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SNISF1 : Etude des variables pour le score 3

Table des matières cliquable

Area_of_fibrosis
Hyaluh
Gly
Asat
Alat
Pla
Tp
Conclusions

VARIABLE Area_of_fibrosis

 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Area_of_fibrosis

 Taille                   194 individus
 Moyenne               6.2982          %
 Ecart-type            5.4121          %
 Coef. de variation        86         %
 1er Quartile           2.862          %
 Mediane                 4.41          %
 3eme Quartile           7.72          %
 iqr                    4.857          %
 Minimum                 0.75          %
 Maximum                35.71          %


 Tracé tige et feuilles


   0 | 891456667777899
   2 | 0011122233344444445555555666667789990001122223444555666667778999
   4 | 00000012222223344445555777789990122234677788
   6 | 0111125567882233333557789
   8 | 033455556666
  10 | 014499934689
  12 | 00348925
  14 | 598
  16 | 140
  18 | 23
  20 |
  22 | 16
  24 | 7
  26 | 2
  28 |
  30 |
  32 | 2
  34 | 7


TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Area_of_fibrosis

    Variable               Test          p-value
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.9010110409
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.3060542313
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.1157164343
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.0102940580
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.0057020971
     ln(y+1)            Shapiro     0.0003251377
           y Kolmogorov-Smirnov     0.0000150602
     sqrt(y)            Shapiro     0.0000000006
         y^2            Shapiro     0.0000000000
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0000000000
         1/y            Shapiro     0.0000000000
           y            Shapiro     0.0000000000

RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Area_of_fibrosis

 Moyenne : 6.298247 unite ; écart-type :  5.426087  ; cdv :   86.2 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  1 1 1 1 2
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  24 25 27 32 36

 Les 10 premières valeurs arrondies :  1 1 1 1 2 2 2 2 2 2
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  16 17 19 19 23 24 25 27 32 36

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir :
 Il y a 8  valeurs, soit   4.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 35.71 23.63 24.74 19.22 32.22 19.31 23.05 27.18

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir :
 Il y a 6  valeurs, soit   3.1 % supérieures à m + 3 s à savoir : 35.71 23.63 24.74 32.22 23.05 27.18

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir :
 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % supérieures à m + 5 s à savoir : 35.71

 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m +  7 s ].

 Moyenne tronquée à 10 % :   5.295513
 Moyenne tronquée à 20 % :   4.900508

 Moyenne sans le minimum :   6.326995  ; écart-type sans le minimum :  5.425367  ; cdv :   85.7 %

 

aof1

aof2

VARIABLE Hyaluh

 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Hyaluh

 Taille                   194 individus
 Moyenne              63.8846
 Ecart-type          103.3062
 Coef. de variation       162         %
 1er Quartile           17.38
 Mediane                34.64
 3eme Quartile          59.59
 iqr                    42.22
 Minimum                 2.18
 Maximum                  801


 Tracé tige et feuilles


  0 | 00000111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222+45
  0 | 5555555555555556666666666677777888888999
  1 | 000123344444
  1 | 568899
  2 | 023
  2 | 9
  3 |
  3 | 555
  4 | 14
  4 |
  5 |
  5 |
  6 |
  6 |
  7 |
  7 |
  8 | 00


 TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Hyaluh

    Variable               Test          p-value
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.3487792017
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.2681487416
     ln(y+1)            Shapiro     0.0305968791
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.0018505071
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.0000259177
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.0000000358
         y^2            Shapiro     0.0000000000
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0000000000
         1/y            Shapiro     0.0000000000
     sqrt(y)            Shapiro     0.0000000000
           y            Shapiro     0.0000000000
           y Kolmogorov-Smirnov     0.0000000000


RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Hyaluh

 Moyenne : 63.88459 unite ; écart-type :  103.5734  ; cdv :  162.1 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  2 3 3 4 5
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  349 408 441 801 801

 Les 10 premières valeurs arrondies :  2 3 3 4 5 6 6 6 7 7
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  220 233 293 347 348 349 408 441 801 801

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir :
 Il y a 8  valeurs, soit   4.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 349.34 348.16 346.98 408 801 801 441 293

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir :
 Il y a 4  valeurs, soit   2.1 % supérieures à m + 3 s à savoir : 408 801 801 441

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir :
 Il y a 2  valeurs, soit   1.0 % supérieures à m + 5 s à savoir : 801 801

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 7 s à savoir :
 Il y a 2  valeurs, soit   1.0 % supérieures à m + 7 s à savoir : 801 801


 Moyenne tronquée à 10 % :   41.57442
 Moyenne tronquée à 20 % :   36.47449

 

hya1

hya2

VARIABLE Gly


 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Gly

 Taille                   194 individus
 Moyenne               5.9711
 Ecart-type            2.0030
 Coef. de variation        34         %
 1er Quartile             4.9
 Mediane                  5.4
 3eme Quartile            6.2
 iqr                      1.3
 Minimum                  3.7
 Maximum                 20.4


 Tracé tige et feuilles


   3 | 7
   4 | 11344455556666666777777788888888999999999999999999
   5 | 00000000000001111111111111111112222223333333344444444555555555556666+5
   6 | 00000111222223334566667788899
   7 | 0122245689
   8 | 0248999
   9 | 6778
  10 | 55
  11 | 6
  12 | 16
  13 | 7
  14 |
  15 | 8
  16 |
  17 |
  18 |
  19 |
  20 | 4


TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Gly

    Variable               Test          p-value
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.0023965638
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.0000441389
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.0000029568
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.0000002216
         1/y            Shapiro     0.0000000158
           y Kolmogorov-Smirnov     0.0000000062
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.0000000000
     ln(y+1)            Shapiro     0.0000000000
         y^2            Shapiro     0.0000000000
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0000000000
     sqrt(y)            Shapiro     0.0000000000
           y            Shapiro     0.0000000000


RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Gly

 Moyenne : 5.971134 unite ; écart-type :  2.008219  ; cdv :   33.6 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  4 4 4 4 4
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  12 13 14 16 20

 Les 10 premières valeurs arrondies :  4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  10 10 10 10 12 12 13 14 16 20

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir :
 Il y a 8  valeurs, soit   4.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 13.7 20.4 12.1 15.8 12.6 10.5 10.5 11.6

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir :
 Il y a 5  valeurs, soit   2.6 % supérieures à m + 3 s à savoir : 13.7 20.4 12.1 15.8 12.6

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir :
 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % supérieures à m + 5 s à savoir : 20.4

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 7 s à savoir :
 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % supérieures à m + 7 s à savoir : 20.4


 Moyenne tronquée à 10 % :   5.564103
 Moyenne tronquée à 20 % :   5.442373

gly1

gly2

VARIABLE Asat


 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Asat

 Taille                   194 individus
 Moyenne              43.7990
 Ecart-type           27.8850
 Coef. de variation        64         %
 1er Quartile              26
 Mediane                   36
 3eme Quartile             52
 iqr                       26
 Minimum                   12
 Maximum                  208


 Tracé tige et feuilles


   1 | 22467788888999
   2 | 0111111112223333333444455555555555666666777777888889999999999
   3 | 111122333344444445555667777889999999
   4 | 0000000012222234555666778889
   5 | 000012234444455688
   6 | 0223556888899
   7 | 012226677
   8 | 36799
   9 | 8
  10 | 35
  11 | 8
  12 | 04
  13 |
  14 | 6
  15 | 38
  16 |
  17 |
  18 |
  19 |
  20 | 8

TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Asat


    Variable               Test          p-value
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.3352214867
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.2658187225
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.1692867174
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.1189641254
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.0053570411
     ln(y+1)            Shapiro     0.0011210150
           y Kolmogorov-Smirnov     0.0000270501
         1/y            Shapiro     0.0000138967
     sqrt(y)            Shapiro     0.0000000004
         y^2            Shapiro     0.0000000000
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0000000000
           y            Shapiro     0.0000000000

RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Asat

 Moyenne : 43.79897 unite ; écart-type :  27.95714  ; cdv :   63.8 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  12 12 14 16 17
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  124 146 153 158 208

 Les 10 premières valeurs arrondies :  12 12 14 16 17 17 18 18 18 18
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  98 103 105 118 120 124 146 153 158 208

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir :
 Il y a 9  valeurs, soit   4.6 % supérieures à m + 2 s à savoir : 208 118 158 146 153 105 124 120 103

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir :
 Il y a 4  valeurs, soit   2.1 % supérieures à m + 3 s à savoir : 208 158 146 153

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 5 s à savoir :
 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % supérieures à m + 5 s à savoir : 208

 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m +  7 s ].

 Moyenne tronquée à 10 % :   39.00641
 Moyenne tronquée à 20 % :   37.16102

 Moyenne sans le minimum :   44.13021  ; écart-type sans le minimum :  27.91214  ; cdv :   63.2 %

ast1

ast2

VARIABLE Alat


 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Alat

 Taille                   194 individus
 Moyenne              77.4381
 Ecart-type           44.3438
 Coef. de variation        57         %
 1er Quartile              47
 Mediane                   66
 3eme Quartile          92.25
 iqr                    45.25
 Minimum                   18
 Maximum                  255


 Tracé tige et feuilles


   1 | 89
   2 | 123446778999
   3 | 000123334566777899
   4 | 00011444455666667788899
   5 | 0001122222233445567788888888999
   6 | 00133345556667778899
   7 | 0133345667888889
   8 | 0011222334444555677889
   9 | 03346679
  10 | 245779
  11 | 3568
  12 | 011679
  13 | 0167
  14 | 12458
  15 | 2
  16 | 112234
  17 | 11
  18 | 11
  19 | 25
  20 | 22
  21 |
  22 |
  23 | 8
  24 |
  25 | 5


TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Alat

    Variable               Test          p-value
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.9249245641
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.8416704987
     ln(y+1)            Shapiro     0.4780186722
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.2481045429
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.0979148071
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.0115926253
           y Kolmogorov-Smirnov     0.0006547348
     sqrt(y)            Shapiro     0.0000234782
         1/y            Shapiro     0.0000000003
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0000000001
         y^2            Shapiro     0.0000000000
           y            Shapiro     0.0000000000

RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Alat

 Moyenne : 77.43814 unite ; écart-type :  44.4585  ; cdv :   57.4 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  18 19 21 22 23
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  195 202 202 238 255

 Les 10 premières valeurs arrondies :  18 19 21 22 23 24 24 26 27 27
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  171 171 181 181 192 195 202 202 238 255

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 2 s à savoir :
 Il y a 10  valeurs, soit   5.2 % supérieures à m + 2 s à savoir : 238 181 202 255 192 195 171 181 202 171

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir :
 Il y a 2  valeurs, soit   1.0 % supérieures à m + 3 s à savoir : 238 255

 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 5 s , m +  5 s ].
 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m +  7 s ].

 Moyenne tronquée à 10 % :   71.26923
 Moyenne tronquée à 20 % :   67.98305

 Moyenne sans le minimum :   77.74611  ; écart-type sans le minimum :  44.36617  ; cdv :   57.1 %
 Moyenne sans le maximum :   76.51813  ; écart-type sans le maximum :  42.68246  ; cdv :   55.8 %


alt1

alt2

VARIABLE Pla


 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Pla

 Taille                   194 individus
 Moyenne             223.0098
 Ecart-type           67.3538
 Coef. de variation        30         %
 1er Quartile           180.8
 Mediane                220.5
 3eme Quartile            263
 iqr                    82.25
 Minimum                 33.9
 Maximum                  457


 Tracé tige et feuilles

   2 | 4
   4 |
   6 |
   8 | 9335699
  10 | 001149
  12 | 12578
  14 | 1456133334599
  16 | 3344722333444558
  18 | 03344457890111223347
  20 | 001222366678001112234457799
  22 | 00111444567899911223457899
  24 | 0012455890023344678
  26 | 0112334557736889
  28 | 24479001237778
  30 | 3489046
  32 | 590237889
  34 | 0335
  36 | 29
  38 | 2
  40 |
  42 |
  44 | 7


TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Pla

    Variable               Test          p-value
           y Kolmogorov-Smirnov     0.9653943911
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.6680293691
           y            Shapiro     0.5361737831
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.1280887404
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0685342925
     sqrt(y)            Shapiro     0.0447685583
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.0370807323
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.0000011115
     ln(y+1)            Shapiro     0.0000001128
         y^2            Shapiro     0.0000000602
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.0000000002
         1/y            Shapiro     0.0000000000


RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Pla

 Moyenne : 223.0098 unite ; écart-type :  67.52807  ; cdv :   30.3 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  34 89 93 93 95
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  355 362 369 392 457

 Les 10 premières valeurs arrondies :  34 89 93 93 95 96 99 99 100 100
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  338 339 340 343 353 355 362 369 392 457

 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % inférieures à m - 2 s à savoir : 33.9
 Il y a 4  valeurs, soit   2.1 % supérieures à m + 2 s à savoir : 369 362 392 457

 Il y a 0  valeurs, soit   0.0 % inférieures à m - 3 s à savoir :
 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % supérieures à m + 3 s à savoir : 457

 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 5 s , m +  5 s ].
 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m +  7 s ].

 Moyenne tronquée à 10 % :   222.3462
 Moyenne tronquée à 20 % :   221.3729

 Moyenne sans le minimum :   223.9896  ; écart-type sans le minimum :  66.30658  ; cdv :   29.6 %
 Moyenne sans le maximum :   221.7974  ; écart-type sans le maximum :  65.55265  ; cdv :   29.6 %

pla1

pla2

VARIABLE Tp

 DESCRIPTION STATISTIQUE DE LA VARIABLE  Tp

 Taille                   194 individus
 Moyenne              91.3660
 Ecart-type           10.1770
 Coef. de variation        11         %
 1er Quartile              85
 Mediane                   94
 3eme Quartile            100
 iqr                       15
 Minimum                   62
 Maximum                  115


 Tracé tige et feuilles

   6 | 234
   6 | 779
   7 | 112333
   7 | 55566777788889999
   8 | 0011111223333333344
   8 | 5555555556666666777788889999
   9 | 0000011112222333334444444
   9 | 555556666666777888888889999999
  10 | 00000000000000000000000000000000000000000000000011122334
  10 | 6789
  11 | 01
  11 | 5

TESTS DE NORMALITE POUR LA VARIABLE y = Tp


    Variable               Test          p-value
         y^2 Kolmogorov-Smirnov     0.0009273757
           y Kolmogorov-Smirnov     0.0006217227
     sqrt(y) Kolmogorov-Smirnov     0.0005649659
 ln(ln(y+1)) Kolmogorov-Smirnov     0.0005618405
     ln(y+1) Kolmogorov-Smirnov     0.0005520298
         1/y Kolmogorov-Smirnov     0.0005227745
         y^2            Shapiro     0.0000017352
           y            Shapiro     0.0000001497
     sqrt(y)            Shapiro     0.0000000278
     ln(y+1)            Shapiro     0.0000000043
 ln(ln(y+1))            Shapiro     0.0000000017
         1/y            Shapiro     0.0000000001


RECHERCHE DE VALEURS EXTREMES POUR LA VARIABLE y = Tp

 Moyenne : 91.36598 unite ; écart-type :  10.20338  ; cdv :   11.2 %

 Les 5 premières valeurs arrondies :  62 63 64 67 67
 Les 5 dernières valeurs arrondies :  108 109 110 111 115

 Les 10 premières valeurs arrondies :  62 63 64 67 67 69 71 71 72 73
 Les 10 dernières valeurs arrondies :  103 103 104 106 107 108 109 110 111 115

 Il y a 6  valeurs, soit   3.1 % inférieures à m - 2 s à savoir : 67 63 62 67 69 64
 Il y a 1  valeurs, soit   0.5 % supérieures à m + 2 s à savoir : 115

 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 3 s , m +  3 s ].
 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 5 s , m +  5 s ].
 Il n'y a aucune valeur à l'extérieur de l'intervalle [ m - 7 s , m +  7 s ].

 Moyenne tronquée à 10 % :   92.21795
 Moyenne tronquée à 20 % :   93.00847

 Moyenne sans le minimum :   91.51813  ; écart-type sans le minimum :  10.00682  ; cdv :   10.9 %
 Moyenne sans le maximum :   91.24352  ; écart-type sans le maximum :  10.08597  ; cdv :   11.1 %


 

tp1

tp2

Conclusions

Si on se focalise sur la normalité des variables, il semblerait qu'il faille utiliser la transformation x -> ln(x+1) pour Area_of_fibrosis, Hyaluh, Asat, Alat.

La variable Pla suit déjà à peu près une loi normale. Par contre, Gly et Tp semblent "résister" à toute transformation.

 

 

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