 unite ; écart-type : 67.52807 ; cdv : 30.3 % Les 5 premières valeurs arrondies : 34 89 93 93 95 Les 5 dernières valeurs arrondies : 355 362 369 392 457 Les 10 premières valeurs arrondies : 34 89 93 93 95 96 99 99 100 100 Les 10 dernières valeurs arrondies : 338 339 340 343 353 355 362 369 392 457 Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % inférieures à m - 2 s à savoir : 33.9 Il y a 4 valeurs, soit 2.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 369 362 392 457 Il y a 0 valeurs, soit 0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir : Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % supérieures à m + 3 s à savoir : 457 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 5 s , m + 5 s ]. Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m + 7 s ]. Moyenne tronquée à 10 % : 222.3462 Moyenne tronquée à 20 % : 221.3729 Moyenne sans le minimum : 223.9896 ; écart-type sans le minimum : 66.30658 ; cdv : 29.6 % Moyenne sans le maximum : 221.7974 ; écart-type sans le maximum : 65.55265 ; cdv : 29.6 %VARIABLE Tp
DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE Tp Taille 194 individus Moyenne 91.3660 Ecart-type 10.1770 Coef. de variation 11 % 1er Quartile 85 Mediane 94 3eme Quartile 100 iqr 15 Minimum 62 Maximum 115 Tracé tige et feuilles 6 | 234 6 | 779 7 | 112333 7 | 55566777788889999 8 | 0011111223333333344 8 | 5555555556666666777788889999 9 | 0000011112222333334444444 9 | 555556666666777888888889999999 10 | 00000000000000000000000000000000000000000000000011122334 10 | 6789 11 | 01 11 | 5 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Tp Variable Test p-value y^2 Kolmogorov-Smirnov 0.0009273757 y Kolmogorov-Smirnov 0.0006217227 sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov 0.0005649659 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov 0.0005618405 ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov 0.0005520298 1/y Kolmogorov-Smirnov 0.0005227745 y^2 Shapiro 0.0000017352 y Shapiro 0.0000001497 sqrt(y) Shapiro 0.0000000278 ln(y+1) Shapiro 0.0000000043 ln(ln(y+1)) Shapiro 0.0000000017 1/y Shapiro 0.0000000001 RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Tp Moyenne : 91.36598 unite ; écart-type : 10.20338 ; cdv : 11.2 % Les 5 premières valeurs arrondies : 62 63 64 67 67 Les 5 dernières valeurs arrondies : 108 109 110 111 115 Les 10 premières valeurs arrondies : 62 63 64 67 67 69 71 71 72 73 Les 10 dernières valeurs arrondies : 103 103 104 106 107 108 109 110 111 115 Il y a 6 valeurs, soit 3.1 % inférieures à m - 2 s à savoir : 67 63 62 67 69 64 Il y a 1 valeurs, soit 0.5 % supérieures à m + 2 s à savoir : 115 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 3 s , m + 3 s ]. Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 5 s , m + 5 s ]. Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m + 7 s ]. Moyenne tronquée à 10 % : 92.21795 Moyenne tronquée à 20 % : 93.00847 Moyenne sans le minimum : 91.51813 ; écart-type sans le minimum : 10.00682 ; cdv : 10.9 % Moyenne sans le maximum : 91.24352 ; écart-type sans le maximum : 10.08597 ; cdv : 11.1 %
Conclusions
Si on se focalise sur la normalité des variables, il semblerait qu'il faille utiliser la transformation x -> ln(x+1) pour Area_of_fibrosis, Hyaluh, Asat, Alat.
La variable Pla suit déjà à peu près une loi normale. Par contre, Gly et Tp semblent "résister" à toute transformation.
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