Analyse 1056 -- php ; gh
1. Concordance SCI/SCF
Affichage des données (pour vérification)
les 10 premières lignes Obs SCF SCI metaf fs f4 1 0.39424 0.39424 2 0 0 2 0.24364 0.24364 1 0 0 3 0.12058 0.12058 1 0 0 4 0.99215 0.99215 3 1 0 5 0.72529 0.72529 3 1 0 6 0.64684 0.64684 4 1 1 7 0.67835 0.67835 2 0 0 8 0.19696 0.19696 1 0 0 9 0.26365 0.26365 2 0 0 10 0.97012 0.95895 3 1 0 ... et les 5 dernières lignes Obs SCF SCI metaf fs f4 1009 0.77064 0.77064 3 1 0 1010 0.49510 0.49510 2 0 0 1011 0.85513 0.85513 2 0 0 1012 0.38625 0.38625 2 0 0 1013 0.87788 0.87788 4 1 1Coefficients de Corrélation et de Concordance
1 Pearson 1.00000 <.0001 1.00000 1.00000 2 Spearman 1.00000 <.0001 0.99999 1.00000 3 Kendall 0.99972 <.0001 . . 4 concord 1.00000 <.0001 1.00000 1.00000 5 Lin 1.00000 . 1.00000 1.00000 Remarque : concord est le coefficient de corrélation/concordance calculé sur les 2n paires obtenues par inversion de x et y encore nommé coefficient de corrélation intraclasse de Pearson.Grandes différences
Données les plus discordantes (valeur absolue de la différence supérieure ou égale à 0.35) ; Obs IDEN adiff SCI sens SCF scf metaf | GLOBAL | 1 M0720 0.47116 0.40317 < 0.87433 0.40318 3 | ~ à 10^-5 prés : 90 % 2 M0753 0.43276 0.22519 < 0.65795 0.22519 1 | autres > 5 % 3 M0576 0.43254 0.82277 > 0.39023 0.82277 1 | autres < 5 % 4 M0507 0.39425 0.67209 > 0.27784 0.67209 2 | 5 M0630 0.37970 0.66261 > 0.28291 0.66261 1 | 6 M1336 0.37844 0.82745 > 0.44900 0.82745 3 7 M0585 0.37709 0.85372 > 0.47663 0.85372 1 8 M0686 0.36996 0.15605 < 0.52601 0.15605 1 9 M0752 0.36524 0.16050 < 0.52574 0.16050 1 10 M1306 0.36496 0.07936 < 0.44431 0.07936 2Visualisation des différences
2. ROC, AUROC et comparaison
Aurocs pour la fibrose cliniquement significative Variable ROC_Area Std_Error Confidence Limits sci 0.8527 0.0118 0.8297 0.8758 scf 0.8540 0.0117 0.8311 0.8769 ft 0.8103 0.0138 0.7832 0.8374 ap 0.7851 0.0142 0.7572 0.8131 he 0.7868 0.0142 0.7590 0.8147 Aurocs pour la fibrose sévère Sas ensemble ou séparément (Nb) sci 0.885 0.0111 0.863 0.906 1013 scf 0.886 0.0112 0.864 0.908 1013 ft 0.840 0.0146 0.812 0.869 955 ap 0.821 0.0155 0.791 0.851 1013 he 0.834 0.0145 0.806 0.863 1009 Spss variables ensemble sci 0.880 0.012 0.857 0.903 scf 0.881 0.012 0.858 0.904 ft 0.840 0.015 0.812 0.869 ap 0.819 0.016 0.788 0.851 he 0.827 0.015 0.797 0.857 Spss variables séparément sci 0.885 0.011 0.863 0.906 scf 0.886 0.011 0.864 0.908 ft 0.840 0.015 0.812 0.869 ap 0.821 0.015 0.791 0.851 he 0.834 0.014 0.806 0.863 Aurocs pour la cirrhose sci 0.9067 0.0113 0.8846 0.9288 scf 0.9097 0.0109 0.8884 0.9310 ft 0.8814 0.0147 0.8527 0.9102 ap 0.8393 0.0200 0.8001 0.8785 he 0.8934 0.0148 0.8644 0.9224 Comparaison des aurocs SCI vs SCF Chisq. pvalue fibrose cliniquement significative 0.1353 0.7130 fibrose sévère 0.2199 0.6391 cirrhose 1.1876 0.2758 Comparaison des aurocs SCI vs FT Chisq. pvalue fibrose cliniquement significative 22.9614 <.0001 fibrose sévère 25.3376 <.0001 cirrhose 6.5394 0.0106 Comparaison des aurocs SCF vs FT Chisq. pvalue fibrose cliniquement significative 22.2499 <.0001 fibrose sévère 25.6760 <.0001 cirrhose 7.8433 0.00513. Détail de SCF par META
Courbe pour meta=0
Courbe pour meta=1
Courbe pour meta=2
Courbe pour meta=3
Courbe pour meta=4
4. Analyse des variables pour les "outliers"
Outliers retenus IDEN metaf SCF COULEUR PLQ ASAT UREE AH TP A2M AGE SEXE M0384 1 0.99681 (vert) 152 256 4.2 129.2 92 332 72.0000 1 M0853 1 0.98410 123 140 8.0 74.0 73 405 56.5973 1 M1052 3 0.23586 (orange) 356 28 4.1 40.0 92 299 45.1452 0 M1139 3 0.21267 251 94 6.3 0.1 96 147 41.1699 0 M1238 3 0.19804 349 49 4.6 56.0 100 210 52.2951 0 M1259 3 0.15644 322 51 3.8 80.0 109 194 45.7404 0 M0899 4 0.43209 (rouge) 101 36 6.6 40.0 84 173 39.6959 1 M1104 4 0.46768 258 29 7.9 82.0 100 363 68.9178 0
5. Boites à moustaches des variables
6. Répartition des 1013 scores par stade
Format des cellules : Fréquence Pourcentage Pourct. en ligne Pourct. en col. metaf | metaf vs SCI | metaf vs SCI | metaf vs SCI | | seuil = 0.628 | seuil = 0.830 | seuil = 0.979 | | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | ---------------+----------+---------+---------+--------+---------+---------+ 0 - 44 | 44 | 0 | 44 | 0 | 44 | 0 | - 4.34 | 4.34 | 0.00 | 4.34 | 0.00 | 4.34 | 0.00 | - 100.00 | 100.00 | 0.00 | 100.00 | 0.00 | 100.00 | 0.00 | - 4.34 | 6.84 | 0.00 | 5.56 | 0.00 | 4.61 | 0.00 | ---------------+----------+---------+---------+--------+---------+---------+ 1 - 439 | 391 | 48 | 417 | 22 | 438 | 1 | - 43.34 | 38.60 | 4.74 | 41.16 | 2.17 | 43.24 | 0.10 | - 100.00 | 89.07 | 10.93 | 94.99 | 5.01 | 99.77 | 0.23 | - 43.34 | 60.81 | 12.97 | 52.65 | 9.95 | 45.91 | 1.69 | ---------------+----------+---------+---------+--------+---------+---------+ 2 - 274 | 166 | 108 | 228 | 46 | 266 | 8 | - 27.05 | 16.39 | 10.66 | 22.51 | 4.54 | 26.26 | 0.79 | - 100.00 | 60.58 | 39.42 | 83.21 | 16.79 | 97.08 | 2.92 | - 27.05 | 25.82 | 29.19 | 28.79 | 20.81 | 27.88 | 13.56 | ---------------+----------+---------+---------+--------+---------+---------+ 3 - 141 | 37 | 104 | 75 | 66 | 132 | 9 | - 13.92 | 3.65 | 10.27 | 7.40 | 6.52 | 13.03 | 0.89 | - 100.00 | 26.24 | 73.76 | 53.19 | 46.81 | 93.62 | 6.38 | - 13.92 | 5.75 | 28.11 | 9.47 | 29.86 | 13.84 | 15.25 | ---------------+----------+---------+---------+--------+---------+---------+ 4 - 115 | 5 | 110 | 28 | 87 | 74 | 41 | - 11.35 | 0.49 | 10.86 | 2.76 | 8.59 | 7.31 | 4.05 | - 100.00 | 4.35 | 95.65 | 24.35 | 75.65 | 64.35 | 35.65 | - 11.35 | 0.78 | 29.73 | 3.54 | 39.37 | 7.76 | 69.49 | ---------------+----------+---------+---------+--------+---------+---------+ Total 1013 | 643 | 370 | 792 | 221 | 954 | 59 | 100.00 | 63.47 | 36.53 | 78.18 | 21.82 | 94.18 | 5.82 |8. Visualisation des mal-classés F1, F3 et F4
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