Valid XHTML     Valid CSS2    


        # # (gH)   -_-  xmp2.r  ;  TimeStamp (unix) : 09 Novembre 2017 vers 14:10
        
        library(vegan)  # pour vegdist()
        library(ape)    # pour as.phylo() et plot.phylo()
        
        # lecture des données
        
        xmp2 <- as.matrix(read.table("xmp2.data",header=FALSE,row.names=1))
        print(xmp2)
        
        # calcul de la matrice des distances
        
        mdc <- vegdist(x=xmp2,method="jaccard")
        print(mdc)
        
        # classification hiérarchique
        
        cah <- hclust(mdc,method="average")
        print(cah)
        desc <- data.frame(cbind(round(cah$height,3),cah$merge))
        names(desc) <- c("Niveau","Aine","Benjamin")
        print(desc)
        
        # tracé via plot.hclust et plot.phylo
        
        plot(cah, hang=-1,main="Dendrogramme 1")
        plot.phylo(as.phylo(cah), direction="leftwards",main="Dendrogramme 2",label.offset=0.01)

 

 

retour gH    Retour à la page principale de   (gH)